Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -4 1 -3 -2 -6 7 4 -5 -3 -6 -5 2 -4 -6 -4 -3 -4 -5 -5 -5 0 5 0 0 0 52 31 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 1.46 1.43 2 P 0 1 1 -2 -5 5 1 -4 1 -5 -2 1 -4 -6 3 1 -3 -6 -5 -5 8 7 5 1 0 29 9 0 3 0 3 8 0 0 14 11 1 0 0 0 0.65 1.51 3 G 5 -3 -4 -2 -3 0 -2 1 -2 -3 -5 1 -3 -4 -4 2 -2 -1 -1 -3 52 1 0 2 0 4 1 10 1 1 0 9 0 0 0 14 2 1 2 0 0.78 1.61 4 L -3 -5 -6 -7 -4 -3 -6 -7 -6 4 5 -5 0 -1 -6 -4 -3 -5 -3 3 2 0 0 0 0 1 0 0 0 21 53 0 1 1 0 1 1 0 0 19 1.12 1.66 5 A 3 -1 0 0 -3 4 2 -3 0 -2 -2 1 -1 -4 -4 0 0 -6 -4 -1 22 3 4 6 0 17 12 1 2 3 4 9 2 0 0 6 5 0 0 4 0.36 1.69 6 A 1 0 -2 0 -4 4 5 -4 -2 -3 -4 0 -4 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -4 12 5 1 4 0 20 43 1 0 2 1 5 0 0 0 3 2 0 0 0 0.92 1.70 7 L -4 -5 -6 -6 -5 -4 -5 -6 -6 0 5 -6 2 4 -6 -5 -3 -4 -2 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 4 63 0 5 19 0 0 1 0 0 4 1.23 1.70 8 R -4 7 -2 -4 -5 -1 -2 -5 -2 -4 -4 3 -1 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -4 0 74 1 0 0 2 1 0 1 1 1 14 2 1 0 1 0 0 0 1 1.71 1.71 9 R -1 3 0 2 -6 2 4 -4 0 -4 -3 2 -2 -5 -4 -1 -1 -6 -4 -4 5 16 4 12 0 10 26 1 2 1 2 12 1 0 0 4 3 0 0 0 0.60 1.69 10 R -2 3 0 -3 -4 1 1 -3 -3 -2 1 2 5 -2 -4 -2 -2 6 -1 -3 3 13 5 1 0 6 9 1 0 2 16 10 15 1 0 3 2 10 1 1 0.50 1.63 11 A 0 -5 -4 -6 -2 -4 -5 -5 -5 5 3 -3 0 1 -2 -4 -2 -3 -3 2 10 0 1 0 1 1 0 0 0 31 32 2 1 6 2 1 2 0 0 10 0.75 1.66 12 R 0 2 -1 -1 -3 4 2 -2 -1 -1 0 1 -2 -2 -4 -1 -2 -1 0 -1 7 11 3 2 1 18 11 4 1 3 11 9 1 1 0 5 3 1 4 5 0.24 1.59 13 E 2 -1 -1 0 0 1 4 -3 -2 -3 -1 1 -2 -4 -2 -1 0 -5 -4 -2 15 2 2 5 2 6 32 2 1 1 7 10 1 0 1 4 5 0 0 3 0.44 1.52 14 A 2 2 0 2 -2 1 3 -3 2 -2 -1 0 -3 -4 -2 0 0 0 -3 -3 15 11 4 9 1 5 17 2 6 2 6 4 0 1 1 7 5 1 0 2 0.28 1.56 15 G -2 -2 0 0 -2 -1 0 4 2 -1 -3 0 -2 -3 1 -1 -1 -4 -2 -1 3 2 5 6 1 3 5 35 5 3 3 5 1 1 8 4 4 0 2 4 0.42 1.48 16 V -1 -1 -1 3 -2 -1 2 -2 -1 0 0 -1 -2 -2 -2 -2 -2 1 1 2 4 3 3 16 1 3 15 4 2 5 10 4 1 2 2 3 1 2 5 14 0.21 1.47 17 P -2 -2 -2 2 2 1 