Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 T 5 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 3 4 -5 -4 -3 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 29 0 0 0 0.93 0.94 2 Q -4 0 -1 3 -6 2 5 -5 3 -6 -4 0 -4 -4 2 -2 -3 -6 -4 -5 0 6 1 14 0 9 47 0 6 0 1 4 0 1 9 2 0 0 0 0 0.94 1.24 3 G 0 0 -5 -6 8 -4 -4 -2 -2 0 0 -4 -2 -4 -5 -3 -1 -5 -2 4 9 6 0 0 32 0 0 4 1 3 8 0 1 0 0 1 3 0 1 31 0.95 1.28 4 F 1 -4 -5 -6 -2 -5 -5 -5 -3 4 0 -5 4 1 -5 -4 -2 -4 1 5 12 1 0 0 0 0 0 0 0 19 5 0 13 6 0 0 1 0 5 38 0.82 1.39 5 A 3 -5 -4 -4 0 -4 -5 6 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -3 -6 -6 -5 26 0 0 0 2 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1.58 1.49 6 V 1 -5 -2 -3 1 -4 -3 -4 -5 2 -2 -4 -3 -3 -5 0 5 -6 -2 4 10 0 2 1 2 0 1 0 0 10 3 0 0 1 0 5 35 0 1 28 0.75 1.53 7 L -3 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 5 4 -5 0 -1 -6 -5 -3 -5 -4 4 1 1 0 0 0 0 0 0 0 35 35 0 1 2 0 0 1 0 0 25 1.14 1.53 8 S 0 -4 -1 -4 -2 -4 -4 -3 -4 0 -3 -4 0 -3 -4 3 5 -6 -4 1 6 0 3 0 1 0 0 1 0 4 2 0 2 1 0 24 45 0 0 10 0.85 1.56 9 Y -3 -5 -6 -6 0 -5 -6 -6 -4 3 3 -5 3 1 -6 -5 -4 -3 5 3 2 0 0 0 2 0 0 0 0 19 25 0 7 5 0 0 0 0 20 20 0.91 1.56 10 V -1 -4 -6 -2 -4 -5 -5 -5 -6 4 2 -5 1 0 -6 -4 0 -5 -4 5 4 0 0 2 0 0 0 0 0 23 15 0 4 4 0 1 5 0 0 42 0.90 1.59 11 Y -4 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 1 -3 -2 -5 -2 4 -6 -4 -5 -1 9 -3 1 0 0 0 2 0 0 0 2 1 2 0 1 13 0 1 0 0 77 1 2.17 1.59 12 E -3 0 4 7 -6 0 1 -2 -3 -6 -5 -2 -5 -6 -4 -1 -2 -6 -4 -5 2 5 16 56 0 3 8 2 0 0 1 1 0 0 0 3 2 0 1 1 1.24 1.54 13 H -2 -1 -1 -2 -3 1 -2 -3 10 -4 -4 -3 -4 0 -1 -3 -3 -4 2 -4 3 3 2 2 1 5 1 2 61 1 2 0 0 4 3 1 1 0 7 1 1.65 1.59 14 E -1 0 -1 2 -1 0 2 -2 8 -6 -5 -2 -5 -5 -3 1 -1 -6 -2 -4 4 5 2 9 1 3 16 4 38 0 1 2 0 0 1 10 4 0 1 1 0.97 1.60 15 K 1 0 -2 -2 -3 3 1 -4 1 -2 -3 2 -1 -3 -3 0 2 -5 0 1 10 5 2 2 0 14 9 1 4 2 2 14 1 1 1 5 14 0 3 