Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -4 -5 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -6 -6 -4 -6 -7 9 -4 -4 -7 -6 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 3.08 1.51 2 I -4 -4 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 7 -1 -3 -2 -3 -6 -4 -3 -6 -4 5 0 1 0 0 0 0 0 0 0 59 2 1 0 1 0 1 1 0 0 35 1.56 1.72 3 E 1 -3 1 0 -3 -1 2 -4 -1 -1 -3 1 -3 -4 1 1 2 -6 -4 0 11 1 6 5 0 3 16 0 2 4 2 10 0 1 8 8 15 0 0 8 0.30 1.79 4 I -4 -5 -6 -7 -3 -5 -6 -7 -4 7 2 -5 -1 -1 -5 -5 -3 -6 -2 3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 56 17 0 1 3 0 0 0 0 1 18 1.33 1.78 5 P -3 -3 -4 -4 -6 -3 -4 -4 -4 -6 -5 -3 -6 -7 9 -3 -3 -7 -5 -4 2 1 1 1 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 89 1 1 0 0 1 2.63 1.78 6 A 3 -2 0 1 -5 1 3 -2 -3 -6 -5 2 -5 -5 0 2 -2 -6 -5 -4 21 1 4 9 0 6 19 2 0 0 1 13 0 0 5 17 2 0 0 1 0.53 1.82 7 G -3 -4 3 1 -6 -2 -1 6 -4 -5 -6 -1 -5 -6 -5 -1 -3 -2 -6 -5 1 1 15 7 0 1 3 60 0 1 1 5 0 0 0 3 1 1 0 1 1.24 1.81 8 V -2 -6 -4 -6 0 -5 -6 -6 -6 1 -2 -5 -2 -2 -5 -4 -1 -6 -4 7 2 0 1 0 2 0 0 0 0 6 2 0 1 1 0 1 2 0 0 77 1.46 1.83 9 T -2 -3 1 2 -5 1 3 -4 -3 -4 -5 2 -3 -4 -5 1 4 -6 -4 -4 2 1 6 11 0 5 20 1 0 1 0 14 0 1 0 10 23 0 0 1 0.57 1.88 10 V 0 -6 -6 -6 1 -5 -6 -5 -6 4 0 -4 -1 -1 -4 -4 -3 -6 -2 6 8 0 0 0 2 0 0 1 0 18 7 1 1 3 1 1 1 0 1 53 1.05 1.88 11 T -1 -1 1 0 -3 -1 2 -3 -2 -3 -4 3 -3 -4 -5 2 4 -2 -3 -3 5 2 5 4 0 2 12 1 1 1 1 15 1 0 0 17 24 1 1 1 0.46 1.89 12 V -3 -4 -2 -5 -2 -1 -4 -6 -3 5 3 -3 0 0 -3 -4 -3 -5 -1 3 2 1 2 1 1 3 1 0 1 28 26 2 2 3 1 1 1 0 2 22 0.69 1.87 13 N -1 -2 3 3 -6 0 2 -2 -2 -3 -4 3 -3 -4 -4 1 0 -6 -4 -3 5 1 14 17 0 4 13 3 1 2 1 18 1 1 1 9 5 0 1 2 0.44 1.85 14 G -1 -2 2 2 -3 -2 0 5 0 -5 -5 -1 -3 -6 -2 0 -3 -6 -4 -5 5 2 8 12 1 1 7 42 2 1 1 4 1 0 2 6 1 0 1 1 0.70 1.83 15 N -2 2 4 0 -1 3 -1 1 2 -4 -3 -1 -3 -2 -3 0 1 -2 -3 -4 2 12 18 5 1 13 3 10 5 1 3 4 1 2 1 7 8 1 1 1 0.34 1.80 16 T -1 -1 1 0 0 0 1 -4 1 1 -1 1 1 -2 -4 -1 3 -6 -2 2 4 3 6 5 2 4 9 1 3 7 5 9 3 2 1 3 17 0 1 13 0.17 1.74 17 V -3 -6 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 5 2 -6 0 0 -6 -3 -4 -5 -2 5 2 0 0 0 2 0 0 0 0 28 17 0 2 4 0 1 0 0 1 40 1.02 1.68 18 T -2 -2 -1 -3 -2 -2 -1 -4 2 1 -2 1 0 -2 -5 2 4 -1 -1 0 3 1 2 1 1 2 4 1 6 9 4 