Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -4 -3 6 3 -5 4 -2 -4 4 -6 -6 -2 -4 -6 -4 0 1 -6 -4 -5 0 0 41 13 0 23 0 0 9 0 0 0 0 0 0 7 7 0 0 0 1.08 1.18 2 R -4 7 -3 -4 -7 1 -3 -5 -4 -4 -5 5 -4 -6 -2 -3 -4 -6 -5 -6 0 54 0 0 0 6 0 0 0 1 0 36 0 0 2 1 0 0 0 0 1.60 1.64 3 K -3 2 -2 -3 -3 3 2 -4 3 1 0 4 -2 -5 -5 -1 -2 -1 -3 -4 2 12 2 1 1 14 12 1 6 8 11 23 1 0 0 4 2 1 1 0 0.50 1.71 4 M -4 -4 -5 -6 -3 -5 -5 -4 -2 3 4 -4 4 2 -6 -4 -1 -2 3 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1 15 39 1 12 7 0 0 4 0 10 7 0.82 1.76 5 A 1 2 -2 0 1 1 3 -3 -2 0 0 0 2 -3 -4 1 -2 -6 -3 -2 13 12 1 4 2 6 17 1 1 7 11 4 5 1 0 9 2 0 1 2 0.25 1.78 6 M 0 -2 -1 -2 -3 1 1 -4 0 4 1 1 2 -3 -5 -2 0 -6 -3 0 6 2 3 2 0 7 11 1 2 24 11 9 5 0 0 3 6 0 1 5 0.33 1.77 7 G 4 -5 -4 -4 3 -2 -4 5 -5 -6 -6 -5 -5 0 -5 -1 -3 -6 -3 -3 30 0 0 1 6 1 1 49 0 0 0 0 0 5 0 4 1 0 1 1 1.15 1.80 8 R 2 2 -5 -6 0 -4 -5 -3 -5 4 1 -2 0 -3 -4 -1 1 -6 -5 2 19 10 0 0 2 0 0 2 0 22 11 3 2 1 0 4 8 0 0 16 0.49 1.84 9 K 0 2 2 1 -2 1 2 -3 0 -4 -2 3 -3 -6 -4 1 -1 -3 -2 -3 6 9 11 8 1 5 12 1 2 1 5 18 0 0 1 11 4 0 2 2 0.35 1.87 10 K -2 0 -2 -3 -4 2 1 -5 4 -1 2 4 1 -2 -5 -2 -1 -3 0 -2 3 4 2 1 0 9 8 0 9 3 20 27 3 1 0 2 3 0 3 2 0.48 1.87 11 F -5 -6 -6 -7 -6 -6 -6 -6 -5 -3 -2 -6 -1 9 -3 -3 -4 0 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 1 87 1 2 1 1 1 1 2.33 1.86 12 N -1 -3 8 -1 -3 -2 -3 -3 -1 -5 -6 -2 -4 -6 -4 -1 -2 -7 -3 -5 5 1 78 2 1 1 1 1 1 1 0 2 0 0 1 4 2 0 1 1 1.80 1.90 13 M 0 3 0 -2 -3 1 1 -3 0 -2 -2 2 3 0 -5 0 -1 -2 -1 -1 6 15 5 2 0 7 11 2 3 3 3 12 8 5 0 8 4 1 2 4 0.27 1.91 14 D -3 -1 3 5 -3 -2 0 -4 -1 -4 -6 5 -3 -6 -3 1 -2 -7 -4 -6 1 2 13 27 1 1 5 1 1 1 0 34 1 0 1 9 2 0 1 0 0.93 1.91 15 P -1 -5 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -3 -5 -3 -3 -3 8 -1 -3 -1 -2 -4 5 0 1 1 1 3 2 2 1 1 1 1 1 1 70 4 2 1 2 1 1.78 1.96 16 K -2 0 -1 0 -6 0 1 -3 0 -3 -3 6 -1 -2 -2 0 -1 -1 -3 -1 3 3 3 6 0 3 8 1 3 2 2 44 1 2 2 7 3 1 1 5 0.63 1.93 17 K -1 2 -1 0 -1 1 2 -3 1 -4 -3 5 -1 -6 -3 -1 -1 -1 -3 -3 4 12 3 5 2 4 10 2 3 1 2 38 2 0 1 5 4 1 1 2 0.62 1.92 18 G 1 -3 -2 -2 -1 -4 -3 6 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -5 0 -1 3 -5 -3 13 2 2 3 1 0 1 54 1 2 1 2 1 1 0 7 3 4 0 2 0.95 1.88 19 I -4 -1 -5 -3 -1 -5 -3 -6 -2 6 2 -3 2 0 -5 -3 -4 -5 -4 2 0 3 0 2 2 0 2 0 1 42 19 2 6 3 0 2 0 