Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 5 -1 -5 0 -3 -5 -4 -2 -5 -4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 0 0 2 0 0 0 0 0 0 59 1.30 0.99 2 D -4 -4 5 6 -6 0 1 -4 -3 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -7 -3 -6 0 0 30 54 0 3 8 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 1.46 1.30 3 C -3 -4 -5 -6 11 -4 -6 -5 -6 -3 -3 -4 -2 -5 -6 -3 -4 -2 -5 -4 0 1 0 0 94 1 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 3.10 1.36 4 S -1 0 1 2 -4 -2 0 0 -1 -5 -4 -1 -4 -4 -1 5 1 -6 -3 -4 3 4 6 13 0 1 4 6 1 0 2 4 0 0 3 43 8 0 0 1 0.60 1.36 5 E -2 1 1 2 -2 3 2 -2 1 1 -3 1 0 -3 0 -2 -3 -1 -1 -1 3 7 6 13 1 12 13 3 3 11 1 10 3 1 4 2 1 1 2 4 0.26 1.34 6 Y -4 -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 0 -2 -3 -3 -2 4 -4 -4 -2 2 8 -2 1 2 1 0 0 2 1 1 1 1 1 1 1 17 1 1 2 2 62 2 1.57 1.29 7 P -1 2 -2 -1 0 2 1 -2 0 -4 -4 4 -2 -5 4 0 -2 -5 -4 -4 3 9 1 2 2 8 7 3 2 1 1 26 1 0 24 7 1 0 0 1 0.62 1.28 8 K -2 0 0 2 -2 2 1 -2 -1 -2 0 4 -3 -4 -1 -1 -1 -5 -3 -3 2 5 5 10 1 10 10 2 1 2 9 28 0 1 3 3 3 0 1 2 0.37 1.29 9 P -2 0 -3 -2 -3 -1 -3 -2 3 1 -2 -1 -2 0 5 -1 1 -5 -2 -1 2 5 1 2 0 2 1 4 9 8 3 4 1 5 34 3 11 0 1 4 0.62 1.24 10 A 2 -3 -2 -2 -4 -1 -1 1 0 2 -2 0 1 1 3 -1 -1 -4 0 1 15 0 1 2 0 3 3 9 2 13 2 5 4 5 13 4 3 0 4 11 0.22 1.25 11 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -2 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.10 1.26 12 T -2 -3 -1 -3 -4 0 -3 -4 -1 -4 -4 -1 -2 -4 6 0 4 -5 -2 -3 1 1 2 1 0 4 1 1 1 1 1 4 1 1 40 6 33 0 1 1 1.09 1.33 13 L -2 5 -1 0 -3 0 -1 -2 -2 -1 0 2 2 -3 -1 -1 -2 -5 -2 -3 3 32 2 6 0 3 3 3 1 5 9 12 6 1 3 5 2 0 2 1 0.42 1.30 14 E -2 -1 0 3 -5 0 4 -4 1 1 -1 -1 0 -3 -3 -1 0 -5 -1 0 3 3 5 14 0 3 31 1 3 8 5 3 3 1 1 3 7 0 2 8 0.40 1.30 15 Y -3 -1 -1 -2 -5 -3 -3 -4 0 -2 -1 -1 0 4 -3 0 -2 2 7 -2 2 4 3 2 0 1 1 1 2 2 4 3 3 14 1 7 2 2 45 3 0.91 1.21 16 R 1 0 3 3 -5 1 0 -3 0 -3 -1 1 2 -2 -2 1 -2 -2 -2 -3 11 4 13 17 0 6 6 0 3 1 6 9 5 2 2 9 2 1 1 1 0.28 1.16 17 P -2 -4 -4 -4 -5 -3 -2 -4 -3 -4 -3 -2 -2 -6 8 -2 -3 -6 -4 -4 3 1 0 0 0 1 1 0 1 1 2 1 1 0 86 1 1 0 1 1 2.27 1.10 18 L -2 -4 -5 -6 -2 -3 -5 -6 1 3 0 -5 1 -2 -5 -4 -3 -5 -2 6 1 1 0 0 1 1 0 0 4 14 6 0 2 1 0 0 0 0 1 69 1.12 1.07 19 C -3 -1 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -1 -3 0 4 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 2.85 1.07 20 G 1 -2 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -1 -4 -5 -5 -5 10 3 0 0 0 0 0 83 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.63 1.07 21 S -2 -3 0 -2 -2 -3 -2 -3 -4 -3 -4 -1 -2 -5 0 5 4 -5 -4 -1 1 1 3 1 1 0 1 1 0 1 0 3 1 0 4 48 31 0 0 4 0.83 1.07 22 D -4 -4 4 7 -6 -3 -1 -2 -3 -5 -4 -2 -5 -6 -4 -1 -3 -7 -5 -5 0 0 18 74 0 0 0 1 0 0 2 1 0 0 0 3 0 0 0 0 1.60 1.07 23 N -2 -3 1 -2 -5 -2 -3 6 -2 -5 -4 -3 3 -2 -5 -2 -3 -2 0 -5 1 1 8 2 0 2 1 68 1 0 1 1 8 1 0 2 1 1 5 0 1.18 1.07 24 K -2 1 1 -2 -4 1 -1 -4 0 1 -2 4 1 -3 -2 0 -2 -5 -3 2 2 7 6 1 0 7 4 0 2 9 1 29 4 1 1 6 1 0 1 18 0.39 1.07 25 T -1 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -2 -2 -3 1 -2 -4 -1 7 -5 -2 -2 3 1 1 0 0 1 1 0 0 1 2 1 3 1 0 2 82 0 1 1 1.32 1.07 26 Y -4 -4 -2 -5 -5 -4 -4 -5 3 -4 -4 -4 -3 1 -5 -4 -4 0 9 -4 0 0 2 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 2 0 0 0 0 89 0 2.22 1.07 27 G 0 -3 0 2 0 0 -1 3 -2 -4 -4 -2 -3 -4 3 3 -1 -5 -3 -4 6 1 3 12 2 4 3 23 1 1 1 2 1 1 14 24 2 0 1 1 0.50 1.07 28 N -4 -3 8 -1 -5 -2 -3 -1 0 -6 -6 -1 -5 -5 -4 0 -1 -6 -4 -5 0 0 84 1 0 0 0 4 1 0 0 2 0 0 0 6 2 0 0 0 1.70 1.07 29 K -2 1 -2 0 -3 0 4 -4 2 -1 -2 3 0 -4 1 -1 -2 -5 -3 -3 2 8 1 4 0 2 35 1 6 4 4 19 3 1 7 4 1 0 0 1 0.54 1.07 30 C -3 -2 -5 -6 11 -5 -6 -2 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 3 0 0 95 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.89 1.07 31 N 0 -2 -1 -2 -4 0 1 -3 3 0 1 -1 1 2 -4 -1 1 -2 0 0 9 1 2 2 0 4 11 1 7 6 14 4 4 9 0 5 11 1 2 8 0.18 1.13 32 F -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -4 0 5 -5 2 5 -5 -4 -4 -3 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 53 0 5 30 0 0 0 0 3 4 1.06 1.09 33 C -2 1 -1 -2 10 0 -1 -3 3 -3 -3 0 -3 -4 -5 -2 -2 -5 -3 -3 3 7 3 2 57 4 4 2 7 1 1 5 0 1 0 1 2 0 0 1 1.46 1.13 34 N 1 1 2 -3 1 -1 -2 -3 -2 1 0 2 3 0 -4 0 -1 -3 -2 