Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 2 -5 0 -3 -6 -5 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 13 0 2 0 0 0 0 0 0 46 1.22 1.19 2 Q -2 -3 -1 -4 -5 1 -1 -5 -2 -1 4 3 2 -3 2 -1 -1 -5 -4 -1 2 0 3 0 0 6 4 0 1 2 39 17 5 1 8 4 4 0 0 3 0.45 1.35 3 P -1 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -6 -5 -1 -5 -5 8 2 -1 -7 -5 -4 5 0 0 1 0 1 0 1 0 0 1 3 0 0 67 15 4 0 0 1 1.73 1.41 4 D -5 -5 0 8 -6 -3 -1 -4 -4 -2 -5 -3 -4 -3 -2 -1 -3 -7 -6 -5 0 0 2 82 0 0 1 1 0 4 1 1 0 2 2 4 1 0 0 0 1.78 1.47 5 L 0 -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -4 -5 -3 -3 -5 8 3 -2 -6 -3 -4 7 2 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 1 0 62 20 2 0 1 1 1.60 1.53 6 V -3 1 -4 -4 -5 -2 -4 -6 -4 4 0 3 0 -3 -3 -4 -1 -6 -4 4 1 7 0 1 0 1 0 0 0 26 8 21 2 1 2 1 3 0 0 27 0.68 1.54 7 Y -4 -3 -5 -6 0 -4 -4 -6 1 -3 -3 -2 -3 6 -5 -3 -4 -1 8 -4 1 1 0 0 2 0 1 0 2 1 1 3 0 30 1 2 1 0 53 0 1.66 1.55 8 G -2 2 5 -1 -4 0 -1 3 3 -6 -6 1 -5 -2 -4 0 -3 -5 3 -6 2 12 25 3 0 3 3 18 7 0 0 10 0 1 1 5 0 0 9 0 0.64 1.56 9 D -2 -4 4 5 -1 -3 -1 -3 -2 -4 -5 -3 -4 -6 -4 4 -2 -7 -4 -5 2 0 17 35 1 0 2 1 1 1 1 1 0 0 0 36 1 0 0 0 1.05 1.55 10 V -2 3 -3 -2 -4 -1 0 -5 -2 -2 -3 1 -3 -2 6 -2 -1 0 -1 0 2 17 1 3 0 2 6 0 1 3 3 8 0 2 34 2 4 2 3 8 0.68 1.60 11 L -3 -3 -4 -4 -5 -2 -4 -6 -4 3 5 -2 1 -1 -5 -4 0 -3 -3 3 1 2 1 1 0 2 1 0 0 16 45 3 2 3 0 1 6 0 0 16 0.71 1.59 12 V -2 -4 -6 -6 -4 -3 -6 -6 -6 4 2 -3 -1 -1 -4 -5 -2 -6 -3 6 3 1 0 0 0 1 0 0 0 20 16 1 1 2 1 0 1 0 1 50 1.00 1.54 13 T 1 0 3 0 -2 -1 3 -3 2 -4 -4 -1 -2 -5 -4 2 2 -6 -2 -4 9 4 15 3 1 2 19 2 4 1 1 3 1 0 0 17 14 0 2 0 0.44 1.55 14 A -3 4 -3 -4 -3 2 -2 -5 0 -3 -2 5 5 -3 -3 -2 -2 -5 -1 -3 1 22 1 0 1 7 1 0 2 1 4 34 15 1 1 2 2 0 2 1 0.80 1.53 15 F -3 -6 -6 -7 -1 -6 -6 -7 -5 0 5 -6 2 6 -4 -3 -2 -4 -1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 4 47 0 5 32 1 2 2 0 1 4 1.11 1.51 16 I -2 -5 -3 -5 -1 -4 -3 -4 -5 5 -1 -4 3 -2 -5 -3 3 -5 -4 4 4 0 2 0 1 0 2 1 0 35 4 0 7 1 0 2 16 0 0 24 0.79 1.45 17 N -3 1 7 0 -1 -2 -3 -1 2 -4 -4 -1 0 -5 -3 -1 -2 -6 -2 -4 1 7 59 3 2 1 0 4 5 1 1 3 3 0 1 4 2 0 1 1 1.14 1.48 18 K 0 3 0 -3 3 -1 -3 -1 2 -2 -1 1 3 0 -3 0 -2 -4 2 0 7 18 4 1 5 2 1 4 5 2 5 8 8 4 1 7 3 0 7 8 0.25 1.44 19 I -3 -3 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 4 3 -5 5 -1 -1 -3 -2 -4 0 2 1 2 0 0 2 0 0 2 1 23 29 0 12 3 4 1 1 0 3 14 0.64 1.38 20 M -4 -2 -3 -5 -1 0 -4 -5 -1 1 1 -4 9 -2 0 -4 -1 -4 -2 -1 0 2 2 0 1 4 0 0 1 5 10 0 60 1 4 0 4 0 1 2 1.38 1.42 21 R -3 2 -2 -2 -5 1 -1 -3 0 -2 0 5 2 -2 -4 -1 -2 1 0 -1 1 11 2 2 0 6 2 1 2 3 10 35 5 2 0 4 2 2 3 4 0.46 1.44 22 D -2 2 1 3 -1 0 1 1 4 -5 -5 2 -1 -4 1 0 -1 0 -1 -4 2 11 5 14 2 3 7 11 11 0 1 12 2 0 6 6 3 2 2 1 0.35 1.25 23 G 1 -4 1 -3 -4 -3 0 6 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -3 4 -4 -5 9 0 6 0 0 0 6 67 0 0 1 1 0 0 0 1 1 6 0 1 1.24 1.11 24 K -2 2 1 1 2 0 0 -4 1 -1 -2 5 1 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -4 4 9 7 7 4 4 5 0 3 4 4 36 