Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -3 -2 3 4 -6 1 6 -4 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 13 22 0 4 60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.23 0.89 2 V -2 -3 -4 -5 -3 -1 -4 -5 -5 2 1 2 -1 -3 -4 -3 0 -5 -4 5 2 0 0 0 0 3 0 0 0 9 14 13 0 0 0 1 5 0 0 53 0.74 1.00 3 M -2 -1 -3 -4 -3 2 -2 -5 -1 0 0 3 7 -2 -4 -2 0 -4 -1 -1 1 3 0 0 1 10 1 0 1 5 9 21 32 1 0 2 7 0 2 2 0.66 1.08 4 W -5 -5 -6 -7 -5 -4 -5 -5 -4 -5 -4 -5 -4 0 -6 -5 -5 12 3 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 91 7 0 3.64 1.09 5 E -3 -3 -3 0 -6 1 6 -5 2 -4 -2 -2 -4 1 -4 -2 -3 -4 0 -4 0 0 0 2 0 3 72 0 4 1 4 1 0 7 0 2 0 0 4 1 1.19 1.09 6 Y -4 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -3 -1 -5 -3 5 -6 -4 -4 0 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 27 0 0 0 0 68 0 1.96 1.13 7 K -3 5 -2 -3 -5 0 -2 -4 0 -5 -4 6 -1 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -4 0 33 0 0 0 2 0 0 3 0 0 57 2 0 0 0 0 0 0 0 1.31 1.08 8 W -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 0 -2 -1 -1 -3 -3 -3 11 0 -2 3 3 1 3 0 1 3 3 1 1 9 2 1 2 1 2 1 58 2 3 1.86 0.85 9 E 0 -2 0 0 -2 0 2 -2 -1 -1 -1 0 -2 -2 -2 3 2 -3 -2 -1 6 1 4 4 1 4 16 2 2 4 7 5 1 2 1 23 12 0 1 5 0.23 0.82 10 N 0 -1 3 4 -1 2 1 -1 -1 -2 -2 -1 -3 -3 0 0 -1 -3 -3 -2 7 2 13 24 1 10 7 5 2 3 4 2 1 1 4 7 3 0 1 3 0.34 0.88 11 T 1 -3 1 4 -4 -1 -1 2 -3 -3 -3 1 -4 -5 -3 0 1 -5 -4 -3 13 0 7 28 0 2 3 17 0 1 3 9 0 0 1 6 7 0 0 2 0.48 1.10 12 G -2 3 -1 2 -5 0 3 0 -3 -5 -3 -1 -2 -5 4 -1 -1 -5 -4 -4 3 16 2 12 0 4 21 6 0 0 2 2 1 0 23 2 4 0 0 0 0.62 1.08 13 D -2 -3 1 6 -5 2 3 -1 0 -5 -5 -2 -4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -5 3 0 7 48 0 8 18 3 2 0 0 1 0 0 0 7 2 0 0 0 0.97 1.10 14 A 2 -3 -1 1 -4 -3 -2 5 -2 -2 -4 -2 -4 -3 -1 1 0 -5 -4 -3 19 1 2 7 0 0 2 40 1 3 1 1 0 1 3 12 5 0 0 2 0.62 1.08 15 E -1 -1 2 1 -5 3 5 -1 -1 -3 -4 1 -2 -5 -1 -1 -2 -5 -4 -3 5 2 12 6 0 11 39 5 1 1 1 7 1 0 3 2 1 0 0 1 0.61 1.03 16 L -2 -3 -1 -5 -1 -4 -3 -4 -5 5 1 -1 -1 -3 -2 -3 0 -5 -4 4 2 1 3 0 1 0 1 1 0 36 10 5 0 0 1 1 5 0 0 32 0.67 0.98 17 Y -4 -2 1 -3 -5 4 0 -5 6 -1 -2 -1 -3 3 -4 -2 -3 -2 5 -4 0 1 6 0 0 22 6 0 22 3 3 2 0 13 0 1 0 0 21 0 0.84 0.99 18 G -2 -5 -3 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 0 -3 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1.88 0.99 19 P -3 -4 -4 -4 -1 -4 -3 -1 -5 -5 -3 -3 -4 -6 8 -3 -2 -6 -5 -3 0 0 0 0 2 0 0 4 0 0 2 0 0 0 87 0 2 0 0 2 2.32 0.99 20 F -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -5 3 -1 -2 -5 -3 7 -6 -4 -4 -1 7 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 6 2 0 0 0 53 0 0 0 0 35 3 1.62 0.99 21 T -1 -2 0 3 -4 -2 -1 -1 -3 -4 -4 -2 -2 -5 1 4 3 -5 -4 -3 2 2 3 17 0 1 3 3 0 0 