Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 H -2 -1 5 0 -3 0 0 -1 7 -4 -4 -1 -2 -2 -2 0 -1 -3 0 -3 0 0 50 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.69 0.06 2 H -3 -1 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -1 -1 0 4 8 -2 -4 -3 -2 -3 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 29 66 0 0 0 0 0 4 0 1.11 0.64 3 H 0 2 -1 -3 -4 1 0 1 0 -4 -4 3 -3 -5 -2 1 2 -5 -4 -2 9 13 1 0 0 5 6 13 2 0 0 20 0 0 1 8 16 0 0 3 0.37 0.73 4 E -1 1 -3 -1 -5 1 5 -4 0 -4 -3 1 -3 1 -4 -1 -2 -3 4 -4 3 7 0 1 0 6 46 0 1 0 2 6 0 5 0 2 2 0 18 0 0.71 0.78 5 K -3 4 -3 -3 -5 2 -2 -4 -3 -4 -3 6 1 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -3 0 25 0 0 0 7 0 0 0 0 2 58 5 0 0 1 0 0 0 2 1.11 0.94 6 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -4 2 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 13 1.27 1.03 7 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.13 1.04 8 R -3 6 -3 -4 -5 -1 -3 -3 -1 -1 -1 4 2 -5 -3 -2 1 -5 -4 -2 0 44 0 0 0 1 0 2 1 4 5 23 7 0 1 2 8 0 0 3 0.82 1.04 9 H -3 2 4 1 -5 0 3 -2 2 -2 -4 2 -4 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -1 0 12 21 7 0 3 19 2 6 3 1 15 0 0 0 4 1 0 0 6 0.52 1.04 10 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.13 1.04 11 H -3 2 1 -3 -5 0 -2 1 7 -5 -5 4 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -2 -5 0 11 5 0 0 2 0 9 34 0 1 34 1 0 0 5 0 0 0 0 1.04 1.04 12 Y 1 4 -2 -5 -1 -3 -4 -4 1 0 0 -1 0 2 -5 -1 -1 -3 4 -2 14 26 1 0 1 0 0 0 3 4 11 2 2 10 0 5 3 0 16 2 0.46 1.04 13 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 3 -5 1 -1 -5 -5 -3 -5 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 31 0 2 2 0 0 0 0 0 30 1.02 1.04 14 T -3 -4 1 -4 -1 -1 -4 -5 -2 0 0 -3 2 -1 -4 -2 4 -5 -1 4 0 0 6 0 1 3 0 0 1 4 9 1 5 2 0 2 30 0 2 34 0.61 1.09 15 S -2 -2 0 2 -5 -1 4 -3 0 -4 -4 0 -1 -4 3 1 2 -6 -4 -3 1 1 3 12 0 1 31 1 3 1 0 4 2 1 16 10 14 0 0 1 0.63 1.09 16 E -1 0 -1 2 -5 1 4 3 -3 -5 -5 1 -3 -6 1 -2 -3 -5 -5 -4 4 5 2 12 0 5 31 21 0 0 1 9 1 0 8 1 1 0 0 1 0.62 1.07 17 D -3 -1 1 5 -6 2 4 -3 -3 -5 -4 2 -2 -6 -2 -1 0 -6 -5 -5 1 2 6 36 0 8 24 1 0 0 1 13 1 0 1 2 5 0 0 0 0.82 1.07 18 R -1 2 -1 -3 -4 2 0 -1 -4 0 -3 1 -3 -2 -2 -1 2 -5 -4 2 4 13 2 0 0 10 7 5 0 5 1 10 0 2 2 4 16 0 0 19 0.29 1.07 19 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -2 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 3.08 1.07 20 P -1 -4 -3 -2 -1 -3 0 -3 -4 -3 -4 -2 -2 -6 8 -2 -3 -2 -5 -2 3 1 0 2 2 0 6 1 0 1 1 1 1 0 75 1 1 1 0 3 1.85 1.06 21 V -1 0 4 -3 -4 -2 -2 -4 -1 3 -1 -1 -1 -3 -4 -1 -1 -4 1 3 4 7 20 0 0 1 2 0 1 21 5 3 1 0 0 4 2 0 6 23 0.43 1.06 22 C -3 -6 -5 -3 11 -5 -6 -5 3 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -3 0 0 0 2 90 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.77 