Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -2 1 -2 -2 -5 3 3 -3 4 -5 -4 5 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 2 0 0 0 15 17 0 10 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.61 2 Q 0 -2 -2 1 -4 3 5 -4 -2 -4 -2 1 -3 -5 -3 0 1 -5 -4 -4 6 0 0 5 0 14 52 0 0 0 4 7 0 0 0 4 8 0 0 0 0.77 0.72 3 S -1 -1 -2 -1 -3 0 -2 -1 -3 -2 -3 -2 -1 -4 -3 1 6 -4 -4 -2 2 2 0 2 0 5 0 4 0 1 1 0 2 0 0 9 72 0 0 0 0.95 0.76 4 P 0 -2 -1 0 -4 1 1 -2 -3 -2 -4 3 -3 -4 1 3 3 -5 -4 -2 5 0 1 4 0 4 8 2 0 3 0 20 0 0 5 25 20 0 0 2 0.42 0.79 5 Y -3 -4 -1 -5 -4 -3 -4 -5 1 0 -1 -4 -2 1 -5 -3 0 -1 8 2 0 0 3 0 0 0 0 0 3 6 3 0 0 3 0 0 7 0 60 15 1.15 0.79 6 P 1 0 -2 -2 -4 1 2 -3 -3 -2 -3 5 -3 -5 -2 0 2 -5 -3 -2 11 2 0 0 0 5 14 0 0 2 1 44 0 0 1 4 13 0 1 3 0.62 0.86 7 M -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 3 -4 7 -2 -5 -4 -1 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 26 0 32 0 0 0 3 0 0 21 0.94 0.87 8 P -1 -4 -2 -1 -5 -2 1 -2 -4 -5 -5 -1 -4 -6 8 -2 -2 -6 -5 -4 4 0 1 2 0 1 8 2 0 0 0 2 0 0 75 1 1 0 0 0 1.86 0.89 9 S -2 -3 4 6 -5 -2 1 -3 -3 -5 -5 0 -4 -5 -3 2 -2 -6 -5 -5 1 0 23 46 0 0 6 0 0 0 0 7 0 0 0 17 0 0 0 0 1.02 0.88 10 V -2 -4 -3 -5 -3 -4 -5 -5 -3 2 1 -4 1 4 -5 -4 -1 3 4 4 2 0 1 0 0 0 0 0 0 8 11 0 2 16 0 0 4 5 17 34 0.70 0.88 11 K -1 1 -1 -2 -4 0 1 -4 -3 2 -1 3 -2 -4 -4 -2 2 -5 -4 2 3 7 2 2 0 2 12 0 0 13 3 22 0 0 0 1 14 0 0 20 0.38 0.88 12 D -2 -4 3 3 -5 -3 -1 6 -3 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -5 0 0 18 16 0 0 2 62 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.25 0.88 13 I -3 0 -1 -1 -5 4 1 -4 -3 0 0 5 2 -1 -4 -1 -2 -4 -1 -3 0 1 1 2 0 19 9 0 0 6 7 40 7 2 0 2 2 0 2 0 0.59 0.88 14 S 0 -2 2 2 -4 0 0 -2 -3 -4 -5 0 -4 -5 0 4 1 -5 -4 -3 6 1 12 13 0 3 6 2 0 0 0 4 0 0 5 40 8 0 0 1 0.57 0.88 15 P 0 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 0 -2 -2 -3 -4 6 0 3 -5 -4 1 8 1 0 0 0 0 0 0 0 6 3 1 0 0 39 5 25 0 0 12 0.91 0.88 16 G -1 -3 1 3 -4 2 -1 4 -3 -5 -5 0 -4 -5 -4 1 -1 -5 -4 -3 4 0 5 15 0 12 2 38 0 0 0 6 0 0 0 13 4 0 0 2 0.64 0.88 17 D -1 -1 0 4 -4 0 3 -2 -1 -2 -4 2 -4 -5 -3 1 1 -5 -4 -2 4 2 4 26 0 3 20 3 1 2 0 13 0 0 0 8 11 0 0 3 0.50 0.88 18 L 5 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -1 0 -3 -1 0 -3 -1 2 -4 -1 2 52 0 0 0 0 0 0 0 0 3 8 0 1 5 0 2 14 0 2 13 0.61 0.88 19 A 4 -1 -1 -3 -3 1 1 -3 -3 -1 -2 1 -3 -4 -3 2 1 -5 -4 0 37 2 2 0 0 6 9 0 0 3 3 9 0 0 0 15 8 0 0 7 0.41 0.88 20 E 0 -1 1 5 -5 0 3 -2 -3 -4 -5 2 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -3 9 2 6 32 0 2 25 1 0 1 0 14 0 0 0 3 4 0 0 1 0.68 0.88 21 E 0 -2 0 1 -4 2 4 -3 -3 -4 -2 2 -3 -5 -3 1 1 -5 -2 -3 7 0 3 7 0 8 36 1 0 0 4 14 0 0 0 10 9 0 1 1 0.54 0.88 22 L -1 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -5 2 5 -4 2 