0 0 14 0.90 1.88 20 Q 1 1 -1 1 -2 3 3 -2 1 -3 -3 2 -2 -3 1 0 -2 -6 -2 -3 12 6 2 7 1 11 17 2 4 2 2 13 1 1 6 6 2 0 1 2 0.33 2.05 21 F -1 0 -3 -2 -1 0 -2 -3 1 -2 0 -2 1 4 -5 -2 -1 1 6 -2 4 5 1 3 1 4 3 2 3 2 10 3 4 19 0 3 3 2 24 3 0.56 2.05 22 L -2 -5 -3 -3 0 -2 -3 -3 -1 1 5 -5 2 1 -2 -2 -2 -5 -1 -2 3 0 2 2 2 2 2 2 2 6 56 0 4 6 3 3 2 0 2 2 0.77 2.04 23 V -1 0 -1 -2 0 3 -1 -3 0 3 0 1 1 0 -2 -2 -1 -5 -1 1 6 5 3 3 2 11 5 2 2 16 9 8 3 4 2 3 3 0 2 9 0.17 2.12 24 E 0 1 0 0 -5 1 3 0 1 -2 -2 1 1 -1 -1 1 -1 2 0 -2 7 6 5 5 0 6 16 6 3 3 5 7 3 3 3 11 3 3 3 3 0.14 2.11 25 N -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 26 E -2 -1 1 -2 -1 0 2 4 2 -5 -4 2 -5 -2 -2 -1 -2 0 -3 -5 3 3 6 2 2 5 11 35 4 1 2 15 0 2 2 3 3 1 1 0 0.57 1.91 27 L -2 -3 -2 -2 -2 -4 -3 -1 -1 3 3 -2 1 4 -4 -3 -3 -2 0 0 3 2 2 3 1 1 2 5 1 14 31 2 2 18 1 2 1 0 2 6 0.50 1.89 28 L -3 -4 -3 -2 1 -5 -3 -4 -3 4 4 -3 0 -1 -2 -2 -1 -5 -3 2 2 1 2 3 3 0 2 1 1 19 35 1 2 3 2 3 3 0 1 15 0.57 1.89 29 Q -1 -1 -1 3 -2 0 3 0 -2 -4 -4 1 -2 -2 3 1 -1 -2 -2 -2 4 4 2 14 1 4 17 8 1 1 2 9 1 2 13 11 3 1 1 3 0.33 1.92 30 N -1 0 2 5 -2 -2 2 -1 1 -4 -4 -1 -2 -4 0 0 0 -1 -2 -2 4 4 10 27 1 1 13 5 3 1 1 4 1 1 4 8 6 1 1 3 0.45 1.89 31 T -1 -2 2 5 -1 -2 0 -4 -1 -4 -4 -1 -2 -4 0 2 3 -6 -1 -3 4 3 8 27 1 1 6 1 1 1 1 4 1 1 5 13 19 0 2 2 0.54 1.88 32 P 2 -4 -2 1 -1 -3 -2 -2 -1 -3 -3 -2 -3 -3 6 -1 -3 0 -2 -2 18 1 2 7 1 1 2 3 2 2 2 2 1 1 45 4 1 2 1 3 0.97 1.87 33 E -1 2 -1 -1 -5 3 4 -3 0 -1 -2 3 -1 -3 -2 -2 -1 -1 -2 -1 5 9 2 3 0 11 24 2 2 3 4 15 1 1 2 3 4 1 1 6 0.36 1.81 34 E 0 0 -1 3 -1 1 4 -1 0 -2 -3 -2 -2 -3 -3 2 -1 -5 -1 -2 8 5 2 13 2 5 23 4 2 2 2 2 1 1 1 16 4 0 3 3 0.34 1.75 35 I -1 -1 -5 -3 -1 -2 -4 -5 -1 4 2 -1 1 0 0 -3 -2 -4 2 3 4 3 0 2 1 2 0 0 1 20 19 5 3 3 4 2 2 0 7 21 0.45 1.69 36 A 6 -4 -4 -2 1 -4 -2 0 -5 0 -2 -4 0 0 -4 -1 -1 -5 -4 -1 57 0 0 2 3 0 2 7 0 5 3 0 2 5 0 4 4 0 0 4 0.81 1.73 37 R 1 1 0 -2 1 2 1 -3 2 -1 -1 2 0 1 -2 -1 -1 1 0 -1 11 8 4 2 3 9 8 2 5 3 7 11 3 6 2 5 4 2 3 4 0.14 1.90 38 F -2 2 -1 0 1 1 -1 1 1 -1 1 0 1 3 -5 -2 -4 4 2 -2 3 9 3 5 3 6 3 10 3 3 12 5 3 14 0 3 0 5 6 3 0.24 1.78 39 L 0 0 -4 -4 3 1 0 0 -4 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 2 0 6 6 0 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0.20 1.67 40 Y -2 2 -1 -2 1 -1 -1 -5 3 -1 1 1 1 3 -1 -2 -2 3 3 -2 4 10 3 