0 -1 -2 -2 0 0 -3 -3 5 -2 0 -2 -3 -3 3 2 2 12 4 6 5 5 1 2 11 6 1 1 30 3 5 1 1 2 0.51 1.48 18 L -2 -2 0 1 -2 -1 1 -3 2 2 2 0 0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 0 3 1 4 9 1 2 10 2 5 10 23 7 3 3 4 5 3 0 1 5 0.19 1.56 19 A 0 -1 -3 -2 1 0 -2 -3 -3 1 3 -1 0 -1 -2 0 0 1 -1 1 8 4 1 2 3 4 3 2 1 9 32 3 2 2 2 6 5 2 2 9 0.26 1.53 20 P -1 0 1 -2 -1 0 0 -2 -1 -4 -3 3 -4 -2 5 -1 -2 -5 -3 -1 4 4 6 2 1 3 5 4 2 1 3 19 0 2 34 5 2 0 1 4 0.67 1.52 21 L 1 -1 -1 2 4 -1 -1 -2 4 1 0 -2 -2 -1 1 -1 -1 -2 -1 -1 10 4 3 10 9 2 4 2 9 8 11 2 1 3 7 5 4 1 2 4 0.19 1.45 22 P -3 5 0 2 -1 0 1 -3 -1 -3 -3 0 -3 -3 3 -1 -2 -3 -1 -2 1 30 3 11 1 4 10 2 1 1 2 5 1 1 14 4 2 0 2 4 0.55 1.47 23 L 0 1 -1 -1 0 -1 -2 -2 3 -1 1 -1 2 0 -1 -1 2 -2 -2 0 9 7 3 4 2 3 2 3 7 3 16 3 6 3 3 4 15 0 1 6 0.16 1.31 24 T -2 -3 0 7 -4 -2 0 -3 -2 -4 -5 -2 -4 -5 -1 2 1 -6 -3 -5 2 1 3 58 0 1 4 1 1 1 0 2 0 0 2 14 9 0 1 0 1.16 1.46 25 D -2 -3 0 7 -6 -2 1 -3 -3 -6 -5 -3 -5 -6 -3 -1 -2 -6 -1 -6 3 1 3 75 0 1 6 1 0 0 1 1 0 0 1 4 2 0 2 0 1.61 1.48 26 S 3 -2 -2 0 -3 0 1 -3 2 -1 -1 0 1 -2 -1 0 -1 -3 2 0 26 1 2 5 0 4 9 2 5 4 6 5 4 1 3 7 3 0 6 8 0.21 1.48 27 F -3 -5 -4 -4 -1 -3 -4 -5 2 0 0 -5 1 7 -5 -1 1 2 3 0 1 0 0 1 1 1 1 0 5 6 6 0 3 43 0 4 11 2 8 7 0.90 1.45 28 L -3 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 2 6 -5 2 0 -5 -5 -3 -4 -2 -1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 11 73 0 5 4 0 0 1 0 1 2 1.22 1.39 29 L -2 -1 -5 -5 -2 -2 -3 -5 -3 1 5 -3 1 -2 -5 -3 -3 -4 -4 0 3 3 0 0 1 2 1 1 1 5 69 1 3 1 0 1 1 0 0 6 0.99 1.41 30 R -2 7 -2 -4 0 0 -3 -4 -2 -4 -5 3 -2 -5 -1 -2 -3 -5 -4 -5 2 64 1 0 2 2 0 1 1 1 0 18 1 0 2 2 1 0 0 0 1.38 1.41 31 F -5 -5 -4 -6 -1 -5 -5 -5 -2 -3 -2 -5 -3 8 -6 -5 -4 6 2 -2 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 76 0 0 0 10 5 2 2.00 1.41 32 L -3 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 0 -2 -5 -5 -4 -4 -4 -1 2 0 0 0 1 0 0 0 0 4 88 0 1 0 0 0 0 0 0 2 1.48 1.41 33 R -4 8 -2 -3 -6 1 -3 -4 -1 -4 -5 1 -3 -4 -5 -3 -3 -5 -2 -4 1 81 1 1 0 5 0 