Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -3 2 -2 1 -6 3 6 -4 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 12 0 4 0 13 67 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.25 0.92 2 F -5 -5 -6 -6 -5 -4 -5 -5 -4 -4 0 -4 3 4 -6 -5 -4 11 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 1 9 16 0 0 1 62 5 0 2.45 1.16 3 G 0 -4 -1 1 -4 -3 -2 4 -4 -5 -5 -2 -4 -5 -3 4 3 -5 -1 -4 5 0 2 8 0 0 1 28 0 0 0 1 0 0 0 35 16 0 2 0 0.75 1.21 4 M -1 -1 -3 0 -4 -2 2 -5 -4 2 3 -2 6 -2 -3 -4 -2 -5 -4 0 6 3 1 5 0 1 14 0 0 12 26 1 21 1 1 0 2 0 0 4 0.55 1.24 5 K 3 -3 -2 3 -5 0 3 -2 -2 -1 -5 2 -4 -5 -1 -1 -2 -6 -5 -3 24 0 0 19 0 4 23 2 0 5 0 14 0 0 2 3 2 0 0 1 0.59 1.25 6 E -2 -2 0 6 -6 2 4 -4 -3 -5 -5 -1 -5 -3 -4 -2 1 -6 -3 -5 3 2 3 44 0 10 24 0 0 0 0 2 0 1 0 1 8 0 1 0 1.00 1.25 7 M -2 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 6 0 -5 7 -3 -5 -3 -1 -5 -4 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 51 3 0 32 0 0 1 3 0 0 8 1.34 1.26 8 R 0 4 -1 -2 -5 1 1 -4 -2 -3 -2 4 2 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -3 8 26 2 1 0 4 9 1 1 1 4 30 5 0 0 2 4 0 0 2 0.64 1.24 9 E 4 -2 1 3 -4 -1 1 -1 -4 -5 -4 2 -4 -5 -4 1 -1 -6 -5 -3 38 1 5 15 0 2 10 3 0 0 0 12 0 0 0 9 3 0 0 1 0.60 1.33 10 S 0 -2 -2 -2 -4 -3 -2 -1 -2 -5 -5 -3 -4 -4 -4 6 4 -3 -4 -4 6 2 1 1 0 0 2 3 1 0 0 0 0 1 0 60 24 0 0 0 1.09 1.34 11 W -4 4 -3 -5 -5 -1 -4 -5 5 -2 2 -2 -3 -3 -3 -3 -3 9 -2 -2 1 22 1 0 0 3 0 0 14 2 23 2 0 0 1 1 1 26 0 3 1.13 1.37 12 K -3 1 -1 -3 -5 1 3 -5 -4 1 -3 4 -3 -5 -4 0 1 -5 -2 1 1 6 2 1 0 4 18 0 0 7 2 32 0 0 0 6 9 0 2 10 0.55 1.36 13 V -1 -3 -5 -2 -4 -1 -1 -6 -5 2 1 -1 1 -1 -2 -3 -1 -5 -4 5 3 1 0 2 0 4 4 0 0 9 11 5 2 2 2 1 3 0 0 51 0.71 1.37 14 H -3 -3 1 -2 -4 -3 -4 -3 3 2 3 -1 -1 0 -3 -2 1 -4 3 1 2 1 8 2 0 0 0 2 7 11 27 3 1 3 1 2 11 0 11 8 0.38 1.36 15 V 1 -2 0 -4 -3 -3 -4 -2 1 3 -2 -2 -2 -1 -2 -2 -2 -5 -2 5 12 2 4 0 0 1 0 3 4 15 2 2 0 3 2 2 2 0 1 45 0.62 1.30 