Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -3 -5 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 5 -5 1 0 -5 -4 -3 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 60 0 3 3 0 0 0 0 0 27 1.02 0.97 2 V -1 -5 -5 -5 -3 -2 -5 -6 -5 2 -2 -3 1 -3 -5 -4 -1 -5 -4 7 3 0 0 0 0 2 0 0 0 7 0 2 2 0 0 0 3 0 0 81 1.33 1.18 3 D -4 -4 -1 8 -2 -3 -1 -3 -4 -6 -6 -3 -6 -6 -4 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 1 97 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.22 1.29 4 P -2 -4 -4 -4 -5 3 -3 -5 -1 -1 -4 -3 -3 -6 8 -2 -2 -6 -5 -2 3 0 0 0 0 14 1 0 2 4 1 1 1 0 68 1 2 0 0 3 1.77 1.34 5 L -2 0 -4 -5 -5 2 -3 -5 0 -1 3 4 3 -3 -2 -4 -4 -5 -3 -2 3 3 0 0 0 11 0 0 2 3 36 31 7 1 2 0 0 0 1 1 0.71 1.36 6 T 0 -2 -1 3 -5 0 1 -4 -2 0 -3 1 -4 -5 4 -2 3 -6 -5 -1 6 2 2 17 0 4 10 1 1 6 2 8 0 0 18 1 18 0 0 5 0.46 1.37 7 T 1 -1 -3 -1 -2 1 1 -3 -1 -2 -1 2 -1 -3 -3 -2 4 -5 2 0 14 2 0 3 1 7 8 1 1 1 5 15 1 1 0 1 25 0 7 8 0.35 1.36 8 V -3 -5 -6 -4 -4 -3 -5 -6 -5 4 5 -4 2 1 -6 -5 -4 1 -2 2 1 0 0 1 0 1 0 0 0 21 51 1 3 6 0 0 0 2 1 12 0.95 1.33 9 R -3 6 -3 -2 -6 0 4 -5 -2 -3 -3 1 -3 -4 -4 -3 -2 -5 -3 -4 1 53 0 1 0 3 29 0 1 2 2 6 0 0 0 0 1 0 1 1 1.21 1.35 10 E -1 -3 -3 2 -6 1 6 -3 -2 -6 -6 0 -5 -6 -1 -2 -3 -6 -4 -4 4 0 0 12 0 3 67 2 1 0 0 6 0 0 3 1 1 0 0 0 1.27 1.34 11 Q -1 2 -2 0 -5 3 4 -1 1 -3 -4 2 -2 -3 -3 0 -2 -5 -3 -3 6 10 1 3 0 14 29 5 3 1 1 13 1 1 0 8 2 0 1 1 0.54 1.35 12 C -1 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -5 -3 -3 -5 -2 -1 3 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 4 2.80 1.28 13 E 2 1 -2 -3 -4 2 3 -1 -3 -4 -3 4 0 -5 -3 0 -2 -5 -4 -2 16 6 1 0 0 11 19 5 0 0 2 24 2 0 0 7 2 0 0 2 0.50 1.28 14 Q 0 0 2 -1 -3 4 3 0 -1 -3 -3 1 -2 -3 -2 0 -1 -1 -3 -2 7 3 9 2 0 23 18 7 1 1 3 7 1 1 2 6 3 1 1 3 0.39 1.01 15 L -1 -1 -1 -2 -3 -1 -1 -2 0 0 1 1 0 -3 -2 2 3 -1 -3 -2 4 2 3 2 0 3 4 3 3 4 14 9 2 1 1 19 21 1 1 2 0.25 1.02 16 E 1 0 -2 -1 -5 -1 3 1 -1 -5 -5 2 -4 -6 4 0 -2 -5 -5 -3 14 4 1 4 0 2 19 12 1 0 0 11 0 0 23 5 2 0 0 1 0.60 1.32 17 K -1 -1 -1 -2 -5 3 1 -4 5 -5 -5 5 -4 -5 -2 -2 -1 -5 -3 -3 6 2 2 2 0 12 10 0 16 0 0 41 0 0 1 2 4 0 0 1 0.86 1.31 