Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -3 -2 6 4 -4 -1 2 -2 -1 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 62 24 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.10 0.49 2 F -4 -5 -5 -5 2 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -2 8 -5 -4 -4 -1 3 -2 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 4 0 1.73 0.67 3 S -3 -3 -2 3 -4 -2 4 1 -3 0 1 -2 0 -1 -4 -1 -1 3 -3 -1 0 0 0 17 0 0 29 13 0 7 14 0 3 2 0 3 3 4 0 5 0.37 0.69 4 T -3 2 -4 -4 -3 -3 -4 -5 -4 3 2 -1 -1 1 2 -3 0 -4 -3 2 0 12 0 0 0 0 0 0 0 24 24 5 0 5 10 0 8 0 0 13 0.42 0.69 5 Y -3 4 -2 -1 -5 -1 0 -4 -2 -4 -1 5 0 0 -3 -1 -2 -3 1 -4 0 30 0 3 0 0 5 0 0 0 5 39 3 5 0 5 0 0 6 0 0.67 0.69 6 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 0 -3 -2 -4 -2 5 -5 -4 -3 0 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 0 0 0 0 72 0 1.75 0.69 7 F -3 -2 -5 -5 3 -4 -5 -5 -4 4 3 -4 0 3 -5 -4 -1 -3 -2 1 0 3 0 0 7 0 0 0 0 29 36 0 0 16 0 0 4 0 0 5 0.68 0.69 8 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 1 0 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 96 1.26 0.69 9 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -2 -4 -2 5 -5 -4 -3 0 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 79 0 1.81 0.69 10 E -1 5 -1 -2 0 1 1 -3 -2 -5 -4 5 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 3 36 2 0 3 3 10 0 0 0 0 39 0 0 0 4 0 0 0 0 0.86 0.69 11 D -4 -1 0 8 -5 -2 0 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 4 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.81 0.74 12 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 2 6 -4 0 1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 88 0 0 3 0 0 0 0 0 0 1.18 0.74 13 R -3 7 -2 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -5 -4 2 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 1.63 0.74 14 D -3 0 1 3 -5 3 6 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 3 7 12 0 13 64 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.74 15 R -3 8 -2 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -5 -4 0 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -4 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.70 0.74 16 G -2 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.90 0.74 17 N -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -5 3 -3 -3 -1 -3 5 -5 -3 -3 0 7 -3 0 9 2 0 0 0 0 0 6 0 0 4 0 29 0 0 0 0 49 0 1.23 0.74 18 K -3 0 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -2 2 -2 2 -2 -1 -1 -3 -3 -2 6 3 0 5 0 0 0 0 0 0 0 11 0 16 0 0 4 0 0 0 34 30 0.71 0.74 19 V -1 -4 -5 -5 1 -4 -4 -5 -5 2 2 -4 -1 -1 -4 -1 -2 -4 -3 6 2 0 0 0 3 0 0 0 0 7 15 0 0 2 0 4 0 0 0 65 0.85 0.74 20 K -1 3 -2 -2 -4 5 1 -3 -2 -1 -4 4 -3 -4 -3 1 -2 -4 -1 -3 2 18 0 0 0 30 5 0 0 4 0 26 0 0 0 12 0 0 3 0 0.70 0.74 21 I -3 0 -3 0 -4 -3 -3 -4 -4 1 -2 -3 -3 1 7 -3 -1 -4 -3 -1 0 6 0 6 0 0 0 0 0 9 4 0 0 8 58 0 4 0 0 5 1.21 0.74 22 Q 1 3 -3 -3 1 0 0 4 -3 -3 -2 -1 -3 -4 -4 0 -3 -4 -4 1 13 17 0 0 4 5 5 37 0 0 3 2 0 0 0 4 0 0 0 11 0.51 0.74 23 G 0 2 -2 0 -4 -1 3 4 0 -4 -4 -2 -4 -5 1 -2 0 -4 -4 -4 9 11 0 5 0 2 22 37 2 0 0 0 0 0 6 0 6 0 0 0 0.58 0.72 24 E -2 -2 2 4 -4 -1 2 1 0 -4 -4 2 -3 -4 -3 1 0 -4 -3 -4 1 0 9 29 0 0 17 10 2 0 1 15 0 0 0 8 5 0 0 0 0.55 0.69 25 F -1 -3 -3 -3 -3 -3 -1 0 3 -1 -2 -3 -2 6 1 -1 -1 -2 2 1 3 0 0 0 0 0 3 7 7 2 1 0 0 39 7 4 4 0 7 13 0.56 0.69 26 L -1 3 -2 1 -4 -2 -2 0 -3 0 1 0 -2 2 0 0 -2 5 -2 -2 4 23 0 8 0 0 0 9 0 7 13 4 0 9 5 6 0 9 0 0 0.29 0.69 27 L -1 0 -2 -4 -3 1 -3 -1 1 -1 0 -1 1 0 -2 -2 0 -4 -2 4 4 5 2 0 0 8 0 5 3 0 10 5 4 5 2 2 4 0 0 39 0.29 0.71 28 T 3 1 -2 -1 -3 -2 -1 3 -3 -1 -3 0 -3 -4 -3 1 1 -4 -1 -3 27 7 0 4 0 0 2 24 0 5 0 6 0 0 0 10 10 0 2 0 0.39 0.71 29 K 0 3 1 2 -4 0 0 -3 -2 -4 -4 4 -3 1 -1 0 -2 -4 -3 -1 7 18 7 11 0 4 5 0 0 0 0 30 0 6 2 4 0 0 0 5 0.45 0.74 30 K -3 0 -1 3 -4 0 -2 -4 -2 -4 -3 2 -1 3 -4 2 -2 3 5 -4 0 4 2 17 0 4 0 0 0 0 0 13 1 13 0 17 0 4 25 0 0.57 0.74 31 P -2 0 1 1 -4 -1 -3 -2 -3 2 -1 -3 2 2 2 -3 -3 5 0 2 3 7 9 8 0 2 0 2 0 12 4 0 6 9 10 0 0 9 3 16 0.31 0.74 32 Y -3 -2 -4 -5 -3 -4 -4 -5 1 1 -1 -4 -2 3 -5 -4 -2 -2 6 5 0 3 0 0 0 0 0 0 3 5 0 0 0 11 0 0 0 0 30 49 0.91 0.74 33 L -3 -2 -3 -1 2 -3 -2 -4 3 -2 2 -2 0 1 -4 1 -2 -2 6 1 0 2 0 3 5 0 2 0 8 0 19 2 2 3 0 12 0 0 30 12 0.50 0.74 34 P 2 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -3 2 -2 -3 -3 -3 -4 6 -1 -2 -4 -1 3 20 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 41 2 0 0 3 27 0.95 0.73 35 I -3 0 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 3 2 -4 2 2 -4 -4 -2 -4 -2 5 0 6 0 0 0 0 0 0 0 18 18 0 5 8 0 0 0 0 0 45 0.70 0.73 36 S 0 -2 1 -2 -3 -2 0 -2 -2 -4 -4 0 -3 -3 -3 5 1 -4 2 -3 3 0 4 0 0 0 5 0 0 0 0 4 0 0 0 69 7 0 7 0 0.85 0.74 37 E -3 -2 -2 1 -5 0 7 -4 1 -5 -5 -1 -4 -4 0 -2 -3 -4 0 -4 0 0 0 5 0 0 85 0 3 0 0 0 0 0 4 0 0 0 3 0 1.34 0.74 38 R -3 7 0 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -2 -1 0 1 -4 -4 0 -3 -4 -3 -4 0 78 4 0 0 0 0 0 0 3 4 0 5 0 0 6 0 0 0 0 1.24 0.74 39 K 0 -2 -1 4 -4 0 2 -3 -3 0 -4 2 -3 -4 -3 2 -1 -5 -4 0 8 0 1 25 0 3 14 0 0 5 0 14 0 0 0 17 2 0 0 9 0.43 0.74 40 T -1 0 -3 1 -4 -3 -2 -4 0 0 -1 -1 -3 -1 5 1 2 -4 1 -1 2 6 0 10 0 0 0 0 2 5 6 2 0 2 29 10 16 0 5 4 0.48 0.74 41 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -2 -5 -4 2 3 -4 4 4 -5 -4 -3 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 3 0 0 10 31 0 10 17 0 0 0 0 0 28 0.70 0.74 42 R -2 2 0 3 -4 -1 -1 -3 -3 -3 -1 -2 -3 1 3 2 0 -4 -3 -1 0 12 2 19 0 2 2 0 0 0 5 0 0 7 18 22 4 0 0 6 0.43 0.74 43 M -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -1 -4 1 3 -4 2 4 0 -2 -3 3 1 1 3 0 0 0 0 0 0 6 0 9 35 0 6 19 5 3 0 4 4 8 0.49 0.74 44 E -1 1 -1 1 -5 0 4 -1 -2 -4 -4 3 -3 0 -2 -1 -1 -3 2 -4 5 8 2 6 0 2 31 3 0 0 0 24 0 4 1 2 2 0 9 0 0.51 0.74 45 E -1 2 0 5 -5 0 3 -3 1 -4 -2 -1 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -2 5 13 4 37 0 3 18 0 4 0 5 2 0 0 0 7 0 0 0 2 0.62 0.74 46 I -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -4 3 5 -4 0 0 -4 -3 -2 -3 -2 1 6 0 0 0 0 0 0 0 0 16 61 0 0 4 0 0 0 0 0 10 0.77 0.71 47 A 2 -1 2 0 -3 1 2 -2 -2 0 -2 -2 0 -1 -3 2 -2 -3 0 0 17 2 11 4 0 6 18 1 0 6 2 1 3 2 1 16 1 0 3 6 0.23 0.67 48 E 1 2 -2 0 -3 1 4 -1 -2 -3 -3 0 -1 -4 -2 0 0 -4 -3 0 13 12 1 3 0 7 34 3 0 1 1 4 2 0 1 6 5 0 0 7 0.40 0.65 49 K 2 -2 -1 0 -3 -2 0 -2 -3 -2 -1 0 -2 3 0 2 -1 -3 -2 0 19 1 2 5 0 0 4 1 0 1 5 6 0 16 5 21 3 0 0 9 0.25 0.67 50 A 1 -3 0 1 0 0 0 -3 -3 0 2 -3 -1 -1 -3 -1 0 -3 -3 3 13 1 4 8 2 4 6 1 0 4 20 1 0 3 1 5 4 0 0 24 0.21 0.67 51 R -1 3 3 2 -4 1 1 0 1 -2 -3 1 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -2 5 16 18 12 0 5 8 8 3 2 3 8 0 0 0 9 0 0 0 3 0.33 0.69 52 N 0 1 -1 -1 -3 -2 0 -3 -3 -2 -2 2 4 0 -3 1 2 -4 -3 1 7 7 3 4 0 0 5 0 0 0 0 17 15 4 0 11 15 0 0 10 0.29 0.72 53 F -3 5 0 -3 -4 1 0 -1 4 -3 0 1 -2 2 -4 -1 -3 -4 -2 -4 0 41 4 0 0 5 5 5 11 0 9 5 0 9 0 5 0 0 0 0 0.58 0.72 54 D -1 1 1 -1 -5 -1 0 2 -2 -4 -4 5 -3 0 -3 -2 -3 -4 0 -4 4 5 7 2 0 0 5 15 0 0 0 52 0 5 0 0 0 0 4 0 0.67 0.74 55 E 1 2 0 0 -4 4 3 -3 -2 -4 -4 1 -3 -5 2 0 -1 -5 -4 -4 10 10 3 3 0 28 19 0 0 0 0 5 0 0 12 7 3 0 0 0 0.59 0.74 56 L -3 -3 -4 -5 1 -3 -4 -5 0 1 4 -1 4 2 -2 -4 -3 -3 2 1 0 0 0 0 3 0 0 0 2 7 45 4 12 9 2 0 0 0 8 6 0.58 0.72 57 R 0 0 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 4 2 -3 3 -2 -4 -3 -2 2 -3 4 7 7 0 0 0 0 0 0 0 23 21 0 9 0 0 0 0 4 0 29 0.61 0.74 58 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 2 5 -4 0 1 -5 -4 -2 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 76 0 0 4 0 0 2 0 5 4 0.98 0.74 59 A 6 -3 -3 -3 -2 -3 -3 2 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -3 0 -2 -4 -4 -2 80 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.06 0.74 60 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 -1 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 0 71 1.17 0.74 61 V -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 1 -1 