16 A 0 -3 -1 4 -5 -1 2 -2 -3 -5 -4 1 -3 -5 5 -1 -3 -5 -5 -3 9 1 2 23 0 1 11 3 0 0 1 8 0 0 32 3 1 0 0 2 0.83 1.31 17 P 0 0 -4 -1 -4 -1 2 -4 -2 0 -2 -2 -3 -4 4 -2 -1 -5 -2 4 8 4 0 4 0 3 13 0 1 3 3 1 0 0 19 1 3 0 2 33 0.52 1.32 18 E 1 -2 1 2 -5 -2 2 4 -4 -5 -4 0 -1 -5 -3 1 -1 -5 -2 -3 11 2 6 11 0 1 13 30 0 0 1 5 2 0 1 11 3 0 2 1 0.50 1.33 19 D 0 0 0 2 -5 4 1 -1 -3 -3 -4 2 -3 -5 -2 1 1 -5 -3 -2 8 5 5 13 0 18 7 4 0 1 1 13 1 0 2 10 10 0 1 3 0.38 1.35 20 R -2 5 -4 -5 -5 0 -2 -5 2 -2 3 1 -3 -2 -1 -2 -4 0 -2 -3 3 40 0 0 0 3 2 0 5 2 28 7 0 1 3 3 0 1 1 1 0.74 1.39 21 P -1 -4 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 -4 -2 -5 -2 8 -1 -3 -6 -5 -3 5 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1 2 0 2 80 4 0 0 0 2 2.13 1.38 22 T 2 2 -1 2 -4 0 -1 -1 3 -4 -4 2 -1 -5 -1 1 2 -5 -4 -1 15 13 2 11 0 3 3 4 6 0 1 11 1 0 3 8 14 0 0 4 0.32 1.39 23 Q -2 2 -2 -3 1 2 1 1 2 -5 -3 4 -4 -5 0 -1 0 -5 -3 -4 3 10 1 1 3 8 10 11 6 0 2 32 0 0 4 4 5 0 1 1 0.53 1.40 24 Q -1 -4 -3 -2 -5 0 -2 -4 -2 1 -1 1 -1 -5 7 -3 -4 -5 -2 0 5 0 1 3 0 5 2 1 1 10 5 9 2 0 48 0 0 0 2 6 1.02 1.40 25 M 1 -2 -3 -3 -4 2 -1 -2 -4 1 1 -1 4 -4 -2 -2 1 -5 -4 3 12 2 1 1 0 10 5 3 0 7 12 4 11 0 2 1 9 0 0 21 0.34 1.40 26 N -3 -2 3 -2 -5 -2 -3 -3 4 0 0 -1 -2 4 -5 -2 -1 2 3 -2 2 2 18 2 0 1 1 2 12 5 8 4 1 18 0 2 5 3 12 3 0.53 1.36 27 D 0 -2 2 4 -2 -1 -1 0 -1 -2 -3 1 -4 -5 -3 3 1 -5 -4 -2 8 2 8 22 1 2 3 6 2 2 3 9 0 0 1 22 8 0 0 3 0.39 1.31 28 W 2 0 -2 0 -4 -3 -2 -2 1 1 0 1 0 -2 2 -1 -1 1 0 0 16 6 2 6 0 0 3 2 4 8 10 9 2 1 12 4 3 2 4 6 0.16 1.32 29 D -3 -3 4 7 -5 -1 -1 -2 0 -5 -6 -1 -5 -5 -3 -2 -1 -6 -2 -5 1 0 19 59 0 3 2 2 2 0 0 4 0 0 1 2 3 0 2 0 1.28 1.28 30 L -2 -1 -1 -1 -4 -4 -2 2 -4 2 1 -3 0 -2 3 -2 -2 5 -2 1 2 4 3 4 0 0 2 15 0 12 12 1 2 1 17 2 2 9 1 11 0.39 1.24 31 E 0 0 1 2 -4 0 1 0 0 -4 0 3 2 -4 -3 -1 -2 -5 -1 -2 8 5 6 12 0 4 8 6 2 0 8 22 5 0 1 4 2 0 2 2 0.27 1.21 32 N -3 -1 6 5 -4 0 0 -2 -1 -3 -4 -1 -2 -3 -2 -1 -1 -5 -2 -3 2 3 36 29 0 4 4 1 1 2 2 2 1 1 2 4 4 0 1 2 0.80 1.19 33 L -4 -3 -5 -5 -4 -3 -5 -5 -4 3 5 -2 2 1 -5 -4 -2 -4 0 2 0 1 0 0 0 1 0 0 0 15 54 2 4 5 0 0 2 0 3 11 0.82 1.19 34 F 0 -4 -4 -5 -1 -4 -4 2 -1 1 0 -4 2 5 -5 -3 -1 -2 4 0 7 0 0 0 1 0 0 16 2 8 8 0 7 28 0 0 4 0 13 5 0.62 1.19 35 S 1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -1 -4 2 1 -4 0 2 -4 0 -2 -4 0 4 10 0 0 0 0 0 0 6 0 11 14 0 2 10 0 8 2 0 4 32 0.46 1.18 36 V -1 -5 -5 -5 -1 -3 -5 -5 -5 2 -1 -4 0 -2 -5 -1 1 -1 -4 6 4 0 0 0 1 1 0 0 0 10 3 0 2 2 0 5 7 1 0 62 0.98 1.30 37 T 1 -4 -1 -5 2 -4 -4 -4 -5 3 -2 -4 2 -4 -4 -2 3 -5 -1 4 14 0 4 0 4 0 0 0 0 17 1 0 4 0 0 2 23 0 2 27 0.64 1.34 38 L 0 -3 2 0 -2 -1 5 -2 -3 -2 1 -3 -1 -4 -2 -1 -3 -5 -4 -1 8 0 11 5 1 1 42 2 0 2 15 0 1 0 1 5 0 0 0 4 0.58 1.32 39 R 0 6 -1 -4 -5 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -5 -4 1 0 -5 -2 -3 8 48 2 0 0 2 1 6 1 3 5 2 1 0 0 12 4 0 1 2 0.74 1.35 40 D 1 -1 0 5 -5 -1 2 3 -1 -5 -4 -2 -5 -5 -2 -1 -1 -5 -5 -5 12 4 3 29 0 2 15 23 1 0 2 1 0 0 2 2 3 0 0 0 0.66 1.33 41 A 2 -1 3 4 -5 -1 0 -1 -1 -3 -5 -1 -2 -5 -2 1 0 -5 0 -3 15 3 13 23 0 2 6 4 1 2 0 4 1 0 2 12 6 0 4 2 0.42 1.32 42 G 1 -1 2 1 -4 -3 -1 4 5 -5 -5 -3 -4 -2 -4 0 -3 -5 -3 -4 14 3 11 7 0 0 4 34 15 0 0 0 0 2 0 7 0 0 0 0 0.69 1.20 43 Q 0 2 -1 -2 -4 2 1 -2 4 -4 -3 2 -3 -2 -4 2 1 -5 -1 -2 7 10 2 2 0 10 9 2 11 0 2 10 0 2 0 19 11 0 2 2 0.38 1.21 44 I 1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -2 -4 3 2 -4 2 0 -4 -3 -1 -4 0 4 12 0 0 0 0 0 0 4 0 15 17 0 5 4 0 0 4 0 4 34 0.59 1.18 45 A 1 -1 -1 0 0 3 -1 -1 -4 -1 -2 -1 0 -2 -4 2 2 1 -4 1 13 2 2 5 2 13 2 3 0 2 4 2 2 2 0 15 15 2 0 11 0.25 1.22 46 L -1 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 2 -1 2 4 -5 -4 -3 -4 1 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 26 14 4 4 16 0 0 0 0 4 25 0.69 1.22 47 I -4 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 6 2 -5 2 0 -6 -5 -4 2 -1 