18 C -1 -4 -3 -5 10 -5 -5 0 -5 -1 -4 -5 -4 -3 -5 -1 -1 -4 -4 -2 3 1 1 0 72 0 0 7 0 3 0 0 0 1 0 3 4 0 0 3 2.11 1.25 19 V 2 -2 -3 -3 -4 2 -1 -3 0 -1 -2 1 -1 -4 -2 1 -1 -5 -4 4 17 1 0 1 0 9 3 2 2 3 2 9 1 0 2 10 3 0 0 34 0.43 1.27 20 K 1 1 -1 -1 -2 0 0 -2 2 -5 -4 4 -4 -4 3 0 -2 -5 0 -4 11 5 3 3 1 3 6 3 6 0 1 31 0 0 13 7 2 0 3 0 0.51 1.27 21 A 2 -3 -4 -2 -4 1 -2 -4 -2 -3 2 -2 0 2 3 -1 -2 4 2 -2 22 1 0 2 0 6 2 0 1 0 18 2 2 11 15 3 2 6 6 1 0.42 1.22 22 R -2 2 -3 -2 -5 0 -3 -3 -2 -2 2 4 -1 0 -4 -3 -1 6 -1 0 2 11 1 2 0 5 0 1 1 1 20 26 1 3 1 1 3 13 2 7 0.56 1.28 23 E -1 1 -1 -1 -5 0 4 -3 5 -1 -2 3 -4 -3 -4 -2 -2 -5 1 -3 6 7 2 2 0 3 29 2 15 3 4 18 0 1 0 2 1 0 5 1 0.56 1.17 24 R -1 4 -3 -1 -5 1 3 -4 6 -3 -2 3 -2 -5 -4 -2 -2 0 -3 -2 5 20 0 2 0 6 17 0 18 2 3 20 1 0 0 1 1 1 0 3 0.68 1.17 25 L -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -3 -2 3 -5 1 4 -6 -5 -4 4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 3 14 0 0 0 6 37 5 1.19 1.17 26 E -3 1 1 4 -6 3 5 -3 0 -5 -3 -1 -1 -5 -1 -2 -2 -5 -4 -4 1 6 5 20 0 16 37 1 2 0 2 1 2 0 3 2 1 0 0 1 0.78 1.17 27 L 2 2 -2 0 -2 0 3 -4 3 -3 -1 -1 -1 -3 -3 -1 0 -5 -4 -1 21 13 1 5 1 2 25 0 7 1 7 2 1 1 1 2 4 0 0 4 0.39 1.13 28 C -2 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -5 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 0 1 0 0 0 87 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 5 2.63 1.07 29 D -1 -2 3 1 -1 1 2 -2 -3 1 -2 -2 -3 -3 -4 -1 0 -4 1 3 5 1 13 9 2 5 13 3 0 6 3 1 0 0 0 3 6 0 6 21 0.26 1.07 30 E 1 -1 -1 2 -4 0 4 0 -3 -3 -3 2 0 -5 -3 -1 0 -5 -4 -4 12 1 2 13 0 3 31 6 0 1 2 14 3 0 0 3 7 0 0 0 0.50 1.10 31 R -4 8 -3 -4 -1 0 -2 -4 1 -5 -4 2 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 83 0 0 2 2 0 0 3 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 1.73 1.14 32 V -2 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -3 4 2 1 -3 4 -2 -3 -2 2 -3 -2 2 1 1 1 1 0 1 1 1 15 15 16 1 15 1 1 1 15 0 0 15 0.43 0.57 33 S 0 -1 1 -1 0 1 2 0 0 -1 -3 1 -1 -1 -4 0 3 -4 -4 -3 8 3 6 2 2 7 16 7 2 4 2 10 2 3 0 7 19 0 0 0 0.27 1.29 34 S 2 -1 0 -1 -4 -1 0 2 0 -2 -3 1 -1 -4 -1 2 0 -4 -4 -2 18 4 5 3 0 3 5 