Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -3 -2 -2 3 -6 3 6 -4 -2 -6 -5 -2 -4 -6 -4 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 17 0 13 71 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.48 1.09 2 R -3 8 -3 -4 -6 -2 -3 -5 -3 -5 -4 1 -2 -1 -3 -3 -4 -5 -4 -5 1 88 0 0 0 0 0 0 0 0 1 5 1 3 1 0 0 0 0 0 1.83 1.21 3 G -2 -3 -3 -2 -5 -4 -3 7 -5 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -6 -4 2 1 0 1 0 0 1 91 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1 1.89 1.25 4 N 2 1 0 0 -5 0 3 -1 -3 -5 -4 1 -1 -5 2 0 1 -6 -5 -3 16 8 4 4 0 2 22 4 0 0 1 10 2 0 11 6 8 0 0 1 0.42 1.28 5 I -1 -1 -5 -4 -4 -2 -3 -6 -2 2 5 -4 -1 -3 1 -4 -2 -1 -2 2 4 4 0 1 0 1 2 0 1 10 53 1 0 0 7 1 2 1 1 13 0.70 1.28 6 V -2 1 -2 -4 -4 3 -2 -4 1 1 3 0 0 -2 -3 -3 -2 -5 -4 2 2 9 2 0 0 16 2 1 4 8 28 7 2 2 1 1 1 0 0 14 0.41 1.28 7 Q 0 4 0 1 0 2 2 1 2 -5 -4 1 -2 -5 -3 1 -1 -5 -4 -4 7 25 4 6 2 9 13 9 4 0 1 6 1 0 1 9 2 0 0 1 0.46 1.25 8 M 0 2 -3 -5 2 0 -2 -3 -2 4 0 -1 0 -2 -2 -1 0 -5 -4 3 6 11 1 0 4 4 2 2 1 22 9 4 2 1 2 4 5 0 0 18 0.32 1.23 9 R -2 4 -1 -1 1 1 1 -1 2 -4 -4 1 -2 -1 -4 2 -1 1 2 -4 3 27 2 3 3 5 7 4 5 0 0 7 1 2 0 16 4 2 8 0 0.45 1.23 10 G 4 -4 -4 -4 -1 -4 -4 4 -4 -2 -1 -4 -3 -1 -4 0 -2 -5 -4 1 39 0 0 0 1 0 0 30 0 1 7 0 0 3 0 5 1 0 0 13 0.71 1.17 11 E -2 1 -3 -3 -2 0 2 -4 -1 2 1 1 -1 0 -4 -1 2 -1 1 1 2 7 0 1 1 3 16 1 2 11 12 8 1 4 0 4 15 1 4 9 0.23 1.19 12 V 5 -4 -3 -4 3 -3 -1 -2 -4 -2 -4 -3 -3 -5 -4 3 0 -5 -4 1 50 0 0 0 7 0 4 2 0 1 0 0 0 0 0 21 5 0 0 9 0.79 1.14 13 L 1 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -3 3 1 3 -4 0 1 -5 0 -1 2 3 2 10 1 0 0 0 1 0 2 7 9 29 0 2 4 0 7 4 2 9 14 0.41 1.14 14 L 1 -4 -1 -4 0 -4 0 -4 -2 1 0 -4 1 -1 -4 0 0 -5 -2 5 15 0 2 0 2 0 6 0 1 5 7 0 4 2 0 8 6 0 1 41 0.50 1.16 15 A 4 -4 -3 -4 0 -1 -2 1 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -1 3 1 -5 -2 -1 40 0 0 0 2 2 1 8 0 0 5 0 0 0 3 25 10 0 1 3 0.61 1.16 16 G 1 0 4 0 -5 -1 0 3 1 -5 -2 -2 -1 -5 -4 0 -3 -5 -4 -4 10 5 26 5 0 1 7 28 3 0 6 1 1 0 0 6 0 0 0 0 0.59 1.15 17 V -1 -5 -5 -5 -4 -4 -3 -6 -5 3 5 -5 -1 -2 -5 -3 -3 -4 -4 2 6 0 0 0 0 0 2 0 0 16 62 0 0 0 0 2 0 0 0 12 0.96 1.14 18 P -1 -1 -3 2 -5 -2 -1 -4 -1 -5 -5 -2 -5 -6 7 -1 -2 -6 -5 -4 4 3 0 12 0 2 2 0 1 0 0 2 0 0 67 5 1 0 0 1 1.67 1.14 19 R 1 2 -1 2 -5 0 0 0 -1 -3 0 -2 -1 1 0 1 -2 0 1 -3 13 14 2 10 0 3 6 7 1 1 10 2 1 7 5 9 1 1 4 1 0.16 1.20 20 H 0 -1 1 2 -5 0 0 -1 7 -5 -5 0 -4 -1 -4 2 -2 -5 -2 -5 7 2 5 11 0 4 4 4 34 0 0 6 0 3 0 19 2 0 