Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -3 6 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.06 2 H -2 0 0 -1 -4 0 0 -2 9 -4 -3 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.01 0.06 3 M -3 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -4 0 0 -4 10 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 2.26 1.07 4 S 3 -3 0 -3 -3 -2 -3 -2 -4 -4 -3 -1 -2 -5 -1 4 4 -5 -4 -3 27 1 5 0 0 0 0 1 0 0 3 3 1 0 3 33 24 0 0 1 0.69 1.11 5 R -4 8 0 -2 -6 0 -2 -5 3 -6 -5 2 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 78 3 2 0 2 1 0 6 0 0 7 0 0 0 0 1 0 0 0 1.57 1.10 6 T -2 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -3 2 0 0 5 -3 -4 -2 5 -5 -4 -1 3 1 3 0 0 3 1 0 0 11 5 6 18 1 0 1 44 0 0 2 0.73 1.09 7 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 -1 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 6 1 0 0 1 0 0 1 1 0 27 2 1 0 1 1 1 1 0 0 62 1.14 1.04 8 M -4 -3 2 -3 -4 2 -2 -4 4 -2 0 -1 1 6 -4 -3 -2 -2 3 -3 1 1 10 1 0 10 1 1 10 1 7 4 3 35 0 1 3 0 9 1 0.71 1.09 9 C -3 -6 -5 -1 12 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -4 0 0 0 4 94 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2.96 1.19 10 R -1 3 -2 -4 -1 1 -2 -5 0 2 -3 1 -1 -4 -5 -1 3 -6 -4 3 5 15 2 0 1 6 2 0 2 13 1 7 1 0 0 2 20 0 0 22 0.45 1.23 11 K -4 2 -3 -4 -6 -2 -3 -5 -1 -4 -3 6 -3 3 -4 -3 -2 -1 3 -3 0 10 1 0 0 0 0 0 1 0 1 59 0 14 0 0 2 1 9 1 1.09 1.22 12 Y -4 -5 -4 -6 6 -3 -3 -6 -1 -1 5 -5 0 1 -6 -4 -1 -3 4 -2 0 0 1 0 16 1 2 0 2 1 52 0 2 4 0 1 4 0 16 0 0.98 1.22 13 H -3 -1 1 -1 -6 4 -2 4 -1 -6 -6 5 -4 -6 -4 -2 -4 -6 -5 -5 0 1 6 2 0 21 1 26 1 0 0 40 0 0 0 1 0 0 0 0 0.99 1.25 14 E -2 4 2 -3 0 4 0 -4 -1 -2 -4 5 -2 -6 -4 -2 -2 -6 -4 -3 2 19 10 0 2 17 5 0 1 3 0 36 1 0 0 2 1 0 0 1 0.81 1.25 15 E -2 -2 -1 3 -6 1 6 -4 0 -6 -4 -1 -5 -3 -2 -1 -2 -5 -1 -5 2 2 2 13 0 3 59 0 2 0 2 2 0 1 2 5 2 0 3 0 1.03 1.25 16 L 4 -2 -4 -4 -4 -2 -3 -2 -2 1 3 -3 3 -4 -4 0 0 -5 -4 -1 39 2 0 0 0 2 1 3 1 6 25 1 7 0 0 6 5 0 0 2 0.54 1.25 17 P -2 -2 -3 0 -6 -1 6 -5 -3 -3 -4 0 -5 -6 4 -2 -4 -6 -5 -2 2 1 0 4 0 1 57 0 0 2 1 5 0 0 22 1 0 0 0 4 1.15 1.25 18 G 0 -1 -3 0 -5 1 -4 6 -4 -5 -6 -2 -5 -6 -5 -2 -4 -6 -6 -2 8 4 0 6 0 7 0 67 0 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 4 1.22 1.25 19 L -4 -4 -2 -5 -4 2 -4 -6 -5 0 5 -1 3 0 -5 -4 0 -5 -4 -2 0 0 3 0 0 9 0 0 0 3 66 5 7 2 0 0 5 0 0 0 0.96 1.27 20 D -1 -3 -1 6 -6 -2 3 -4 -1 -1 -4 -1 -2 -6 2 -1 -1 -6 -5 -5 5 1 1 44 0 1 19 1 1 5 1 3 1 0 9 4 4 0 0 0 0.85 1.27 21 R 0 2 -1 -2 -5 1 1 -3 -2 -3 -3 0 1 6 -5 -1 -3 -3 1 -2 7 11 2 2 0 6 11 1 1 1 1 7 4 35 0 4 1 0 4 2 0.58 1.27 22 P 0 -3 0 -4 -4 3 -3 -4 -4 -2 -3 -2 0 -3 6 0 -2 -5 -4 -1 8 0 5 0 0 16 0 0 0 3 2 2 2 1 44 8 1 0 0 6 0.97 1.21 23 P -2 -4 -4 -4 -1 -4 -4 -4 -4 -3 0 -4 -2 -2 8 0 0 -5 -2 -2 3 0 0 0 1 0 0 0 0 1 9 0 1 1 65 7 5 0 1 2 1.54 1.21 24 Y -3 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -1 -1 0 -4 3 5 -5 -4 0 2 7 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 1 3 9 0 7 26 0 0 8 2 37 2 1.11 1.21 25 P -4 -3 -3 -1 -6 0 -2 -4 -5 -5 0 -3 -4 -6 8 -3 -3 -6 -5 -5 0 1 1 3 0 5 2 1 0 0 10 1 0 0 74 1 1 0 0 0 1.88 1.27 26 G -1 -5 0 -1 2 -4 -4 7 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -1 -2 -5 -5 -1 3 0 4 3 5 0 0 72 0 0 0 0 0 0 0 4 3 0 0 5 1.34 1.24 27 A 1 -3 1 1 -4 -1 3 -2 -3 -4 -3 1 -1 -5 5 -1 -2 -5 -4 -2 11 0 8 7 0 2 20 2 0 0 3 9 2 0 27 3 2 0 0 2 0.61 1.26 28 K -2 0 -2 -4 -4 -1 -2 -4 -4 2 3 3 1 1 -4 -3 -2 4 -3 0 3 4 2 0 0 2 2 1 0 12 26 22 3 5 0 1 2 6 0 7 0.42 1.24 29 G 0 -4 1 -3 -4 -3 0 6 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 1 -4 7 0 6 1 0 0 8 66 0 0 1 1 0 0 1 1 1 0 6 1 1.20 1.20 30 E -1 0 1 -1 -4 4 3 -4 1 -2 -2 4 1 -4 -3 -2 -1 -4 -4 -2 5 5 5 3 0 16 20 1 3 3 4 23 3 0 1 1 3 0 0 4 0.48 1.20 31 D -1 4 1 1 0 0 1 -4 0 -2 -3 3 -1 -2 -4 -2 -2 1 0 -1 4 22 8 7 2 3 8 1 2 2 3 19 2 2 1 2 2 2 3 5 0.37 1.20 32 I -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -3 6 1 -4 -1 3 -4 -4 -3 -3 4 2 1 1 1 1 0 0 1 1 0 51 10 1 0 10 1 1 1 0 12 9 0.90 1.01 33 Y -3 -3 -4 -4 -4 0 -3 -4 2 -2 -1 -2 -1 6 -4 -3 -3 5 6 -1 1 1 0 1 0 6 1 1 4 1 4 2 1 37 1 1 1 6 28 5 1.04 0.91 34 N 1 -1 4 3 -4 1 3 -2 0 -4 -3 1 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 12 3 19 16 0 5 23 2 2 1 2 8 1 0 1 2 1 0 1 1 0.51 0.91 35 N -3 -2 5 0 2 1 2 -2 3 -4 -4 0 -4 -4 0 1 1 -5 -3 -4 1 0 33 3 4 6 13 2 8 0 1 5 0 0 4 11 9 0 0 0 0.60 0.94 36 V -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 0 -4 0 1 -4 -1 -1 -4 -3 4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 41 2 0 2 5 0 7 3 0 0 36 0.78 0.80 37 S 0 -3 -2 -3 6 -3 -3 1 -4 -4 -4 -3 -4 -5 1 5 1 -5 -4 -4 3 0 0 0 16 0 0 12 0 0 0 0 0 0 6 57 5 0 0 0 0.90 0.82 38 R 0 1 0 -3 -5 2 0 -2 -3 -4 -4 6 -1 -5 -1 -1 -1 -5 -4 -1 6 4 4 0 0 10 2 2 0 0 0 57 2 0 2 3 2 0 0 5 0.76 0.82 39 K 0 2 -1 1 -5 3 4 -4 -3 -2 -3 2 -3 -5 -1 -1 -1 -5 -4 -1 8 13 2 6 0 12 31 0 0 2 2 10 0 0 3 2 4 0 0 6 0.47 0.82 40 A 5 -4 -3 -4 5 -3 0 0 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 0 -1 -5 -4 -1 64 0 0 0 14 0 6 6 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 3 0.88 0.82 41 W -5 -5 -6 -7 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -1 -5 -3 1 -6 -5 -5 12 2 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 5 0 0 0 85 5 0 3.11 0.82 42 D 2 -1 0 0 -4 5 1 0 -1 -3 -3 1 -1 -5 -4 1 0 -5 -3 -1 17 3 4 4 0 26 9 6 1 1 2 7 1 0 0 10 6 0 1 4 0.40 1.04 43 E 1 -2 -2 0 -5 4 4 -2 -2 -3 0 1 2 -3 -4 0 -2 -5 -4 -3 15 1 1 5 0 20 25 