3 0 0 5 4 0 0 0 0.54 1.48 25 K -2 2 2 -3 -5 1 -1 -1 1 -1 -2 5 -4 0 -4 -1 -3 -5 1 -4 4 10 11 0 0 5 4 4 3 4 5 35 0 4 0 4 0 0 4 0 0.49 1.48 26 N 0 -2 0 -2 -1 1 0 -1 1 -1 -1 -2 0 0 -2 3 1 0 0 0 8 2 5 3 1 6 5 5 3 4 6 2 2 4 2 23 9 1 3 6 0.17 1.74 27 L -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 -4 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 0 0 6 0.06 1.89 28 A 5 -4 -1 -5 2 -4 -4 -2 -5 -1 -2 -2 1 -5 -1 0 0 -5 -1 -1 50 0 3 0 3 0 0 3 0 3 4 3 3 0 3 6 6 0 3 4 0.64 1.82 29 A -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.07 2.12 30 R -1 4 1 -2 -1 0 -1 -2 1 -2 -3 3 -1 -2 -2 0 0 0 -1 -3 4 24 7 2 2 3 3 3 3 3 3 19 2 2 2 7 5 2 2 2 0.37 2.08 31 I -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 0 5 6 0.11 1.89 32 F -2 -1 -5 -2 2 -1 -5 -6 -5 1 1 -5 5 1 -1 -2 -1 2 1 4 3 3 0 3 4 3 0 0 0 7 10 0 13 6 3 3 4 3 4 25 0.43 1.86 33 Y -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0 5 5 0.05 2.01 34 D -1 0 0 0 -5 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.12 35 A 6 -5 -3 -4 -1 -4 -4 -3 -2 0 -3 -4 0 -3 -5 0 1 -6 -2 -1 62 0 1 1 1 0 0 1 1 6 2 0 2 1 0 7 10 0 1 3 0.99 1.95 36 C -3 -6 -6 -6 0 -5 -6 -4 -5 1 4 -6 5 6 -3 -5 -3 -4 -1 -2 1 0 0 0 2 0 0 2 0 5 41 0 13 26 2 0 2 0 1 2 1.05 1.96 37 K -2 -1 1 4 -6 0 4 -4 1 -1 -2 1 -2 -2 -3 -2 -2 -1 0 -4 4 3 5 21 0 3 26 1 3 4 5 7 1 1 1 2 2 1 4 1 0.45 2.09 38 I -2 1 0 -3 -1 0 0 -2 2 4 0 0 0 -2 -3 -2 1 0 0 -1 4 7 4 1 1 4 6 4 5 20 10 6 2 2 1 3 8 1 3 4 0.16 2.03 39 I -2 -5 -2 -3 0 -5 -3 -3 -6 6 1 -5 1 -1 -2 -3 -2 -6 -5 3 4 0 2 2 2 0 2 2 0 37 13 0 3 2 2 2 2 0 0 20 0.71 1.96 40 Q 0 1 0 -2 -6 1 1 -1 5 -3 -3 3 -1 0 -2 0 -2 -5 1 -3 8 8 4 3 0 6 9 4 11 2 2 16 2 4 2 6 2 0 4 2 0.25 2.11 41 E 0 0 -1 -1 2 1 2 -2 1 -1 0 1 0 -1 -1 -1 0 -6 0 -2 8 5 3 4 4 6 14 3 3 3 8 9 3 3 3 4 7 0 3 3 0.07 2.14 42 K -1 0 0 0 -5 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.12 43 T -2 -1 -1 -2 -5 2 -1 0 0 -1 -1 -1 1 -1 -1 0 3 -5 0 0 4 3 3 3 0 10 3 6 3 4 7 4 4 3 3 8 20 0 3 6 0.16 2.07 44 G -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 45 Q -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 46 E 0 1 1 0 -5 1 0 0 3 0 -1 0 -4 -4 1 0 0 -5 2 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 0 0 6 6 6 0 6 6 0.11 1.67 47 P 1 -1 -4 -1 1 0 -1 0 1 -1 -2 -1 -4 0 5 -1 -1 -5 0 -1 12 4 0 3 3 4 5 8 3 3 3 3 0 4 29 4 4 0 3 4 0.46 1.73 48 L -1 0 0 0 -5 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.12 49 K -1 -1 -1 0 1 2 3 -2 1 -1 -2 1 0 0 -1 -1 0 -5 0 0 5 3 3 5 2 9 17 3 3 3 5 7 3 4 4 5 6 0 3 6 0.13 2.13 50 V -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 51 F 0 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 3 1 0 -4 3 2 1 0 1 5 3 1 8 0 0 0 0 0 0 1 8 8 8 0 8 8 8 8 8 8 8 8 0.39 1.23 52 K -1 0 0 0 3 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 53 Q -2 -1 2 0 1 3 1 -2 0 -1 0 1 0 -1 -1 -1 1 2 -1 -2 4 3 9 5 3 11 8 3 2 3 8 9 2 3 3 3 10 2 2 3 0.12 1.83 54 A 0 1 1 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