Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 4 -4 4 -3 -4 -3 -4 -3 -4 -5 -5 -4 -4 -6 -4 3 4 -6 -5 -4 35 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 23 0 0 0 1.01 1.59 2 I -5 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -7 6 3 -6 3 -2 -6 -6 -4 -6 -5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 25 0 6 1 0 0 0 0 0 23 1.34 1.91 3 T -2 -1 1 -2 -4 0 0 -4 2 0 -3 2 -2 -5 -4 1 5 -4 -2 -1 3 3 6 2 0 5 6 1 4 5 2 11 1 0 0 11 37 0 1 4 0.58 1.96 4 L -3 -6 -7 -7 -3 -5 -6 -7 -6 5 4 -6 2 1 -5 -6 -4 -3 -4 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 32 38 0 5 6 0 0 0 0 0 15 1.14 1.97 5 S -3 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -4 -4 -6 -4 3 7 -6 -5 -4 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 23 72 0 0 0 1.66 2.00 6 D -1 -2 -1 5 -7 0 4 -5 -3 -6 -5 0 -5 -5 4 -2 -3 -4 -6 -5 5 2 2 27 0 3 29 0 1 0 1 5 0 1 20 2 1 0 0 0 0.96 2.01 7 S 3 2 2 -2 -4 -1 0 -3 -3 -3 -3 2 -3 -4 -2 2 0 -6 -4 -3 28 9 10 2 0 2 6 2 0 1 2 10 0 1 2 17 6 0 0 1 0.46 2.01 8 A 7 -4 -5 -5 2 -4 -4 -3 -3 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -2 -3 -6 -4 -3 92 0 0 0 3 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1.84 2.01 9 A 4 -1 -4 -4 -3 2 -1 -4 -3 1 -1 0 -2 -2 -5 -2 -2 -2 -3 2 39 3 0 0 0 8 4 1 1 7 7 6 1 1 0 3 2 1 1 15 0.53 2.03 10 A 1 1 1 1 -4 2 3 -2 -2 -4 -4 3 -3 -3 -5 0 0 -4 -3 -4 11 6 7 8 0 8 18 2 1 1 2 20 0 2 0 7 5 0 1 1 0.44 2.03 11 R 0 4 -3 -4 -5 3 1 -5 5 -5 -4 3 0 -2 -5 -4 -4 -4 1 -3 7 23 1 0 0 12 10 0 11 0 1 20 2 2 0 0 1 0 5 2 0.76 2.03 12 V -3 -5 -7 -7 -3 -6 -6 -7 -6 5 3 -6 1 1 -6 -6 -4 -5 -2 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 35 29 0 3 6 0 0 0 0 1 22 1.11 2.02 13 N 0 4 0 -3 -2 1 -1 -3 -1 -2 -1 5 -2 -4 -5 -1 -2 -4 -3 -3 10 21 4 1 1 5 4 2 2 2 6 32 1 0 0 4 2 0 1 2 0.62 2.05 14 T 1 2 0 1 -4 2 4 -2 -1 -5 -4 2 -3 -4 -4 0 0 -3 -4 -4 10 10 4 6 0 8 24 3 1 1 2 12 1 1 1 8 6 0 1 1 0.44 2.05 15 F 0 -4 -5 -6 -4 -2 -4 -5 -2 3 5 -3 3 1 -5 -3 -3 -1 -1 0 7 1 0 0 0 2 1 1 1 19 46 2 6 5 0 2 1 1 2 4 0.79 2.05 16 L -1 -1 -2 -4 -2 0 -4 -4 -3 2 4 -2 5 -2 -5 -2 -1 -3 -2 1 6 4 2 1 1 4 1 1 0 12 35 2 14 2 0 2 4 0 1 7 0.54 2.00 17 A 3 0 0 0 -4 1 3 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 -4 1 -1 -6 -4 -3 20 5 3 5 0 6 19 3 1 1 2 13 0 1 1 11 4 0 0 2 0.40 1.98 18 N -1 0 3 2 -4 4 2 0 -2 -4 -4 2 -3 -4 -3 0 -1 -6 -4 -4 6 5 11 11 0 16 13 6 1 1 1 14 1 1 1 