1.07 23 G -2 -2 0 -2 -5 -2 -3 6 0 -6 -5 1 -3 -5 -2 -1 -3 -5 -5 -5 1 2 4 1 0 2 1 70 2 0 0 11 1 0 2 3 0 0 0 0 1.22 1.04 24 S -1 -3 1 1 -4 -1 -1 2 -3 -3 -3 -2 -4 -2 -3 5 0 -5 -4 -4 2 0 5 9 0 1 2 13 0 1 2 2 0 2 0 56 5 0 0 0 0.76 1.04 25 R 0 1 2 -1 -4 1 1 -2 1 -3 -4 0 -3 -4 -2 3 3 -4 -3 -2 6 7 11 2 0 5 9 2 3 1 1 5 0 0 1 23 21 0 0 3 0.40 0.99 26 D -1 -1 2 4 -1 0 3 -4 -1 -5 -5 0 -4 -5 0 3 -1 -6 -4 -3 3 3 8 28 1 4 17 0 1 0 0 4 0 0 4 21 2 0 0 2 0.61 1.06 27 L -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -2 -1 4 -4 1 4 -5 -3 4 -3 -1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 45 0 2 17 0 0 28 0 1 4 0.83 1.06 28 S -1 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -3 5 5 -5 -4 -1 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 48 41 0 0 4 1.02 1.06 29 E -3 -2 -1 3 -5 0 4 -1 -3 -5 -3 1 -3 -3 1 0 1 -5 -2 -3 1 1 2 13 0 3 35 5 0 0 2 9 0 1 7 7 10 0 1 1 0.52 1.06 30 E -4 -1 4 5 -6 -2 4 -3 -3 -5 -6 0 -5 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -3 0 3 23 36 0 0 26 1 0 0 0 4 0 0 0 4 2 0 0 2 1.00 1.07 31 W -5 -5 -6 -7 -5 -5 -5 -5 -4 -3 -4 -6 -4 3 -6 -5 -5 12 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 12 0 0 0 82 3 1 3.23 1.07 32 F 1 1 0 0 -4 1 2 -2 -1 -4 -4 1 -2 2 -4 3 -1 -5 -1 -4 14 8 3 4 0 5 15 2 1 1 0 7 1 9 0 26 3 0 2 0 0.38 1.07 33 D -2 -5 -3 -1 -5 -4 -4 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -6 -6 0 0 0 3 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.99 1.07 34 L -4 -2 -5 -6 -1 -4 -4 -6 -3 1 2 -4 5 3 -5 -4 -3 -2 6 1 0 3 0 0 1 0 1 0 0 8 20 0 15 12 0 0 1 0 30 9 0.86 1.07 35 V 0 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 4 3 -5 -1 -1 -5 -4 -3 -5 -4 5 7 0 0 0 0 0 0 0 0 25 23 0 0 1 0 0 0 0 0 44 0.95 1.07 36 I 1 -5 -3 -5 -4 -5 -5 -5 -5 6 0 -5 -2 -1 -5 -2 -2 -5 0 3 11 0 1 0 0 0 0 0 0 50 4 0 0 2 0 3 2 0 4 23 0.88 1.07 37 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 1 -5 0 -3 -5 -5 -3 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 7 0 1 0 0 0 0 0 0 31 1.31 1.07 38 V 0 -3 -1 -5 -4 -4 -5 -3 -5 4 3 -4 2 0 -3 -2 0 -4 -1 2 9 1 3 0 0 0 0 2 0 23 25 0 5 3 1 3 7 0 3 15 0.46 1.07 39 D -4 -1 3 7 -6 -1 1 -4 4 -6 -6 0 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -4 -4 0 2 14 58 0 1 5 0 12 0 0 5 0 0 0 2 0 0 0 1 1.26 1.07 40 V -2 -2 -2 -4 -5 -2 -3 -4 -2 -2 -4 -1 -4 -4 8 -2 1 -5 -4 -1 2 1 1 0 0 1 0 0 1 2 0 3 0 1 71 2 8 0 1 4 1.73 1.04 41 E 0 -1 0 2 -5 0 6 -3 -1 -3 -4 1 -4 -4 -3 -2 0 -5 -4 -2 9 2 4 9 0 1 54 1 1 2 1 7 0 1 0 0 5 0 0 2 0.80 1.04 42 N -3 2 4 0 -5 0 2 -3 1 -4 -4 4 -4 -4 -4 0 -2 -5 -4 -4 0 8 23 5 0 3 14 1 3 1 1 32 0 1 0 5 1 0 0 0 0.68 1.03 43 S -1 -3 -2 -3 -3 -2 -1 -3 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 7 -1 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 