2 1 1 9 7 5 1 0 6 1 0 0 1 0.45 1.04 44 W -5 -5 -6 -7 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -4 -6 -4 -1 -6 -5 -5 13 0 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 4.00 1.04 45 Q -1 0 -4 -5 -5 4 0 -5 1 2 2 1 3 -4 0 -4 0 -5 -4 0 4 4 0 0 0 16 5 0 4 11 18 8 7 0 4 0 6 0 0 6 0.30 1.50 46 K 1 1 0 1 -5 1 1 -1 3 -1 -2 1 1 -5 -5 0 -1 -6 -4 -2 12 8 4 7 0 6 9 5 8 3 3 9 3 0 0 7 4 0 0 3 0.15 1.50 47 H -3 1 -1 -3 1 3 0 -4 7 -2 -1 2 1 -2 -4 -3 -3 -4 1 -3 1 5 2 0 3 14 4 0 28 2 5 13 3 1 0 0 1 0 5 1 0.52 0.99 48 Q -1 0 -3 -3 -5 7 0 -3 -2 -4 -2 -1 0 -2 -4 0 -3 -4 -4 -4 3 5 0 0 0 64 1 1 0 0 4 0 2 2 0 5 0 0 0 0 0.95 0.99 49 T -2 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -1 -2 0 -3 -4 -1 0 6 -5 -4 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 3 3 6 0 0 2 4 60 0 0 8 0.74 0.99 50 M -2 1 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -3 1 0 -1 8 -2 -4 -3 -1 -4 -3 0 2 8 0 0 0 0 0 0 0 8 5 4 50 0 0 0 3 0 0 4 0.66 0.72 51 L -3 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -3 2 4 -3 1 0 -3 -3 -2 -3 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 0 12 47 1 3 3 1 1 1 0 4 7 0.38 0.64 52 I -2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 6 1 -3 3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 2 1 1 1 1 0 0 1 1 0 50 7 1 10 0 1 1 1 0 0 9 0.52 0.64 53 N -3 -2 7 -1 -3 -2 -2 -2 -1 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 1 1 73 1 0 0 1 1 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1.03 0.64 54 E -3 -2 0 0 -5 3 6 -4 3 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -2 -1 -4 -3 -4 0 0 3 3 0 13 55 0 7 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0.74 0.72 55 R -3 -1 2 -3 -4 0 -2 -3 1 -3 -2 2 0 0 -4 -3 -3 -1 6 -3 0 3 10 0 0 4 2 1 2 0 4 17 3 2 0 0 0 0 36 0 0.48 0.72 56 R -3 6 -1 -4 -5 1 -2 0 3 -5 -5 3 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -5 1 44 2 0 0 5 0 8 8 0 0 18 0 0 0 2 0 0 0 0 0.80 1.04 57 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 0 6 -5 1 -2 -5 -5 -4 1 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 81 0 1 0 0 0 0 2 0 2 1.10 1.04 58 N -2 -3 6 2 -2 0 -2 -3 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -4 3 -1 -6 -4 -4 2 0 47 13 1 3 0 0 1 0 0 1 0 0 0 20 2 0 0 1 0.85 1.04 59 M -3 -4 -5 -5 -1 -4 -4 -5 -4 -2 3 -4 6 -2 4 -2 -1 -4 -4 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 30 0 27 1 18 3 3 0 0 5 0.69 1.04 60 M 2 -3 -4 -5 -4 -2 -4 -1 -4 2 0 -4 6 1 -4 1 -2 2 -2 -1 15 1 0 0 0 1 0 4 0 10 9 0 24 7 0 9 2 3 1 3 0.36 1.04 61 N -3 -3 4 6 -3 -1 1 -4 -1 -3 -4 -2 -2 -5 -4 0 0 -6 -3 -4 1 0 17 43 0 2 9 0 1 2 2 1 1 0 0 5 5 0 1 0 0.71 1.04 62 A 2 -2 -3 -2 -4 -1 -1 -4 -3 -2 -2 -1 -1 -5 6 -2 -3 -5 -3 -2 16 2 1 2 0 2 4 0 1 