7 3 0 0 1 0.44 1.98 19 R 0 1 1 1 -3 4 4 -3 0 -4 -4 2 -3 -4 -2 0 -2 -6 -2 -4 8 7 7 7 0 17 25 2 2 1 2 10 0 1 2 6 2 0 1 1 0.53 1.97 20 G 0 -3 3 2 -4 0 0 4 -1 -4 -5 0 -2 -4 3 0 -3 -6 -4 -4 7 1 12 9 0 4 7 25 2 1 1 5 1 1 15 6 1 0 1 1 0.52 1.96 21 K -2 -1 1 2 -6 1 4 -1 -1 -2 -4 2 -2 -4 3 -1 -2 -6 -3 -3 4 3 5 12 0 6 23 5 1 2 1 12 1 1 13 4 3 0 1 1 0.47 1.94 22 G 0 -3 2 3 -2 -1 -1 4 1 -4 -4 -2 -3 -3 1 -1 -1 -6 -2 -3 9 1 9 14 1 3 5 30 3 1 2 2 1 1 8 5 3 0 2 2 0.46 1.97 23 F 1 -1 -3 -2 -3 -1 -1 -1 -2 1 2 1 1 -1 -2 -1 1 1 1 0 10 3 1 2 0 3 4 5 1 8 18 9 4 2 2 6 8 2 5 7 0.12 1.93 24 G 1 -2 -2 -4 0 -1 -3 4 0 -2 -1 0 0 1 -2 -2 -2 -2 1 -2 13 3 2 1 2 2 1 34 2 3 7 6 3 5 3 3 2 1 5 3 0.41 1.96 25 L -4 -3 -7 -7 -5 -6 -6 -3 -6 4 5 -5 1 1 -4 -6 -4 -5 -2 2 1 1 0 0 0 0 0 2 0 19 53 1 2 6 1 0 1 0 1 13 1.06 1.96 26 R -3 8 -3 -3 -3 -1 -3 -4 0 -5 -4 2 -5 -4 -4 -3 -3 -6 -3 -2 2 74 1 1 1 2 0 1 3 1 1 9 0 1 0 1 1 0 1 3 1.67 1.96 27 L -3 -4 -7 -7 -5 -6 -6 -5 -6 5 3 -6 1 1 -6 -4 -4 -1 -1 4 1 1 0 0 0 0 0 1 0 27 28 0 3 6 0 1 0 1 2 30 1.02 2.01 28 G 2 -1 -3 -1 -3 -2 -1 2 -2 -3 -3 -2 -1 4 -5 2 -1 -1 3 -2 17 3 1 4 1 2 3 17 1 1 2 2 2 14 0 13 3 1 10 2 0.39 2.09 29 V 1 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -6 3 0 -5 -1 -2 -4 -2 0 -6 -3 6 10 1 1 1 0 1 1 1 0 17 9 0 1 2 1 2 4 0 1 48 0.91 2.08 30 R 0 2 -1 0 -3 3 2 -2 -2 -3 -4 3 -2 -4 -2 -1 1 -6 -3 0 7 12 3 6 1 12 10 3 1 2 2 16 1 1 2 5 10 0 1 6 0.33 2.12 31 T 0 1 2 0 -2 2 -1 2 1 -3 -3 0 -2 -4 2 0 1 -6 -2 -2 6 6 8 4 1 8 4 14 4 2 2 5 1 1 11 7 8 0 1 3 0.19 2.10 32 S -1 1 -1 0 -1 -2 -1 4 0 -4 -5 1 -1 -4 2 1 -1 -2 -3 -3 5 9 3 5 1 2 3 30 3 1 1 7 1 1 10 9 4 1 1 2 0.39 2.09 33 G -1 -3 -2 -2 -2 -2 -2 6 1 -6 -6 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -6 -2 -4 5 1 1 3 1 2 3 66 3 0 0 1 1 1 2 2 1 0 1 1 1.26 2.08 34 C -2 -2 -2 0 9 -3 -2 -1 -2 -3 -4 -3 -1 -3 -2 -2 2 -5 -3 -2 3 3 1 5 49 1 3 4 1 1 1 1 1 1 2 2 14 0 1 2 1.39 2.04 35 S 2 -3 1 0 3 -1 -2 1 1 -3 -3 -2 -2 -3 1 3 0 -6 -2 -3 15 1 7 4 6 3 2 11 4 1 3 2 1 1 6 24 4 0 1 1 0.34 2.04 36 G 0 -1 -2 0 0 -2 -3 6 1 -3 -4 -1 0 -5 -2 -1 -2 -5 -2 -4 6 4 2 4 2 2 2 55 3 1 2 3 2 0 2 5 2 0 1 1 0.91 2.02 37 M -1 -1 -1 -5 -5 -1 -2 -2 1 0 2 -2 3 3 -1 -2 -1 4 2 -1 6 3 3 0 0 3 3 3 4 5 21 3 6 12 4 3 3 5 7 5 0.30 1.99 38 A -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 39 Y -2 -2 -2 -3 0 -2 -5 -6 3 -2 -2 -5 0 1 -2 -2 -2 2 8 -2 3 2 2 2 2 2 0 0 