Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.90 0.85 2 P -1 -4 -2 -3 -1 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -5 5 5 2 -5 -4 -2 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 2 0 0 0 31 50 13 0 0 2 1.09 0.98 3 I -3 -3 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 3 4 -1 5 0 -5 -3 -3 -4 -3 3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 14 41 4 15 3 0 1 0 0 0 21 0.80 0.99 4 D -4 -4 0 8 -6 0 3 -4 -1 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -3 -3 -7 -5 -6 0 0 2 79 0 3 14 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.70 1.01 5 E 0 -1 -1 2 -4 -2 4 -4 -3 -2 -3 0 -4 -3 -4 4 -1 -5 -3 -4 8 2 2 11 0 0 27 0 0 3 2 6 0 1 0 34 2 0 1 0 0.59 1.05 6 A 4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 -5 3 0 -4 -1 -4 -4 1 -1 1 -4 2 41 0 0 2 0 0 0 0 0 21 6 0 1 0 0 11 2 2 0 14 0.63 1.05 7 I -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -2 -5 5 1 -5 4 -3 -5 -4 -2 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 3 0 35 9 0 12 0 0 0 1 0 0 40 1.01 1.05 8 D -3 -3 5 6 -5 -2 1 -3 1 -3 -5 -1 1 -5 -4 0 -1 -6 -4 -5 1 0 27 41 0 1 8 0 3 2 0 2 4 0 0 8 2 0 0 0 0.94 1.03 9 K -1 0 0 -1 -5 3 4 -3 -3 -3 -2 5 -3 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -4 4 2 3 1 0 15 28 1 0 2 5 35 0 0 0 0 4 0 0 0 0.75 1.05 10 K -3 2 -1 -3 -6 -1 -1 -4 -3 -5 -5 7 0 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -5 0 8 3 0 0 0 1 0 0 0 0 84 3 0 0 1 0 0 0 0 1.48 1.05 11 I -4 -5 -2 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 2 -3 -5 -5 -3 -5 -4 2 0 0 3 0 0 0 0 0 0 76 8 0 4 0 0 0 0 0 0 10 1.35 1.05 12 K -3 1 0 -3 -6 6 1 -3 -2 -5 -5 5 -1 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 6 4 0 0 39 4 1 0 0 0 42 1 0 1 1 0 0 0 0 1.13 1.05 13 Q 1 -2 -2 4 -5 2 5 -3 -1 -6 -5 0 -4 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -5 12 1 0 25 0 7 43 2 1 0 0 6 0 0 0 3 1 0 0 0 0.92 1.10 14 D 4 -3 -4 1 -4 0 -3 2 -2 -2 0 -3 -3 -2 -4 -1 -2 -5 -4 3 34 1 0 7 0 5 0 15 1 1 9 0 0 2 0 3 2 0 0 20 0.43 1.08 15 F 1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 4 -4 -1 2 -4 -2 3 -4 -3 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 12 41 0 0 9 0 1 19 0 0 4 0.62 1.05 16 N -1 -1 4 0 -4 0 -2 0 0 -2 -4 0 -4 -5 -3 4 1 -5 -4 -2 4 3 21 4 0 3 1 6 2 3 0 4 0 0 1 37 6 0 0 3 0.54 1.05 17 S -1 0 -2 -2 -4 -2 -1 2 -1 -5 -5 -1 -4 1 -1 5 -1 -5 -4 -4 1 6 1 2 0 1 2 17 1 0 0 4 0 6 2 55 1 0 0 0 0.74 1.07 18 L -3 -1 -2 -2 -4 -1 -3 -3 -4 0 5 0 -1 -2 -5 -4 -3 -4 0 -1 2 4 2 2 0 2 2 2 0 3 66 8 0 0 0 0 1 0 4 2 0.73 1.06 19 F 0 0 0 0 1 -2 3 -1 -3 2 -1 -1 -2 -1 -3 -2 -2 0 1 1 6 4 5 5 3 1 19 5 0 14 6 4 0 3 1 2 2 1 5 12 0.17 0.88 20 P -2 -1 -3 -2 3 -2 -3 -3 1 0 2 0 -2 2 3 1 -1 2 1 -2 1 4 1 2 6 2 1 1 3 5 21 5 0 8 13 12 2 3 4 1 0.22 0.89 21 N 1 0 2 -1 -3 1 1 1 3 -2 -3 -1 -3 -2 3 1 -1 -4 -3 -3 11 5 9 3 0 6 11 12 6 2 2 3 0 2 13 