Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -3 0 3 -3 9 -1 -4 -3 -2 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 74 0 0 0 0 0 0 0 1.34 0.62 2 K -3 4 5 -1 -5 -1 -1 -3 2 -5 -3 4 -3 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -3 0 25 28 2 0 0 2 0 5 0 1 33 0 0 0 0 2 0 0 2 0.85 0.84 3 A 5 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 0 0 -3 2 -4 3 0 0 -5 -4 -1 54 0 0 0 0 0 0 2 0 6 7 0 6 0 12 6 6 0 0 2 0.68 0.92 4 F -4 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -3 -3 -1 -1 -5 -2 8 4 -4 -4 -2 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 3 3 0 0 68 20 0 0 0 5 0 1.50 0.93 5 E -3 -3 0 6 -5 -2 4 -3 -3 -5 -6 -1 -5 -6 2 1 -2 -6 -5 -5 1 0 4 43 0 0 29 1 0 0 0 3 0 0 10 9 1 0 0 0 1.02 1.03 6 F -4 5 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -2 -2 -2 -1 7 -5 -4 -4 -2 1 -3 0 33 0 0 0 0 0 1 0 2 2 1 1 56 0 0 0 0 3 0 1.36 1.05 7 L -2 -4 -5 -5 -2 -2 -5 -6 -3 2 5 -4 1 -3 -1 -4 1 -4 -4 2 3 0 0 0 1 1 0 0 1 8 56 0 2 0 4 0 11 0 0 14 0.77 1.07 8 Y -3 1 2 2 -5 -1 1 -4 2 -4 0 1 -3 -3 2 -1 1 -5 -2 -2 0 8 10 14 0 2 10 0 6 0 10 10 0 1 10 4 10 0 1 3 0.32 1.04 9 E -3 0 -3 -3 -6 0 1 -4 -3 -2 -2 7 -2 -5 0 -2 -3 -6 -4 -3 0 2 0 1 0 3 7 0 0 2 5 73 1 0 4 1 0 0 0 1 1.24 1.26 10 D -3 -4 -2 -1 -5 -2 -2 -5 -5 -3 -4 -2 -5 -6 8 -3 -4 -6 -6 -3 0 0 2 4 0 1 2 0 0 2 1 2 0 0 82 1 0 0 0 1 2.19 1.26 11 F -4 8 -2 -3 -6 -2 -2 -3 -3 -5 -5 2 -4 -4 -4 -3 -2 -5 -3 -5 0 83 1 1 0 0 1 2 0 0 0 8 0 1 1 0 2 0 0 0 1.75 1.26 12 Q -2 3 0 1 -2 1 1 -3 2 -1 -4 2 -2 -4 0 1 2 -6 -4 -2 3 14 4 7 1 7 8 2 5 4 1 13 1 1 4 10 14 0 0 2 0.30 1.27 13 R -1 3 1 -3 -1 0 -1 -4 0 -2 -3 2 -3 1 -4 0 3 -4 2 -1 5 16 8 1 1 3 4 1 2 2 2 13 0 7 0 6 17 0 8 5 0.34 1.26 14 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -3 7 -5 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -2 -3 -5 -6 -6 1 0 0 0 0 0 1 94 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 2.01 1.27 15 L -3 -1 -3 -6 -1 -2 -5 -6 -3 3 4 -1 1 1 -5 -5 -3 -2 -1 3 1 4 1 0 1 1 0 0 0 17 35 5 2 6 0 0 0 0 2 22 0.65 1.30 16 T -3 -4 0 -4 -4 -3 -4 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -4 0 7 -5 -4 -2 0 0 5 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 3 89 0 0 1 1.67 1.30 17 V -3 -4 -4 -3 -1 -2 4 -5 3 0 -1 -3 7 -1 -5 -1 -3 -1 0 -1 1 0 0 0 2 0 30 0 6 4 2 0 38 3 0 6 0 1 3 4 0.96 1.33 18 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 0 -5 4 -3 -2 -4 -2 -5 -4 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 32 7 0 13 0 2 0 1 0 0 42 1.12 1.33 19 L -3 5 -5 -5 -5 -3 -3 -6 -3 4 