Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N 0 -2 3 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 5 1 -4 -3 -3 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 81 5 0 0 0 0.85 0.42 2 W -3 0 -3 -3 -4 0 -2 -4 -1 -2 -3 3 -3 0 6 -2 -1 5 -1 -1 0 4 0 0 0 3 0 0 1 2 1 24 0 6 39 0 3 10 2 6 0.88 0.64 3 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 2 -3 -3 -4 -3 1 -5 -2 -3 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1 0 3 0 0 91 0 2.05 0.86 4 N -3 -3 8 0 -5 -2 -2 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -1 -6 -4 -4 0 0 90 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 3 0 0 1 1.76 0.92 5 D 0 -1 0 4 -4 -2 -2 -2 3 -4 -4 0 -4 -1 0 3 1 -4 0 -4 7 2 3 25 0 0 0 1 8 0 0 7 0 3 4 27 7 0 3 0 0.49 0.92 6 T -2 -1 -1 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -1 -3 -4 -2 2 6 -5 -4 -3 0 3 2 0 0 0 0 0 0 1 1 3 0 0 2 17 72 0 0 0 1.17 1.00 7 Y -2 -1 -4 -5 -5 1 -4 -5 -1 -4 -3 -3 -3 2 -1 -4 -4 0 9 -4 2 3 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 4 3 0 0 0 79 0 1.81 1.06 8 P -2 -3 -4 -4 -5 -3 -3 -2 -4 -2 -3 -3 -4 -3 8 -1 -3 -5 -5 -4 3 2 0 0 0 0 0 2 0 3 3 0 0 2 81 3 0 0 0 0 2.07 1.08 9 L -2 -3 -5 -6 -4 -4 -5 -6 0 2 5 -3 1 0 -5 -4 0 -4 1 -1 3 1 0 0 0 0 0 0 2 12 65 1 3 2 0 0 5 0 4 1 0.93 1.15 10 S 1 -3 1 -3 -3 -1 -3 -2 -4 -3 -4 -2 -4 -5 -4 4 5 -5 -4 -2 12 0 6 0 0 2 0 2 0 1 0 2 0 0 0 38 36 0 0 1 0.86 1.17 11 P 1 0 -2 0 -4 1 -1 -4 -4 -3 -2 1 1 -5 5 0 1 -5 -4 -3 13 6 1 6 0 5 3 0 0 1 3 10 5 0 31 5 9 0 0 1 0.61 1.16 12 P -1 0 -4 -4 -5 -3 1 -4 -2 -2 -3 -1 -4 -1 7 -2 -1 -5 -3 -2 4 6 0 0 0 0 8 0 1 2 2 3 0 3 61 2 4 0 1 3 1.37 1.14 13 Q -3 -1 -3 -2 -4 4 3 -5 1 2 0 1 -1 -3 -4 -3 -1 -2 -3 1 1 3 0 2 0 19 23 0 3 13 8 10 1 1 0 0 4 1 1 12 0.45 1.15 14 R 0 5 -1 -4 -1 -1 -2 -3 3 -2 -1 2 -1 -2 -4 0 -2 -4 3 0 7 31 3 0 1 1 2 2 7 2 6 12 2 1 0 7 1 0 9 6 0.46 1.13 15 T 0 -3 1 -1 -3 -2 -1 -3 -1 0 0 -1 -3 -4 -4 1 5 -4 0 0 8 1 8 3 0 1 4 1 1 5 9 3 0 0 0 8 39 0 3 5 0.46 1.09 16 P -1 -3 1 2 -4 -2 0 1 -1 -4 -3 -2 -4 -1 6 1 -3 -5 -4 -3 5 1 8 12 0 1 4 9 1 0 2 2 0 3 37 12 0 0 0 2 0.76 1.08 17 A -2 1 1 2 -4 0 2 4 4 -4 -3 -1 -3 -3 -2 0 -2 -4 -3 -4 1 8 5 12 0 3 12 30 10 0 2 4 1 1 2 5 2 0 1 0 0.48 1.01 18 G -1 -2 -1 -2 -4 -2 -1 5 -3 -1 -4 -1 -1 -4 1 3 -1 -4 -2 -3 3 2 2 1 0 1 4 43 0 4 1 3 2 0 7 21 2 0 1 2 0.63 1.01 19 I -1 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -1 3 0 -1 1 -3 -1 -1 3 -1 -1 3 3 2 1 2 0 1 0 2 2 15 8 4 4 0 3 3 25 1 2 23 0.37 0.95 20 R -3 5 -1 -2 -4 0 1 -4 0 -1 -3 1 -1 -3 -2 0 3 -4 -3 -2 0 37 1 1 0 2 8 0 2 4 2 5 2 1 