9 4 0 1 1 0.27 0.85 22 A 3 -3 -2 -2 -1 -2 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 4 2 2 2 -3 -1 22 1 1 2 1 1 1 2 2 1 5 2 0 2 18 18 13 3 1 4 0.41 0.82 23 I 1 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -1 -3 2 1 -3 2 0 0 0 2 2 -2 2 11 1 2 1 0 1 2 5 0 10 13 1 6 3 4 6 15 3 1 14 0.20 0.80 24 K 0 3 0 -3 -3 1 -1 -2 -3 -2 -1 0 0 -3 4 -1 -2 -3 -1 1 8 16 4 1 0 6 2 3 0 2 6 6 2 1 24 3 2 0 2 11 0.38 0.81 25 N -1 0 3 0 -3 0 -2 -2 -2 -3 -3 3 -1 -3 -2 2 3 -4 -3 -3 5 4 13 4 0 3 1 3 0 2 2 20 1 1 2 17 18 0 1 1 0.36 0.81 26 I 1 0 -2 -3 -3 -1 -2 0 -1 2 0 3 1 -1 -2 0 0 -3 -3 -1 11 5 1 1 0 2 1 7 1 14 11 19 3 2 2 8 6 0 1 4 0.16 0.80 27 G -2 2 -1 -1 -3 1 1 1 0 -3 -3 3 -3 -4 -1 1 2 -4 -3 -2 1 10 3 3 0 5 8 12 2 1 2 21 0 1 2 9 14 0 1 3 0.27 0.82 28 L -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 2 5 -3 2 0 1 -3 -3 -3 -2 -1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 12 62 1 4 3 6 1 1 0 0 2 0.77 0.83 29 N -1 -1 1 2 -3 1 0 -2 1 -2 -1 -2 -2 -1 -2 4 0 -3 -2 0 2 2 8 13 0 6 6 1 3 2 5 1 0 2 1 31 6 0 1 7 0.29 0.70 30 C -2 -4 -3 -4 11 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 1 1 1 1 83 1 1 1 0 1 2 1 0 1 1 1 1 0 1 1 2.16 0.70 31 W -1 2 -2 -3 -3 2 -2 -3 -3 1 -1 -1 -2 -1 -3 -1 4 0 -2 1 3 14 1 1 0 8 1 1 0 7 5 3 0 3 1 3 36 1 1 9 0.39 0.70 32 T -1 -1 2 1 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -2 5 2 -4 -3 -3 1 3 10 8 0 1 4 1 0 1 2 1 0 1 1 50 14 0 1 1 0.61 0.70 33 V 0 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 3 -1 -3 -1 -2 -3 0 -2 -3 -3 6 7 1 1 1 0 1 1 1 0 14 3 1 0 1 1 6 1 0 1 58 0.69 0.70 34 S -2 0 0 -2 -3 0 -2 -3 -3 -2 -2 4 -2 -1 -3 3 3 -4 -3 0 1 4 3 1 0 3 1 1 0 3 2 29 0 2 1 20 21 0 0 6 0.45 0.78 35 S 2 -2 1 -1 -3 -1 -2 -1 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2 5 1 -4 -3 -3 18 1 7 3 0 3 1 3 0 1 2 2 2 1 1 46 8 0 0 1 0.56 0.78 36 R -1 4 0 -2 -3 0 -2 -2 -1 -3 -3 0 2 -3 -1 4 -1 -4 -3 -2 3 26 5 1 0 3 1 2 1 1 2 3 7 1 3 35 2 0 0 2 0.50 0.78 37 G -2 -3 0 0 -4 -3 -3 7 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 1 1 3 5 0 1 1 77 0 1 1 1 0 1 1 3 1 0 0 1 1.31 0.78 38 K 1 2 1 2 -3 -2 -1 -1 0 -2 1 1 -2 -3 -3 0 0 -3 0 -1 12 12 8 13 0 1 3 4 2 1 14 11 0 1 1 5 5 0 4 5 0.16 0.74 39 L -3 -2 -3 -2 2 -3 -3 -4 1 -1 4 -3 -1 0 -2 -2 -1 2 4 -1 1 3 1 2 4 1 1 1 3 1 48 1 0 2 2 3 3 2 17 3 0.53 0.74 40 A 5 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 1 -2 -3 3 1 55 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 10 1 0 13 9 0.65 0.74 41 S 1 -2 -2 -2 -3 0 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -3 3 4 4 -3 0 -2 9 1 1 1 0 3 1 1 0 1 1 1 0 1 13 34 24 0 4 3 0.55 0.74 42 C -2 -4 -3 -4 10 -3 -4 -3 4 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 1 1 1 1 72 1 1 1 13 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1.91 0.74 43 P 2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -4 