Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 6 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 34 0 0 0 0 0 0 66 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.49 2 R -2 5 -1 -3 -5 0 1 -4 5 -5 -4 0 -3 -4 4 -2 -3 -5 -2 -4 3 36 1 0 0 2 8 0 21 0 0 3 0 0 26 0 0 0 0 0 0.95 0.63 3 Q -1 0 -3 -3 -4 3 1 -3 4 -2 4 -2 -1 0 -2 -3 -3 -4 0 -2 5 4 0 0 0 14 9 1 14 0 46 0 0 3 1 0 0 0 2 0 0.52 0.74 4 S -1 -3 -1 -2 1 -2 -2 0 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -1 6 2 -5 -4 -3 0 0 2 0 3 0 0 6 0 0 0 0 0 0 3 74 13 0 0 0 0.99 0.79 5 K -3 7 -2 -3 -1 0 -2 -4 2 -3 -4 2 -3 -5 -2 -1 -3 -5 -3 -4 0 72 0 0 2 2 0 0 6 1 0 12 0 0 2 3 0 0 0 0 1.30 0.85 6 D -4 -3 -1 7 -5 -2 0 -3 3 -5 -6 -3 -5 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 0 83 0 0 3 0 9 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 1.65 0.87 7 E -2 -1 -2 2 -6 1 6 -3 -2 -1 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 1 2 0 12 0 4 73 1 0 5 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.21 0.91 8 Q -3 5 0 -3 0 4 2 -4 0 -5 -2 3 -2 -1 -4 -3 -3 2 -1 -4 0 30 3 0 2 18 13 0 2 0 4 19 1 3 0 0 0 3 2 0 0.71 0.96 9 L -4 7 -1 -4 0 -1 -3 -5 0 -1 1 1 -3 -4 -2 -3 -3 -5 -2 -3 0 63 3 0 3 2 0 0 2 3 17 5 0 0 2 0 0 0 1 0 1.04 0.97 10 A 5 -3 -3 -4 -3 1 -2 -1 -4 -1 -1 -3 -3 -4 -2 0 -2 -4 -4 0 66 0 0 0 0 6 1 3 0 3 6 0 0 0 1 4 1 0 0 6 0.78 0.94 11 S 1 4 0 -1 3 1 -1 -4 0 -3 -2 3 -2 -3 -2 1 -2 -5 -4 -3 13 24 4 2 7 4 4 0 2 1 4 21 1 1 1 9 1 0 0 1 0.47 1.00 12 D 4 -1 -2 0 -4 1 3 -1 -2 -4 -3 -2 -3 -5 -3 1 0 -5 -4 -2 43 3 1 4 0 7 21 4 1 0 1 1 0 0 0 8 5 0 0 3 0.56 0.95 13 N -3 -3 0 -5 -3 -4 -4 -5 -1 1 4 -4 4 -2 -4 -4 -2 -4 1 3 0 1 6 0 0 0 0 0 1 5 49 0 10 0 0 0 1 0 5 18 0.70 0.91 14 E 0 2 2 1 0 2 1 -1 3 -5 -4 4 -4 -4 -4 -1 -3 -5 -4 -2 8 9 9 7 2 11 7 4 7 0 1 30 0 1 0 2 0 0 0 3 0.48 0.97 15 L -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 5 4 -5 1 -2 -5 -2 -3 -4 -3 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 36 46 0 3 0 0 3 0 0 0 9 0.92 0.94 16 P -3 -4 0 -4 0 -3 -3 -1 0 -5 -5 -3 -5 -6 8 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 6 0 2 0 0 4 3 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 2.28 0.99 17 V -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -1 3 1 -5 1 7 -6 -5 -4 -2 1 1 2 0 0 0 0 0 0 0 1 15 9 0 3 59 0 0 0 0 2 8 1.27 1.06 18 S -1 -3 0 -3 -1 -3 -2 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 4 5 2 -5 -4 -4 2 0 4 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 20 56 14 0 0 0 1.01 1.06 19 A 2 -2 0 -2 -3 -4 -2 -4 -4 0 0 -2 0 -3 -3 -2 0 -5 1 5 16 2 5 2 0 