1 1 1 0 4 0 1 0 1 1 0 2 1 1.74 1.45 34 A 6 -3 -3 -5 2 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -4 0 -1 1 -1 -1 -5 -2 -2 69 1 1 0 4 1 0 2 1 1 1 0 3 2 6 2 3 0 1 3 1.04 1.61 35 R -3 7 -2 -5 2 -1 -3 -5 -1 -6 -4 1 -4 -3 -5 -1 -2 1 -4 -5 1 74 1 0 5 1 0 0 1 0 1 8 0 2 0 3 2 2 0 0 1.61 1.61 36 D -3 -1 2 4 -2 0 1 -3 -1 -6 -5 5 -5 -2 -4 -1 -4 -6 -2 -5 1 2 9 23 1 2 7 1 1 0 0 45 0 2 0 4 0 0 2 0 0.96 1.61 37 F -5 -4 -4 -6 -2 -4 -6 -4 0 -4 -2 -6 -1 8 -7 -4 -5 6 4 -3 0 1 1 0 1 1 0 1 2 0 2 0 1 65 0 1 0 10 13 1 1.84 1.65 38 D -3 -1 4 6 -1 -2 -1 -3 2 -3 -6 1 -5 -6 -5 0 -3 -6 0 -4 1 3 20 41 1 1 1 1 5 2 0 9 0 0 0 8 1 0 3 1 0.96 1.76 39 L -2 -2 -6 -6 -1 -2 -4 -4 -1 2 2 -4 0 -2 1 -3 -2 -1 -2 5 3 2 0 0 1 2 1 1 2 10 22 1 2 1 6 1 2 1 1 40 0.69 1.76 40 D -1 0 3 3 -2 2 3 -3 2 -4 -4 2 -2 -3 1 -2 -1 -6 -2 -3 4 5 12 14 1 10 17 2 4 1 2 11 1 1 6 2 4 0 1 2 0.40 1.82 41 L 0 1 -1 0 -1 1 0 -2 -1 -2 0 4 0 0 -2 -1 -2 -5 -4 0 8 6 2 5 1 7 5 3 2 2 9 30 2 4 2 4 2 0 0 6 0.33 1.71 42 A 5 -4 0 -4 2 -4 -4 -3 -4 -1 -1 -4 1 -5 0 1 1 -5 -5 -3 53 0 4 0 3 0 0 0 0 4 6 0 3 0 4 11 9 0 0 0 0.80 1.65 43 W -2 -1 -4 -2 1 0 1 -2 1 -1 1 2 1 3 -1 -1 -1 4 1 -1 3 4 0 3 3 3 10 3 4 3 12 13 3 12 3 4 3 5 5 4 0.23 1.98 44 R -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 0 5 6 0.11 1.89 45 L -1 0 0 -4 2 0 -3 -4 -3 0 2 0 6 -3 -4 -1 0 -4 -3 1 5 5 5 0 4 5 1 1 0 4 17 5 26 0 0 5 5 0 0 10 0.48 1.12 46 L -3 0 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 3 3 -1 3 3 -4 -4 0 4 2 1 1 5 0 0 0 0 1 1 0 16 25 5 7 11 0 1 5 6 8 9 0.50 1.12 47 K -1 2 -2 -1 1 2 1 -3 0 0 -1 4 0 -2 -4 -2 -1 0 -2 1 4 10 2 4 3 8 7 2 2 5 5 26 2 2 0 3 3 1 2 9 0.30 1.53 48 N -1 2 4 1 -1 0 0 -1 0 -1 -3 2 -1 -2 -4 -1 -2 -5 -2 -3 4 13 23 8 1 5 5 4 3 4 2 14 1 2 0 4 2 0 2 2 0.40 1.53 49 Y -1 -4 -1 -2 3 -2 -4 -4 1 -2 -2 -1 2 1 -4 0 2 1 7 -2 6 0 3 2 5 1 0 0 3 2 2 3 5 5 0 8 11 1 38 2 0.80 1.56 50 Y -2 -2 -3 -3 1 -1 1 -5 3 1 2 -3 2 1 -5 -3 -4 -3 5 0 3 2 1 1 3 3 10 0 8 7 21 2 5 6 0 2 0 0 20 6 0.49 1.56 51 K 0 2 1 -1 -2 1 1 -3 0 0 -3 4 -1 -4 -5 -1 1 -2 -3 -2 7 12 6 2 1 7 11 1 3 7 2 26 1 1 0 4 8 1 1 2 0.40 1.68 52 W -3 -5 -2 -6 0 -2 -5 -4 -2 0 0 -4 2 4 -6 -3 -3 10 3 -1 2 0 2 0 2 1 0 1 1 5 7 1 5 14 0 2 1 40 10 5 1.54 1.68 53 R -4 8 -2 -5 -2 -1 -3 -5 0 -3 -3 1 -2 -3 -5 -3 -3 -6 -2 -4 0 78 2 0 1 2 0 0 2 1 2 7 1 1 0 1 1 0 1 1 1.71 1.68 54 A 0 2 -2 -3 -1 2 0 -4 0 1 -2 5 -2 -4 -5 -1 -1 -6 -5 0 9 9 2 1 2 9 7 1 2 7 4 33 1 1 0 4 4 0 0 5 0.47 1.70 55 E -2 0 1 2 -2 2 4 -5 -2 -4 -3 2 -1 -4 -3 0 1 -6 -3 -3 3 4 6 10 1 10 29 0 1 1 3 11 2 1 1 5 10 0 1 1 0.53 1.71 56 C -3 -2 3 -3 2 -3 -2 -4 5 -2 -2 -3 1 4 -6 -2 -4 4 5 -3 2 2 15 1 5 1 2 1 14 2 3 2 4 17 0 2 1 6 19 1 0.85 1.73 57 P -1 -1 -3 -2 -5 -2 -2 -3 -2 -5 -4 3 -1 -4 7 -1 -3 4 -3 -4 4 3 1 2 0 1 1 2 1 0 2 16 2 1 52 3 1 5 1 1 1.27 1.72 58 E -3 -2 0 3 -3 1 6 -3 2 -3 -5 0 -5 -4 -3 -1 -2 -6 -3 -4 1 1 4 18 1 5 47 2 5 2 1 4 0 1 1 4 2 0 1 1 0.94 1.76 59 I -4 -4 -4 -6 -1 -5 -6 -6 -2 4 2 -4 3 1 -6 -3 -3 6 1 3 1 1 1 0 1 0 0 0 1 24 19 1 8 6 0 1 1 9 4 22 0.84 1.69 60 S -2 -4 -4 -2 1 -5 -4 -5 2 -2 0 -4 -2 7 -6 -1 -2 0 5 -2 3 1 1 3 3 0 1 1 4 2 8 1 1 46 0 4 2 1 18 2 1.13 1.67 61 A 0 0 0 2 -2 2 3 -1 1 -4 -4 2 -2 -3 -4 0 1 -6 -5 -1 7 4 4 12 1 8 19 4 3 1 1 14 1 1 0 6 8 0 0 6 0.35 1.68 62 D -4 -2 6 5 -1 -1 0 -1 -2 -6 -6 2 -5 -4 -3 -2 -2 -6 -5 -5 1 1 34 31 2 1 6 5 1 0 0 11 0 1 1 2 2 0 0 0 1.02 1.63 63 L -4 -1 -6 -6 -2 -4 -4 -6 -1 1 4 -5 1 4 -4 -5 -3 1 4 1 0 3 0 0 1 1 1 0 1 5 44 0 2 17 1 0 1 2 12 9 0.87 1.64 64 H -2 3 2 1 -2 -2 -2 -4 2 -2 1 1 2 -1 -5 -1 0 -2 2 -1 3 16 8 9 1 1 1 1 6 1 13 9 5 3 0 3 7 0 9 3 0.30 1.59 65 P -2 -5 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -6 -6 -4 -5 -7 9 -4 -4 -7 -6 -5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 2.92 1.47 66 R -3 4 -2 -2 -6 4 4 -4 -2 -5 -5 3 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 29 0 0 0 19 32 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 1.03 0.91 K Lambda Standard Ungapped 0.1430 0.3276 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1773 0.3176 PSI Gapped 0.0543 0.2670