10 0.31 1.60 16 R -2 6 -1 -2 -5 0 -2 0 0 -4 -3 1 -2 -4 1 0 1 -3 -2 -4 3 38 3 2 0 3 2 8 3 1 2 9 1 1 7 8 8 0 1 1 0.62 1.56 17 D -2 0 2 4 -5 0 3 2 -1 -5 -4 -2 -3 -6 -2 -1 -1 -6 -4 -5 3 5 11 24 0 4 18 17 1 0 2 2 1 0 2 5 3 0 1 0 0.58 1.58 18 L -2 -5 -6 -4 -1 -5 -5 -5 -2 2 5 -5 -1 -2 -5 -3 -2 -5 -4 4 3 0 0 1 1 0 0 1 1 9 55 0 0 1 0 1 2 0 0 24 0.99 1.53 19 A 2 0 -1 -2 -3 2 1 -2 -3 -1 -1 -3 1 -5 0 2 0 -2 -2 1 16 5 3 2 0 8 8 2 1 3 7 1 4 0 4 17 7 1 1 8 0.20 1.56 20 S -1 2 1 2 -5 3 3 -2 0 -3 -3 1 -2 -4 -4 1 -1 -6 -2 -3 4 12 7 11 0 11 19 3 2 1 3 9 1 1 1 10 3 0 1 1 0.40 1.54 21 R -2 5 -1 -1 -2 2 1 -4 -1 -5 -4 4 -3 -3 -4 -1 -1 -5 -3 -4 4 37 3 3 1 7 8 1 1 0 1 24 1 1 0 3 3 0 1 1 0.81 1.52 22 I -4 -5 -4 -6 -4 -5 -5 -5 -5 3 5 -3 4 -2 -6 -3 -4 -5 -4 2 0 0 1 0 0 0 0 1 0 16 57 2 10 1 0 1 0 0 0 11 1.07 1.52 23 V 1 -3 -1 -2 -4 -1 -3 -4 2 1 -1 -3 3 -4 -1 0 5 -5 -4 0 12 1 3 2 0 3 1 1 5 8 6 1 9 0 4 6 33 0 0 6 0.49 1.52 24 S 0 -1 0 4 -6 3 4 0 2 -6 -5 0 -3 -4 -4 -1 -1 -6 -5 -5 6 3 4 25 0 11 25 7 5 0 1 4 1 1 0 4 3 0 0 0 0.68 1.53 25 T -1 -3 -2 -4 -4 -4 -2 -4 -1 5 2 -3 1 -2 -5 -2 1 -5 -3 2 4 1 2 1 0 1 3 1 2 39 21 1 2 1 0 4 7 0 0 10 0.65 1.53 26 Q -3 3 -3 -3 -3 7 1 -3 2 -4 -4 0 -4 -2 -4 -2 -4 -5 -3 -4 1 13 0 0 1 60 9 1 4 1 2 4 0 2 0 1 0 0 1 1 1.29 1.52 27 H -3 -1 0 -3 -6 0 -2 -4 10 -6 -2 -3 -4 -3 -5 -4 -5 -5 1 -6 1 2 3 1 0 3 1 1 78 0 4 1 0 1 0 0 0 0 4 0 2.25 1.53 28 H 0 0 1 5 -3 2 3 -2 2 -5 -5 -1 -5 -3 -4 0 -2 -6 -4 -5 7 5 5 30 1 7 22 3 5 1 1 3 0 1 0 7 1 0 0 0 0.68 1.53 29 H -1 0 0 -3 -3 -2 -2 -5 7 -5 -4 -3 -2 3 -5 -2 -4 2 6 -4 5 4 5 1 1 2 1 0 30 0 1 1 1 12 0 3 0 2 30 1 1.20 1.52 30 H -1 0 -1 0 -1 1 0 -1 7 -1 0 -1 -1 -2 -2 0 -2 -5 0 -2 4 5 3 5 1 5 7 4 31 4 9 3 1 1 2 7 3 0 3 2 0.56 1.53 31 D -2 -2 1 6 -1 -1 2 0 2 -2 -4 0 -5 -6 -3 -2 -2 -6 -5 -2 4 1 5 44 1 2 10 8 5 2 1 7 0 0 1 3 2 0 0 3 0.78 1.53 32 L -1 -2 -1 -2 -2 1 1 -5 2 2 3 -2 1 -1 -5 -1 -1 -5 0 1 4 2 3 2 1 