Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 2 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -4 18 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.47 0.68 2 A 5 -3 -3 -3 -3 -2 -1 1 2 -2 -2 -3 -3 -4 -1 2 -2 1 -3 -1 50 1 0 0 0 1 3 12 7 2 2 0 0 0 2 14 0 2 0 4 0.61 0.91 3 M -1 0 0 -3 -4 -2 -4 -2 0 0 3 -1 5 0 0 -1 -3 1 -1 1 5 6 5 1 0 1 0 4 3 3 28 3 16 3 6 3 0 2 1 10 0.33 1.03 4 D -3 2 2 4 -6 2 4 -1 1 -5 -4 -1 -1 -6 -1 -1 -2 -6 -4 -4 0 10 9 21 0 8 31 5 3 0 1 3 1 0 2 2 2 0 0 1 0.66 1.14 5 P -3 -3 -4 -4 -5 -2 -1 -5 -2 -4 -5 -3 -5 -6 8 -2 -2 -6 -4 -3 0 1 0 0 0 1 4 0 1 1 1 1 0 0 84 2 2 0 1 2 2.28 1.31 6 R -4 7 -3 -4 -6 -1 -3 -5 1 -4 -1 1 -3 -4 -4 -3 -3 -5 0 -1 0 71 0 0 0 2 0 0 3 0 5 8 0 1 0 1 1 0 3 6 1.45 1.51 7 T -2 -3 -2 -1 -1 -2 -1 -2 -2 0 0 -1 -1 -2 -5 -1 6 -5 -1 1 2 1 1 4 1 1 4 4 1 4 10 3 2 1 0 2 46 0 3 9 0.61 1.55 8 I -1 -4 -6 -6 5 -5 -6 -6 -6 4 0 -5 0 -4 -5 -4 -2 -6 -3 5 4 1 0 0 10 0 0 0 0 25 7 0 2 0 0 0 2 0 1 47 1.12 1.58 9 T -3 -1 -1 -2 1 -3 0 -3 1 1 -2 -1 -2 -3 -5 -2 6 -5 -2 2 0 3 2 2 3 1 7 2 4 8 3 4 1 1 0 2 45 0 1 12 0.68 1.66 10 M -4 -1 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -6 3 5 -2 4 -2 -4 -4 -3 -5 -4 1 0 3 1 0 0 0 0 0 0 19 52 3 11 1 1 1 1 0 0 8 1.02 1.65 11 H -3 4 0 -4 -3 2 0 -5 7 -3 -3 1 -3 -4 -1 -1 -1 -6 -1 1 1 21 4 0 1 9 6 0 24 1 2 9 0 0 3 4 4 0 2 10 0.71 1.67 12 K -3 5 -2 -4 -6 -2 -2 -5 -4 -5 -4 6 -3 -6 1 -3 -4 -6 -5 -5 1 33 1 0 0 0 1 0 0 1 1 54 1 0 6 1 0 0 0 0 1.43 1.67 13 D -3 -2 2 5 -5 2 -1 1 0 -4 -5 0 -5 -6 0 -1 0 -6 -5 -4 1 2 10 36 0 10 3 11 2 1 1 6 0 0 5 5 5 0 0 1 0.69 1.61 14 S 0 -2 0 1 -5 0 2 -1 -2 -4 -3 -1 -2 -4 2 4 0 -6 -5 -3 7 2 4 7 0 4 16 4 1 1 3 3 1 0 10 30 5 0 0 2 0.45 1.66 15 T -1 0 3 -2 -3 2 0 1 0 -2 -2 1 -1 -4 -4 0 3 -5 -3 -1 5 4 15 2 0 8 5 11 2 3 5 8 1 1 0 7 19 0 1 4 0.30 1.60 16 G -2 -3 -1 -1 -5 -2 2 6 -2 -5 -4 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -5 -1 -5 2 1 2 3 0 2 12 63 1 0 2 2 1 1 1 2 1 0 3 1 1.14 1.60 17 H -2 -3 -1 -1 -1 3 -2 4 4 -4 -3 -2 -2 -1 0 0 -1 -3 2 -3 3 1 2 4 2 12 2 28 11 1 3 2 1 2 4 8 4 