2 5 3 1 0 45 2 1 0 0 3 0.80 1.04 63 E -1 1 0 1 -5 1 4 -1 -3 -5 -4 3 -4 -3 -3 -1 -1 -5 -4 -4 6 7 4 9 0 5 26 3 0 0 1 19 0 1 0 4 3 0 0 0 0.37 1.04 64 D 4 -4 -1 3 -4 -3 -3 0 5 -3 -4 -3 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -1 35 0 2 16 0 0 0 6 13 1 0 0 0 0 0 7 4 0 0 5 0.45 1.04 65 R -4 7 -3 -4 -5 3 -2 -5 -1 -2 -4 1 -3 -5 -4 -3 -2 -5 -4 -4 0 66 0 0 0 12 0 0 1 2 1 5 0 0 0 0 1 0 0 0 1.18 1.04 66 K 0 0 -1 -1 -5 3 2 -3 -1 -4 -4 6 -4 -4 -3 -1 -1 -5 -4 -3 9 2 2 3 0 11 11 1 1 1 1 51 0 1 0 3 4 0 0 2 0.75 1.04 67 F -4 -4 -5 -5 -5 -2 -1 -6 0 0 1 -1 1 7 -6 -4 -3 1 5 -1 0 0 0 0 0 2 4 0 3 5 11 4 4 43 0 0 1 2 17 3 0.95 1.06 68 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 2 6 -5 2 -2 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 81 0 3 0 0 0 0 1 3 4 1.24 1.06 69 Q 2 0 -2 -1 -5 1 4 -3 -3 -2 -1 0 4 -1 -4 -2 -1 -5 -3 -1 17 4 1 3 0 6 32 1 0 2 4 6 13 3 0 1 3 0 0 4 0.47 1.06 70 Q -1 0 1 0 -5 4 4 -1 -1 -4 -5 3 -4 -6 -4 -2 0 -5 -4 -4 5 3 7 4 0 16 32 4 1 1 0 21 0 0 0 2 4 0 0 1 0.67 1.10 71 E -2 -1 -1 -2 -6 6 5 -4 3 -3 -4 0 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -1 -4 3 1 2 0 0 42 35 0 7 1 1 3 0 0 0 2 0 0 2 1 1.06 1.10 72 M -2 0 -4 -5 0 -3 -3 -5 -4 0 1 -3 10 -3 -5 -4 -1 -4 -3 -1 3 7 0 0 2 0 1 0 0 2 7 0 72 0 0 0 3 0 0 1 1.51 1.06 73 D -2 0 -1 2 -5 0 5 -4 -1 0 -3 1 -3 -5 -4 -1 -2 -5 -2 0 3 4 2 11 0 3 47 0 1 6 2 7 0 0 0 4 1 0 1 8 0.66 1.10 74 K 0 1 1 0 -5 1 1 -1 -1 0 -3 5 -3 -5 -4 -1 -2 -6 -3 -4 6 6 7 4 0 4 10 4 1 6 3 45 0 0 0 2 2 0 0 0 0.62 1.10 75 F -5 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -6 3 -1 -2 -5 -3 8 -6 -5 -5 2 6 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 7 2 0 0 0 61 0 0 0 2 27 1 1.72 1.10 76 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -4 -2 4 -5 1 7 -6 -5 -4 -2 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 0 2 54 0 0 0 0 0 0 1.45 1.07 77 S -2 -5 0 -1 -5 -4 -3 0 -4 -3 -2 -5 -3 8 -5 -1 -3 -2 0 -2 3 0 5 5 0 1 2 8 0 0 2 0 0 65 0 6 1 0 1 2 1.18 1.07 78 G -2 -4 3 -2 -5 -3 0 6 -4 -5 -4 -2 -5 1 -5 0 -3 -5 -4 -5 1 0 16 1 0 0 6 59 0 0 1 1 0 8 0 6 0 0 0 0 1.06 1.04 79 E -2 -2 0 4 -6 2 6 -1 -3 -6 -5 0 -4 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 1 1 4 24 0 6 52 5 0 0 0 3 0 0 0 2 1 0 0 0 1.02 0.93 80 D -3 -3 3 6 -6 -1 5 -2 -2 -5 -5 -2 -5 -6 -1 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 13 43 0 0 38 2 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0 1.11 0.77 81 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 1 -2 -2 -4 -2 6 -5 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 31 0 0 0 0 68 0 1.44 0.47 K Lambda Standard Ungapped 0.1343 0.3174 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1909 0.3176 PSI Gapped 0.0584 0.2670