2 7 22 0 0 3 0.58 0.91 21 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 1 -2 -1 -4 -1 6 -5 -4 -4 2 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 4 0 1 32 0 0 0 1 55 0 1.51 0.88 22 R -1 5 0 1 -5 2 -1 -3 2 -4 -4 1 -2 -5 2 -1 -2 -5 -3 -3 5 40 4 8 0 7 3 2 4 0 1 8 1 0 10 3 2 0 1 1 0.63 0.91 23 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 2 -5 1 3 -5 -4 -3 -4 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 54 20 0 2 15 0 0 0 0 0 9 1.02 0.87 24 A 4 -4 -4 -4 -1 -2 -4 3 -4 0 1 -3 0 -2 -4 -1 -2 -5 -4 0 46 0 0 0 1 1 0 19 0 6 13 0 2 1 0 3 1 0 0 6 0.57 0.91 25 V 1 -4 -5 -5 0 -4 -5 -5 -5 4 1 -4 2 0 -4 -3 -1 -4 0 4 12 0 0 0 1 0 0 0 0 28 9 0 5 4 0 0 2 0 3 35 0.70 0.89 26 I -2 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 0 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -3 4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 70 3 0 0 0 0 0 0 0 0 25 1.26 0.89 27 A 3 -3 -2 -3 -3 -2 1 -1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 3 4 -5 -4 -3 32 0 0 0 0 0 10 3 0 0 0 0 0 0 0 20 36 0 0 0 0.75 0.89 28 D -2 -4 0 7 -5 -2 -1 -3 -3 -4 -1 -3 -4 -5 -4 0 -3 -6 -5 -4 2 0 2 81 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.49 0.89 29 L -4 -2 0 -1 4 -2 -2 -5 -4 0 4 -4 5 -3 -1 -4 -3 -4 -4 0 0 2 5 4 9 2 3 0 0 4 46 0 18 0 3 0 0 0 0 5 0.74 1.13 30 D -4 -4 -1 8 -6 -3 -1 -4 3 -6 -6 -3 -5 -6 2 -3 -4 -7 -5 -6 0 0 0 84 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 1.84 1.13 31 T -2 2 1 -2 -4 -1 0 -4 5 -3 -1 3 -1 -4 -4 -1 3 -5 -3 -2 2 13 7 1 0 2 6 0 15 1 6 21 1 0 0 2 20 0 0 3 0.52 1.10 32 E 1 -1 2 2 -4 0 2 0 -1 -4 -2 2 -3 1 -4 0 -2 -4 1 -4 12 2 10 11 0 3 16 6 2 0 5 13 0 6 0 6 2 0 6 0 0.28 1.09 33 S 1 1 1 -3 -4 -2 0 0 -3 -5 -5 0 -4 -5 1 4 1 -5 -4 -4 14 7 8 0 0 0 6 6 0 0 0 6 0 0 8 39 7 0 0 0 0.58 1.17 34 R -1 2 -3 -3 -4 0 2 1 1 -1 -1 3 1 -4 -4 -1 0 -5 -4 1 4 10 0 0 0 4 12 10 4 4 5 22 4 0 0 4 5 0 0 10 0.29 1.10 35 A 2 -3 -2 0 -3 0 -2 -1 1 -1 -2 0 -2 -4 -2 3 0 -4 0 3 14 1 1 5 0 4 1 4 3 2 3 5 1 0 2 22 4 0 3 25 0.32 1.20 36 Q -1 -2 1 3 -2 2 1 -1 -3 -4 -2 2 -4 -5 2 2 0 -5 -4 -2 5 1 7 14 1 8 9 4 0 0 5 13 0 0 8 16 4 0 0 3 0.32 1.22 37 E -2 1 1 4 -5 1 3 -2 -3 -4 -3 3 -4 -5 -3 0 0 -5 -4 -4 2 7 6 24 0 4 19 3 0 1 2 20 0 0 1 5 5 0 0 1 0.59 1.21 38 E -2 -2 -2 2 -5 0 3 1 -3 -5 -5 4 -4 -5 -3 2 -2 2 -4 -5 1 1 0 12 0 3 21 10 0 0 0 31 0 0 1 14 2 3 0 0 0.67 1.23 39 N -3 -2 5 2 -4 0 -2 -3 1 -4 -2 2 -3 -1 1 1 -1 0 -1 -3 1 0 30 14 0 3 1 1 3 0 4 16 0 2 6 10 3 2 3 1 0.57 1.19 40 T 0 0 1 -1 -4 1 0 -3 -2 -3 -1 1 0 -4 -4 1 4 -5 -4 0 6 4 7 2 0 7 5 1 1 