0 8 1 0.48 1.42 18 V -4 -5 -4 -5 -2 -5 -4 -4 -2 0 4 -5 0 5 -5 -4 -2 -1 3 2 1 0 1 0 1 0 1 1 1 3 36 0 1 28 0 1 3 1 8 13 0.88 1.58 19 G -3 -5 -3 -3 -5 -3 -5 7 -1 -7 -6 -4 -6 -6 -5 -2 -4 -5 -6 -6 0 0 0 1 0 1 0 92 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 2.11 1.67 20 F -2 -6 -6 -6 -2 -6 -4 -6 -5 -1 0 -6 1 8 -6 -5 -5 -3 0 -2 4 0 0 0 1 0 1 0 0 4 9 0 3 75 0 0 0 0 1 2 1.89 1.74 21 I -1 -1 2 -3 1 0 -1 -2 2 1 -3 -3 -2 -1 -5 3 2 -5 -1 2 4 4 10 1 3 4 3 3 5 7 1 1 1 3 0 23 11 0 2 15 0.34 1.78 22 F -4 -6 -6 -4 -4 -4 -5 -6 -2 5 3 -5 0 2 -4 -5 -3 -5 -1 3 1 0 0 1 0 1 1 0 1 36 26 0 1 9 1 0 1 0 2 20 0.97 1.78 23 K -2 4 -1 -3 -5 2 0 -3 2 -1 -3 4 -2 -5 -4 -1 -1 -6 -5 1 2 21 2 1 0 9 6 1 4 3 2 30 1 0 1 4 3 0 0 11 0.64 1.78 24 N -2 1 4 2 -6 -2 0 4 1 -6 -4 1 -5 -4 -3 0 -1 -6 -5 -5 3 6 17 11 0 2 6 29 3 0 1 8 0 1 1 6 5 0 0 0 0.60 1.78 25 G -1 -1 -1 -2 -2 -2 -2 6 0 -5 -5 -1 -5 -3 -3 -1 -2 -5 -3 -4 5 3 3 2 1 1 2 67 3 1 1 3 0 1 1 4 2 0 1 1 1.22 1.78 26 K -2 1 0 -3 -2 0 2 -4 0 1 -1 5 -2 -3 -4 -2 -1 -5 -2 1 3 8 4 1 1 3 11 1 3 7 5 31 1 1 1 2 3 0 2 12 0.44 1.76 27 I -2 -4 -3 -6 0 -4 -6 -6 -6 6 0 -4 0 0 -6 -4 -2 -5 -2 4 2 1 1 0 2 1 0 0 0 49 6 1 2 4 0 1 2 0 1 28 1.14 1.78 28 T -1 0 -3 -3 3 -2 -2 0 -3 1 -3 1 -2 -2 -1 3 3 -2 -2 0 5 6 1 1 6 2 2 6 1 7 2 8 1 2 3 21 18 1 1 8 0.30 1.80 29 S 0 2 -1 0 -2 0 0 -1 -1 -3 -4 2 -4 0 -1 3 -1 -2 -3 -2 9 13 2 4 1 4 6 4 2 1 1 12 0 4 2 27 4 0 1 3 0.34 1.79 30 I -3 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -6 5 1 -5 -1 -1 -2 -3 -1 -6 -4 5 1 1 1 1 0 1 1 1 0 36 11 0 1 3 2 2 4 0 0 35 0.97 1.75 31 V -2 -1 -3 1 -2 -1 1 -5 -1 3 1 -1 2 1 -5 -1 -2 -5 -1 3 3 3 1 7 1 3 11 0 1 15 12 3 4 6 0 5 2 0 2 18 0.29 1.71 32 K -1 2 -2 -1 -5 0 2 -3 1 -3 -3 3 -2 -2 4 0 -2 -5 -4 -2 6 9 2 2 0 4 15 2 4 1 2 20 1 2 17 7 2 0 0 3 0.47 1.70 33 D -3 -1 1 3 -2 -2 1 5 1 -6 -6 -1 -2 -3 -3 -2 -3 -5 0 -5 1 3 7 17 1 1 8 42 3 0 0 5 1 1 1 2 1 0 4 0 0.78 1.69 34 S -2 -1 -2 -4 -5 1 -4 4 1 -1 -3 -2 -2 -5 -1 4 0 -5 -5 -3 1 3 1 0 0 6 0 36 3 3 3 2 1 0 3 31 4 0 0 1 0.72 1.68 35 S 2 -1 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -4 -1 -2 -2 0 -1 5 3 -1 -5 -2 0 15 4 1 1 1 2 2 1 0 4 4 2 3 3 25 21 4 0 2 6 0.49 1.68 36 A 6 -4 -4 -2 -4 -4 -2 -2 -4 -2 -4 -1 -4 -5 -2 -1 -1 -5 -1 -1 74 0 0 2 0 0 2 2 0 2 0 3 0 0 2 2 3 0 2 3 1.18 1.69 37 A 1 -3 -2 4 -2 -1 4 -4 3 0 -3 -2 -1 -3 -5 -1 -3 4 0 -2 12 1 1 22 1 2 24 1 6 5 2 2 1 1 0 5 1 6 3 3 0.54 1.72 38 R -3 6 0 -2 -2 3 -1 -3 1 -3 -1 1 0 -5 -5 -1 -2 -5 -3 -3 2 42 3 2 1 15 4 2 3 1 7 8 2 0 0 4 2 0 1 1 0.78 1.68 39 N 3 -3 3 0 2 0 -2 1 1 -3 -3 -1 -4 -5 -4 1 0 -5 -5 -3 28 1 16 5 5 4 2 10 4 1 2 3 0 0 0 10 6 0 0 2 0.46 1.68 40 G -2 -3 -2 -2 -5 -4 -3 7 -4 -5 -4 -2 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 2 2 2 1 0 0 2 81 0 0 2 3 0 0 0 2 0 0 0 0 1.61 1.36 41 L -4 -3 -3 -4 -4 -3 -5 -2 -5 2 5 -3 1 -1 -5 -3 -3 -4 -3 1 1 1 1 1 0 1 0 3 0 8 67 1 2 2 0 1 1 0 0 7 0.94 1.36 42 L -3 4 -3 -4 -1 1 -1 -5 -1 -1 3 1 0 0 0 -3 -3 -4 -1 -2 2 23 1 0 1 8 4 0 1 3 30 10 1 4 4 1 0 0 2 3 0.47 1.37 43 T -1 0 -1 0 -1 0 -2 -1 -2 2 -2 -1 -2 -4 2 -2 3 -5 -3 3 4 5 2 5 1 5 2 4 1 10 2 4 1 0 12 1 20 0 1 20 0.32 1.37 44 E -2 -3 1 1 -5 -1 0 6 0 -5 -5 -2 -2 -5 -4 -2 -4 -1 -3 -5 1 1 6 6 0 3 5 65 2 0 1 3 1 0 0 2 0 1 1 0 1.17 1.37 45 H -3 -3 -2 7 -2 -1 -1 -4 6 -5 -4 -3 -2 -2 -4 -2 -4 -5 -1 -5 2 1 0 61 1 2 1 0 20 0 2 0 1 2 0 2 0 0 2 0 1.42 1.37 46 N -1 5 -1 -3 -1 3 1 -4 3 -1 -2 0 -1 -1 -4 -2 -2 -4 1 -2 5 35 2 0 1 15 7 1 6 4 4 3 1 2 0 2 1 0 6 3 0.61 1.37 47 I -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -5 6 4 -5 1 -1 -5 -4 -1 -4 -4 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 44 33 0 2 2 0 0 3 0 0 12 1.04 1.37 48 C -3 -2 -5 -5 4 -4 -2 -5 -2 4 4 -3 0 -3 -5 -2 -2 -1 -2 2 2 2 0 0 10 0 2 0 1 21 34 2 2 0 0 3 2 1 1 16 0.67 1.37 49 E 2 -1 -2 -2 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -4 -4 -4 1 -3 -2 -3 -4 15 3 1 1 0 7 52 1 1 1 2 5 0 1 0 8 1 1 1 1 0.87 1.40 50 I -2 -5 -1 -5 -4 -5 -5 -5 -5 4 -1 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 2 0 3 0 0 0 0 0 0 25 2 0 1 0 0 0 0 0 0 64 1.30 1.40 51 N -3 -3 8 1 2 -2 -2 -1 -2 -5 -5 -1 -5 -5 -4 -2 -3 -6 -5 -5 1 0 