2 -2 4 -1 -3 -4 -3 -5 -4 -1 2 31 0 0 0 1 1 0 0 27 18 1 11 2 1 1 1 0 0 2 0.80 1.33 20 D -2 -4 -2 7 -6 -3 -1 3 -1 -4 -6 -4 -5 -6 -4 0 -4 -6 -4 -4 3 0 0 64 0 0 1 21 2 1 0 0 0 0 0 5 0 0 1 1 1.38 1.33 21 K -3 0 1 -2 -6 -2 -3 -4 -4 -5 -5 5 -4 0 5 -2 -2 -1 -4 -2 1 3 7 2 0 1 0 0 0 0 0 42 0 4 32 2 2 1 0 3 1.08 1.33 22 G -2 -4 -2 -3 -2 -3 -4 6 1 -5 -2 -1 -4 -2 -3 -3 -4 -3 5 -3 1 0 1 1 1 1 0 58 3 0 6 3 0 0 2 1 0 0 19 1 1.13 1.32 23 L -3 -3 -5 -6 -2 -1 -5 -6 -4 0 4 -3 6 0 -5 -2 0 -3 4 0 1 2 0 0 1 2 0 0 0 4 38 1 20 3 0 2 6 0 14 6 0.79 1.36 24 P -2 -5 -2 -2 -5 -4 -4 5 -4 -4 -5 -4 -5 -6 3 3 0 -6 -3 -4 2 0 1 1 0 0 0 47 0 1 1 0 0 0 15 25 6 0 1 1 1.04 1.36 25 P -3 -1 -3 -5 -1 -1 -3 -3 -5 2 3 1 -1 -1 4 -1 0 -2 -1 1 1 3 1 0 1 3 1 2 0 10 26 8 1 3 19 4 6 1 2 9 0.41 1.36 26 K 0 5 2 1 -5 0 0 0 2 -3 -3 0 -4 -3 -3 0 0 -5 -2 -2 7 30 9 6 0 3 5 7 6 1 3 4 0 1 1 8 4 0 1 3 0.42 1.34 27 F 1 0 -3 -2 -5 2 3 -3 2 -4 -2 -3 1 1 -2 -1 -1 -1 4 -3 13 5 1 1 0 8 22 2 4 0 5 0 4 6 2 4 4 1 17 2 0.41 1.28 28 V -1 -3 -4 -5 -4 -3 -2 -5 -4 0 4 -4 1 3 -4 -3 2 -4 -1 1 6 1 0 0 0 1 2 0 0 4 39 0 2 14 0 1 14 0 2 11 0.57 1.24 29 E -1 2 -2 1 -2 3 4 -3 -1 -2 -3 2 -2 -4 -4 1 -1 -2 -3 -4 6 12 1 6 1 13 30 1 1 2 2 10 1 1 0 9 3 1 1 0 0.52 1.23 30 D -1 -4 1 7 -2 0 1 -3 0 -5 -6 -3 -5 -6 -4 0 -3 -6 -5 -5 4 0 7 66 1 3 9 1 2 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.34 1.24 31 Y -3 -5 -3 -6 0 -2 -5 -6 -2 4 3 -5 2 3 -5 -3 -2 1 1 2 1 0 1 0 2 2 0 0 1 23 29 0 5 12 0 1 2 2 5 13 0.65 1.27 32 L -3 -4 -6 -4 0 -5 -5 -6 -5 2 5 -5 3 4 -5 -5 -3 -4 -3 0 1 1 0 1 2 0 0 0 0 13 54 0 7 15 0 0 1 0 0 5 0.96 1.27 33 K -1 0 0 2 -5 2 5 -3 0 -4 -4 1 -3 -5 -4 1 -1 -6 -4 -4 5 3 3 11 0 7 42 1 2 1 1 7 1 0 0 12 4 0 0 1 0.72 1.27 34 V -1 -1 -2 0 -1 -1 -2 -2 -4 1 -1 -3 1 -4 -4 2 4 -5 -4 2 4 3 1 5 1 2 1 3 0 6 6 1 4 0 0 18 27 0 0 17 0.42 1.29 35 C 3 -2 -1 -3 2 -2 -3 -2 0 -2 0 -3 4 -1 -3 1 -1 1 0 0 31 2 3 1 4 1 1 2 2 1 7 0 13 3 0 13 3 2 4 6 0.38 1.12 36 G 2 -1 -2 -1 -4 -3 -2 5 0 -4 -4 -3 -4 -2 -3 1 -2 -4 -2 -2 17 4 1 3 0 0 2 48 2 0 1 1 0 2 0 11 2 0 1 4 0.74 1.04 37 D 0 -2 1 3 -4 1 2 -2 3 -1 -4 -1 -3 -3 3 0 -1 -1 -1 -3 7 2 6 16 0 5 15 3 7 4 1 3 0 1 15 7 2 1 2 2 0.37 1.04 38 Y -3 0 -2 -4 -2 -2 -3 -4 5 -1 -1 -2 -1 2 -4 -1 -3 4 7 -3 2 4 1 0 1 1 1 1 14 4 6 1 1 8 0 5 1 6 42 1 0.99 1.04 39 I -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 6 -1 -4 1 0 -4 -3 -1 -4 -3 4 5 0 0 0 0 0 1 1 0 45 3 1 3 3 0 2 4 0 0 30 0.88 1.04 40 D -2 -3 0 7 -5 -2 -1 -2 1 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -2 -5 -1 -4 4 0 3 75 0 0 1 