1 5 10 2 0 0 9 31 0 0 8 0.40 1.21 41 W -5 -3 -6 -7 -5 -5 -5 -5 -1 -4 -4 -5 -4 4 -6 -5 -5 12 3 -2 0 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 18 0 0 0 69 7 3 2.85 1.28 42 F -4 3 -1 -4 1 1 0 -4 3 1 -3 1 -1 4 -5 -3 0 -4 2 -1 0 20 2 0 3 7 6 1 7 10 1 8 1 16 0 0 8 0 7 4 0.45 1.28 43 S 1 -3 -2 -3 1 -3 -3 -3 -4 -5 -5 0 -4 -5 -3 6 -1 -5 -4 -4 9 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 84 0 0 0 0 1.41 1.28 44 Y -4 0 -4 -3 -4 -3 -4 -5 -1 3 0 -1 -2 2 -3 -3 0 -2 6 1 0 5 0 2 0 1 0 0 1 22 6 4 0 9 1 1 7 0 32 8 0.76 1.27 45 L -1 -5 -5 -6 1 -4 -5 -5 -5 1 4 -4 5 2 -5 -4 0 -4 0 2 4 0 0 0 3 0 0 1 0 8 38 0 14 8 0 0 6 0 3 15 0.72 1.27 46 K -3 4 -3 -3 -5 2 -1 -3 2 -1 0 5 0 -4 -4 -2 -3 -4 -2 -2 1 19 0 0 0 9 2 2 5 4 9 40 3 0 0 2 0 0 1 3 0.71 1.19 47 K -3 3 -3 -4 -4 -1 -2 -4 2 -1 -1 4 -3 2 -2 -2 1 -3 3 -2 1 15 1 0 0 1 2 1 4 4 7 28 0 7 2 2 10 0 11 2 0.48 1.19 48 G 1 -5 -3 -1 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -5 -5 11 0 0 4 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.68 1.24 49 Y -1 0 -2 -4 1 0 1 -5 3 1 -2 -1 0 -1 -4 0 2 1 4 -1 4 5 1 0 3 4 10 0 8 8 4 4 2 2 0 8 13 2 17 5 0.33 1.26 50 L -3 -5 -5 -6 -4 -1 -5 -6 -5 2 6 -5 -1 -1 -2 -2 -4 -4 -4 0 1 0 0 0 0 3 0 0 0 9 77 0 0 2 2 3 0 0 0 3 1.17 1.28 51 T -1 0 -3 -4 1 -2 -2 -2 0 -1 -1 2 -3 2 -4 1 5 -4 0 -1 3 5 1 0 3 0 2 3 2 2 6 12 0 8 0 8 36 0 3 4 0.45 1.27 52 L -4 3 -4 -5 -4 -1 -4 -5 1 2 2 0 0 2 -5 -4 -3 5 3 1 0 15 0 0 0 2 0 0 4 12 24 5 2 7 0 0 0 8 10 9 0.55 1.24 53 S -2 -2 4 2 -4 -1 -1 -3 2 -2 -3 1 -2 -1 -4 3 0 -4 -1 -1 2 1 21 10 0 1 2 1 6 2 3 8 1 2 0 27 5 0 2 4 0.47 1.21 54 D 1 -1 -1 3 -4 0 0 0 -3 -3 -4 2 -4 -4 4 0 -1 -5 -4 -2 10 3 2 16 0 5 5 7 0 1 1 13 0 1 24 7 3 0 0 3 0.51 1.24 55 S -2 2 3 3 -4 1 1 0 -1 -4 -4 0 -4 -4 -4 3 0 -5 -4 -2 2 10 12 16 0 7 7 7 1 1 1 5 0 1 0 22 5 0 0 2 0.43 1.25 56 G -1 2 -1 0 -2 0 -1 4 0 -5 -4 2 -2 -3 0 -1 1 -5 -2 -5 4 11 2 4 1 4 3 30 2 0 2 15 1 1 5 3 11 0 1 0 0.46 1.28 57 D -2 -1 3 4 -4 0 1 1 1 -4 -4 1 -4 -4 -3 0 1 4 1 -2 2 2 14 23 0 3 7 11 3 0 2 7 0 0 1 5 8 5 4 2 0.43 1.20 58 K -2 3 -1 -1 -2 0 0 -3 1 -3 -1 2 -3 1 -3 1 3 -2 -1 -3 3 17 2 2 1 4 7 1 3 1 5 15 0 7 0 10 20 1 1 1 0.36 1.18 59 V 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -3 2 1 -4 -1 2 -3 -1 -3 -3 5 4 8 0 0 0 0 0 1 2 0 12 11 0 1 6 1 4 0 0 23 27 0.63 1.20 60 A 0 0 0 0 -4 -1 0 -3 0 -3 -4 0 -2 -1 -3 4 2 -4 -3 -1 7 4 5 4 0 3 6 1 2 1 1 5 1 3 0 37 15 0 1 4 0.46 1.21 61 V -3 -4 -4 -4 -3 -4 -2 -5 -4 4 0 -4 0 1 0 -4 -2 -4 1 5 1 0 0 1 0 0 3 1 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