0 2 0 0 3 8 2 1 0 1 2 6 0 4 45 0.51 1.06 20 F -1 -1 0 5 -2 0 4 -3 1 -4 -2 0 -2 -2 -2 -2 -2 -5 -4 -3 6 3 3 34 1 3 29 1 4 0 4 4 1 2 1 1 1 0 0 1 0.72 1.06 21 Q -3 0 -3 2 -2 4 5 -4 -3 -5 -2 1 -1 -5 -4 -3 -3 4 -4 -3 0 5 0 11 1 23 38 0 0 0 5 10 1 0 0 0 0 5 0 1 0.85 1.10 22 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 1 -3 -5 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 77 9 0 3 0 0 0 0 0 0 11 1.46 1.10 23 S 0 -4 -4 -5 -3 -4 -2 -5 -5 4 -1 -4 2 -3 -2 1 1 -5 -4 5 8 0 0 0 0 0 3 0 0 23 3 0 5 0 2 11 7 0 0 38 0.66 1.10 24 E -1 -2 6 1 -1 -2 1 -1 2 -3 -4 -1 -2 -5 -4 1 1 -5 0 -3 3 2 37 8 2 1 11 4 4 1 1 2 1 0 0 11 7 0 3 2 0.60 1.10 25 M -2 -4 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 1 4 -4 7 -2 -5 -1 -1 0 -3 -1 2 0 0 0 3 0 0 0 0 5 47 0 31 0 0 5 4 1 0 2 0.99 1.10 26 S 0 -4 -1 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 7 3 1 -6 -5 -4 8 0 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 53 23 10 0 0 0 1.36 1.10 27 L -1 3 0 -4 -4 -3 0 -5 -4 1 1 -3 3 -3 -5 -4 0 -4 2 3 5 19 5 0 0 0 6 0 0 5 15 0 7 0 0 0 6 0 8 24 0.46 1.28 28 S 0 0 1 3 -5 -2 2 -1 -3 -1 -4 -1 -4 2 0 0 -1 -4 0 -1 9 6 7 17 0 0 17 5 0 4 0 4 0 8 4 7 4 0 4 4 0.27 1.23 29 E 0 -1 -1 3 -5 1 5 -2 0 -4 -3 -1 -1 -5 -3 1 -1 -5 -4 -2 7 3 2 18 0 5 35 2 2 0 2 3 2 0 0 12 4 0 0 3 0.57 1.10 30 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -4 -2 2 -5 3 8 -6 -5 -4 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0 8 61 0 0 0 0 5 5 1.44 1.14 31 Q 0 0 6 -2 -5 4 -1 -4 2 -5 -2 1 -1 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -3 7 5 40 0 0 22 2 0 4 0 4 8 2 0 0 2 2 0 0 2 0.82 1.20 32 Q -2 1 1 -1 -5 3 5 -1 0 -5 -4 1 0 -5 -4 0 0 -5 -4 -3 2 6 6 2 0 12 37 4 2 0 1 9 2 0 0 8 7 0 0 1 0.60 1.20 33 V -1 0 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -5 0 4 -1 7 -1 -5 -4 -3 -4 -4 2 4 5 0 0 0 0 0 0 0 4 40 5 28 2 0 0 0 0 0 13 0.90 1.16 34 L -2 -2 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 2 5 -1 4 -1 -5 -5 -4 -4 -4 0 3 2 0 0 0 0 0 0 0 12 64 4 9 2 0 0 0 0 0 5 1.01 1.19 35 K 1 2 0 1 -4 -2 1 -2 0 -3 -5 3 -4 -5 -4 3 0 -5 -2 -3 10 11 4 7 0 0 7 2 2 1 0 22 0 0 0 27 4 0 1 2 0.50 1.19 36 N -2 3 0 -1 -5 2 0 1 1 -4 -2 4 2 -5 -4 -1 0 -5 -2 -4 3 15 4 3 0 9 4 12 3 0 5 25 6 0 0 4 5 0 1 0 0.43 1.21 37 E 1 -1 0 -1 0 1 0 -1 6 -4 -2 -3 -3 0 -1 -1 -2 -3 5 -2 11 3 5 2 2 6 6 4 22 1 3 1 0 4 3 3 2 0 18 2 0.53 1.11 38 S -2 -1 0 1 -1 3 -1 2 3 -4 -3 1 -3 -2 0 0 -1 -4 1 -2 2 3 5 7 1 17 4 18 6 0 2 9 0 2 4 7 3 0 5 3 0.30 1.14 39 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 1 6 -5 -1 4 -6 -5 -4 