8 -2 -2 -4 -3 -3 17 1 1 1 0 1 1 1 0 1 6 1 0 1 65 1 1 0 1 1 1.49 0.74 44 E 3 2 0 -3 -4 1 1 -1 1 -3 -2 0 -3 -4 0 2 0 -4 -3 -1 24 9 4 1 0 5 10 4 4 1 5 4 0 0 4 14 6 0 0 4 0.27 1.10 45 G 1 1 -3 2 -4 -3 1 1 -3 -4 -4 -3 -4 -3 2 1 -3 -4 3 1 10 10 0 10 0 0 10 10 0 0 0 0 0 0 10 10 0 0 10 10 0.21 1.00 46 T -3 -4 -4 -1 3 -4 -4 -5 2 1 -1 -1 5 3 -5 1 0 -3 3 -3 0 0 0 4 5 0 0 0 4 9 4 4 17 15 0 11 7 0 10 0 0.39 1.11 47 A 3 -2 2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -1 -1 0 -3 -1 -1 -1 1 -5 -4 1 26 2 13 0 0 0 2 1 0 3 6 7 0 3 3 3 8 0 0 12 0.15 0.91 48 V 1 -4 -4 -5 4 -4 -4 -4 -5 0 0 -4 -2 -3 2 -1 -2 -5 -4 5 14 0 0 0 10 0 0 0 0 3 7 0 0 0 9 4 0 0 0 41 0.50 0.91 49 L -2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 4 -3 -1 -3 -3 -4 -3 1 6 -5 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 6 0 0 0 0 9 60 0 0 4 0.79 0.91 50 S 1 -4 1 -3 4 -3 -4 5 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 2 -3 -5 -4 -4 13 0 7 0 10 0 0 42 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0.70 0.91 51 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 1.90 0.79 52 S 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 3 2 -4 -3 -2 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 14 0 0 0 0.45 0.63 53 C -2 -4 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -3 5 -3 -3 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 1.65 0.63 54 G -2 -3 -2 -3 -4 -3 -3 6 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.61 55 S -2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -4 4 -3 -2 -2 3 2 -4 2 -2 -1 6 -1 0 0 1 0 0 0 0 0 9 0 0 1 9 6 0 18 0 0 33 4 0.48 0.66 56 A 3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 1 -2 -2 -4 -4 0 32 2 0 0 0 0 0 34 0 0 0 0 0 0 6 0 2 0 0 6 0.45 0.66 57 C -2 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -3 -4 -3 -3 -4 0 -3 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 2.07 0.66 58 G -2 -4 -2 0 -4 -3 -2 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -3 -4 -5 -5 0 0 0 6 0 0 1 79 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.25 0.66 59 S -1 -2 -1 -2 -3 -2 0 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 6 0 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 83 0 0 0 0 0.92 0.66 60 W -4 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 -3 -1 -5 -4 -4 12 3 -4 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 77 9 0 2.58 0.66 61 D -2 -3 3 6 -5 -2 0 -3 -3 -4 -5 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -1 2 0 13 58 0 0 4 0 0 0 0 6 0 0 0 3 0 0 0 5 0.85 0.66 62 I -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 5 -1 -4 -1 -2 -1 -4 -1 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 2 0 40 0 0 0 0 3 0 3 0 0 52 0.93 0.66 63 R -3 6 -2 -1 -5 4 0 -4 2 -4 -4 0 -3 -4 -3 -2 -3 0 -3 -1 0 54 0 3 0 24 5 0 5 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 