0 0 0.79 1.11 21 V -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 6 0 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 5 0 0 0 0 0 0 0 0 42 1.33 1.10 22 A 5 -2 -4 -4 1 -4 -4 2 -4 -1 -3 -3 -4 -5 2 0 -2 -5 -5 -2 57 2 0 0 2 0 0 16 0 3 2 0 0 0 10 4 2 0 0 2 0.86 1.24 23 E -1 1 -2 -1 0 4 4 -4 1 -3 -3 1 -1 -3 -4 -2 -1 -5 -2 0 4 6 1 3 2 21 35 0 3 1 2 7 2 1 0 1 4 0 1 6 0.62 1.24 24 R -4 8 -3 -4 -5 -1 -2 -2 -3 -5 -4 1 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -5 0 87 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 3 0 0 0 0 1.81 1.20 25 E 0 -2 -3 -2 -5 4 6 -4 -3 -2 -4 -1 3 -2 -4 -3 -3 -4 -4 -4 7 0 0 0 0 21 54 0 0 2 0 2 9 2 0 0 0 0 0 0 1.07 1.19 26 I 3 -1 -2 -5 2 -2 -4 -4 -4 1 3 0 3 0 -4 -2 -2 -4 -3 2 23 3 2 0 4 2 0 0 0 5 28 5 6 3 0 2 1 0 0 12 0.42 1.20 27 A 2 1 0 2 -4 1 3 -2 1 -3 -2 2 0 -5 -4 0 -2 -5 -4 -3 17 7 3 9 0 7 19 3 3 1 3 16 3 0 0 6 2 0 0 1 0.36 1.20 28 T 2 4 -3 -4 -1 2 -1 0 -1 -2 -2 -1 0 -4 -4 -1 1 -5 -2 1 18 23 0 0 1 12 3 6 2 1 3 2 3 0 0 4 9 0 1 11 0.38 1.24 29 L 3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -5 1 3 -4 1 0 -5 -3 -1 -5 -1 2 28 2 0 0 1 0 0 2 0 6 33 0 2 3 0 0 3 0 2 16 0.61 1.38 30 A 2 3 -2 -1 -2 1 1 0 -2 -3 1 2 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -4 16 17 1 3 1 6 11 8 1 1 13 11 1 0 0 9 1 0 0 0 0.33 1.38 31 G 1 2 2 0 -2 2 3 0 -3 -5 -3 3 -4 -5 -3 -2 -2 -2 -3 -3 13 12 8 5 1 7 17 7 0 0 2 19 0 0 1 2 2 1 1 1 0.44 1.38 32 S 1 4 -3 -2 -5 -1 -1 0 1 -2 1 2 -3 -3 -2 0 -2 -1 -2 -1 10 27 0 2 0 2 3 7 4 2 14 13 0 1 2 6 2 1 2 4 0.36 1.38 33 F -3 -4 -4 -4 3 0 -1 1 -4 1 4 -4 3 1 -4 -4 0 -4 1 0 1 0 0 0 6 5 5 12 0 6 36 0 6 6 0 0 5 0 5 5 0.47 1.45 34 S -1 -1 0 1 -4 0 0 1 4 0 -2 -1 -4 0 2 0 -1 -4 1 -2 4 4 4 8 0 3 7 11 9 6 3 4 0 4 11 7 4 0 6 3 0.19 1.45 35 L -2 -3 -3 -2 -5 1 1 0 -2 -2 2 -3 -1 -1 0 -3 -4 9 0 0 3 2 1 3 0 6 8 6 1 1 20 1 1 2 5 2 0 26 2 8 0.81 1.82 36 H 2 0 0 2 -5 -2 1 -4 2 -2 -2 -2 -4 -2 3 1 -1 -6 -3 0 17 5 5 10 0 1 11 1 4 3 4 2 0 2 15 10 3 0 1 7 0.30 1.83 37 E -1 0 -1 3 -5 1 3 -1 2 -3 -3 -2 -3 -5 3 -1 0 -2 -2 -1 6 4 2 15 0 6 21 6 6 1 3 1 1 0 13 4 5 1 2 4 0.40 1.83 38 Q 1 0 -1 2 0 2 3 0 -4 2 -1 0 -1 -3 -3 -2 -3 -5 -2 -2 12 6 2 11 2 9 18 6 0 12 6 6 1 1 1 2 1 0 1 3 0.27 1.83 39 N 0 1 0 0 2 3 3 -3 0 -1 -5 1 -4 -1 -2 0 0 -5 -2 -2 9 7 5 4 5 14 17 2 2 4 0 9 0 3 2 6 6 0 2 3 0.31 1.87 40 I -1 -1 -2 -5 2 -1 -3 -4 -1 2 3 -2 -1 0 -3 -3 -2 -1 -2 3 5 3 2 0 4 4 1 1 2 13 28 3 1 3 2 1 3 1 1 21 0.43 1.85 41 H -2 4 -1 -2 -1 1 3 -3 4 0 -2 0 -1 0 -5 -2 