11 2 2 0 13 29 1 2 5 0.40 1.76 19 V 0 -6 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 3 -1 -5 1 2 -6 -3 -2 -5 -1 6 7 0 0 0 2 0 0 0 0 16 4 0 4 8 0 2 2 0 2 51 0.99 1.71 20 K -2 0 -2 -2 -6 -1 0 -3 -1 -3 -4 6 -1 -3 -4 1 1 0 -2 -2 2 3 2 2 0 2 7 2 1 2 1 49 1 1 0 9 10 1 1 3 0.77 1.83 21 G -1 -4 0 -1 1 -4 -4 6 0 -5 -5 -1 -5 -1 -5 0 -2 2 -1 -2 3 0 4 3 3 0 0 59 3 0 0 5 0 3 0 7 3 2 3 3 1.06 1.74 22 P -1 -1 1 -1 0 0 -2 2 0 -2 -3 2 -4 -2 5 1 -1 -6 -5 -3 4 3 6 4 2 4 3 15 2 2 2 11 0 2 24 9 3 0 0 2 0.45 1.74 23 K -2 3 2 -2 -6 -1 -1 0 0 -2 0 4 -1 -1 -2 -2 -2 1 -1 -3 2 14 10 2 0 2 3 9 2 2 11 29 2 2 2 3 2 2 2 2 0.42 1.78 24 G -2 -4 -2 -3 -3 -3 -3 7 -2 -4 -5 -3 -6 -6 -6 -3 -4 -2 -4 -5 3 1 1 1 1 1 1 84 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1.84 2.05 25 E -1 -2 -2 -2 -2 1 4 -4 -2 -3 -4 1 -3 -4 -3 2 4 -6 -3 -2 4 2 2 1 1 6 25 1 1 1 1 10 1 1 1 14 26 0 1 3 0.62 2.06 26 L -3 -2 -3 -3 -5 -2 -3 -5 -2 0 6 -2 1 -2 -3 -3 -2 -5 -5 0 2 2 2 1 0 2 1 1 1 4 67 2 3 1 1 2 2 0 0 6 1.01 2.07 27 T -1 0 0 -1 -1 0 1 -3 0 -3 -4 0 -2 -2 -3 4 3 1 -2 -1 4 4 5 3 1 4 10 1 2 2 1 6 1 2 1 26 19 2 1 5 0.40 2.13 28 R -3 3 -2 -5 -1 3 -2 -4 2 -1 1 0 2 2 -6 -2 -1 2 0 0 2 18 2 0 2 13 2 1 5 3 14 5 4 9 0 2 5 3 3 5 0.38 2.14 29 T 0 -1 0 2 -1 0 1 -3 1 -2 -2 0 0 -2 2 0 2 0 -1 -1 8 3 5 11 1 4 10 2 4 2 3 6 2 2 10 6 13 1 2 4 0.19 2.10 30 F -1 -2 -1 -5 1 -1 -2 -3 1 2 2 -2 1 3 -2 -2 -1 2 1 1 4 3 3 0 3 3 3 3 3 12 17 3 4 14 3 3 4 3 4 11 0.27 2.11 31 H -2 0 3 -1 1 -1 -2 -2 5 -2 -1 -1 0 -1 2 0 -1 2 2 -2 4 4 14 4 3 3 3 3 14 3 5 3 3 3 10 6 5 2 6 3 0.31 2.09 32 P 0 -1 0 2 -2 -1 1 0 4 -2 -2 0 -2 -5 4 0 -2 -2 -2 -2 6 3 4 11 1 3 10 7 9 3 4 6 1 0 19 8 3 1 1 2 0.34 2.07 33 D 0 -1 1 2 0 -1 0 0 0 0 0 0 -1 0 0 0 -2 0 -1 -2 7 4 6 11 2 2 6 9 2 6 11 5 1 5 5 6 2 1 2 3 0.01 2.01 34 M -2 -2 -5 -5 0 -2 -3 -5 -1 4 0 -2 4 -1 -2 -1 -2 -5 -1 4 2 2 0 0 2 2 2 0 2 27 6 2 9 3 2 4 2 0 2 24 0.55 1.94 35 T -2 -1 0 1 0 0 2 -2 0 0 -1 1 0 -2 -4 0 3 1 -1 -1 4 3 5 7 2 4 11 3 2 5 5 9 2 2 0 8 16 2 2 3 0.11 1.94 36 I -1 -4 1 0 3 -4 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 0 6 0 5 6 5 0 6 6 5 6 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.07 1.89 37 T -1 0 0 0 0 0 2 -3 0 -1 -3 2 -1 -2 -3 1 1 0 -2 -1 5 4 4 5 2 4 15 2 2 4 2 13 1 2 1 10 9 