6 9 0 5 13 28 2 3 2 0 4 3 0 3 11 0.31 1.38 33 S -1 -5 -3 -6 -4 -5 -5 -6 -1 6 -1 -5 0 -1 -3 -2 0 -5 -4 4 5 0 1 0 0 0 0 0 2 53 2 0 1 2 1 3 5 0 0 23 1.03 1.40 34 V 0 1 -1 -3 -2 -1 -3 -4 -1 3 2 0 1 -2 -5 -1 0 -5 -4 3 7 7 4 1 1 3 2 1 1 17 18 5 3 1 0 4 5 0 0 20 0.31 1.40 35 A 3 -4 -1 -4 3 -3 -4 -2 -4 -4 -4 -4 -1 0 -4 5 2 -5 -2 -2 26 0 2 0 6 0 0 2 0 0 0 0 2 4 0 42 12 0 2 2 0.80 1.40 36 T 1 -4 2 -3 -1 0 -2 -3 -1 -1 -3 -3 -1 -5 -4 3 4 -6 -4 0 10 0 11 0 1 3 2 1 1 3 1 0 1 0 0 26 31 0 0 7 0.63 1.40 37 L -2 -4 -1 -3 -4 2 -4 -3 0 0 3 -4 5 1 -5 0 2 -5 -3 0 2 0 4 2 0 11 0 2 3 5 25 0 14 6 0 6 15 0 0 7 0.46 1.40 38 H -3 -1 -1 -3 -6 0 -3 -3 10 -4 -3 -2 -1 -4 -5 0 -4 -5 -1 -4 1 2 1 1 0 3 0 2 76 1 2 1 1 0 0 6 0 0 0 1 2.06 1.40 39 V -1 -3 -1 -4 0 -4 -5 -4 -5 3 -1 -3 1 0 -5 1 0 -5 1 5 3 1 3 1 2 0 0 1 0 18 4 1 3 4 0 12 6 0 5 37 0.60 1.46 40 H -4 -2 0 -4 1 2 -2 -5 9 -3 -4 -3 0 -1 0 -3 -4 -5 2 -4 1 1 4 0 3 8 2 0 61 2 1 1 2 3 4 1 0 0 6 1 1.62 1.46 41 I -2 -5 -5 -5 -1 -4 -4 -6 -5 2 5 -5 2 -2 -3 -3 -2 -4 -2 3 2 0 0 0 1 0 1 0 0 12 50 0 5 1 1 2 2 0 1 20 0.84 1.40 42 N -2 -2 3 6 -5 0 1 1 -2 -4 -6 -2 -2 -6 -4 1 1 -6 -5 -4 2 2 14 41 0 3 8 9 1 1 0 1 1 0 0 9 7 0 0 1 0.82 1.44 43 H -1 0 1 2 -2 0 3 1 7 -5 -5 -1 -3 -4 -2 -2 -2 -5 -2 -5 6 5 6 12 1 4 20 9 26 0 1 4 1 1 1 2 2 0 1 0 0.70 1.41 44 D -3 1 2 4 -6 0 3 -1 4 -6 -4 1 -5 -4 -2 -2 -1 -6 -2 -5 2 8 11 23 0 4 19 4 9 0 1 8 0 1 1 2 4 0 1 0 0.62 1.46 45 D -2 1 4 -1 -5 2 -1 -4 3 -4 -2 1 -2 1 -5 -1 -1 4 3 -2 3 8 18 3 0 11 4 1 7 1 5 7 1 5 0 4 4 5 10 2 0.41 1.44 46 C -2 -3 -5 -6 10 -5 -5 -3 -5 -1 -2 -5 -1 -2 -5 -1 0 -5 -2 -2 2 2 0 0 69 0 0 2 0 3 3 0 2 2 0 5 7 0 1 2 2.03 1.42 47 L 0 -4 -4 -5 -3 1 -4 -5 -4 1 4 -4 5 2 -4 -1 -3 -4 -3 1 6 0 0 0 0 6 0 0 0 7 41 0 18 7 0 6 0 0 0 8 0.60 0.83 48 E -3 0 -2 2 -5 1 5 -4 2 -4 -1 -2 2 -4 -3 0 -3 -5 -3 -1 0 6 0 8 0 6 52 0 6 0 6 0 6 0 0 6 0 0 0 6 0.74 0.83 49 I 0 -4 -1 -4 2 -1 -1 -4 -4 3 0 -4 