0 -6 -4 0 2 26 2 2 1 6 17 1 8 5 3 5 1 4 0 3 5 0 0 7 0.47 1.86 42 N -1 0 0 1 -1 1 3 0 2 0 -2 -2 -4 0 0 -1 2 -6 -2 0 5 5 4 7 2 5 19 6 4 6 4 2 0 3 5 3 11 0 1 6 0.19 1.89 43 L -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -4 -2 2 3 -1 -1 -2 -2 -2 1 -1 0 3 4 3 2 3 1 2 4 1 1 9 26 3 1 2 2 3 7 1 3 22 0.33 1.87 44 P -1 3 -1 0 -5 0 1 -3 1 -2 -3 -1 -4 -2 4 0 0 3 -1 -1 5 14 3 5 0 4 8 2 4 2 2 3 0 2 23 6 5 4 2 5 0.42 1.79 45 R -1 1 1 2 -5 2 0 -2 2 -1 -1 -1 1 -4 0 0 -1 -5 0 1 6 8 5 14 0 9 6 4 4 4 7 3 3 0 4 5 4 0 3 10 0.16 1.61 46 D 0 1 1 1 -4 1 1 0 3 -4 -4 1 -4 -5 1 0 1 -5 -4 0 8 8 7 8 0 7 8 8 7 0 1 8 0 0 8 8 8 0 0 8 0.24 1.34 47 Q 0 1 -3 -1 0 3 2 0 -1 2 -1 0 -3 -2 3 -2 -2 -5 -1 -2 7 7 0 2 2 13 12 8 2 14 6 4 0 1 13 2 2 0 3 2 0.25 1.27 48 G -1 -4 -3 -3 2 -4 -4 6 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -4 3 -2 -5 -5 -5 4 0 0 1 5 0 0 65 0 1 0 0 0 0 0 22 2 0 0 0 1.33 1.26 49 P -1 -2 -2 -3 -5 2 -1 -4 -1 -4 -5 -1 -4 -6 7 0 -3 -6 -5 -3 3 2 1 1 0 9 3 0 1 0 1 3 0 0 68 6 1 0 0 2 1.71 1.27 50 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -1 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 2.15 1.27 51 N 0 -3 7 -1 1 -3 -3 -3 -3 -3 -5 -3 -4 -4 -4 2 1 -5 -4 -4 9 0 57 1 3 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 16 10 0 0 1 1.17 1.24 52 T 2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 2 -4 2 -1 -4 -1 0 -4 0 1 -5 -3 3 19 0 0 0 1 1 0 18 0 10 6 0 1 4 0 7 9 0 1 24 0.44 1.24 53 V -2 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -5 4 4 -5 1 0 -5 -4 -1 -5 -3 3 3 0 0 0 2 0 0 0 0 21 45 0 3 4 0 0 3 0 0 19 0.88 1.27 54 S -2 -4 -5 -5 1 -1 -4 -4 1 -1 2 -4 4 4 -5 0 0 -3 2 2 3 0 0 0 3 3 0 1 3 1 21 0 12 20 0 7 5 0 7 15 0.54 1.27 55 L 1 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -4 -2 2 4 -5 0 -1 -5 -4 -3 -5 -4 3 15 0 0 0 1 0 0 1 1 11 51 0 1 1 0 0 0 0 0 18 0.85 1.27 56 E -1 1 -3 0 -4 1 2 -3 -4 -2 -1 1 -2 -3 -4 -1 3 5 -2 -1 6 8 0 5 0 6 16 1 0 1 8 8 1 1 0 3 22 8 1 5 0.38 1.26 57 V 3 -3 -5 -5 -1 -2 -5 -2 -5 1 2 -4 0 0 -5 -2 -2 0 1 3 25 1 0 0 1 1 0 3 0 7 23 0 2 3 0 2 2 1 4 23 0.50 1.33 58 E 1 1 -1 1 -5 2 4 -2 1 -2 -4 0 0 -5 -1 -2 0 -5 -3 0 11 8 3 8 0 7 31 3 3 2 0 6 2 0 3 1 6 0 1 6 0.43 1.32 59 S -2 -3 -1 -4 3 -1 -2 -1 6 -4 -3 -3 0 4 -5 1 -1 -2 6 -4 2 1 3 0 6 2 2 4 19 0 1 1 2 18 0 10 4 0 26 0 0.89 1.32 60 E -1 -2 -2 3 -3 1 6 1 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -1 -2 -2 -2 -5 -5 4 1 1 14 1 6 54 11 0 0 0 3 0 0 3 1 1 1 0 0 1.00 1.33 61 N -1 -1 4 -1 -1 2 -1 