1 1 1 0 8 35 22 0 0 1 0.62 0.99 22 S 1 -2 0 -2 -4 -1 0 1 -3 -4 -3 -1 0 -5 -2 4 3 -5 -4 -3 8 2 4 1 0 3 6 13 0 0 2 2 3 0 1 33 21 0 0 1 0.49 0.99 23 A 2 -2 -2 0 -4 1 3 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -3 1 2 1 -4 1 -2 18 1 1 4 0 7 18 0 1 1 2 3 1 1 6 20 7 0 4 3 0.33 0.99 24 Q -2 -2 -1 2 -5 5 4 -4 -3 -4 -3 -1 2 -5 -4 -1 3 -5 -4 -3 2 0 1 10 0 31 25 0 0 0 1 2 6 0 0 3 18 0 0 1 0.75 0.99 25 M -3 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -4 1 1 -4 10 0 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 5 0 81 4 0 0 0 0 0 3 1.77 0.99 26 Q 0 1 0 -2 -3 4 0 -3 2 -1 1 2 2 -1 -4 -2 -1 -5 -1 -1 7 7 4 1 1 21 5 1 4 2 12 15 6 2 0 1 3 0 2 5 0.31 1.14 27 T 1 0 0 1 -5 1 2 -2 1 -5 -5 3 0 -1 1 0 0 -5 0 -5 14 5 3 7 0 6 16 3 4 0 0 16 2 3 7 6 5 0 4 0 0.32 1.41 28 W -5 0 -6 -6 -5 -4 -5 -5 -4 -5 -1 -1 -4 1 1 -5 -5 12 2 -5 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 0 5 7 0 0 66 6 0 2.54 1.41 29 V 1 -1 0 -2 0 4 -1 -4 1 -1 -2 0 0 -1 -4 0 0 1 1 2 13 3 4 2 2 20 3 0 3 3 4 5 2 3 0 6 6 2 5 14 0.26 1.34 30 S -1 0 1 3 -5 3 2 0 -3 -5 -3 2 -1 -6 -4 1 -1 -6 -5 -3 5 4 7 16 0 14 14 8 0 0 2 12 2 0 0 11 3 0 0 2 0.45 1.42 31 E 3 -2 1 0 -1 2 3 -2 0 -5 -3 1 -1 -5 -4 0 -1 0 -4 -3 26 1 8 5 2 10 21 2 2 0 2 9 1 0 0 4 4 2 0 2 0.45 1.40 32 G -2 -4 2 1 -5 -1 -4 6 -1 -6 -6 -2 -5 -3 -4 -1 -2 -5 0 -5 2 0 9 8 0 2 0 66 1 0 0 1 0 1 0 2 2 0 4 0 1.18 1.19 33 Y -4 0 -4 -5 0 -1 -1 -5 1 -4 -1 1 -3 4 -5 -4 -2 -1 8 -4 0 6 0 0 2 2 5 0 3 0 4 8 0 15 0 0 2 0 52 0 1.23 1.22 34 F -2 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -1 1 -6 -2 8 -6 -5 -4 -2 2 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 11 0 0 79 0 0 0 0 3 0 1.84 1.22 35 P 0 -2 1 -1 -5 0 2 2 -1 -5 -5 2 -4 -5 1 2 1 -5 -5 -2 5 1 7 3 0 3 14 18 1 0 0 12 0 0 7 15 9 0 0 3 0.38 1.24 36 D 1 -2 3 3 -5 1 3 -1 -2 -4 -4 -1 0 -5 -1 1 1 -6 -5 -3 11 1 14 16 0 5 18 5 1 1 1 2 3 0 3 10 8 0 0 1 0.43 1.29 37 G -1 -2 2 1 -5 -2 1 4 -4 -6 -5 2 -2 -6 1 0 -1 -5 -5 -5 4 1 11 7 0 1 8 38 0 0 0 14 1 0 6 5 3 0 0 0 0.66 1.27 38 V 1 -5 -5 -5 1 -4 -5 1 -5 1 2 -4 0 -2 -2 -3 -1 -5 -4 5 12 0 0 0 3 0 0 10 0 6 17 0 1 1 2 0 2 0 0 43 0.65 1.24 39 Y -4 -1 -4 -2 -5 -1 3 -5 -4 -1 2 -1 1 3 -2 -2 -4 6 2 0 0 3 0 2 0 2 21 0 0 3 22 3 3 11 2 2 0 10 7 8 0.50 1.24 40 C 2 -5 -5 -6 3 -4 -5 -5 -5 2 -1 -3 2 3 -5 -4 -3 -4 -3 5 16 0 0 0 6 0 0 0 0 11 3 2 5 11 0 0 0 0 0 44 0.82 1.26 41 R -4 8 -3 -4 -6 -1 -3 -5 -3 -2 -4 2 -1 -2 -5 -3 -4 1 -4 -2 0 79 0 0 0 1 0 0 0 3 0 9 1 2 0 0 0 2 0 3 1.60 1.22 42 K -2 5 -2 -2 -5 1 -1 -4 -1 -4 -4 5 -4 -3 -1 -2 -2 -5 -4 -4 3 36 1 1 0 5 2 0 1 1 1 37 0 1 3 1 2 0 0 1 0.93 1.22 43 L 2 -3 -4 -3 3 -3 -2 -3 -4 1 0 -1 -1 -1 -4 -2 1 -5 -1 4 17 1 0 1 5 1 3 2 0 6 8 4 1 2 0 2 7 0 2 37 0.47 1.24 44 D -2 -1 1 3 2 -2 -1 5 0 -5 -5 -3 -5 -5 -4 0 -2 -5 -2 -5 2 3 5 17 5 1 4 47 2 0 0 1 0 0 0 7 3 0 2 0 0.82 1.25 45 P 0 -2 0 2 -4 2 3 1 -1 -4 -3 0 -1 -4 0 1 2 -4 -4 -2 8 1 3 13 0 9 18 9 1 0 2 5 1 0 5 8 12 0 0 3 0.31 1.21 46 P -1 -2 -2 1 -4 1 4 -1 -2 -2 -4 1 -4 -5 3 2 1 -5 -4 -3 5 2 1 8 0 7 24 4 1 2 1 7 0 0 13 14 8 0 0 1 0.44 1.22 47 G -2 -2 4 4 -4 -2 1 4 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -2 0 -2 0 -4 -4 3 1 18 24 0 1 8 28 0 1 1 2 0 0 1 6 1 2 0 1 0.68 1.15 48 G 1 -2 0 -1 -2 -2 1 3 -3 -4 -4 -2 -2 0 -2 2 1 2 -3 -3 11 1 5 4 1 1 8 24 0 1 1 1 1 4 2 18 7 3 0 2 0.31 1.12 49 Q -2 1 1 -1 -4 4 2 -3 1 -4 -4 0 -1 -4 1 0 -1 6 -3 -4 2 7 6 4 0 23 12 2 4 0 1 4 2 0 7 5 4 13 0 0 0.58 1.21 50 F -1 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -3 0 -2 0 -4 -2 8 -4 -4 -2 1 1 -3 5 1 0 1 0 0 1 2 2 1 7 1 0 72 1 1 2 1 2 1 1.47 1.08 51 Y -1 0 1 -3 -4 -1 -1 -4 2 -1 -3 1 -3 0 -3 -2 -2 1 7 0 6 5 9 0 0 2 3 1 4 3 1 8 0 2 1 2 2 2 42 7 0.76 1.11 52 N -2 -2 4 -1 -4 -2 -1 -3 2 -3 -3 -3 -4 -4 3 3 1 0 -3 -4 2 2 24 3 0 0 3 1 5 2 2 1 0 0 17 27 9 2 0 1 0.65 1.11 53 S 2 -4 -1 -3 -3 -3 -3 -3 -4 2 -1 -3 -3 -2 -4 5 -1 -4 0 1 16 0 2 1 0 0 0 0 0 12 5 0 0 1 0 45 2 0 4 11 0.61 1.14 54 K 2 3 1 0 -4 0 -1 -3 -3 -3 -2 3 -3 -5 -4 1 1 -5 -4 -4 19 15 8 5 0 3 3 1 0 1 3 23 0 0 0 11 7 0 0 0 0.45 1.13 55 R -2 6 -2 0 1 2 0 -3 -3 -3 -2 0 -3 -4 -4 -1 -2 -4 -1 -1 3 54 1 5 3 8 4 2 0 1 4 2 0 0 0 5 1 0 2 5 0.83 1.13 56 I -1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 1 -4 0 -3 -5 -4 -3 -5 -3 4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 56 11 0 1 0 0 0 0 0 0 23 1.11 1.11 57 D -4 -4 1 7 -5 -1 0 -1 -2 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -4 0 0 4 80 0 2 3 3 1 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 1 1.62 1.11 58 F -4 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -2 9 -6 -5 -4 -1 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 92 0 0 0 0 3 0 2.10 1.05 59 D -3 -3 -1 6 -6 0 5 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -6 -3 0 -3 -6 -5 -5 0 0 0 50 0 1 42 1 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.32 0.91 60 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 2 6 -1 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 84 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.14 0.79 61 Y -4 -4 -4 -5 3 -3 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 2 -5 -3 -3 0 9 -3 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 91 0 1.94 0.72 62 T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -2 1 6 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 79 0 0 12 0.86 0.42 K Lambda Standard Ungapped 0.1400 0.3188 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1801 0.3170 PSI Gapped 0.0551 0.2670