73 8 5 1 2 3 0 0 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 1.59 1.40 52 G -2 -2 -1 -1 -5 -2 -1 7 -2 -6 -5 -1 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 1 2 2 3 0 1 4 75 1 0 1 5 0 0 0 2 1 0 0 0 1.44 1.39 53 Q -2 0 -2 -2 -2 4 2 -4 -1 2 -2 0 -1 -2 -4 -2 0 -4 -2 3 3 5 2 1 1 22 12 1 2 14 2 5 1 1 1 1 5 0 1 19 0.44 1.33 54 N 0 -3 5 1 -1 -3 -1 -3 -1 -3 -4 -3 -3 -2 0 4 -1 -5 -3 -2 6 1 33 8 1 0 3 1 1 1 2 1 1 2 5 28 2 0 1 3 0.69 1.33 55 V -2 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -5 -5 3 1 -4 0 -1 -4 -3 0 -5 -3 6 2 0 0 0 1 0 0 1 0 13 9 0 2 2 0 1 5 0 0 61 1.06 1.37 56 I -1 0 -2 0 -3 0 3 -3 -2 3 -1 -2 0 -3 -4 0 -1 -2 -4 3 4 6 1 5 0 4 19 1 1 15 6 2 2 1 0 7 3 0 0 21 0.32 1.37 57 G 1 -2 2 0 -4 -2 -1 5 1 -4 -4 0 -3 -5 -3 0 0 -3 -4 -4 11 2 9 5 0 1 4 42 3 1 1 5 1 0 1 6 7 0 0 0 0.64 1.38 58 L 0 -3 -4 -3 1 -2 -1 -4 -3 0 3 1 4 0 -4 -2 1 0 0 0 9 1 1 1 2 1 4 1 1 4 32 9 13 4 0 3 7 1 3 5 0.40 1.44 59 K 0 0 1 0 -3 -1 0 -2 -1 -4 -4 2 -3 -5 2 3 3 -5 -4 -3 6 5 5 6 1 2 4 3 1 1 1 13 1 0 9 19 21 0 0 1 0.41 1.45 60 D -4 -1 0 3 -4 -1 -2 -4 9 -4 -5 -3 -5 -4 0 -1 -3 -5 0 -4 1 3 3 18 0 3 1 0 56 1 0 1 0 1 6 3 1 0 3 1 1.58 1.54 61 S 0 0 0 2 -4 0 4 -2 -1 -4 -4 2 -3 -6 -2 2 -1 -6 -5 -4 7 5 4 9 0 3 31 2 1 1 1 12 0 0 2 16 4 0 0 1 0.56 1.58 62 Q -1 1 -2 2 -3 5 4 -3 0 -4 -5 2 -3 -5 -4 -2 -2 -3 -3 -5 5 6 1 11 1 29 27 2 2 1 0 10 1 0 0 2 1 0 1 0 0.82 1.59 63 I 1 -4 -6 -6 -4 -3 -5 -5 -6 5 1 -5 2 -4 -5 -4 -1 -6 -4 4 14 1 0 0 0 1 0 1 0 32 10 0 4 0 0 0 3 0 0 34 0.95 1.57 64 A 2 -3 -3 -5 -2 -1 -3 -4 -3 2 -1 -1 0 -3 -5 -1 0 -6 -4 5 17 1 1 0 1 2 1 1 1 11 4 3 2 1 0 5 4 0 0 44 0.66 1.57 65 D 0 0 1 4 -6 3 3 -3 2 -5 -5 1 -5 -6 -3 -1 -2 -6 -5 -4 9 5 7 24 0 16 19 1 5 0 1 7 0 0 1 5 1 0 0 1 0.67 1.57 66 I -1 -2 -5 -6 0 -4 -4 -6 -3 5 3 -2 3 -2 -6 -4 -2 -5 -2 1 5 3 0 0 2 1 1 0 1 32 32 2 8 1 0 1 3 0 1 7 0.77 1.56 67 L -3 -3 -6 -7 -4 -4 -6 -7 -6 5 5 -5 1 -1 -6 -5 -4 -5 -4 0 1 2 0 0 0 1 0 0 0 32 56 0 3 2 0 0 0 0 0 3 1.23 1.56 68 S 1 4 -3 -2 -4 1 -1 -2 -2 -4 -3 4 -1 -5 -4 1 -1 0 -5 -3 11 25 1 2 0 6 2 3 1 0 3 27 2 