0 7 -5 -4 -1 -4 -3 -2 -2 1 -5 1 -4 5 2 22 3 1 10 4 6 27 0 1 2 0 1 2 2 7 0 4 1 0.75 1.31 62 I -2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 1 3 3 1 -3 0 -2 -5 1 1 -5 -1 3 2 1 1 0 1 1 0 10 9 15 12 1 1 1 0 12 7 0 2 24 0.41 1.31 63 T -2 0 -2 -4 1 1 -3 -3 -1 0 -1 -3 -3 -2 -2 0 5 -5 -4 0 2 6 1 0 3 7 1 1 2 6 6 0 0 2 2 6 48 0 0 6 0.63 1.17 64 E 2 -2 -1 -2 0 0 5 -2 -3 0 -1 -2 -2 -2 -4 -1 -1 -5 -4 -2 20 1 3 0 2 4 48 2 0 5 5 0 1 2 0 2 3 0 0 2 0.67 1.17 65 R -3 -2 -4 -5 2 -2 -4 3 -5 1 2 -4 1 -2 -5 -3 -2 -5 -4 4 0 2 0 0 5 2 0 26 0 6 17 0 4 1 0 1 2 0 0 32 0.60 1.16 66 F -2 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -2 -4 0 -1 -5 -2 8 -6 -2 -2 0 1 0 4 0 0 0 1 0 0 4 0 5 2 0 0 69 0 4 3 1 2 6 1.41 1.19 67 F 0 -4 -2 2 3 -2 0 0 -4 0 -4 -3 -2 0 -4 3 3 0 -4 -2 6 0 1 12 6 1 7 6 0 5 0 0 1 5 0 25 23 1 0 1 0.47 1.19 68 V 4 -4 -1 -4 1 0 -2 3 -1 -2 -3 -3 -4 -5 -4 2 -1 -5 -4 -1 43 0 2 0 2 5 2 19 1 2 2 0 0 0 0 17 2 0 0 3 0.66 1.19 69 V -4 -5 -5 -6 -2 -3 -5 -6 0 0 4 -5 0 6 -5 -4 -1 -3 1 1 0 0 0 0 1 1 0 0 2 3 43 0 1 32 0 0 4 0 5 8 0.98 1.19 70 G 0 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -5 5 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.03 1.19 71 E 1 2 -3 -1 -5 3 5 -4 -3 -5 -4 1 -2 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -3 10 12 0 2 0 15 46 0 0 0 1 9 1 0 0 2 1 0 0 1 0.87 1.19 72 K -2 5 -1 -4 -5 -1 -3 -5 -1 -1 0 3 2 -3 0 -2 -3 -5 -2 0 3 32 2 0 0 2 0 0 2 3 10 23 5 1 5 2 1 0 2 9 0.58 1.19 73 R -2 2 -1 -2 -5 -3 -4 6 -4 -6 -5 -1 -2 -5 -4 0 -3 -5 -5 -5 2 13 3 1 0 0 0 69 0 0 1 4 1 0 0 5 1 0 0 0 1.30 1.19 74 V -2 -1 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -2 2 2 4 -1 -3 -4 -2 -1 -5 -2 4 2 3 1 0 0 1 0 0 1 10 20 27 1 0 0 2 4 0 1 29 0.57 1.19 75 S -1 4 -2 -3 -2 -2 -3 -2 -4 -5 -4 0 -4 -5 5 4 -1 -6 -5 -4 3 23 1 1 1 0 0 2 0 0 1 3 0 0 27 35 3 0 0 0 0.93 1.19 76 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 0 1 -2 -5 -4 -3 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 8 0 0 0 0 1.40 1.12 77 E -2 -1 -2 1 -6 0 7 -4 -2 -6 -5 -1 -4 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -5 2 1 0 4 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.75 1.08 78 V 1 3 -1 0 -3 3 -1 -3 1 -1 -2 3 -2 -5 -4 0 1 -5 -4 0 11 16 2 5 0 13 3 1 3 3 3 20 0 0 0 7 9 0 0 6 0.36 1.08 79 V -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 2 -1 -5 0 -3 -5 -4 -2 -5 -4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 2 0 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