0 12 7 10 1 3 2 2 1 1 7 8 13 7 4 0 8 3 0 1 8 0.18 1.19 35 A 5 -2 -3 -2 -2 0 3 -3 0 -2 -4 1 -1 -3 -4 -1 -1 -5 -1 -3 47 1 1 2 0 4 22 1 2 2 1 9 1 1 0 2 3 0 2 1 0.66 1.24 36 V 2 1 3 -3 -4 1 -2 -3 -1 2 -2 1 0 -3 -4 1 -2 -3 -2 1 16 9 13 1 0 7 1 1 2 13 2 8 2 1 0 10 1 0 1 11 0.27 1.28 37 V -1 3 -4 -4 8 -2 -3 -4 -3 0 1 0 1 -1 -5 -3 -2 4 -3 0 4 15 0 1 29 1 1 1 1 5 15 5 4 2 0 1 3 7 1 6 0.78 1.32 38 E -1 2 -1 -1 1 1 4 -4 -1 -3 -1 4 -1 -3 -3 -1 -1 -1 -3 -3 5 10 3 2 3 5 24 1 1 1 8 25 1 1 1 4 3 1 1 2 0.45 1.33 39 S -1 1 1 0 -2 0 -1 -1 0 -3 -1 1 -2 -1 -4 4 2 -3 -3 -3 4 7 5 5 1 4 3 4 3 1 5 9 1 3 0 31 11 0 1 1 0.35 1.35 40 N -2 2 4 1 -2 2 0 3 2 -4 -4 1 -3 -4 -2 -1 -2 -5 -4 -4 2 11 19 6 1 8 6 22 5 1 2 9 0 1 2 3 2 0 0 1 0.48 1.39 41 G -1 1 0 0 -3 1 -1 3 2 -3 -2 1 -2 -2 0 0 0 -2 -2 -2 3 9 5 5 1 7 4 22 6 1 3 8 1 2 5 5 7 1 1 3 0.24 1.42 42 T -1 1 2 3 -4 0 1 -2 1 -3 -4 3 -3 -4 -1 0 2 -1 -3 -3 4 8 9 14 0 3 9 3 4 2 1 17 0 1 3 7 11 1 1 1 0.34 1.46 43 L -3 -3 -6 -6 -4 -5 -4 -6 -5 6 3 -4 0 0 -5 -5 -2 -2 -4 3 1 1 0 0 0 0 1 0 0 42 29 1 1 4 0 0 2 1 0 16 1.00 1.46 44 T -1 2 -1 -1 -3 2 0 0 -1 -2 -1 3 -2 -2 -4 0 3 -2 -1 -3 3 11 2 4 0 9 6 6 2 2 6 16 1 1 0 7 19 1 2 1 0.29 1.50 45 L -3 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -5 5 2 0 2 3 -5 -4 -4 -4 -1 3 1 0 0 0 0 1 1 1 0 32 21 8 4 13 0 0 0 0 2 16 0.78 1.51 46 S 1 1 -1 -1 -5 1 -1 -3 -2 1 0 3 0 -2 -5 0 -2 -3 -1 2 14 7 3 4 0 6 3 1 1 7 10 16 2 1 0 6 2 0 2 13 0.20 1.53 47 H -3 0 0 -4 -6 0 -3 -4 9 -5 -4 3 -4 -2 -4 1 -3 -2 3 -5 2 5 4 0 0 4 0 1 47 0 1 16 0 1 0 10 0 1 8 0 1.30 1.53 48 F -1 1 2 2 -4 0 2 -4 1 -3 -2 1 -1 1 -2 0 -2 1 3 -3 6 7 9 13 0 3 15 1 3 2 3 8 2 5 2 6 2 2 9 2 0.29 1.54 49 G -2 -4 -3 -3 -6 -4 -1 7 -5 -7 -7 -2 -4 -6 -5 -3 -4 -6 -6 -6 1 0 0 1 0 0 4 90 0 0 0 2 1 0 0 1 0 0 0 0 1.97 1.54 50 K 0 2 -2 -1 -3 0 4 -4 -1 -4 -4 3 -1 -4 4 -1 0 -6 -4 -3 7 9 1 3 1 3 28 1 1 1 1 17 1 1 17 3 5 0 0 1 0.61 1.56 51 C -3 -7 -6 -7 11 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.53 1.51 K Lambda Standard Ungapped 0.1356 0.3186 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1738 0.3189 PSI Gapped 0.0532 0.2670