Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -2 2 3 3 -4 0 3 -2 -1 -4 -4 3 -3 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 13 22 15 0 0 30 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0.57 0.25 2 K 0 1 -1 3 -4 0 1 -2 -2 -4 -4 5 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 7 0 0 21 0 0 7 0 0 0 0 65 0 0 0 0 0 0 0 0 0.70 0.33 3 V -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 3 -3 0 -1 0 -3 -1 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 35 0 0 0 5 0 0 0 0 45 0.57 0.33 4 E -2 -2 -1 2 -4 0 6 -3 -2 -2 -3 -1 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 1 0 0 0 11 0 0 71 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0.80 0.36 5 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 2 5 -4 2 1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 86 0 4 3 0 0 0 0 0 0 0.83 0.36 6 R -2 7 -1 -3 -5 0 -1 -3 -1 -4 -3 2 -2 -4 1 -2 -2 -4 -3 -4 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 6 0 0 0 0 0 1.18 0.36 7 P 1 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 8 -1 -2 -5 -4 -3 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 2.00 0.36 8 L -2 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 3 4 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 49 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0.66 0.36 9 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 5 1 -4 0 2 -4 -3 -2 -3 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 4 0 0 9 0 0 0 0 4 23 0.69 0.36 10 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.54 0.36 11 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 0 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0.99 0.42 12 T -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 1 2 -2 3 -2 -3 -1 5 -3 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 9 25 0 12 0 0 0 52 0 0 0 0.57 0.42 13 R 0 4 -1 -1 -3 2 1 -2 1 -1 -3 1 -2 -4 -3 2 -1 -4 -3 -3 4 35 0 2 0 11 9 2 4 6 0 3 0 0 0 24 0 0 0 0 0.46 0.42 14 G -1 -3 3 -2 -4 -2 -3 6 -2 -5 -5 -2 -4 -5 1 -1 -2 -4 -4 -4 0 0 22 0 0 0 0 71 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 1.14 0.44 15 L -2 -2 -3 -3 -3 3 1 -4 -3 0 5 -2 0 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 17 10 0 0 0 69 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0.62 0.44 16 P 0 -3 -2 -2 -3 -2 -2 0 0 -4 -4 -2 -3 -4 7 2 1 -5 -4 -3 8 0 0 0 0 0 0 6 2 0 0 0 0 0 59 17 8 0 0 0 1.25 0.44 17 P -2 1 -2 1 -4 1 2 -3 -2 -4 -2 1 -3 -4 4 1 1 -4 -3 -3 0 9 0 7 0 8 14 0 0 0 3 10 0 0 26 10 12 0 0 0 0.55 0.44 18 T 3 0 -2 2 -3 1 2 -2 -2 -4 -4 0 -3 -4 3 0 0 -4 -3 -3 29 4 0 13 0 5 18 0 0 0 0 5 0 0 16 6 4 0 0 0 0.46 0.44 19 D -2 -2 -1 5 -4 1 3 -3 -2 -1 -2 -1 -3 -4 -3 -2 0 -5 -4 0 0 0 0 45 0 5 26 0 0 4 3 0 0 0 0 0 5 0 0 11 0.67 0.44 20 L -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -4 4 4 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 41 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0.73 0.44 21 E -2 -1 -1 1 -5 1 7 -3 -1 -5 -4 0 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 3 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.32 0.44 22 T 0 4 -2 -3 -3 -1 -2 0 -2 1 -1 1 -2 -3 -3 1 3 -4 -3 -2 5 28 0 0 0 0 0 7 0 10 5 10 0 0 0 8 27 0 0 0 0.36 0.44 23 I -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 3 2 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 9 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.82 0.44 24 T 1 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -2 0 6 -4 -3 1 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 0 0 11 0.81 0.44 25 I 0 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -4 4 0 -4 0 -2 -4 -3 -1 -4 -3 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 0.81 0.44 26 D -1 -2 3 4 -4 -1 3 1 -2 -3 0 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 3 0 19 32 0 0 22 13 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.56 0.44 27 A 6 -2 -3 -2 -2 -2 1 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -2 89 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.86 0.44 28 I -3 -4 -5 -5 -2 -4 -5 -5 -5 7 1 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.44 29 R -2 6 -2 -2 -4 1 1 -3 1 -3 -3 3 -2 -4 -3 0 -2 -4 -3 -1 0 56 0 0 0 4 11 0 3 0 0 14 0 0 0 6 0 0 0 6 0.77 0.44 30 T -1 -1 -2 1 -3 1 2 -3 -2 -2 1 4 -2 -3 -3 -1 2 -4 -3 -2 2 0 0 7 0 6 17 0 0 0 17 31 0 0 0 0 19 0 0 0 0.38 0.44 31 H -3 0 -1 -3 -4 -1 -2 -3 9 -4 -4 -2 -3 -1 -4 -2 -3 -2 4 -4 0 3 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 1.59 0.44 32 R -3 7 -2 -3 -5 0 -1 -4 -1 -4 -3 1 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.47 0.44 33 R 0 3 0 1 -3 3 -1 -3 -2 -2 -1 2 -2 -4 -3 1 0 -4 -3 -3 8 20 3 7 0 21 0 0 0 2 7 14 0 0 0 13 5 0 0 0 0.36 0.44 34 L 0 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 0 5 -3 1 0 -4 0 -2 -3 -2 -1 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 0 0 3 0 8 0 0 0 0 0.74 0.44 35 V 0 1 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 1 2 -2 0 -2 -4 -3 -2 -4 -2 5 6 11 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0 0 0 0 0 0 0 0 60 0.58 0.44 36 E 1 -2 1 5 -4 0 4 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -5 -4 -3 17 0 6 42 0 0 36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.83 0.44 37 K -2 3 -2 -2 -5 2 3 -3 -2 -3 0 4 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 0 17 0 0 0 11 24 0 0 0 11 37 0 0 0 0 0 0 0 0 0.66 0.53 38 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -2 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.53 39 D -2 -2 -1 4 -5 0 5 -3 -2 -3 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -2 -5 -4 1 0 0 0 31 0 0 56 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0.94 0.53 40 E -1 2 0 1 3 3 1 -3 -2 -1 -3 -1 -2 -4 -3 -2 1 -4 -3 2 3 15 4 8 8 17 11 0 0 3 0 0 0 0 0 0 11 0 0 20 0.32 0.53 41 L 0 1 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 0 5 -3 2 0 -4 -3 1 -3 -2 -1 8 8 0 0 0 0 0 0 0 0 64 0 6 3 0 0 11 0 0 0 0.60 0.53 42 F -3 1 -3 -3 -3 -2 -2 -3 3 -2 -1 0 -1 7 -3 -2 -3 -1 2 -2 1 11 1 1 0 1 1 1 9 1 1 8 0 58 1 1 1 0 4 1 0.81 0.47 43 Q -2 -1 2 -1 -3 5 0 1 1 -3 0 1 -2 -3 -2 -1 -2 -3 -2 -3 1 1 13 1 0 43 1 12 4 1 12 9 0 0 1 1 1 0 0 1 0.51 0.47 44 A 3 1 2 1 -2 -1 2 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 -2 -1 -1 -3 -3 1 33 8 12 10 0 1 15 3 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 12 0.30 0.47 45 L 1 -2 -3 -3 -2 1 -2 -3 -3 0 4 -2 0 -1 -3 -2 -2 -3 -2 1 14 1 1 1 0 9 1 1 0 1 61 1 0 0 1 1 1 0 0 7 0.50 0.47 46 P 0 0 -3 -3 -3 -2 -2 -3 2 0 -2 -2 -2 -3 6 -2 -2 -4 -3 1 9 6 1 1 0 1 1 1 6 8 1 1 0 0 50 1 1 0 0 11 0.93 0.47 47 E 3 -2 -1 2 -3 1 4 0 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -2 1 0 -4 -3 -3 27 0 0 9 0 4 33 8 0 0 1 0 0 0 0 10 5 0 0 0 0.46 0.47 48 T -2 1 2 4 -3 -1 3 -1 -2 -1 -3 1 -3 -4 -2 -1 1 -4 -3 -3 1 10 9 26 0 0 20 5 0 6 1 7 0 0 1 3 9 0 0 1 0.41 0.45 49 Y -1 -2 -1 2 -3 0 2 -3 2 -1 -1 -2 2 -1 -3 0 -2 -2 4 -1 5 1 3 11 0 5 14 1 6 4 6 1 7 0 1 8 1 0 23 4 0.28 0.45 50 K -2 3 -1 -1 -4 3 2 -3 -1 -4 -3 4 -2 -4 -2 0 -2 -3 -3 -3 1 20 0 1 0 17 12 1 0 1 1 38 0 0 1 6 1 0 0 1 0.64 0.45 51 T 2 -3 0 -1 -2 -2 -2 0 -3 2 -2 -1 2 -3 -3 1 3 -4 -3 -1 23 0 4 3 0 0 0 5 0 16 0 4 9 0 0 11 26 0 0 0 0.32 0.50 52 G 1 -3 -2 1 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -3 -4 -5 2 0 -2 -4 -4 -4 9 0 0 8 0 0 0 63 0 0 0 0 0 0 12 7 0 0 0 0 0.98 0.50 53 Q 2 0 -2 -2 -4 1 3 -3 -2 -1 -3 3 -3 -4 2 0 0 -4 -3 -3 19 3 0 0 0 4 22 0 0 5 0 29 0 0 9 4 5 0 0 0 0.44 0.50 54 A 4 -2 -2 2 -3 -1 1 0 -3 -2 -3 0 2 -4 -2 1 -1 -4 -3 -2 49 0 0 15 0 0 10 4 0 2 0 4 7 0 0 9 0 0 0 0 0.47 0.50 55 C 3 0 -1 -3 2 -2 0 -1 -3 0 -1 -2 -2 -3 0 -1 2 -4 -3 2 27 7 2 0 4 0 8 5 0 4 4 0 0 0 4 0 19 0 0 16 0.24 0.50 56 G -1 -3 -2 -3 -4 -3 0 5 -3 -3 -4 -3 -3 -3 1 0 -2 -4 0 1 0 0 0 0 0 0 7 62 0 0 0 0 0 0 8 5 0 0 5 13 0.81 0.50 57 G 1 -3 -1 1 -3 -2 -2 4 3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 1 0 -4 -3 -1 10 0 0 9 0 0 0 43 9 0 1 0 0 0 0 11 7 0 0 6 0.53 0.46 58 P 3 0 -2 1 -3 -1 3 -2 -2 -3 -3 1 -2 -4 3 -1 -2 -4 -3 0 31 6 0 8 0 0 21 1 0 0 1 8 0 0 15 1 0 0 0 7 0.41 0.46 59 Q 1 1 -2 -2 -3 5 1 -3 3 -3 0 -1 -2 -3 -2 -1 0 -3 -2 -2 17 6 0 0 0 41 7 1 10 0 10 0 0 0 0 1 4 0 0 0 0.51 0.46 60 H -1 -1 -1 -2 -3 3 -1 -3 8 -4 -3 -1 -2 -2 -3 0 -2 -3 3 -3 6 0 0 0 0 15 0 1 58 0 1 0 0 0 0 7 0 0 9 0 1.05 0.46 61 I -2 2 -3 -4 -3 -2 -3 0 -3 2 3 -2 0 -1 -3 -3 -2 -3 1 0 1 17 0 0 0 0 0 10 0 17 43 0 0 0 0 1 0 0 6 3 0.39 0.46 62 R 2 1 -2 2 0 -1 3 -1 -2 1 -3 0 -2 -4 -3 0 -2 -4 -3 -2 26 8 0 12 2 0 25 4 0 12 0 3 0 0 0 7 0 0 0 0 0.33 0.50 63 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 4 -3 -3 -3 -2 2 -4 -3 -3 1 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 1.68 0.50 64 I -2 -3 -4 -4 -3 1 -3 -5 -4 5 2 -3 0 1 -4 -3 -2 -3 -2 3 0 0 0 0 0 10 0 0 0 39 24 0 0 5 0 0 0 0 0 22 0.61 0.50 65 E -1 3 -1 1 -4 1 5 -3 3 -4 -4 1 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -4 5 16 0 4 0 3 45 0 10 0 0 4 0 0 0 14 0 0 0 0 0.65 0.50 66 A 6 -2 -2 -3 -2 1 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 1 -1 -4 -3 -2 84 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0.87 0.50 67 S 0 -3 -2 -3 4 -2 1 -3 -3 0 -1 -2 7 -2 -3 0 3 -3 -3 -1 5 0 0 0 12 0 10 0 0 2 0 0 43 0 0 8 21 0 0 0 0.62 0.50 68 I 0 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 6 1 -4 3 -2 -4 -3 -2 -4 -3 1 10 0 0 0 0 0 0 0 0 74 9 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.50 69 E 2 0 -2 0 -4 0 6 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 27 4 0 2 0 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.89 0.50 70 M -2 -2 -2 -4 -2 -1 -2 -4 5 0 1 -2 7 -1 -3 -2 -2 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 5 0 71 0 0 0 0 0 0 4 0.73 0.27 71 H -2 1 0 -2 -4 0 -1 -3 9 -4 -4 -1 -2 -2 -3 0 -2 -3 1 -4 0 9 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 1.17 0.27 72 A 5 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 1 -3 -3 -1 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0.72 0.27 73 Q -2 2 -1 -1 -4 7 1 -3 0 -4 -3 2 -1 -4 -2 -1 -2 -3 -2 -3 0 9 0 0 0 80 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0.94 0.27 74 M -2 -1 -2 -3 -3 4 -1 -3 -2 0 0 -1 7 -2 -3 -2 0 -2 -2 -1 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0 0 64 0 0 0 7 0 0 0 0.65 0.27 75 S 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2 0 -2 -1 2 -2 4 2 -2 3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 11 0 50 13 0 13 0 0.37 0.27 76 A 4 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -2 -3 0 0 -2 -1 -2 -2 0 -1 -3 -2 3 54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 4 0 0 0 31 0.41 0.27 77 L -1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 1 3 -3 1 -1 -3 -2 1 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 0 0 0 0 0 10 0 0 49 0.51 0.27 78 N 1 -1 6 0 -3 -1 -1 -1 -1 -3 -4 0 -2 -4 -2 2 2 -4 -3 -3 11 0 57 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 15 14 0 0 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