1 -3 -4 -1 2 -5 -4 4 7 0 4 0 4 3 3 0 0 18 8 0 4 0 0 5 16 0 0 29 0.45 0.93 50 A -1 -5 -3 -5 -4 -4 -3 -3 -5 5 1 -4 3 2 -5 -2 0 1 -1 2 5 0 2 0 0 0 2 2 0 36 12 0 8 8 0 3 5 2 2 15 0.60 1.04 51 V 1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -3 0 3 1 -4 2 1 -5 -2 1 -4 -1 4 10 0 0 0 0 0 0 2 3 16 15 0 6 5 0 2 9 0 2 31 0.52 1.04 52 L -2 -5 -6 -6 2 -5 -5 -6 -5 1 4 -5 3 0 -5 -4 -2 -5 -4 4 3 0 0 0 4 0 0 0 0 5 47 0 8 3 0 0 2 0 0 28 0.93 1.26 53 K -2 5 -1 -1 -6 3 2 -5 -1 -5 -3 4 0 -4 -4 -2 -2 -2 -4 -3 2 29 1 4 0 12 13 0 1 0 2 28 2 1 0 1 1 1 0 2 0.81 1.26 54 G -1 -5 -3 -1 -5 -4 -4 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -1 -2 -5 -6 -6 3 0 0 3 0 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 1.88 1.26 55 D -1 1 0 3 -3 1 2 -3 -1 -3 -4 3 -2 -4 3 0 0 -6 -5 -3 5 8 4 16 1 5 11 2 1 1 1 16 1 1 14 7 7 0 0 1 0.41 1.26 56 M 3 0 -3 -2 -4 -3 -3 1 -3 0 0 -2 0 -3 0 1 1 -5 0 1 23 5 1 2 0 1 1 11 1 5 8 2 3 1 4 10 9 0 4 12 0.22 1.26 57 G 1 0 0 2 -2 1 2 1 0 -4 -4 2 -3 -4 -3 2 -1 -1 -2 -3 10 5 3 11 1 6 16 9 3 1 1 11 1 1 1 16 2 1 1 1 0.31 1.26 58 D 0 3 -1 3 -6 2 4 -4 -1 -4 -3 1 -2 -6 -3 -2 -2 -6 -3 -3 9 19 2 17 0 7 25 1 2 1 2 9 1 0 0 2 2 0 1 1 0.59 1.35 59 V -3 -6 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 6 3 -5 0 -1 -6 -5 -3 -5 -4 4 1 0 0 0 2 0 0 0 0 41 22 0 1 2 0 0 0 0 0 30 1.12 1.35 60 Q -1 4 0 -3 -3 3 2 -3 0 -3 -4 3 -2 -4 -4 0 0 -5 -3 -3 5 25 3 1 0 12 13 2 2 1 1 17 1 1 0 8 5 0 1 2 0.53 1.35 61 H 1 1 0 1 -5 1 4 -1 3 -5 -4 1 -1 -5 -3 1 1 -6 -4 -3 11 9 3 7 0 5 24 4 7 0 1 9 1 0 1 9 8 0 0 1 0.42 1.35 62 F -2 -5 -6 -5 -2 -4 -6 -6 -3 2 4 -5 1 5 -6 -5 -3 -4 0 0 3 0 0 1 1 1 0 0 1 11 49 0 2 24 0 0 1 0 2 5 0.97 1.35 63 A 4 -3 -3 -3 1 -2 -3 -2 -1 0 -1 -3 -1 -3 -4 2 1 -5 -1 2 40 1 1 1 3 1 1 2 2 4 4 1 2 1 0 14 9 0 2 13 0.51 1.35 64 D -1 -1 2 4 -3 1 3 0 1 -3 -2 -1 -4 -5 -4 -1 -2 -5 0 -4 4 3 11 24 0 7 21 9 3 1 4 3 0 0 0 3 2 0 4 1 0.52 