Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -2 -2 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 -2 2 0 -4 -3 -1 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0.70 0.30 2 M 2 -1 0 -2 -3 1 2 -1 -2 -2 1 2 2 -3 -3 0 1 -4 -3 -2 18 0 5 0 0 7 14 4 0 0 14 15 8 0 0 5 10 0 0 0 0.22 0.49 3 N -2 -2 6 0 -3 -1 -2 -2 3 -1 -4 -2 -3 -4 -3 2 2 -5 -3 -3 0 0 50 2 0 0 0 0 11 6 0 0 0 0 0 18 13 0 0 0 0.72 0.48 4 T 5 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 1 -3 -4 -2 0 2 -4 -3 -2 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 4 11 0 0 0 0.86 0.66 5 D -3 -4 -4 -2 0 -4 -4 -5 -1 -2 -1 -4 -2 6 -5 -1 -3 0 7 -3 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 4 0 0 34 0 6 0 0 52 0 1.31 0.70 6 L 0 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 0 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 3 8 0 0 0 0 0 0 0 0 68 5 0 0 0 0 0 0 0 0 19 1.03 0.71 7 K -3 2 1 0 -5 0 0 -3 -2 -4 -4 5 -3 -3 0 -1 0 -3 3 -4 0 12 5 4 0 3 5 0 0 0 0 48 0 0 3 3 4 0 11 0 0.67 0.71 8 L -2 -4 -4 -5 -3 -4 -5 1 -4 2 4 -4 0 1 -4 -4 -1 -4 -3 1 2 0 0 0 0 0 0 13 0 10 57 0 0 5 0 0 3 0 0 10 0.67 0.73 9 P -1 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 -3 0 -3 -4 3 5 -1 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 17 59 0 0 0 20 0.80 0.73 10 A 4 -2 -1 -2 -3 1 1 -3 -3 -1 -1 0 -3 -4 2 0 1 -4 -4 -2 42 0 3 1 0 7 10 0 0 3 5 6 0 0 8 2 11 0 0 2 0.42 0.73 11 G 1 -2 -2 -3 -4 2 -1 2 -3 -3 -1 4 -2 -4 -3 1 0 -4 -4 1 12 0 0 0 0 9 2 16 0 0 5 28 0 0 0 10 6 0 0 13 0.35 0.73 12 K 0 1 -2 -1 -4 4 3 -3 -2 -4 -4 2 -3 -5 -1 3 0 -4 -4 -4 6 5 0 2 0 26 19 0 0 0 0 13 0 0 2 23 5 0 0 0 0.60 0.73 13 T 0 0 0 0 -3 3 1 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -4 -1 3 4 -4 -4 -3 6 4 4 4 0 14 9 0 0 1 0 2 0 0 3 21 32 0 0 0 0.51 0.73 14 M 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 2 -4 3 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 6 0 0 0 0 0 0 0 0 21 18 0 8 0 0 0 0 0 0 46 0.79 0.73 15 T 0 -3 -2 -1 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 3 6 -4 -3 -2 4 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 65 0 0 0 1.02 0.73 16 I -3 -4 -4 -5 -3 -4 -1 -5 -4 3 5 -4 0 -2 -1 -3 1 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 16 64 0 0 0 3 0 9 0 0 5 0.78 0.73 17 E -1 -2 0 5 -5 1 5 -2 -2 -4 -2 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 6 0 3 42 0 4 38 1 0 0 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0.95 0.73 18 D -3 -3 -1 5 -5 1 5 0 0 -4 -1 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 40 0 6 40 6 2 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.94 0.73 19 V -2 -4 -5 -5 3 -4 -5 -5 -5 2 3 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 6 0 0 0 0 6 29 0 0 0 0 0 0 0 0 59 0.92 0.73 20 K -2 1 -2 -2 -5 1 1 -3 -2 -2 -4 7 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -2 0 2 0 0 0 3 5 0 0 2 0 85 0 0 0 0 0 0 0 2 1.24 0.73 21 Q 0 -1 0 1 -4 4 4 1 0 -4 -2 -1 -3 -5 -3 0 -1 -4 -4 -4 7 2 2 8 0 24 34 9 2 0 3 0 0 0 0 6 3 0 0 0 0.59 0.73 22 L -2 -1 -3 -4 -4 3 -2 -4 1 0 4 2 -1 0 -4 -1 -3 -3 0 -2 3 2 0 0 0 16 0 0 4 3 44 17 0 4 0 4 0 0 3 0 0.47 0.73 23 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 0 5 -1 0 5 -5 -4 -3 -2 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 61 4 0 33 0 0 0 0 0 0 1.01 0.73 24 E -3 0 2 0 -4 2 3 -2 4 -3 1 -1 -2 -3 -4 -2 0 -4 -2 -2 0 3 11 5 0 12 24 2 14 0 19 2 0 0 0 0 7 0 1 1 0.44 0.73 25 R -2 3 -1 -3 -5 1 -1 -4 6 -4 -4 -1 -3 -1 -4 -1 -3 -2 6 -4 3 20 2 0 0 6 2 0 27 0 0 3 0 0 0 3 0 0 35 0 1.00 0.73 26 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -1 -4 -2 3 -5 -4 -3 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 7 0 0 0 0 88 0 1.88 0.73 27 Q -3 4 -2 -3 -4 3 -1 -4 -2 2 -2 4 -1 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -1 0 29 0 0 0 17 0 0 0 13 3 32 2 0 0 0 2 0 0 3 0.71 0.73 28 M -2 -2 0 4 -5 1 4 -3 3 -4 -4 0 -1 -5 -3 -1 1 -5 -3 -4 2 0 3 27 0 5 37 0 8 0 0 5 1 0 0 2 10 0 0 0 0.76 0.73 29 A 0 -3 -1 0 -3 4 -2 -4 -3 4 0 -1 5 -3 -4 -3 -2 -4 -3 0 7 0 2 5 0 25 0 0 0 33 3 3 20 0 0 0 0 0 0 4 0.60 0.73 30 L 0 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -2 1 -3 1 -3 -3 -1 6 -4 -3 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 3 0 0 0 73 0 0 7 0.96 0.73 31 