0 0 11 4 1 0 2 0.61 1.55 69 T 0 0 4 1 -2 2 1 -2 -1 -4 -4 1 -1 -6 -4 1 3 -6 -4 -4 7 4 17 6 1 9 10 3 1 1 1 8 2 0 0 12 16 0 0 1 0.42 1.56 70 S 4 -3 -2 -3 3 -2 -3 1 -3 -4 -3 -2 -2 -5 -2 4 0 -6 -4 -4 32 1 1 1 6 2 0 9 0 0 2 1 1 0 1 38 4 0 0 0 0.77 1.58 71 G -2 -1 -3 -2 -3 -1 -1 6 1 -4 -5 -1 -1 -6 0 -1 -2 -6 -4 0 2 4 1 2 0 3 5 56 3 1 1 3 2 0 5 4 2 0 0 7 0.89 1.57 72 T -3 0 4 3 -5 1 0 3 -1 -5 -3 -2 -3 -6 0 0 2 -6 -4 -4 1 5 18 17 0 6 4 21 1 0 2 1 1 0 4 6 11 0 0 1 0.52 1.58 73 V -1 0 -2 -2 -2 0 3 -4 -2 1 -2 -1 -2 -3 -2 1 3 -5 -3 1 6 5 1 2 1 3 19 1 1 8 3 3 1 1 2 10 22 0 1 12 0.35 1.58 74 V -2 -6 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -6 4 2 -5 0 -3 -4 -4 -2 -6 -4 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0 19 16 0 1 0 0 1 2 0 0 57 1.18 1.59 75 T -2 2 -2 -3 -1 -1 -1 -4 3 -3 -3 0 0 -5 -4 0 6 -6 -3 -2 2 10 2 0 1 2 3 0 8 1 1 4 2 0 0 4 56 0 1 3 0.98 1.60 76 I -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 3 5 -6 4 2 -6 -5 -3 -5 -4 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 17 54 0 10 7 0 0 1 0 0 11 1.13 1.58 77 T -3 0 -4 -3 0 -2 -1 -4 -3 -1 0 3 -3 -4 -4 -1 5 -3 -5 1 1 4 0 1 2 1 3 0 0 3 8 19 0 0 0 3 45 0 0 9 0.76 1.57 78 I -3 -5 -4 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 0 -5 -1 -4 -5 -4 1 -6 -4 5 1 0 1 0 0 0 0 0 0 35 6 0 1 0 0 0 9 0 0 47 1.22 1.55 79 M -1 -4 -5 -6 -3 -2 -4 -5 -5 4 2 -3 6 -3 -5 -3 -1 -3 -4 3 5 1 0 0 0 1 0 1 0 27 15 1 24 0 0 1 3 0 0 20 0.92 1.47 80 P -3 -5 -5 -1 -6 -4 -3 -5 -5 -6 -6 -3 -5 -7 9 -2 -4 -7 -6 -5 1 0 0 3 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 93 2 0 0 0 0 2.69 1.34 81 A 4 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -4 -4 -4 1 -4 -2 -1 4 2 -5 -4 -3 35 0 1 0 0 1 1 2 0 0 0 11 0 2 3 30 14 0 0 0 0.69 1.16 82 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -2 -2 -2 -5 2 8 -6 -4 -4 -1 5 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 75 0 0 0 0 19 0 1.77 0.88 K Lambda Standard Ungapped 0.1333 0.3175 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1944 0.3169 PSI Gapped 0.0595 0.2670