1.37 65 D 0 3 0 0 -5 2 1 -2 2 -4 -3 4 -2 -5 -4 0 -1 -6 -4 -4 8 16 3 4 0 9 8 3 5 1 2 29 1 0 0 8 3 0 0 0 0.54 1.37 66 V -3 -5 -6 -6 -4 -3 -6 -6 -6 4 4 -5 3 1 -6 -5 -3 -5 -4 2 1 0 0 0 0 1 0 0 0 27 45 0 6 4 0 0 1 0 0 15 1.02 1.34 67 I -2 3 -2 -4 -2 0 -3 0 -3 3 0 1 3 0 -5 0 1 -5 -4 -1 2 19 1 0 1 4 1 7 0 17 6 10 9 4 0 9 7 0 0 3 0.35 1.35 68 A 4 -1 -2 -1 -2 -2 -3 2 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -3 3 1 -5 -5 -1 38 4 1 3 0 1 1 13 0 0 3 1 1 0 1 20 8 0 0 3 0.56 1.36 69 Q -2 -3 -2 -4 0 2 2 -5 -3 2 3 -2 -1 0 -4 -3 1 -5 -4 0 3 1 2 0 2 9 15 0 1 12 31 2 1 4 1 1 9 0 0 7 0.41 1.38 70 R -3 5 -1 1 -6 -1 -1 -3 -2 -6 -5 5 -2 -6 0 -2 -1 -6 -5 -4 1 32 2 7 0 1 2 2 1 0 0 41 1 0 5 2 3 0 0 1 0.99 1.39 71 G -1 -4 -1 1 -2 -4 -3 7 -2 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -2 -4 -3 -6 -6 3 0 3 7 1 0 1 80 1 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 1.61 1.39 72 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 3 -1 -5 1 -4 -4 -3 0 -6 -4 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 12 2 0 3 0 1 2 4 0 0 76 1.38 1.37 73 R -2 4 -1 -2 -3 0 0 -4 1 0 0 4 0 -3 -4 -2 -2 -5 -3 -2 2 23 2 2 1 3 7 1 3 5 9 31 2 1 0 3 2 0 0 3 0.55 1.38 74 H -2 0 -1 -3 -3 0 -2 -5 8 -5 -2 -1 -4 2 -5 0 1 -2 4 -3 2 5 3 1 1 4 1 0 37 0 4 3 0 10 0 8 9 0 12 1 0.93 1.39 75 G 1 -5 -4 -4 -1 -4 -5 5 -4 0 -1 -4 -3 -5 -5 0 -2 -5 -5 4 10 0 0 0 1 0 0 40 0 5 4 0 0 0 0 8 2 0 0 29 0.79 1.37 76 H -2 3 1 1 -2 1 1 -3 2 -5 -5 5 -4 -6 -4 0 -1 -3 -4 -4 3 13 8 8 1 6 9 2 5 0 0 36 0 0 0 5 2 0 0 1 0.68 1.37 77 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -1 0 5 -5 0 0 -2 -4 -2 -4 3 1 2 0 0 0 0 0 0 0 2 4 64 0 1 3 2 1 2 0 11 9 0.99 1.36 78 Q -1 -3 2 -3 -4 0 -1 -3 3 -1 -3 -3 1 -2 -4 3 3 -5 0 2 4 0 9 1 0 4 3 1 6 3 1 1 4 1 0 24 22 0 3 13 0.47 1.37 79 C -3 -4 -2 -6 0 -4 -5 -6 -5 3 3 -5 4 -2 -4 -3 2 -5 -2 3 1 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