17 2 2 2 9 2 0 3 17 5 0 0 2 0.27 1.26 35 R -2 3 1 3 -5 3 2 -1 1 -5 -5 1 -1 -5 -4 -2 -3 -5 -1 -2 3 16 7 15 0 16 15 5 3 0 0 10 2 0 0 2 0 0 2 3 0.52 1.34 36 S -1 -2 0 1 -5 1 1 2 -4 -2 -4 2 -4 -5 1 3 1 -6 -5 -3 4 1 3 8 0 6 9 14 0 2 1 11 0 0 6 26 8 0 0 1 0.41 1.27 37 Q -2 -1 1 1 -5 2 2 0 2 -5 -3 1 -2 -1 0 1 0 -5 -1 -3 2 2 8 8 0 10 16 8 5 0 3 9 1 3 4 12 6 0 2 1 0.28 1.26 38 T -1 -3 -1 0 -4 0 0 3 0 -4 -4 -1 -2 -3 0 -1 4 -1 0 -2 4 1 2 5 0 4 6 27 2 0 0 4 1 1 5 4 28 1 3 2 0.48 1.23 39 E -1 0 -1 0 -5 2 3 -1 5 -5 -3 3 -4 -4 -2 -1 0 -5 -2 -4 4 4 3 4 0 8 22 5 13 0 2 21 0 0 1 3 7 0 1 0 0.53 1.20 40 E -1 -2 -3 -1 -5 -1 6 0 -3 -5 -3 2 -2 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -4 5 0 0 0 0 0 62 9 0 0 3 15 1 0 0 2 0 0 0 0 1.06 1.19 41 D -3 -3 3 4 -4 0 0 -1 5 -4 -4 -2 -3 -4 -3 1 3 -5 -3 -2 0 0 16 24 0 4 4 3 15 0 0 0 0 0 0 9 20 0 0 3 0.64 0.83 42 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.92 0.86 43 T 0 -3 -1 0 -4 -1 1 -4 4 0 -1 -2 1 -3 -4 -1 3 1 1 2 6 0 2 5 0 2 9 0 12 4 4 2 4 0 0 3 24 2 5 16 0.33 0.86 44 E -1 -3 0 0 -5 2 5 3 -2 -5 -5 -2 -4 -4 -1 -1 -3 -4 1 -4 3 0 5 3 0 11 46 22 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 5 0 0.76 0.86 45 E -3 -2 -2 -1 -5 4 5 -4 -2 -5 -4 -1 -3 -3 0 -2 -3 6 1 -4 0 0 0 0 0 25 54 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 11 6 0 1.10 0.76 46 L -3 -1 -4 -5 -4 -1 -4 -5 1 0 2 -3 4 4 -5 -4 -3 -1 6 0 0 4 0 0 0 2 0 0 3 3 21 0 14 17 0 0 0 0 32 4 0.81 0.78 47 L -3 -1 -4 -5 -1 -4 -1 -3 -1 1 0 -4 0 7 -5 -1 -2 1 2 -1 2 5 0 0 1 0 4 2 1 7 5 0 3 54 0 5 1 1 4 4 0.87 0.89 48 D -2 -2 0 7 -5 -2 1 -3 5 -4 -4 -3 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -3 -3 4 1 1 65 0 0 5 1 14 0 1 0 0 0 0 2 2 0 0 2 1.22 0.90 49 F -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -1 1 2 -4 3 5 -5 -4 -3 4 6 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6 24 0 9 24 0 0 0 5 28 2 0.97 0.92 50 L -1 -2 -5 -5 -4 0 -3 -5 -1 2 3 -4 4 -1 -5 -3 -1 6 0 3 5 1 0 0 0 5 1 0 1 9 27 0 13 1 0 1 3 11 3 18 0.62 1.07 51 H -2 -1 -1 -3 -5 1 0 -2 9 -3 -3 0 -1 -3 -3 1 -1 -4 0 -3 2 3 1 0 0 7 4 3 52 1 1 5 2 1 1 9 4 0 2 2 1.12 1.06 52 A 2 -3 -4 -5 