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 77 0 0 15 0 0 0 0 0 0 1.36 1.24 40 S -1 -4 2 0 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 0 4 5 -6 -4 -4 3 0 11 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 38 41 0 0 0 1.01 1.24 41 E -1 1 -1 2 -5 1 4 -2 0 -5 -4 0 -4 -2 1 0 -1 -5 -4 -4 6 6 3 13 0 4 34 3 3 0 1 5 0 2 7 8 4 0 0 0 0.53 1.15 42 Y 2 -1 -1 2 -4 0 3 -2 0 0 -2 -3 -1 -3 1 1 0 -4 0 -2 18 3 3 11 0 3 20 2 2 6 4 0 1 1 6 8 5 0 4 3 0.26 1.13 43 Q -2 1 -2 0 -5 8 2 -4 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -1 2 5 0 4 0 73 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1.43 1.13 44 R -1 0 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -1 1 4 1 1 -2 -5 -2 -3 -5 -4 3 5 5 0 0 0 3 0 0 2 8 43 8 3 1 0 2 0 0 0 20 0.59 1.19 45 Q 2 -2 -2 2 -2 1 1 -4 4 -4 -4 -2 1 -5 -4 2 3 -5 -4 -3 20 1 1 14 1 6 11 0 9 0 1 1 3 0 0 15 17 0 0 1 0.50 1.19 46 L 0 -1 -5 -3 0 -4 -2 -5 -4 1 4 -4 0 3 -5 -4 -4 -3 2 -1 7 3 0 2 2 0 2 0 0 8 50 0 1 14 0 0 0 0 8 2 0.72 1.18 47 I 0 -5 -2 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 2 -5 3 -3 -5 -4 -3 -5 -4 3 8 0 2 0 0 0 0 0 0 45 17 0 6 0 0 0 0 0 0 21 0.95 1.19 48 R -4 6 -3 -4 -6 1 -2 -4 5 -2 -3 3 -3 -5 -4 -2 -3 1 -3 -4 0 49 0 0 0 7 0 0 15 3 2 21 0 0 0 2 0 2 0 0 1.13 1.05 49 K -2 -3 2 7 -6 0 1 -3 -1 -5 -5 0 0 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -5 3 0 9 67 0 5 5 1 1 0 0 5 3 0 0 0 3 0 0 0 1.30 1.05 50 I -1 -5 -5 -5 -4 -2 -5 -5 -5 6 0 -1 1 1 -5 -4 -3 1 -3 3 6 0 0 0 0 3 0 0 0 51 5 4 3 5 0 0 0 2 0 23 0.90 1.05 51 R -1 8 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -3 -5 -3 1 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 5 89 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.75 1.05 52 R -4 7 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -1 -1 -3 2 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -1 0 81 0 0 0 0 0 0 1 3 2 7 0 0 0 0 0 0 0 5 1.56 1.05 53 R -4 7 -3 -4 -6 -1 0 -5 -3 -1 -4 2 -4 -5 -4 -3 -1 -5 -4 -4 0 75 0 0 0 0 6 0 0 4 0 11 0 0 0 0 5 0 0 0 1.43 1.02 54 G 3 -2 -3 -4 -4 -3 -4 5 -4 -4 -2 -3 1 -4 -4 2 -3 -5 -4 -2 23 1 0 0 0 0 0 49 0 0 4 0 4 0 0 15 0 0 0 3 0.85 0.90 55 K -3 1 -2 -3 -5 -1 -1 -4 -3 0 -4 7 -3 -5 -3 -2 0 -5 -4 -4 0 4 0 0 0 0 0 0 0 6 0 85 0 0 0 0 6 0 0 0 1.33 0.90 56 N -3 -3 8 -1 -5 -2 -2 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -4 0 1 -6 -4 -5 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 8 0 0 0 1.73 0.90 57 K -3 5 -2 -3 -5 -1 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 0 -2 -4 -4 -4 0 34 0 0 0 0 0 0 0 0 1 53 0 0 0 8 0 0 0 0 1.12 0.85 