Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 3 -4 4 -3 -4 -4 -4 -4 -4 -5 -6 -4 -5 -6 -4 5 2 -6 -5 -5 22 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 48 11 0 0 0 1.14 1.73 2 T -2 -4 1 4 -6 -1 5 -4 -3 -6 -6 -3 -4 -6 -4 2 2 -7 -5 -4 3 0 7 22 0 2 36 0 0 0 0 0 0 0 1 12 14 0 0 1 0.93 1.94 3 I -4 -5 -4 -6 -5 -5 -6 -6 -5 6 0 -5 3 -3 -6 -5 0 -4 -4 4 1 0 1 0 0 0 0 0 0 49 6 0 7 1 0 0 6 0 0 28 1.27 1.99 4 E -1 0 -3 -2 -5 1 3 -5 -3 -2 1 0 -1 5 -5 -2 0 -3 2 -2 5 4 1 2 0 5 21 0 1 2 13 6 1 21 0 2 5 0 6 3 0.47 2.01 5 E 0 -2 0 4 -5 2 5 -3 -2 -5 -5 0 -3 -5 -4 -1 -1 -7 -5 -4 8 2 4 21 0 10 36 2 1 1 1 4 1 0 1 5 3 0 0 1 0.81 2.05 6 R -3 5 -3 -2 -5 2 0 -3 -2 -3 -3 5 -2 -4 -5 -3 0 -2 -4 -3 2 31 1 3 0 7 6 2 1 1 2 31 1 1 0 1 6 1 0 2 0.85 2.07 7 V -4 -5 -7 -7 -2 -6 -7 -6 -7 4 3 -6 1 -1 -6 -6 -3 -6 -5 5 1 0 0 0 1 0 0 0 0 24 24 0 3 2 0 0 1 0 0 44 1.24 2.09 8 K 0 3 -2 -4 2 2 -3 -5 -3 2 0 4 0 -2 -5 -2 -1 -6 -3 0 7 15 2 0 5 8 1 1 1 11 11 23 3 1 0 2 3 0 1 6 0.45 2.12 9 K 1 0 1 2 -4 1 4 -2 -1 -5 -4 3 -4 -5 -4 0 -1 -4 -2 -4 11 5 5 11 0 5 25 3 2 1 1 15 0 0 1 7 4 0 2 1 0.47 2.13 10 I -2 -4 -5 -7 -2 -3 -4 -6 -3 6 2 -5 1 -2 -6 -4 -2 -3 -1 3 3 1 0 0 1 1 1 0 1 46 17 1 3 2 0 1 2 0 2 18 1.03 2.13 11 I -3 -6 -7 -7 -2 -6 -7 -6 -7 5 3 -6 1 -1 -6 -5 -1 1 -4 4 2 0 0 0 1 0 0 0 0 36 25 0 3 2 0 0 3 2 0 25 1.10 2.13 12 G 4 0 -2 -4 0 -1 -1 -2 -2 -1 -3 2 -2 -4 -4 1 -1 -6 -2 1 32 5 2 1 2 3 4 3 1 4 2 14 1 1 1 12 3 0 1 11 0.43 2.15 13 E -2 -1 0 4 -4 0 5 -3 -2 -5 -3 2 -4 -5 -3 -1 -2 -4 -5 -5 4 3 5 20 0 4 35 2 1 1 2 13 0 0 1 5 3 0 0 1 0.75 2.17 14 Q -2 1 -2 -2 -2 4 0 -5 1 1 -1 1 -1 1 -4 -2 0 -2 2 2 4 6 2 2 1 18 7 1 4 7 5 8 1 5 1 3 5 0 7 13 0.30 2.15 15 L -1 -3 -4 0 0 -3 -4 -4 -4 0 5 -3 0 3 -4 -2 0 -3 -2 -2 6 1 1 5 2 1 1 1 0 3 46 2 2 12 1 3 6 0 1 3 0.62 2.14 16 G 0 -1 2 1 -3 0 2 4 0 -5 -5 2 -3 -5 -3 0 -3 -4 -4 -4 6 4 8 8 1 4 13 32 2 0 1 11 1 0 2 6 1 0 1 1 0.54 2.14 17 V -2 -3 -4 -3 0 -3 -4 -5 -2 4 2 -2 0 -2 -3 -3 -1 -2 -1 5 3 2 1 2 2 1 1 1 1 20 16 3 2 1 1 2 3 1 3 34 0.64 2.11 18 K -1 -2 1 5 -4 -1 3 -3 -2 -5 -5 1 -4 -6 3 0 -2 -7 -3 -4 5 2 5 31 0 2 18 2 1 1 1 7 0 0 14 7 3 0 1 1 0.73 2.11 19 Q 2 0 -2 0 -4 -1 3 -3 -3 -1 -2 0 -2 -4 4 -2 -1 -3 -2 0 14 4 2 6 0 2 16 2 1 3 4 5 1 1 22 3 4 0 1 7 0.40 2.10 20 E 1 -1 0 4 -4 -1 4 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -3 -3 2 -1 -6 -4 -3 13 3 3 18 0 2 26 5 1 1 2 4 1 1 1 14 3 0 1 1 0.52 2.13 21 E -1 0 0 3 -4 2 4 -3 -2 -4 -3 3 0 -5 -3 0 1 -3 -4 -3 5 4 3 16 0 7 23 2 1 1 2 18 2 1 1 5 7 0 0 2 0.50 2.13 22 V -3 -5 -6 -5 -3 -5 -3 -6 -4 6 2 -4 -1 -2 -4 -3 -3 -3 -4 5 1 1 0 1 0 0 2 1 0 36 16 1 1 1 1 2 1 0 0 33 1.06 2.15 23 T -1 -1 0 1 -3 0 -1 -1 0 -3 -2 0 -2 -3 -3 1 5 -6 -3 -1 4 4 4 8 1 4 4 5 2 2 4 7 1 1 1 11 33 0 1 5 0.43 2.14 24 N -1 -1 -1 2 -3 -3 1 -1 -1 -2 1 -2 2 -3 5 -2 -2 -2 -3 -2 6 3 3 11 1 1 10 4 2 2 13 2 4 1 29 2 2 1 1 2 0.52 2.15 25 N -2 -3 1 5 -3 -1 4 -2 -1 -5 -5 -1 -3 -4 -4 0 1 -7 -4 -4 4 1 7 28 1 3 30 4 1 1 1 3 1 1 1 6 7 0 1 1 0.79 2.14 26 A 3 -3 -2 0 -1 -1 -2 -3 -1 -2 -2 -1 1 -4 -4 3 3 -6 -3 -2 24 1 1 5 1 2 3 1 1 2 4 4 3 1 1 22 20 0 1 2 0.51 2.14 27 S -2 1 3 2 -3 -1 -1 -2 4 -4 -2 0 -2 -4 -1 3 1 -2 -3 -3 3 8 11 10 1 2 3 3 9 1 4 5 1 1 3 25 10 1 1 2 0.41 2.15 28 F -3 -2 -4 -4 -5 -5 -4 -6 -2 1 4 -2 1 6 -3 -3 -2 -1 -1 -2 3 2 1 1 0 0 1 0 1 7 32 3 3 35 2 2 2 1 2 2 0.91 2.09 29 V 0 1 -1 -2 -2 0 -1 -2 -1 1 -1 1 2 1 -3 -1 1 0 0 1 7 7 3 3 1 4 5 4 1 9 5 7 4 6 2 4 8 1 4 10 0.03 2.08 30 E -2 -1 1 3 -2 0 4 -2 -1 -3 -4 0 -2 -3 -2 1 -1 -5 -1 -3 3 4 6 18 1 4 25 3 1 1 2 6 1 1 2 8 4 0 2 1 0.39 2.08 31 D -2 -3 0 6 -1 -1 0 -2 -1 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -1 -6 -2 -1 3 2 4 45 2 3 5 3 1 3 3 2 1 2 2 