10 -2 -1 -4 1 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -1 -2 16 2 0 0 66 1 4 0 4 0 0 0 0 1 0 2 0 0 2 1 1.78 1.04 53 R 1 2 -4 -5 -3 -1 -4 -4 -4 3 1 -3 -2 -3 -4 -2 -1 -5 -4 4 13 13 0 0 0 3 0 0 0 16 13 0 0 0 0 1 2 0 0 39 0.61 1.04 54 D -3 -2 0 7 -5 -1 0 -2 -3 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -2 1 -6 -3 -5 1 1 3 76 0 2 3 2 0 0 0 0 0 0 0 1 8 0 1 0 1.48 1.04 55 H 0 -1 1 1 -5 1 0 -2 7 -4 -4 3 -4 -4 -4 0 -1 -5 -1 -2 7 3 6 8 0 7 5 2 33 0 1 17 0 0 0 5 3 0 1 3 0.74 1.06 56 C -2 -3 -3 -5 11 -2 -4 -4 0 -3 -3 -5 -4 -4 -5 -3 -2 -4 -3 -3 1 1 1 0 87 2 1 0 2 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 2.54 1.06 57 V 4 -3 -4 -5 -3 -4 -4 -2 -5 0 -1 -3 0 -2 -4 0 0 -5 -2 5 36 1 0 0 0 0 0 2 0 2 3 1 2 1 0 5 4 0 1 42 0.73 1.09 58 A 6 -4 -2 -1 -2 -1 -2 -2 -4 -2 -3 -3 1 -2 -3 1 0 -5 -4 -1 67 0 1 3 0 3 1 1 0 2 1 0 4 1 0 8 5 0 0 2 0.87 1.12 59 H -3 -1 -2 -2 -5 -2 -1 -3 5 -4 -4 3 -4 -5 7 -2 -3 -6 -4 -4 1 2 1 1 0 1 3 1 14 1 1 17 0 0 54 1 1 0 0 0 1.42 1.14 60 K -3 2 -2 2 -5 0 -1 -3 -1 -3 -5 6 -3 -5 -3 -1 0 -6 -4 -2 0 10 1 11 0 4 3 1 2 2 0 54 0 0 1 4 5 0 0 2 0.88 1.16 61 L 0 -4 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 3 5 -2 0 -2 -5 -4 -3 -4 -4 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 17 68 2 1 0 0 0 1 0 0 4 1.04 1.13 62 F -5 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -6 1 -2 -1 -5 1 8 -6 -5 -4 5 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1 3 0 4 78 0 0 0 8 0 2 1.83 1.11 63 N 2 1 2 0 -4 0 0 -3 1 -4 -4 3 -3 -5 -1 2 -1 -5 -2 -3 20 5 11 5 0 3 4 1 3 0 1 23 0 0 3 17 3 0 1 1 0.44 1.17 64 S -1 0 1 -2 -1 1 -1 -4 4 -3 -2 5 -2 -2 -3 1 0 -5 1 -2 5 3 7 1 2 5 3 0 9 1 3 36 1 1 1 9 6 0 5 3 0.48 1.17 65 L -4 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -3 -5 -1 6 -5 0 -1 -4 -5 -2 -4 -2 -1 0 0 0 0 1 0 0 2 0 1 88 0 1 1 1 0 2 0 1 2 1.33 1.16 66 K -3 2 -2 -3 -5 0 -1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 8 0 0 0 2 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 1.62 1.01 K Lambda Standard Ungapped 0.1323 0.3199 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1780 0.3175 PSI Gapped 0.0545 0.2670