Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -2 1 -1 -2 -4 0 0 -3 -2 -4 -4 7 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 1.08 0.36 2 N -3 1 4 -2 -3 2 -2 -3 -1 -2 2 1 -1 -2 -3 -2 -2 -3 2 -2 0 9 31 0 0 11 0 0 0 0 33 8 0 0 0 0 0 0 8 0 0.40 0.40 3 Y -3 -4 -3 -4 -4 -4 -4 0 3 -2 -1 -4 -2 7 -5 -3 -3 -1 3 -3 0 0 0 0 0 0 0 10 8 0 0 0 0 74 0 0 0 0 8 0 1.18 0.48 4 V -1 -4 -4 -5 -3 1 -4 -5 -4 3 0 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 5 0 0 0 0 7 0 0 0 18 6 0 0 0 0 0 0 0 0 64 0.82 0.65 5 T 5 -3 -2 -3 -2 -2 -2 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 3 1 -4 -3 -1 58 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 23 9 0 0 4 0.73 0.65 6 A 4 -3 -2 -3 -3 1 -3 5 -3 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -1 -3 -4 -4 -3 38 0 0 0 0 7 0 56 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.05 0.67 7 G -1 -1 -1 3 -4 1 4 2 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -1 1 1 -5 -4 -4 4 4 0 19 0 5 28 19 0 0 0 0 0 0 3 12 8 0 0 0 0.54 0.67 8 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 -1 -4 -1 0 -4 -4 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 3 0 0 0 0 0 67 1.06 0.67 9 L 0 -4 -3 1 -4 -3 -3 3 -3 -1 1 -2 -2 2 -4 -1 -3 6 4 -3 7 0 0 8 0 0 0 21 0 4 16 2 0 7 0 5 0 14 15 0 0.50 0.67 10 V -2 -3 -1 5 -4 -1 -1 3 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -3 -2 -2 -5 -4 2 0 0 0 47 0 2 0 23 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0.75 0.66 11 Q 1 2 -2 1 -3 3 0 -3 -3 1 -3 -2 -2 -4 2 -2 0 -4 -3 2 14 14 0 8 0 15 4 0 0 7 0 0 0 0 11 0 7 0 0 18 0.31 0.64 12 G -1 -3 2 3 -3 -3 -1 3 -3 0 -1 -3 -2 -3 -3 -2 0 -4 -4 3 4 0 10 19 0 0 2 24 0 3 6 0 0 0 0 0 4 0 0 25 0.40 0.64 13 D -3 -2 -2 3 -5 2 6 -1 -2 -2 -4 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 19 0 10 63 6 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.03 0.68 14 C -2 -5 -5 -5 10 -4 -5 -5 -5 1 0 -5 -2 -3 0 -3 -3 -4 -1 -1 0 0 0 0 71 0 0 0 0 12 6 0 0 0 6 0 0 0 2 3 1.72 0.68 15 F 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 2 -4 2 1 -4 -3 -2 -4 -2 5 6 0 0 0 0 0 0 0 0 16 16 0 6 7 0 0 0 0 0 49 0.73 0.69 16 E 1 -2 -2 -1 -4 1 6 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -1 1 0 -5 -4 -1 12 0 0 0 0 3 61 0 0 0 0 0 0 0 3 11 7 0 0 4 0.82 0.69 17 G 0 -4 2 3 -4 -3 -2 5 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 1 -3 -5 -5 -5 6 0 11 15 0 0 0 58 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.01 0.71 18 A 6 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 0 -2 -4 -4 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 7 1.12 0.73 19 K 1 2 0 1 -4 2 2 -3 -3 -1 -3 2 -3 -4 -3 -1 2 1 -3 1 10 11 3 6 0 8 14 0 0 3 0 13 0 0 0 3 15 3 0 10 0.29 0.73 20 V 0 -4 -5 -5 1 -4 -4 -5 -5 3 0 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -5 -3 6 6 0 0 0 3 0 0 0 0 13 3 0 0 0 0 0 0 0 0 75 1.03 0.73 21 V 2 0 -3 -3 -3 0 -1 -3 -3 0 -1 -1 -2 -4 -3 0 4 -4 -3 1 22 5 0 0 0 4 3 0 0 6 4 2 0 0 0 6 39 0 0 9 0.47 