3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 49 17 0 5 3 0 0 0 3 2 22 1.16 1.50 48 D -4 -4 2 7 -6 -1 2 -3 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -4 -7 -6 -6 0 0 9 70 0 2 14 2 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.65 1.48 49 G -1 -2 0 -2 -4 0 -3 4 -2 -2 -1 -3 0 -4 -1 0 4 -5 -3 -2 5 2 4 2 0 5 1 30 1 2 6 1 3 0 3 6 26 0 1 3 0.50 1.47 50 S 1 0 -1 4 -5 0 1 -2 0 -4 -4 2 -2 -5 -3 1 1 -6 -2 -3 14 4 3 25 0 4 8 2 3 1 1 11 1 0 0 12 9 0 1 1 0.45 1.48 51 T -1 2 1 -2 -1 -2 -1 -1 0 -5 -4 1 -4 -5 -3 2 5 -6 -5 -4 4 11 6 1 1 1 3 5 2 0 1 7 0 0 1 16 40 0 0 0 0.68 1.61 52 Y -2 2 2 0 -5 -1 -3 0 3 -4 0 2 2 3 -2 -2 -3 0 1 -4 3 12 10 5 0 2 1 7 6 0 11 14 4 11 2 2 1 1 4 0 0.32 1.59 53 E 0 1 -1 -1 -5 2 4 -3 -2 -3 -4 4 -4 -3 -4 -1 2 -5 -5 -3 9 7 2 3 0 8 25 1 1 2 1 23 0 1 0 4 11 0 0 1 0.58 1.58 54 I -2 -1 -4 -4 -2 -1 -2 -5 -3 3 1 -1 -1 -3 1 -3 -2 -5 -4 4 3 4 1 1 1 2 2 0 1 19 14 5 1 1 8 1 2 0 0 34 0.58 1.57 55 K 0 -1 -3 -4 -4 -4 -2 -2 -2 3 2 1 -1 -2 -5 -3 -1 1 -2 3 7 3 1 1 0 0 3 4 1 19 20 9 1 1 0 1 4 2 1 23 0.44 1.62 56 T 2 2 0 0 -5 -1 -1 2 5 -5 -4 1 -5 -3 -5 0 1 -6 -1 -3 16 10 5 6 0 2 3 17 13 0 1 8 0 1 0 7 8 0 2 2 0.42 1.62 57 V -3 4 -2 -2 -5 -1 0 -5 0 3 -2 0 0 -3 -3 -1 3 -6 -3 1 1 22 2 3 0 2 7 0 3 19 2 5 2 1 1 3 17 0 1 11 0.47 1.62 58 L -2 -3 -5 -3 -5 -3 1 -3 -2 5 1 -5 -2 4 -3 -3 -1 -5 -3 2 2 1 0 1 0 1 10 2 1 30 13 0 0 16 2 1 3 0 0 15 0.61 1.60 59 D 1 -2 1 2 -5 0 0 2 -1 -4 -4 1 -5 -5 4 -1 -1 -5 0 -4 10 1 5 12 0 5 5 18 1 1 1 10 0 0 20 4 3 0 4 1 0.46 1.58 60 T -1 -4 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -2 -1 2 -4 1 1 -5 2 4 -5 -4 3 5 0 0 0 0 0 1 1 1 2 20 0 3 5 0 13 27 0 0 20 0.58 1.58 61 G -2 1 -1 -2 -5 -2 -3 6 3 -6 -6 -2 -5 -6 0 -2 -4 -5 -5 -4 1 7 2 2 0 1 1 69 7 0 0 2 0 0 4 2 0 0 0 1 1.36 1.58 62 Y -1 1 2 3 -6 -1 0 -2 3 -4 -4 1 -2 3 -2 -2 -2 -4 4 -3 4 7 10 18 0 2 6 2 6 1 1 9 1 11 2 3 2 0 14 2 0.46 1.67 63 A 4 0 -1 0 -4 -2 0 0 -3 -3 1 -1 1 -2 -3 0 -2 -5 -2 -2 