5 3 0 2 4 0.69 2.08 32 L -3 -1 -2 -3 1 -2 -3 -2 0 0 5 -3 0 0 -2 -3 -3 1 -1 -2 2 3 2 2 3 2 2 4 2 4 50 2 2 3 2 2 2 2 2 2 0.54 2.15 33 G 0 -2 0 0 1 -1 0 3 1 -2 -3 -1 2 -1 -1 0 0 2 0 -2 9 3 5 5 3 3 5 21 3 2 3 3 5 3 3 6 5 2 4 3 0.13 2.08 34 A -1 0 0 -4 3 -4 0 -1 -4 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 0 6 6 5 0 5 0 6 6 0 6 6 6 5 5 6 6 6 5 5 6 0.10 1.89 35 D -2 -1 2 6 -5 -1 0 -2 1 -5 -5 -1 -5 -5 -1 -1 -1 -6 0 -3 3 3 9 45 0 2 5 2 3 0 0 3 0 0 4 3 4 0 3 2 0.78 1.79 36 S -1 -2 -1 -2 0 -2 -2 -4 0 -3 -3 -2 -1 -2 0 6 -1 3 -1 -3 3 2 2 2 2 2 2 0 2 2 2 3 2 2 4 54 2 3 2 2 0.69 1.80 37 L 0 0 -4 -4 3 1 0 0 -4 0 -1 -4 2 1 1 0 0 -4 2 0 6 6 0 0 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 0.10 1.67 38 D -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 39 T 0 -1 -1 -2 1 -1 -2 -1 1 1 2 0 2 1 -2 -1 0 3 1 0 8 3 3 3 2 3 3 5 3 7 16 6 4 5 3 4 5 3 4 6 0.03 2.00 40 V -1 0 1 0 -5 1 -4 -1 -4 0 -1 -4 2 1 0 0 0 4 2 0 6 6 6 6 0 6 0 6 0 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0.10 1.78 41 E -2 -1 -1 1 -1 1 5 -3 -1 -1 -1 -1 0 -2 -2 -1 -1 0 -2 -1 2 3 3 8 2 7 34 2 2 3 6 3 2 2 2 4 3 2 2 4 0.36 1.87 42 L -2 -5 -5 -5 0 -5 -2 -2 0 3 3 -5 3 2 -5 -2 -2 2 -1 1 4 0 0 0 2 0 3 4 2 16 29 0 7 8 0 3 3 2 2 8 0.45 1.86 43 V 0 -2 -2 -5 -1 -2 -2 -3 -2 4 1 -2 2 -1 -5 -2 -2 -1 -3 4 7 2 2 0 1 1 2 2 1 20 13 3 4 2 0 3 2 1 1 25 0.40 1.90 44 M -1 -2 -1 -1 0 -1 -2 -2 0 1 0 -2 5 1 -5 -1 0 2 0 2 6 3 3 3 2 2 3 3 2 7 7 2 16 5 0 4 5 3 3 15 0.23 1.89 45 A 2 1 -1 0 0 1 2 -2 1 -2 -2 -1 0 -2 -2 -1 -1 1 -1 -2 18 9 3 5 2 6 16 3 3 2 4 4 3 2 2 4 3 2 2 3 0.13 1.89 46 L -1 -5 -2 -5 1 -5 -5 -5 -5 4 3 -5 2 1 -5 -2 -1 2 0 2 5 0 3 0 3 0 0 0 0 21 29 0 4 6 0 3 3 3 3 11 0.53 1.89 47 E -3 -1 0 -1 -2 2 6 -3 0 -4 -4 0 -1 -3 -5 -1 -3 -1 -2 -4 2 3 3 3 1 7 54 2 2 1 1 4 1 1 0 4 1 1 1 1 0.88 2.05 48 E -2 1 0 