0.73 22 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 0 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.34 0.73 23 K -1 -1 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -2 -2 1 3 -2 2 -4 2 2 -2 4 -2 3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 15 22 0 11 0 15 14 0 15 1 0.40 0.73 24 S 0 4 1 0 -4 4 -1 0 -2 -4 -4 1 0 -1 -3 1 -2 1 -1 -2 7 22 5 6 0 25 0 6 0 0 0 5 3 2 0 11 0 2 2 3 0.43 0.73 25 G 0 -2 1 2 0 -3 -2 5 0 -4 -3 -2 -4 -5 -1 -2 2 -5 -4 -4 9 2 8 14 2 0 0 41 3 0 3 2 0 0 2 0 15 0 0 0 0.60 0.74 26 G -1 -3 3 3 -4 -3 -2 5 1 -5 -5 -3 -4 -5 -4 0 0 -5 -4 -4 4 0 13 18 0 0 0 47 4 0 0 0 0 0 0 7 6 0 0 0 0.83 0.73 27 K 0 2 1 0 -4 2 -1 2 -3 -3 -2 3 -3 -4 -3 0 1 -4 -4 -1 9 11 7 4 0 8 3 14 0 0 4 22 0 0 0 6 8 0 0 4 0.29 0.71 28 E -1 -1 -3 -3 -1 3 2 -4 -3 1 0 2 -2 -3 -4 -2 0 -4 -3 3 3 2 0 0 1 16 15 0 0 9 11 13 0 0 0 0 7 0 0 24 0.36 0.73 29 V -2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -3 3 2 -1 -1 1 -4 0 1 -3 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 19 4 0 4 0 6 8 0 5 36 0.46 0.69 30 A 4 0 -3 -2 0 0 -1 -2 1 -3 -1 2 -3 -4 -3 0 -1 4 -3 -3 46 5 0 2 2 3 3 2 4 0 6 13 0 0 0 6 2 6 0 0 0.45 0.71 31 S 1 0 -2 0 -4 0 4 -3 -3 -3 -4 0 -3 -4 -3 1 4 -5 -4 0 10 5 0 5 0 2 27 0 0 0 0 5 0 0 0 11 28 0 0 6 0.50 0.73 32 A 2 -3 -2 -3 3 -1 -3 -1 -4 -2 -1 -3 -2 -4 -3 0 5 -4 -4 0 18 0 0 0 6 3 0 4 0 0 7 0 0 0 0 2 56 0 0 4 0.71 0.73 33 E -1 1 2 -2 -4 2 2 -4 0 -2 -3 1 -2 0 -3 -2 1 -4 -3 3 3 10 10 0 0 10 12 0 2 0 0 9 0 5 0 0 11 0 0 26 0.31 0.71 34 T -1 -3 -1 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 4 6 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 36 64 0 0 0 1.10 0.73 35 N -3 -3 4 7 -5 -2 0 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 0 -6 -5 -5 0 0 18 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 1.49 0.73 36 F 1 -3 2 2 -4 0 0 2 -1 -3 -1 -3 -3 0 -4 -2 2 -4 1 -1 13 0 12 13 0 4 5 14 1 0 8 0 0 5 0 0 14 0 6 5 0.23 0.73 37 F -4 -4 -1 -1 -4 -1 -4 -4 -3 -2 -2 -4 -2 8 -5 -1 -3 -1 3 -3 0 0 4 4 0 4 0 0 0 0 0 0 0 77 0 5 0 0 6 0 1.36 0.73 38 G -2 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.89 0.73 39 E -2 -3 1 7 -5 -2 1 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -1 -6 -5 -5 4 0 4 81 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1.48 0.73 40 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -2 8 -6 -4 -4 -1 4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 10 0 1.84 0.73 41 K -3 5 -2 -3 -5 0 1 -4 -2 -5 -4 4 -3 -3 -4 0 -3 7 0 -4 0 34 0 0 0 2 8 0 0 0 0 27 0 0 0 8 0 19 3 0 0.99 0.73 42 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 0 0 -5 -1 8 -6 -4 -4 -1 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 4 0 0 90 0 0 0 0 0 0 1.75 0.73 43 D -1 1 1 5 -5 -1 1 -1 -3 -4 -1 2 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 4 7 7 42 0 0 8 4 0 0 7 16 0 0 0 7 0 0 0 0 0.64 0.73 44 A 0 2 3 -1 -4 -2 -2 5 -3 -5 -5 2 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 7 13 17 3 0 0 