1 2 5 0.14 2.11 38 V -1 -1 -1 -2 1 1 -1 -3 1 1 1 0 2 0 -2 -2 -2 2 0 1 5 4 4 3 2 7 3 3 3 8 15 5 5 4 3 3 3 2 3 12 0.07 2.13 39 E 0 -1 1 2 -5 0 3 -2 1 -1 -2 1 0 -1 -1 -1 -1 -5 -1 -1 8 3 6 12 0 3 19 3 3 3 4 7 3 3 3 5 4 0 3 4 0.16 2.14 40 G -1 -2 2 4 0 -1 1 3 0 -5 -3 0 -5 -2 0 -1 -2 -6 -5 -3 4 2 8 19 2 3 10 21 2 0 2 5 0 2 5 5 2 0 0 2 0.35 1.99 41 N -1 0 3 1 1 0 -1 2 1 -5 -3 1 -5 -1 0 0 -1 -5 0 -2 4 5 14 7 3 5 4 16 3 0 3 9 0 3 4 7 3 0 3 3 0.19 2.08 42 V -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 43 I -2 -1 -1 -2 1 -1 -2 -3 0 4 2 -2 1 -1 -5 -2 -2 -5 0 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 19 20 3 3 3 0 3 3 0 3 15 0.27 2.10 44 T -2 0 -1 -2 1 -1 -2 -2 1 2 -1 2 1 -1 -5 -1 2 2 -1 1 3 5 3 3 2 3 3 3 3 11 6 14 3 3 0 4 12 3 3 8 0.13 2.06 45 V -1 -1 -1 -5 2 -4 -2 -2 1 1 0 -2 1 3 -5 -2 -1 -5 0 4 4 3 3 0 4 0 3 3 3 8 8 3 3 11 0 3 4 0 3 30 0.37 1.98 46 T -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 47 R -1 3 0 -2 2 -1 -1 -2 0 0 -2 1 0 -1 2 -1 0 2 0 0 5 18 4 3 4 3 3 3 3 5 4 8 3 3 12 4 6 3 3 6 0.21 2.12 48 P 0 1 1 1 0 -1 0 -3 2 -1 -2 0 -1 -1 3 -1 -1 5 -1 -1 7 8 8 8 2 2 5 2 5 4 3 5 2 3 12 4 4 8 2 5 0.23 2.15 49 S -1 -2 3 2 -2 -1 0 0 2 -3 -3 0 -2 2 -2 1 0 1 -1 -2 5 2 14 12 1 2 7 8 4 1 3 5 1 8 2 12 5 2 2 4 0.21 2.16 50 D -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 51 E -2 1 1 2 1 0 -1 -1 1 -1 -2 0 0 -1 -2 2 0 2 0 -1 4 9 8 10 3 3 5 4 3 5 3 5 2 3 3 17 6 3 3 4 0.16 2.15 52 K -1 3 -1 -1 -1 0 -1 -2 0 -2 -3 5 -1 -2 -1 -2 -2 1 -1 -2 6 17 3 3 2 4 3 2 2 2 2 33 2 2 4 3 3 2 2 3 0.53 2.12 53 H -2 2 1 0 -6 2 1 -1 1 -2 -3 4 -1 -1 -1 -2 0 0 -1 -3 3 10 6 6 0 10 9 4 3 3 3 22 2 3 3 3 5 1 2 2 0.31 2.11 54 H 2 -2 1 0 -2 2 0 -2 4 -2 -2 -1 1 -3 -3 1 1 -6 -1 -1 20 2 8 5 1 8 7 4 8 2 3 4 3 1 1 11 7 0 2 3 0.26 2.10 55 R -2 5 1 -2 -2 -1 -3 -3 -1 -1 -1 4 -1 -3 -3 -2 -2 4 -1 -2 3 31 6 2 1 3 1 2 1 3 6 21 2 1 1 3 2 6 2 3 0.65 2.08 56 A 5 -2 -2 -3 -1 1 -1 -2 -2 -3 -4 -1 1 -5 -1 2 -2 -1 -5 -3 51 2 1 1 1 5 3 2 1 1 1 3 3 0 3 17 2 1 0 1 0.80 2.09 57 L -1 -2 -3 -4 2 2 -4 -5 -2 1 3 -1 5 1 -4 -3 1 -5 -1 -1 5 2 1 1 4 9 1 1 1 7 26 4 16 7 1 1 9 0 2 3 0.51 2.07 58 H 1 -3 -3 -4 -2 -1 -4 -4 7 0 0 -5 0 -1 -4 -2 -2 7 -1 1 10 1 1 1 1 3 0 1 31 6 7 0 2 2 1 4 2 15 2 11 0.99 2.05 59 G -3 2 -1 -4 -3 -3 -5 7 -1 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 -4 -6 -3 -6 1 12 3 1 1 1 0 73 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1.56 2.08 60 T -2 -3 -3 -5 -4 -4 -5 -5 -2 -2 3 -4 2 -3 -3 -1 6 -5 -5 -3 2 1 1 0 0 0 0 0 1 1 28 0 4 1 1 3 56 0 0 0 1.21 1.98 61 T 1 -3 -3 -5 1 -2 -4 -4 -2 2 -1 -5 1 1 -5 0 4 0 4 1 10 1 1 0 3 1 1 1 1 12 5 0 4 6 0 7 22 1 12 11 0.48 1.96 62 R -1 7 -1 -5 5 -2 -2 -4 -2 -3 -4 0 -3 -4 -5 -2 -3 2 -3 -4 6 61 2 0 12 1 2 1 1 1 2 3 1 1 0 2 1 2 1 1 1.36 1.99 63 S 4 -2 -2 -4 -2 -2 -4 -2 -5 -5 -4 -2 -2 -6 -4 5 3 -6 -5 -2 31 2 1 0 1 1 0 3 0 0 1 2 1 0 0 37 18 0 0 2 0.90 1.94 64 L -4 -3 -1 -4 -3 -1 -3 -5 7 1 5 -4 1 -4 -6 -4 -3 -5 -1 -2 1 1 4 1 0 2 1 0 25 6 50 1 2 0 0 1 1 0 1 2 1.11 1.96 65 L -2 -6 -6 -7 -2 -6 -6 -5 -7 6 2 -6 -1 -1 -4 -4 -2 -6 -5 4 3 0 0 0 1 0 0 1 0 39 18 0 1 2 1 1 2 0 0 33 1.17 1.90 66 A 2 0 5 -1 -6 4 0 -3 2 -5 -5 1 -3 -2 -4 1 -2 -3 -2 -4 17 5 24 2 0 17 6 1 4 1 1 7 0 2 0 8 1 0 1 1 0.60 1.91 67 N -4 -3 8 -1 -4 -3 -4 -3 -1 -5 -6 -3 -5 -6 -5 -1 -3 -7 -5 -5 1 1 88 1 0 0 0 1 1 0 1 1 0 0 0 3 1 0 0 1 2.18 1.81 68 M 0 -4 -3 -5 0 -3 -5 -5 -1 0 1 -4 9 -3 -6 -3 -2 -3 -2 -2 7 1 1 0 2 0 0 1 1 4 10 1 66 0 0 1 1 0 2 1 1.69 1.81 69 V -3 -6 -5 -6 -1 -5 -6 -6 -6 6 -1 -6 1 1 -6 -4 -3 -6 -4 5 1 0 1 0 1 0 0 0 0 41 3 0 2 5 0 1 1 0 0 44 1.31 1.81 70 E -3 -1 -2 -2 -3 0 1 -5 2 2 -2 4 -1 -4 -5 -3 3 -6 -3 2 1 2 2 2 1 3 10 0 4 13 4 27 1 0 0 1 16 0 1 12 0.51 1.81 71 G -2 -6 -3 -3 -6 -5 -4 7 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -6 -3 -5 -1 -4 -7 1 0 1 1 0 0 1 94 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 2.23 1.81 72 V -2 -6 -4 -6 -2 -5 -6 -6 -6 0 -1 -6 0 -3 -6 -4 -2 -6 -4 7 2 0 1 0 1 0 0 0 0 1 4 0 2 0 0 1 1 0 0 87 1.72 1.77 73 S -2 -3 -1 -2 -4 -2 -3 -4 0 -3 -4 -1 -2 -4 -4 4 6 -6 -4 -2 2 1 2 2 0 1 1 1 2 1 1 3 1 0 0 30 51 0 0 2 1.12 1.77 74 K -2 -1 0 1 -6 2 4 -5 -2 -4 0 3 -3 -4 -3 -2 0 -6 -3 -1 2 2 5 7 0 8 26 0 1 0 11 21 0 0 1 2 7 0 1 5 0.51 1.77 75 G -3 -6 -4 -5 -6 -5 -5 8 -5 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -3 -5 -6 -6 -7 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.43 1.70 K Lambda Standard Ungapped 0.1310 0.3125 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1692 0.3179 PSI Gapped 0.0518 0.2670