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -5 -3 7 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 1.32 0.74 62 D -4 -3 0 8 -5 -2 0 -3 -3 -5 -6 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.94 0.74 63 E -3 -2 -2 3 -5 0 6 -4 -2 -5 -4 0 -4 0 -3 -2 0 -5 -3 -4 0 0 0 16 0 0 71 0 0 0 0 4 0 4 0 0 5 0 0 0 1.14 0.74 64 E -3 -2 -2 2 -5 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -4 -3 -2 -3 -4 0 -4 0 0 0 9 0 0 87 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 1.42 0.74 65 S -1 -3 1 0 -3 -1 -1 4 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 5 -1 -5 -4 -4 0 0 5 4 0 2 2 32 0 0 0 0 0 0 0 56 0 0 0 0 0.89 0.74 66 E -3 -3 -1 6 -5 -1 5 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -6 -4 -5 0 0 0 57 0 0 43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.41 0.74 67 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 3 -4 0 -2 -5 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 27 0 0 0 0 0 0 0 0 27 0.97 0.74 68 T -2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -3 1 7 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 94 0 0 0 1.40 0.74 69 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 4 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 82 0 1.89 0.74 70 F -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -1 -4 -2 3 -5 -4 -3 3 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 8 0 0 0 4 82 0 1.79 0.74 71 R -3 3 -2 2 -5 -1 5 -1 -2 -4 0 1 -3 -4 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 20 0 9 0 0 43 6 0 0 14 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0.66 0.72 72 V 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 1 -4 2 -2 -4 -3 1 -4 -3 5 6 0 0 0 0 0 0 0 0 17 11 0 6 0 0 0 10 0 0 50 0.73 0.72 73 Y -2 3 -2 -1 -4 0 0 -3 1 -4 -4 5 -3 0 -3 2 -2 -3 2 -4 0 15 0 4 0 3 4 0 4 0 0 41 0 5 0 15 0 0 10 0 0.59 0.65 74 E -3 4 -2 1 -4 0 3 -4 -2 -3 0 2 -2 -4 -3 -2 -1 -4 -3 -1 0 33 0 6 0 0 28 0 0 0 9 15 0 0 0 0 4 0 0 6 0.58 0.59 75 P -1 0 0 -3 -4 3 -2 -3 -3 0 -2 -2 -2 0 6 -1 -2 -4 -3 0 4 6 5 0 0 17 0 0 0 7 3 0 0 6 40 4 0 0 0 8 0.73 0.56 76 D -3 1 2 5 -5 -1 3 -3 -2 -4 -4 2 -4 -5 -3 0 0 -5 -4 -4 0 8 8 42 0 0 18 0 0 0 0 15 0 0 0 3 5 0 0 0 0.76 0.55 77 M -2 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 4 -3 6 -1 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 49 0 35 0 0 0 0 0 0 12 0.81 0.47 78 M -1 -2 -3 -4 -1 -1 -3 -3 -3 2 1 -2 5 -1 -3 -2 -1 -2 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 0 50 0.37 0.07 K Lambda Standard Ungapped 0.1392 0.3201 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1855 0.3172 PSI Gapped 0.0568 0.2670