0 -5 -4 -3 -4 -3 1 7 0 0 0 0 0 0 0 0 7 72 0 4 2 0 0 0 0 0 9 0.98 0.88 23 R -3 5 2 -3 -5 1 0 -3 0 -5 -3 3 -3 -5 -4 0 1 -5 -4 -4 0 42 8 0 0 6 5 2 2 0 1 18 0 0 0 6 10 0 0 0 0.78 0.88 24 R 0 4 -1 0 -5 3 2 -1 -2 -5 -4 3 -3 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -3 7 29 1 4 0 13 13 4 0 0 0 23 0 0 0 4 0 0 0 1 0.67 0.88 25 N 0 0 5 -2 -4 2 -1 -3 1 -2 -1 3 -3 -4 -4 0 0 -5 -2 -4 7 4 36 0 0 9 1 0 3 2 7 18 0 0 0 5 6 0 1 0 0.57 0.88 26 L -3 -3 1 0 -4 -3 -3 3 -4 -1 3 0 -2 0 -4 0 -3 -4 -3 -2 0 0 7 5 0 0 0 26 0 3 37 6 0 4 0 10 0 0 0 2 0.45 0.88 27 V -1 -4 -5 -3 -3 -4 -3 -5 -5 2 4 -4 1 -2 -5 -3 -2 -4 -2 4 3 0 0 1 0 0 2 0 0 11 38 0 2 0 0 1 1 0 1 40 0.77 0.88 28 Q -2 -1 2 0 -5 5 2 -4 4 -3 -4 1 -3 -5 -3 0 0 -5 -3 -1 2 2 8 5 0 38 10 0 13 1 0 6 0 0 0 6 5 0 0 4 0.71 0.88 29 P -1 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -3 -4 7 -2 -2 -5 0 2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 66 2 1 0 4 20 1.60 0.88 30 I -2 -4 -4 -4 -3 -4 -1 -3 -5 5 -1 -4 -1 -3 -4 -2 1 -5 -3 4 2 0 0 0 0 0 5 2 0 43 0 0 0 0 0 2 9 0 0 36 0.83 0.88 31 V -2 -3 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 0 -4 -1 -3 -2 -2 1 -5 -3 6 0 2 0 0 0 0 0 0 0 20 3 0 0 0 2 3 9 0 0 61 0.93 0.88 32 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 5 3 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -4 -3 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 42 30 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0.98 0.88 33 G -2 -4 -2 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.01 0.88 34 T -2 -3 5 3 -4 -1 0 -3 -3 -4 -4 0 -4 -5 -3 2 3 -5 -4 -3 0 0 28 17 0 1 5 0 0 0 1 4 0 0 0 17 25 0 0 1 0.72 0.88 35 G -2 -4 -2 -1 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -2 -5 -5 -5 0 0 0 2 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1.88 0.88 36 T 0 -2 1 3 -4 -1 2 -1 -3 -4 -5 2 -4 -5 -3 3 2 -5 -4 -4 6 1 6 16 0 1 13 3 0 0 0 12 0 0 0 28 15 0 0 0 0.53 0.88 37 K -3 1 1 -2 -5 2 1 -4 -2 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 0 -5 -4 -3 0 3 6 0 0 7 7 0 0 0 0 70 0 0 0 1 4 0 0 2 1.08 0.87 38 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 -1 -5 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 1.26 0.87 39 K -1 0 -3 -3 -4 -2 1 -4 -3 0 -2 5 -3 -4 -3 0 3 -5 -4 2 2 3 0 0 0 0 7 0 0 5 3 39 0 0 0 5 20 0 0 16 0.54 0.87 40 N 1 1 0 -2 -4 2 1 -3 -1 -5 -4 5 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 14 4 5 1 0 9 8 0 1 0 0 50 0 0 0 8 1 0 0 0 0.75 0.87 41 S -2 -2 -3 -3 -4 6 -1 -4 -3 0 -1 -2 3 -4 -4 0 0 -4 -3 2 1 0 0 0 0 50 0 0 0 5 4 0 8 0 0 6 6 0 0 19 0.79 0.87 42 S -1 -3 -1 -1 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -4 -3 6 -1 -4 0 -3 0 0 1 3 0 0 0 0 0 1 4 0 0 0 0 87 0 0 4 0 1.14 0.87 43 A -1 -3 -4 -4 -3 0 -2 -4 0 2 -2 1 -2 -4 3 -2 0 -5 -3 4 5 0 0 0 0 5 2 0 3 11 2 8 0 0 17 1 4 0 0 41 0.58 0.87 44 E 2 -1 -2 0 -4 1 3 -3 -3 -4 -3 3 -3 -5 0 2 1 -5 -4 -4 15 2 1 5 0 4 18 0 0 0 2 25 0 0 4 15 8 0 0 0 0.46 0.87 45 E 3 -2 -1 -3 -4 0 2 -2 -1 -2 -4 2 -3 -5 2 1 -1 -5 -4 0 32 0 2 0 0 3 16 1 1 2 0 15 0 0 11 9 3 0 0 6 0.44 0.87 46 G -2 -4 1 1 -5 -3 -3 6 -4 -6 -6 -1 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 0 0 7 7 0 0 1 80 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 1.47 0.87 47 K 0 -1 -1 0 -4 0 2 -3 -3 -4 -4 2 -1 -5 -3 2 4 -5 -4 -3 7 1 1 3 0 4 17 0 0 0 0 13 1 0 0 17 35 0 0 0 0.59 0.87 48 N -2 0 4 0 -5 -1 1 -3 -2 -3 -4 5 -3 -5 -3 0 1 -5 -4 -3 1 2 25 3 0 0 10 1 0 2 0 42 0 0 0 6 8 0 0 2 0.74 0.87 49 L -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 2 4 -4 1 -2 -5 -3 -2 -4 -3 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 11 46 0 3 0 0 2 1 0 0 37 0.88 0.87 50 A 1 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -3 -1 1 3 2 3 -3 -4 0 1 -4 -1 -1 11 1 2 2 0 1 2 2 1 7 29 13 7 0 0 6 9 0 3 3 0.25 0.87 51 P 3 -2 -2 -2 -4 -1 2 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -5 4 1 0 -5 -2 -1 29 1 1 1 0 2 16 0 0 1 0 3 0 0 24 11 5 0 1 4 0.60 0.87 52 N -2 -1 7 0 -5 -2 -2 3 2 -5 -5 0 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -5 2 2 60 3 0 0 0 21 4 0 0 5 0 0 0 3 2 0 0 0 1.13 0.87 53 Q -2 -1 -1 -1 -5 6 4 -2 -1 -5 -5 0 -3 -5 -3 1 -1 -5 -4 -4 2 1 1 1 0 41 33 2 1 0 0 2 0 0 0 13 3 0 0 0 0.94 0.87 54 Q -3 5 -2 -3 -5 5 -1 -4 0 -5 -4 4 -3 -5 -1 -2 -2 -5 -4 -4 0 31 0 0 0 37 0 0 2 0 0 26 0 0 2 0 2 0 0 0 1.08 0.87 55 V -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 5 1 -5 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 9 0 0 0 0 0 0 0 0 59 1.13 0.87 56 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -4 3 5 -5 3 3 -5 -4 -3 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 58 0 6 13 0 0 0 0 2 5 0.93 0.87 57 I -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 3 5 -5 1 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 21 66 0 3 0 0 0 0 0 0 9 1.04 0.87 58 L -1 -3 -3 -5 -3 -1 -4 -5 -4 1 5 -2 2 -2 -5 -4 -1 2 -1 2 3 1 2 0 0 3 0 0 0 5 59 2 6 0 0 0 3 3 2 13 0.70 0.86 59 S 0 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 7 -5 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 86 0 0 0 1.36 0.86 60 D -3 -3 5 6 -5 -2 0 2 -2 -5 -6 -2 -5 -5 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 31 52 0 0 3 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.25 0.84 61 K -2 1 -1 -2 -5 4 2 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 3 0 0 0 26 13 0 0 0 0 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0.93 0.51 K Lambda Standard Ungapped 0.1283 0.3065 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1962 0.3175 PSI Gapped 0.0601 0.2670