3 3 3 3 0 8 4 12 9 3 10 3 3 3 3 10 3 0.27 1.99 41 K -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 42 G -2 0 2 -1 1 -1 1 1 0 -2 1 -2 -2 -2 -4 0 3 -1 -1 -3 3 5 9 3 3 3 11 11 2 2 13 2 1 2 1 5 21 1 2 1 0.26 1.99 43 E -1 -1 0 4 -2 1 3 -4 1 -4 -4 1 -3 -3 2 0 0 -6 -3 -3 5 4 4 19 1 5 19 1 3 1 1 7 1 1 11 8 6 0 1 2 0.44 1.98 44 G -2 2 0 0 -2 -1 0 4 0 -3 -4 -1 -2 1 -1 -1 0 -1 0 -4 3 13 4 5 1 3 5 31 2 1 2 4 1 7 3 5 5 1 3 1 0.40 1.96 45 L -2 -3 -6 -6 -1 -3 -4 -6 -1 2 4 -4 0 3 -2 -2 -2 -5 0 2 2 1 0 0 1 1 1 0 1 11 43 1 1 10 3 3 2 0 4 13 0.67 1.93 46 N -2 0 3 5 -1 0 0 -1 0 -3 -4 0 -5 -3 0 2 -2 -1 -3 -3 2 4 14 27 1 4 5 4 2 1 2 5 0 1 4 15 3 1 1 2 0.51 1.95 47 K -3 3 -1 -3 -6 -1 -1 -3 0 -3 -2 5 -1 -2 1 0 -2 2 -2 -4 2 17 2 1 0 3 3 2 2 2 5 38 1 2 8 6 2 3 2 1 0.66 1.95 48 T 0 1 1 1 0 1 1 -2 1 -2 -3 1 -1 -1 -1 1 2 -5 -1 -1 6 7 7 7 2 6 9 3 3 2 2 10 1 3 3 10 10 0 3 5 0.15 1.92 49 A 0 -1 -1 2 0 1 1 -1 0 -1 -2 2 1 0 1 0 -2 1 -4 0 8 3 2 10 2 7 8 4 3 3 5 11 4 5 6 8 2 2 0 7 0.11 1.87 50 I 0 -1 0 -1 -4 -4 -4 -1 1 2 1 -1 2 0 -1 -1 -1 -5 2 2 7 4 4 3 0 0 0 6 3 13 13 4 5 4 3 4 3 0 6 16 0.21 1.79 51 G -1 0 0 0 3 1 0 -1 -4 0 -1 0 2 1 0 0 0 4 -4 0 6 6 5 6 5 5 6 6 0 6 6 6 5 5 6 6 6 5 0 6 0.12 1.89 52 D 0 0 -1 2 1 0 3 -2 -1 -1 -2 0 1 -5 0 -1 -1 1 -2 -1 9 6 3 11 3 3 22 3 2 3 4 4 4 0 5 5 3 2 1 5 0.20 1.93 53 Y -3 -3 -3 -6 -1 -2 -3 -3 2 0 1 -3 0 4 -6 -2 -1 4 6 -1 2 1 1 0 1 2 1 2 5 5 12 1 2 17 0 3 4 5 28 4 0.74 1.89 54 L -2 -2 -5 -6 1 -1 -5 -6 -5 2 5 -2 1 1 -2 -1 -2 -5 -4 -1 3 3 0 0 3 3 0 0 0 10 54 2 3 5 2 5 2 0 0 3 0.76 1.84 55 G 0 -1 0 -1 3 -1 -1 4 -5 -2 -3 -2 -1 0 -2 1 -1 -5 -1 -2 8 4 4 3 6 3 3 33 0 2 3 2 2 4 3 12 4 0 2 3 0.42 1.97 56 E -1 0 1 1 1 1 2 0 2 -2 -2 2 -4 -1 -1 0 0 -5 0 -2 4 5 6 8 3 5 13 8 4 3 4 13 0 3 3 6 5 0 3 3 0.17 1.96 57 R -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 58 E -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 59 E 0 1 0 2 0 0 3 -2 1 -2 -2 0 0 -2 2 -1 -1 1 -1 -2 7 7 5 10 2 4 16 3 3 2 4 5 2 2 11 4 3 2 3 4 0.19 2.05 60 L -2 0 -1 0 -5 -1 0 -2 1 -1 -1 -1 1 5 -1 -2 0 2 1 0 4 4 4 6 0 3 5 3 3 4 5 4 4 25 4 3 5 3 4 6 0.33 2.06 61 N -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 62 L -1 1 -1 -1 1 1 1 -2 1 1 0 1 2 -1 -1 -1 -1 -5 0 -1 5 8 3 4 3 6 8 4 3 9 9 10 5 3 3 5 4 0 3 5 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