Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -1 1 -5 1 8 -5 -4 -4 -1 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 4 84 0 0 0 0 0 0 1.55 0.66 2 F -2 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 0 -5 -2 8 -5 -4 -4 -1 1 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 89 0 0 0 0 0 0 1.74 0.78 3 E -3 -2 -2 0 -6 1 7 -4 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 4 90 0 0 0 0 4 0 0 0 0 2 0 0 0 1.51 0.81 4 R -3 7 -3 -4 -5 0 -2 -4 2 0 -1 0 2 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -1 0 72 0 0 0 2 0 0 4 5 4 0 7 0 0 0 0 0 0 5 1.17 0.81 5 A 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 2 -4 -2 -2 -3 0 -1 -3 0 1 -4 -4 0 54 0 0 0 0 0 0 18 0 1 2 0 3 3 0 4 11 0 0 5 0.68 0.85 6 F -3 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -5 -3 -1 1 -5 -2 8 -5 -3 -4 -1 3 -1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 2 9 0 0 74 0 1 0 0 6 5 1.46 0.85 7 D -4 -3 2 7 -6 -2 1 -2 3 -5 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -6 -4 -5 0 0 8 77 0 0 4 3 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.52 0.85 8 Q -1 -2 -1 -3 -4 6 0 -3 -3 -1 1 -1 0 -4 -2 -1 2 -4 -4 0 5 1 1 0 0 42 4 1 0 3 12 2 3 0 1 4 14 0 0 8 0.56 0.85 9 G 2 -4 -3 -4 -4 -4 -4 5 -4 1 -1 -4 -1 -1 -4 -1 0 -4 -4 0 17 0 0 0 0 0 0 49 0 11 5 0 1 2 0 3 6 0 0 6 0.72 0.85 10 A 4 -3 -3 -3 2 -3 -3 0 -4 -1 -2 -3 1 -4 -3 3 2 -5 -4 0 34 0 0 0 5 0 0 8 0 2 2 0 5 0 0 24 16 0 0 6 0.53 0.85 11 D -3 -3 3 7 -5 0 2 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -1 -6 -5 -3 0 0 15 62 0 2 13 0 0 0 0 0 0 0 0 2 4 0 0 2 1.21 0.85 12 A 4 1 0 -3 -1 -1 0 -1 0 -4 -3 2 1 -4 -3 0 -1 -4 1 -2 35 8 3 0 1 2 5 4 2 0 2 17 4 0 0 7 3 0 6 1 0.37 0.85 13 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 1 -5 1 1 -5 -4 -3 -4 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 12 0 3 6 0 0 0 0 2 27 0.98 0.85 14 Y -4 -5 -5 -6 1 -4 -5 -5 -2 -3 -2 -5 -3 6 -6 -4 -4 9 6 -3 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 39 0 0 0 28 30 0 1.78 0.85 15 E -3 0 -1 5 -1 0 5 -3 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -3 -3 1 4 2 34 2 3 42 1 0 0 0 6 0 0 0 2 1 0 1 1 0.93 0.85 16 H -2 2 1 -1 -4 1 -1 -3 7 -5 -4 0 -3 -4 -4 2 1 0 0 -4 1 11 7 3 0 7 2 0 31 0 0 3 0 0 0 19 10 1 3 0 0.72 0.85 17 I -3 -1 -2 -5 -3 -4 -4 -5 0 5 2 -4 2 -1 -5 -2 -3 2 0 2 0 3 2 0 0 0 0 0 3 40 20 0 6 1 0 3 0 3 4 14 0.66 0.85 18 N -3 -2 8 0 -5 -2 -2 -2 -1 -5 -5 -1 -4 -5 -4 0 0 -6 -4 -5 0 0 88 2 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 4 4 0 0 0 1.65 0.85 19 E -3 3 -1 -1 -5 3 3 -4 4 -5 -5 5 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -5 0 13 2 2 0 15 18 0 9 0 0 39 0 0 0 1 0 0 0 0 0.87 0.85 20 G -2 1 -2 -3 -5 -3 -2 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 8 0 0 0 0 3 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.66 0.85 21 K -3 4 -2 -3 -5 0 0 -4 -2 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 24 0 0 0 0 4 0 0 0 0 71 0 0 0 0 0 0 0 0 1.26 0.75 22 L -2 -3 -4 -4 -3 4 -2 -4 -3 -1 5 -3 0 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -1 3 0 0 0 0 26 0 0 0 0 68 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.86 0.72 23 W -4 -3 -6 -6 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -3 -5 -3 0 -6 -5 -4 12 2 -5 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 93 3 0 3.37 0.75 24 K 0 1 0 1 -5 1 0 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 6 2 3 7 0 4 1 0 0 0 0 75 0 0 0 0 2 0 0 0 1.03 0.71 25 H -3 -3 0 5 -5 -2 -1 -3 8 -2 -5 -2 -4 -4 -4 -1 -3 -5 -2 -4 0 0 2 46 0 0 0 0 46 3 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.37 0.71 26 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 1 -5 0 -2 -5 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 6 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1.34 0.71 27 K -1 2 -2 -2 -5 0 0 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -2 0 -5 -4 -4 4 8 0 0 0 0 2 0 0 0 0 79 0 0 0 0 7 0 0 0 1.12 0.68 28 H -1 -2 -1 1 -4 1 -1 -1 9 -4 -1 -2 -3 -2 -4 -1 -3 -4 0 -4 4 0 1 10 0 4 2 3 63 0 7 1 0 1 0 2 0 0 1 0 1.22 0.69 29 K -2 2 2 -2 -5 2 -1 0 -2 -4 -2 6 -3 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 0 10 10 0 0 8 0 7 0 0 4 59 0 0 0 0 3 0 0 0 0.81 0.69 30 Y -4 -4 -4 -5 -1 -3 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 3 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 90 0 1.88 0.67 31 E -2 -2 -2 -1 -4 2 6 -2 -2 -1 -1 0 -1 -4 -3 -1 -2 -4 -3 0 0 0 0 0 0 6 65 3 0 5 8 2 1 0 0 2 1 0 0 7 0.77 0.64 32 K -2 0 5 -1 -4 4 1 -3 -1 -4 -4 3 -3 -5 -3 1 0 -4 -3 -4 0 2 33 0 0 24 5 0 0 0 0 20 0 0 0 11 6 0 0 0 0.69 0.58 K Lambda Standard Ungapped 0.1400 0.3221 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1995 0.3181 PSI Gapped 0.0610 0.2670