3 -2 1 4 -3 -1 -3 -4 2 -2 -3 -3 -1 -1 -1 -2 -3 3 7 4 18 1 6 26 2 2 1 1 11 1 1 1 4 3 1 1 1 0.45 2.04 49 E 0 1 -1 -1 -1 1 4 -3 1 -3 -2 2 -1 -3 -5 -2 0 -1 -1 -2 9 7 3 3 1 4 30 2 3 2 4 10 2 1 0 3 6 1 2 3 0.34 2.07 50 F -3 -4 -6 -6 -1 -4 -4 -6 0 -2 1 -4 -1 8 -4 -4 0 0 3 -2 2 1 0 0 1 1 1 0 2 2 10 1 1 56 1 1 7 1 8 3 1.34 2.03 51 D -2 -2 1 3 -2 -1 -1 5 -1 -5 -4 0 -3 -4 -3 -1 -2 -6 -4 -5 2 2 7 13 1 2 4 48 2 1 2 6 1 1 1 4 2 0 1 1 0.84 2.04 52 T -2 -2 -4 -5 1 -3 -4 -4 -2 5 1 -1 3 1 -4 -4 -2 -5 -2 4 3 3 1 1 2 1 1 1 1 30 9 5 6 6 1 1 3 0 1 24 0.66 2.06 53 E -2 2 -1 1 -3 1 5 -4 -1 -4 -5 2 -3 -4 -1 0 1 -6 -4 -3 3 9 2 8 0 6 31 1 1 1 1 13 1 1 3 6 9 0 1 2 0.55 2.07 54 I -4 -6 -5 -5 -3 -4 -6 -5 -6 7 2 -5 0 1 -4 -5 -3 -2 -3 2 1 0 1 1 1 1 0 1 0 55 18 1 1 5 1 1 1 1 1 11 1.22 2.07 55 P -2 -2 0 2 -3 -1 0 -3 -2 -5 -4 -1 -3 -5 7 1 -1 -7 -4 -4 3 2 4 10 1 2 7 2 1 1 1 3 1 1 44 13 4 0 1 1 1.00 2.05 56 D -1 -3 -1 6 -6 0 2 -3 -2 -2 -2 -3 0 -4 2 -1 -2 -3 -3 -2 5 1 3 40 0 3 15 2 1 2 4 1 2 1 10 3 3 0 1 3 0.76 2.05 57 E 0 -1 0 3 -6 -1 5 -2 -2 -2 -4 -1 -2 -4 -3 0 0 -3 -4 -4 6 3 4 16 0 2 40 3 1 2 2 3 1 1 1 6 7 0 1 1 0.68 2.08 58 E 0 -2 -1 5 -4 2 4 -3 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -4 -1 -2 -6 -3 -2 7 2 2 32 0 7 26 2 1 2 3 3 1 1 1 5 2 0 1 4 0.71 2.06 59 A 3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -4 -4 1 3 -4 1 4 -3 -3 -3 -2 0 1 28 1 0 1 0 1 1 1 0 8 25 1 3 14 2 2 1 1 3 8 0.58 2.07 60 E 1 -1 -2 1 -4 1 4 -1 -2 -3 -2 1 1 0 -1 0 -1 -2 -2 -2 11 3 2 7 0 7 25 5 1 2 4 8 3 4 3 6 3 1 1 2 0.28 2.09 61 K -1 1 2 2 -4 1 2 0 0 -5 -4 3 -3 -5 -2 1 0 -4 -4 -4 5 7 10 9 0 5 15 6 3 1 1 20 1 0 2 9 5 0 1 1 0.41 2.10 62 I -2 -5 -3 -4 1 -4 -4 -5 -1 5 3 -4 3 2 -5 -4 -3 -1 0 2 4 0 2 1 3 1 1 1 2 27 27 1 6 7 1 1 1 1 3 12 0.69 2.10 63 T -1 3 0 -1 -4 1 0 -3 0 -2 -2 2 0 -4 0 0 2 -4 -3 0 5 16 4 3 