5 2 4 0 2 3 2 2 2 2 58 2 1.39 1.83 40 V 0 -1 1 -1 5 0 0 -1 1 1 -2 0 0 -1 -5 0 0 -5 0 0 9 3 8 4 13 4 5 6 3 8 3 6 3 3 0 5 6 0 3 6 0.19 1.83 41 L 0 1 1 -4 -4 1 0 -5 -4 1 -1 0 3 1 1 -3 0 4 2 0 7 7 7 0 0 7 7 0 0 7 7 7 6 6 7 0 7 6 6 7 0.23 1.56 42 E -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 43 F -2 -1 -5 -1 1 0 -2 -1 1 0 1 -1 1 4 -1 -2 -2 3 4 -1 3 4 0 4 3 5 3 5 3 6 13 4 3 15 4 3 3 3 12 5 0.27 2.14 44 V -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 45 D -1 -1 1 4 0 0 3 -2 1 -3 -3 1 -1 -2 0 0 0 -6 -1 -3 4 3 6 23 2 3 17 3 3 2 2 7 2 2 5 6 6 0 2 2 0.37 2.13 46 E -1 1 0 1 1 1 2 -2 1 -1 -3 0 0 -1 -1 -1 1 -6 0 -1 6 9 5 8 3 6 15 4 3 3 3 6 3 3 3 5 9 0 3 4 0.15 2.15 47 P 0 0 -1 -2 1 0 -1 -2 0 1 -1 0 1 -1 3 -1 0 2 -1 1 8 6 3 3 3 4 4 3 2 8 5 6 3 3 13 5 5 2 3 9 0.09 2.15 48 T -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 49 P 0 -1 0 2 0 0 2 -1 0 -2 -3 1 1 -1 3 -1 -1 2 -1 -2 7 3 5 11 2 3 14 6 3 3 3 7 3 3 13 4 3 2 3 3 0.20 2.08 50 E -2 -1 1 4 1 0 1 1 1 -2 -2 -1 1 1 -1 -1 -1 -5 0 -2 4 3 5 20 3 3 9 11 3 3 4 3 4 7 3 5 4 0 3 3 0.23 2.08 51 D -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 -4 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 0 5 6 6 6 0 5 6 0.08 1.89 52 I -2 -1 -1 0 1 0 2 -2 2 1 1 -1 1 0 -5 -1 0 2 1 1 3 3 3 6 3 4 12 3 4 9 11 3 3 4 0 4 5 3 5 11 0.14 1.97 53 V -1 -1 -2 -3 0 0 0 -3 0 3 -1 -2 0 -1 -2 -2 0 -6 -1 4 4 4 2 1 2 4 8 2 3 13 6 3 2 2 2 3 6 0 2 30 0.36 2.19 54 F -2 -2 -2 -2 0 -1 -2 -4 -1 2 0 -3 1 5 -3 -3 -2 1 2 2 3 3 2 3 2 3 2 2 2 12 9 2 4 23 2 2 3 2 6 14 0.45 2.24 55 E -2 -1 0 1 0 0 4 -2 1 -2 -3 -1 0 -1 -1 -1 0 2 -1 -1 4 3 4 9 2 4 27 3 3 3 3 4 2 3 4 4 5 2 3 4 0.24 2.25 56 D -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 57 K -2 -1 2 3 1 0 1 0 3 -2 -3 0 0 -1 -1 -1 -2 -5 0 -2 4 3 9 15 3 5 7 8 6 3 3 6 3 3 4 5 3 0 3 3 0.14 2.20 58 G -2 -2 0 1 0 -1 -1 5 0 -3 -4 -1 -5 -2 -2 -1 -2 1 -2 -3 3 2 3 7 2 2 4 45 3 2 2 4 0 2 2 3 2 2 2 2 0.60 2.18 59 V -1 0 0 0 2 0 0 -1 -4 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.12 60 K -1 1 0 0 1 2 0 -2 0 1 -2 1 0 -1 1 -1 1 2 -1 -1 4 7 4 6 3 8 5 3 3 7 3 10 3 3 6 5 7 2 2 4 0.04 1.84 61 V 0 -4 -4 1 3 -4 -4 0 -4 1 0 -4 3 2 -4 0 0 5 2 0 7 0 0 7 7 0 0 7 0 7 7 0 7 7 0 7 7 7 7 7 0.24 1.45 62 V -1 0 0 -4 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.11 2.01 63 V -1 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