2 3 0 1 1 0 0 0 3 2 0 3 1 1.42 1.04 41 F -1 -4 -4 -4 0 -3 -4 3 0 3 0 -4 0 3 -4 -2 -2 1 2 1 5 0 0 0 2 1 1 21 2 20 7 1 3 13 0 3 1 2 7 9 0.41 1.04 42 V 0 -4 -4 -5 -1 -4 -4 -4 -2 2 3 -4 1 0 -4 -3 -3 4 0 4 10 0 0 0 1 0 1 1 1 13 28 1 3 3 0 1 1 6 4 27 0.58 1.04 43 K -3 0 -2 -3 -5 1 -1 -3 -3 -4 -4 7 -1 -4 -3 -2 -3 -4 0 -4 1 2 0 0 0 4 1 1 0 0 1 81 2 0 0 1 1 0 4 1 1.37 1.04 44 F -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -3 2 2 -4 2 5 -4 -1 -3 4 2 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 14 21 0 6 29 0 7 0 6 6 6 0.64 0.77 45 G 2 -3 -2 -3 3 -3 -3 4 -3 -3 -3 -3 -3 -3 1 1 2 -3 2 -3 21 1 1 1 7 1 1 28 0 1 1 1 0 0 7 9 13 0 8 1 0.48 0.73 46 W -2 -5 -4 -4 -5 -4 -4 4 -4 -3 -4 -4 -1 4 -4 -2 -1 9 -2 -3 3 0 0 1 0 0 1 35 0 1 0 0 1 20 1 2 5 27 0 2 1.33 1.35 47 G 0 -3 -2 -4 0 -4 -2 6 -4 -4 -4 -3 -2 -5 -2 -3 -3 -5 -5 -2 7 1 1 0 2 0 2 72 0 1 2 2 1 0 2 1 1 0 0 3 1.31 1.35 48 T 0 -1 -1 -3 1 1 -3 -4 -1 -1 -2 -2 -3 -4 -4 3 5 -5 -4 -2 5 2 2 0 2 6 0 0 1 4 3 2 0 0 0 26 45 0 0 1 0.80 1.34 49 S 2 -4 -3 -4 0 -1 -4 -3 3 -2 -3 -4 -1 4 -1 4 -1 1 -1 -2 19 0 1 0 2 3 0 1 9 2 2 0 1 19 3 33 2 2 1 3 0.63 1.37 50 A 3 -1 -2 -4 -2 -3 -4 -2 0 -1 0 -4 1 0 0 2 0 -4 2 -1 27 3 2 0 0 0 0 3 2 3 11 0 3 3 4 19 5 0 8 5 0.34 1.37 51 V -4 -5 -5 -6 -3 -3 -4 -4 -5 1 5 -5 1 1 -5 -4 -2 -4 -2 3 0 0 0 0 0 1 1 1 0 6 53 0 2 6 0 1 1 0 1 23 0.90 1.37 52 I -2 -4 -3 -2 -2 -2 -4 -5 2 0 0 -4 6 2 -4 -2 3 -3 5 0 2 0 1 2 1 2 0 0 4 6 6 0 21 9 0 3 16 0 19 6 0.67 1.34 53 D -2 -1 0 1 -4 -1 -1 -2 -1 -4 -4 0 -3 -4 6 0 -1 -5 -2 -4 3 3 5 9 0 2 4 2 1 1 1 6 1 1 47 7 4 0 1 1 0.99 1.28 54 R -1 2 2 0 -4 0 4 -3 1 -4 -3 2 -3 -3 2 -1 -1 -3 -3 -3 4 11 11 4 0 3 24 2 3 1 2 14 1 1 9 3 4 0 1 1 0.44 1.28 55 D 0 -1 1 3 -3 -1 3 -1 1 -4 -3 2 -3 -4 -1 1 -1 -4 -3 -3 7 3 5 17 0 2 22 5 3 1 2 11 0 1 3 10 4 0 1 1 0.37 1.14 56 V 0 0 -3 -3 -1 0 -1 -2 -3 2 1 0 -1 2 -1 0 -1 4 0 1 7 6 1 1 1 5 5 3 0 12 12 6 1 8 3 6 4 5 2 11 0.15 1.15 57 V -4 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -5 4 5 -5 0 -2 -5 -4 -2 -5 -4 3 0 0 0 0 1 0 0 0 0 19 59 0 1 1 0 1 1 0 0 16 1.09 1.34 58 K -2 5 -2 -1 -5 1 1 -3 -2 -1 -3 4 -1 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 2 33 2 3 0 6 10 2 0 4 1 29 2 0 1 2 3 0 0 1 0.77 1.34 59 E 0 1 -2 1 -5 2 5 -3 -1 -5 -4 1 -3 -5 -3 -1 -2 -2 -3 -4 9 8 1 7 0 10 44 2 1 0 1 9 1 0 1 2 1 1 1 1 0.76 1.34 60 K -3 1 -3 -4 -5 -2 -3 -2 -4 0 1 6 1 1 -4 -3 -3 -2 -4 -1 1 5 0 0 0 0 0 3 0 6 15 53 4 5 0 0 1 1 0 5 0.80 1.32 61 I -2 -5 -1 -5 -4 -4 -5 -5 -5 6 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