1.57 1.07 44 E -2 -1 -3 1 1 2 5 -4 -2 0 -2 -1 -1 -4 -3 -3 -3 6 -2 -2 2 3 0 7 3 8 48 1 0 6 3 3 1 0 1 1 0 10 1 2 0.79 1.07 45 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 7 0 -5 1 -1 -5 -3 -2 -5 -4 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 63 5 0 2 1 0 1 1 0 0 24 1.23 1.07 46 A 7 -4 -4 -4 -3 -3 -3 0 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 91 0 0 0 0 0 0 5 0 1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.40 1.07 47 K -3 2 -1 -1 -6 2 2 -3 -3 -5 -5 6 -4 -6 -3 -2 -1 -5 -4 -4 1 9 2 2 0 8 13 1 0 0 0 59 0 0 0 1 3 0 0 1 1.04 1.07 48 K -1 3 -3 -3 -5 0 3 -4 -3 0 -1 4 -1 -3 -4 -3 0 2 1 -2 4 17 0 0 0 3 17 0 0 5 5 31 2 1 0 0 6 3 4 3 0.54 1.07 49 I 1 -4 -1 -5 -4 -3 -2 -5 -4 1 4 -4 7 -1 -5 -4 -3 -4 -4 -1 13 0 3 0 0 1 2 0 0 8 42 0 28 1 0 0 1 0 0 1 0.86 1.07 50 G -2 0 4 0 -5 0 2 5 -3 -4 -6 0 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -1 -5 2 4 22 5 0 4 13 40 0 1 0 5 0 0 0 1 0 0 2 0 0.79 1.07 51 A 0 -5 -5 -5 -4 -5 -4 -3 -3 6 1 -2 -1 -1 -5 -4 -2 -5 -4 3 7 0 0 0 0 0 1 2 1 52 8 3 0 3 0 0 2 0 0 22 0.89 1.07 52 K -3 -1 2 2 -5 -1 1 -2 1 -3 -5 3 -4 -5 -3 1 4 -5 -1 -4 0 2 8 13 0 2 7 2 3 1 0 20 0 0 1 12 26 0 2 0 0.53 1.07 53 V -2 -1 -2 0 -2 2 2 -4 -3 1 0 3 0 -2 -4 -2 0 -5 -2 2 3 1 2 4 1 8 16 0 0 9 9 22 2 2 0 1 6 0 1 14 0.31 1.06 54 P 1 -3 1 -3 -5 -2 -1 -4 -4 -5 -5 2 -4 -6 7 -1 -3 -6 -5 -3 10 0 7 0 0 1 4 0 0 0 0 13 0 0 58 4 0 0 0 2 1.39 1.06 55 G -2 -5 -2 -1 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -3 -2 -4 3 -5 -4 0 0 1 3 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 1 2 0 5 0 1 1.77 1.07 56 K -1 4 -2 -3 0 -1 1 -2 -3 -1 -1 4 1 -5 -4 -1 0 -5 -4 -2 4 28 1 0 2 1 11 2 0 5 5 26 4 0 0 4 5 0 0 2 0.53 1.03 57 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -4 -6 -1 -4 -3 -3 -3 3 -5 -4 -4 2 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 8 0 0 0 2 89 0 2.20 1.03 58 A 7 -4 -4 -4 0 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -1 94 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 3 1.41 1.03 59 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 4 -5 -1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 50 0 0 0 0 0 0 0 0 11 1.14 1.03 60 R -3 4 1 -1 -5 -1 0 -4 -3 -3 -5 6 -4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -4 0 18 6 2 0 1 6 0 0 2 0 57 0 0 0 8 1 0 0 0 1.00 1.02 61 V -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 2 0 -5 -1 -3 -5 -4 -1 -5 -4 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 6 5 0 0 0 0 0 2 0 0 86 1.35 1.00 62 R -3 7 -2 -3 -6 -1 -2 -4 -2 -5 -4 4 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 1.54 0.85 K Lambda Standard Ungapped 0.1381 0.3233 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2001 0.3179 PSI Gapped 0.0613 0.2670