0 6 7 2 2 2 4 12 2 1 4 7 13 0 1 6 0.26 2.11 64 T -3 -2 0 -2 0 -3 -4 -5 -4 -4 -5 -2 -4 -5 -4 1 7 -4 -4 -3 1 2 5 1 2 1 1 0 0 0 0 2 0 0 0 10 72 0 0 1 1.49 2.13 65 V -3 -5 -7 -7 -1 -6 -6 -6 -7 3 1 -6 0 0 1 -5 -3 -6 -3 6 1 0 0 0 1 0 0 1 0 15 12 0 2 4 7 0 1 0 1 55 1.17 2.09 66 Q 1 1 0 0 -3 4 1 4 -2 -5 -6 1 -4 -4 -4 -1 -3 -6 -5 -5 10 8 5 4 1 16 8 30 1 0 0 7 0 1 1 5 1 0 0 1 0.60 2.09 67 A -1 -3 -1 6 -4 2 3 -2 -1 -6 -4 -1 -4 -6 -5 0 -2 -7 -6 -5 6 1 2 47 0 9 16 3 2 0 2 4 0 0 0 6 2 0 0 0 1.03 2.08 68 A 3 -6 -5 -7 -2 -6 -6 -5 -6 3 3 -6 2 0 -6 -4 -2 -6 -4 3 22 0 0 0 1 0 0 0 0 18 28 0 4 4 0 0 2 0 0 21 0.81 2.05 69 I 2 -3 -5 -5 1 -4 -4 -5 -3 3 -1 -4 0 -2 -6 -3 -2 -3 1 5 16 1 0 0 3 1 1 0 1 16 5 1 2 1 0 2 2 0 5 42 0.80 2.05 70 D 1 0 2 5 -5 0 3 -3 -2 -5 -5 1 -4 -6 -5 -1 0 -7 -4 -5 10 6 8 34 0 4 15 2 1 0 1 7 0 0 0 5 5 0 0 1 0.71 2.05 71 Y 0 -4 -5 -6 0 -3 -4 -5 1 -1 1 -4 -1 4 -6 -4 -3 -1 8 -1 7 1 0 0 2 1 1 1 3 3 14 1 2 12 0 1 1 1 47 4 1.21 2.05 72 I -4 -6 -7 -7 -3 -6 -7 -7 -7 6 2 -6 1 -2 -6 -5 -3 -6 -4 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 48 18 0 2 1 0 0 1 0 0 27 1.36 2.01 73 N 2 -1 0 1 -3 2 4 -4 0 -3 -3 1 0 -3 -5 1 -1 -6 -1 -2 17 3 5 8 0 9 23 1 2 2 3 8 2 1 0 8 3 0 2 3 0.38 2.00 74 G 2 0 2 1 -6 1 2 0 -3 -6 -6 3 -4 -5 -4 2 -1 -6 -4 -5 15 4 9 8 0 5 13 7 1 0 0 16 0 0 0 17 3 0 0 0 0.48 1.99 75 H -1 2 2 -4 -4 2 -2 -5 7 -4 0 4 -2 -5 -5 -3 -3 -6 -2 -4 4 12 11 0 0 9 2 0 21 1 8 26 1 0 0 1 1 0 1 1 0.83 1.98 76 Q -2 2 -3 -4 -4 5 0 -4 -3 -2 0 4 -1 -6 -1 -2 -1 -6 -4 0 3 11 1 0 0 24 6 1 0 2 10 22 1 0 3 2 4 0 0 7 0.56 1.90 77 A 6 -5 -4 -5 -4 -4 -4 2 -5 -5 -5 -4 -5 -6 -4 3 -3 -6 -5 -4 66 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 1.34 1.75 K Lambda Standard Ungapped 0.1272 0.3061 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1795 0.3182 PSI Gapped 0.0549 0.2670