K 1 1 -2 -1 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -4 1 -3 -4 -3 4 3 -5 -4 -3 14 9 0 2 0 1 2 4 0 3 0 8 0 0 0 38 18 0 0 0 0.50 0.73 32 K -2 2 -2 -3 -4 1 -1 -3 -2 -3 1 6 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 0 9 0 0 0 6 0 0 0 0 19 66 0 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.59 33 T -1 -3 -1 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -3 0 7 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 1.34 0.59 34 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 2 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.71 0.59 35 E -1 0 1 2 -4 3 4 -3 0 -4 -4 2 -3 -1 -3 -1 0 -4 -3 -1 4 4 8 13 0 16 30 0 2 0 0 11 0 3 0 1 5 0 0 4 0.49 0.59 36 Q -2 0 -1 -2 -4 8 1 -3 -1 -4 -3 0 -2 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.53 0.59 37 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 5 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 83 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0.99 0.56 38 G 0 -3 2 5 -4 -2 -1 4 -1 -5 -5 -1 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 7 0 12 34 0 0 1 37 2 0 0 2 0 0 0 4 0 0 0 0 0.79 0.56 39 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -3 1 -5 -4 -4 12 3 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 91 7 0 3.13 0.56 40 A 1 -1 3 4 -4 1 3 0 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 1 -1 0 -3 -4 14 1 14 24 0 5 19 8 1 0 0 3 0 0 1 8 1 2 0 0 0.46 0.56 41 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -2 -3 -2 2 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 98 0 1.90 0.56 42 E 3 -2 -1 1 -3 1 3 1 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 1 1 -4 -4 -3 29 0 2 8 0 4 27 10 0 0 0 4 0 0 0 8 9 0 0 0 0.44 0.56 43 Q -2 -2 3 4 -4 3 4 -2 0 -4 -4 0 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 2 0 17 25 0 14 27 2 1 0 0 4 0 0 0 5 0 0 0 2 0.67 0.56 44 A 5 -3 -3 -3 0 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -2 -2 2 1 -3 0 -1 70 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 11 8 0 4 2 0.72 0.56 45 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 1 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 1 -1 -4 -3 -2 86 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0.97 0.56 46 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -1 8 -5 -4 -4 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.78 0.56 47 P -2 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -3 -5 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.60 0.56 48 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -3 -3 -2 2 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.93 0.56 49 T -1 -2 -1 1 -3 1 4 -3 1 -3 -4 0 -3 -4 -3 1 4 -4 -3 -2 2 0 0 8 0 4 32 0 3 0 0 5 0 0 0 10 33 0 0 2 0.57 0.56 50 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 1 -4 2 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 72 8 0 5 0 0 0 0 0 0 16 1.00 0.56 51 R -2 0 -2 2 -4 0 5 -2 1 -2 -3 3 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 0 0 2 0 11 0 2 42 2 3 2 1 23 0 0 0 0 1 0 0 10 0.59 0.56 52 I -2 -2 -2 0 -4 0 5 -3 -1 0 -3 -1 -1 -4 1 -1 3 -4 -3 -2 1 0 0 2 0 0 50 1 1 7 0 2 2 0 7 2 24 0 0 0 0.65 0.56 53 H -1 2 0 -2 -4 1 0 -3 2 -3 -2 5 -2 -4 -3 1 0 -4 -1 -2 3 8 4 0 0 4 4 0 5 0 4 46 0 0 0 12 6 0 2 2 0.51 0.56 54 E -1 -2 1 4 -4 -1 4 -2 0 -4 -4 -1 -4 -4 4 0 -1 -5 -2 -4 3 0 5 26 0 0 34 1 2 0 0 2 0 0 19 4 3 0 1 0 0.75 0.56 55 S -1 1 0 3 -4 2 3 -1 2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 1 1 -4 -3 -4 2 9 3 22 0 13 20 3 7 0 0 1 0 0 0 10 10 0 0 0 0.49 0.56 56 V -1 1 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -3 0 -4 -3 0 11 1 -2 5 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 9 68 2 3 2.06 0.56 57 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -3 1 3 -4 -1 7 -5 -4 -3 -1 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 29 0 0 65 0 0 0 0 0 0 1.17 0.56 58 Y -3 -3 -4 -4 -1 -3 -2 -5 0 0 0 -1 -2 1 -4 -3 -3 2 8 0 0 0 0 0 2 0 3 0 0 6 9 4 0 0 0 0 0 2 69 5 1.13 0.56 59 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.18 0.56 60 Q -2 2 -2 -2 -4 3 -1 -3 2 -3 -3 5 -2 -1 -3 -1 -2 -4 -1 -1 0 8 0 0 0 14 0 0 6 0 1 59 0 3 0 3 0 0 1 5 0.75 0.56 61 G 0 -3 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