6 0.95 0.66 64 E 3 0 4 -1 -3 1 -1 2 -1 -4 -3 -2 -3 -4 -3 1 0 -5 -4 -3 32 4 21 2 0 5 4 18 1 0 2 0 0 0 0 8 3 0 0 1 0.47 0.66 65 E -2 0 1 3 -5 0 5 1 1 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -5 1 3 5 17 0 1 53 13 3 0 0 3 0 0 0 1 1 0 0 0 0.83 0.66 66 K -2 -2 4 -1 1 -2 -2 0 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -1 0 5 -5 -4 -3 0 1 27 2 3 1 0 6 0 1 0 1 0 0 2 5 52 0 0 0 0.77 0.66 67 V -2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -4 -3 0 0 -3 1 -3 -3 0 6 -4 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 3 6 0 5 0 0 1 74 0 3 6 0.90 0.66 68 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -2 -5 -1 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 3 0 0 0 0 2.47 0.66 69 H -3 -2 0 -3 -5 1 -2 -4 10 -5 -5 -2 -3 -3 -4 -3 -3 -4 1 -5 0 0 2 0 0 7 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1.98 0.66 70 C 0 -5 -4 -5 11 -4 -5 -1 -5 -1 -3 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -2 5 0 0 0 83 0 0 4 0 3 0 3 0 0 0 0 0 0 1 0 2.02 0.66 71 Q -2 -1 -2 -2 -5 8 0 0 -2 -4 -1 -1 -2 -5 -3 -2 -3 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 80 0 9 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.18 0.66 72 C -1 -2 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -4 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 2 3 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.43 0.66 73 A 3 -1 1 -3 -3 0 -2 -2 -3 -3 -2 0 3 -4 1 3 -1 -4 -3 -2 32 2 7 0 0 3 0 1 0 0 3 7 9 0 6 27 2 0 0 0 0.42 0.65 74 R -1 -2 -1 -3 -4 0 -3 4 -3 0 -1 -2 -3 -3 2 -1 1 -4 -4 1 1 2 3 0 0 6 0 38 0 5 4 1 0 1 10 4 8 0 0 15 0.43 0.65 75 I -1 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -4 4 1 -3 7 -2 -4 -3 0 -4 -3 3 4 0 0 0 0 0 0 1 0 26 7 0 35 0 0 0 7 0 0 19 0.74 0.65 76 D -3 -3 0 7 -5 -2 0 -2 -3 0 -4 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -6 -4 -2 0 0 0 85 0 0 0 2 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1.38 0.62 77 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -1 -4 -5 -4 0 -3 -1 -5 -4 -4 12 1 -5 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 7 0 0 0 0 0 89 0 0 3.01 0.63 78 T 0 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -3 1 7 -4 -3 -1 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 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3 18 0 0 0 0 0 0 0 0 11 27 0 3 4 0 0 9 0 0 27 0.30 0.23 88 A 3 -2 0 -2 -2 -2 -2 3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -2 2 1 -4 -3 -1 40 0 4 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 18 9 0 0 4 0.45 0.27 89 S 5 -2 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -1 3 0 -3 -3 -1 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0 0 0 0 0.58 0.20 K Lambda Standard Ungapped 0.1333 0.3229 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1743 0.3183 PSI Gapped 0.0533 0.2670