34 5 3 6 0 2 5 7 1 1 14 4 4 1 1 6 2 0 2 3 0.33 1.67 64 V -2 -2 0 -4 -5 -4 -4 -5 2 -2 0 -3 -4 -3 6 1 -1 -6 -4 2 2 2 4 0 0 0 0 0 5 2 8 1 0 1 40 13 3 0 0 18 0.91 1.66 65 H -2 0 -2 -3 -1 -1 1 -1 9 -3 -4 -3 -2 0 -5 -3 -3 -2 0 -1 3 4 1 1 1 3 10 4 54 1 1 1 1 4 0 1 1 1 2 6 1.39 1.71 66 I 2 -3 -1 -3 -2 0 0 4 -1 2 -3 -4 0 -2 -4 -1 -1 -5 -4 1 14 2 2 1 1 5 7 29 1 12 2 0 2 2 0 4 3 0 0 11 0.41 1.65 67 S 0 -5 -3 -4 -2 -3 -4 -1 -2 3 2 -4 2 1 -2 2 0 -5 -2 2 7 0 1 1 1 1 0 6 1 17 16 0 5 7 2 14 5 0 1 16 0.37 1.67 68 R 2 3 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -4 -1 -4 3 -1 0 -4 -2 0 0 -1 2 18 15 1 3 1 1 3 2 0 3 0 18 1 4 0 2 7 1 2 17 0.38 1.68 69 L -1 -5 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -2 2 1 -3 1 6 -3 -3 -1 0 3 2 5 0 0 0 0 0 1 1 1 10 13 2 3 31 1 2 4 1 10 14 0.71 1.68 70 S 0 -3 1 0 -4 -2 -3 -1 2 -4 -5 -2 -4 -5 -4 5 2 -1 -2 -2 5 1 6 5 0 1 1 4 5 1 0 2 0 0 0 50 14 1 1 2 0.81 1.68 71 A 1 2 -2 -3 -5 -2 -1 -3 -1 -5 -4 0 -5 -4 7 -1 -3 0 -3 -4 10 11 1 1 0 2 4 1 2 0 2 7 0 1 51 3 1 1 1 1 1.18 1.70 72 S -2 -3 3 7 -2 -1 0 -1 0 -6 -6 -2 -5 -6 -5 1 -2 -7 -5 -6 3 1 12 55 1 2 4 4 2 0 0 2 0 0 0 11 1 0 0 0 1.22 1.73 73 G -1 -2 -1 -1 -5 -1 0 6 -4 -6 -4 -3 -5 -4 0 -2 -3 -5 -5 -5 3 2 3 4 0 2 6 67 0 0 2 1 0 1 4 2 1 0 0 0 1.25 1.70 74 R -1 6 -1 -1 -2 -1 -2 -3 -1 -5 -4 3 -4 -5 -2 -1 -1 -2 -4 -4 5 49 3 4 1 2 2 2 1 0 2 17 0 0 2 4 4 1 0 1 0.97 1.64 75 Y -4 1 -2 -3 -5 -2 -1 -5 1 -3 -1 0 -1 4 -5 -1 -1 6 6 -3 1 9 2 1 0 1 4 0 3 1 5 6 1 14 0 4 4 9 31 2 0.86 1.70 76 L 3 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -1 -5 2 2 -4 1 1 -5 -2 -2 2 -3 3 25 0 0 0 0 0 0 4 0 9 18 0 4 6 0 2 2 3 0 26 0.55 1.30 77 F -3 -5 -5 -6 0 -4 -5 -6 0 -1 -1 -5 0 4 -6 -2 -1 4 8 -2 2 0 0 0 2 0 0 0 2 3 5 0 2 15 0 2 3 6 56 2 1.45 1.33 78 V -1 -5 -1 -5 1 -5 -5 -2 -5 2 0 -5 1 2 -5 -1 0 -5 -4 5 3 0 4 0 3 0 0 3 0 8 5 0 3 7 0 4 6 0 0 52 0.79 1.44 79 I 2 -2 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