58 V -2 -4 0 -4 -4 1 -1 -1 -4 3 1 -4 4 1 -5 -3 -3 -4 -3 4 1 0 6 0 0 6 4 5 0 14 9 0 13 5 0 0 0 0 0 36 0.52 0.90 59 A 6 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -3 1 -2 -4 1 -2 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 6 0 1.19 0.83 60 A 6 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 -1 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 2 1.27 0.83 61 R 0 3 -2 -2 -5 7 1 -4 -2 -5 -4 0 -3 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -4 6 17 0 0 0 68 6 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.83 62 T -3 4 6 -1 -5 -2 0 -1 -1 -3 -5 -1 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -2 0 25 50 0 0 0 6 3 1 1 0 1 0 0 0 7 3 0 0 3 0.91 0.81 63 C -2 -5 -5 -6 11 -5 -6 -5 -4 -3 -3 -5 -3 -1 -5 -2 -3 -4 1 -3 0 0 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 6 0 2.47 0.82 64 R -3 8 -2 -4 -5 -1 -2 -4 -2 -5 -4 0 -3 -5 -1 -3 -3 -5 -4 -4 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 1.77 0.76 65 Q -3 3 -2 -3 -5 2 0 -4 -2 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 -3 -4 -1 -4 0 16 0 0 0 8 2 0 0 0 0 71 0 0 0 0 0 0 3 0 1.18 0.76 66 R -3 7 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -2 -4 -2 1 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -2 0 86 0 0 1 0 0 0 0 0 3 5 0 0 0 2 0 0 0 2 1.47 0.76 67 R -3 2 -2 -3 -5 -1 -1 -4 -3 -4 -4 7 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -1 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 6 1.34 0.76 68 T -3 -3 0 -4 -3 1 -1 -3 -2 1 5 -3 3 -2 -4 -3 0 -4 -3 -1 0 0 5 0 0 7 5 1 1 5 61 0 8 0 0 0 7 0 0 0 0.63 0.71 69 D 0 -3 1 6 -5 1 2 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 11 0 4 64 0 7 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.14 0.69 70 R 0 3 2 -2 -4 4 -1 -3 2 -4 -3 2 -2 -4 -3 -1 3 -4 -3 -3 6 19 10 0 0 22 0 0 6 0 0 15 0 0 0 0 21 0 0 0 0.52 0.48 71 H -2 -3 -3 -4 -3 -1 -3 -4 6 5 1 -3 0 -1 -4 -3 -2 -4 -1 1 0 0 0 0 0 4 0 0 27 61 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.68 0.37 72 D -1 0 -1 3 -3 0 1 -3 -2 0 1 -1 -1 -2 -3 2 2 -3 0 -1 0 6 0 19 0 5 9 0 0 4 19 0 0 0 0 17 14 0 4 3 0.20 0.30 73 K -1 -1 -1 -2 -2 -1 0 -2 -2 0 -2 2 -2 -3 -2 1 5 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 6 0 0 6 0 21 0 0 0 6 61 0 0 0 0.50 0.26 74 M -2 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -4 -3 1 4 -3 5 -1 -4 -3 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 0 23 0 0 0 0 0 0 20 0.59 0.25 K Lambda Standard Ungapped 0.1259 0.3142 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1935 0.3175 PSI Gapped 0.0592 0.2670