0 43 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0.78 0.73 45 L -3 -4 -5 -5 -3 -1 -4 -5 -5 2 5 -4 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 10 75 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0.98 0.73 46 D -3 -3 2 5 -4 -2 3 -1 0 -2 -4 -1 -4 -5 1 -2 2 -5 -4 -2 0 0 12 32 0 0 18 5 3 3 0 3 0 0 7 0 15 0 0 3 0.59 0.73 47 N 2 -3 1 -1 -3 -2 0 1 -3 -4 -4 0 -3 -5 1 4 0 -5 -4 -3 16 0 7 3 0 0 7 12 0 0 0 5 0 0 7 39 4 0 0 0 0.51 0.73 48 G 0 -4 0 -3 -4 -3 -2 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -1 -1 -1 -4 -5 -4 7 0 3 0 0 0 3 78 0 0 0 0 0 0 3 3 4 0 0 0 1.30 0.73 49 E -1 -1 1 -1 -4 1 0 -3 1 -3 -2 3 2 -4 1 1 2 -5 -3 0 5 1 8 2 0 7 6 0 4 0 3 20 7 0 6 9 14 0 0 8 0.27 0.73 50 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 2 -3 -3 -4 -3 2 -5 -2 -3 0 9 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 3 0 3 0 0 87 4 1.80 0.73 51 T -1 5 -2 -1 -4 1 -2 -3 -2 -3 -2 1 -3 -2 -3 2 0 -4 -3 -1 3 43 0 3 0 6 0 0 0 0 3 7 0 2 0 23 6 0 0 6 0.63 0.73 52 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 4 4 -4 0 -2 -5 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 44 0 0 0 0 0 0 0 0 28 0.90 0.73 53 E -1 1 0 2 -4 -1 4 -1 -3 -3 -2 2 -3 -4 -3 0 0 -5 -4 1 3 6 4 9 0 0 34 4 0 0 3 17 0 0 0 5 5 0 0 11 0.43 0.73 54 I -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 1 5 -1 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -5 -3 5 3 0 0 0 0 0 0 0 4 43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 1.00 0.73 55 D 1 2 0 -1 -4 1 3 -3 3 -4 -2 1 -3 -4 -3 2 0 -5 -3 -4 14 14 3 2 0 4 27 0 8 0 3 6 0 0 0 15 4 0 0 0 0.45 0.73 56 A 3 -2 -2 -3 -4 -2 -2 -3 7 -4 -3 3 0 1 -3 -2 -3 -3 2 -3 29 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 24 3 6 0 0 0 0 9 0 0.75 0.73 57 D -1 -3 -1 2 -4 0 1 -4 -1 -2 2 -1 -2 0 5 -1 -3 -4 -3 -1 4 0 2 11 0 3 12 0 2 0 21 3 0 4 29 3 0 0 0 5 0.51 0.71 58 G -1 -4 -2 -1 -4 -3 -3 7 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -1 -2 -4 -5 -5 2 0 0 3 0 0 0 84 0 0 0 5 0 0 0 4 2 0 0 0 1.44 0.73 59 K -3 -1 1 -3 -4 -3 -3 0 1 -3 0 -1 -2 3 -4 0 0 -1 6 -3 0 3 9 0 0 0 0 7 3 0 9 4 0 10 0 8 6 0 39 0 0.65 0.78 60 S 2 1 -2 -3 -4 3 -1 2 -3 -2 -2 2 -3 -4 -1 0 0 -4 -4 -1 20 9 0 0 0 14 3 16 0 2 4 14 0 0 3 5 5 0 0 4 0.31 0.78 61 Y -1 0 -3 -3 -4 -2 0 -4 -2 -4 -4 2 -3 0 3 1 1 7 4 -4 3 3 0 0 0 0 7 0 0 0 0 15 0 3 15 11 11 16 17 0 0.69 0.81 62 S 1 4 -3 -1 -4 2 0 -2 -3 -1 -1 0 -3 -4 -4 1 -2 -5 -4 1 14 30 0 3 0 8 6 2 0 3 5 4 0 0 0 12 0 0 0 13 0.39 0.81 63 D -2 -2 -2 2 -4 1 5 -4 -3 0 0 0 2 -4 -3 -1 1 -4 -4 -3 2 0 0 13 0 4 42 0 0 5 10 4 6 0 0 3 9 0 0 0 0.55 0.78 64 T 0 1 -1 -3 6 -2 2 -4 -3 -3 1 -1 -2 -4 -4 2 2 -5 -4 0 8 8 3 0 17 0 13 0 0 0 13 3 0 0 0 15 12 0 0 7 0.39 0.81 65 V 0 -1 -2 3 -3 -1 -1 0 -3 0 1 -2 -2 0 -1 1 -2 -4 -3 1 8 3 0 19 0 3 3 6 0 5 17 2 0 3 3 15 0 0 0 11 0.18 0.75 66 V 1 -1 -4 -4 1 -3 -1 -4 -4 3 2 -1 -1 1 0 -3 -2 -4 -3 3 12 3 0 0 3 0 4 1 0 18 18 5 0 6 5 1 0 0 0 23 0.33 0.75 67 I 0 -1 1 1 -3 -2 3 -3 -3 1 -1 -1 -2 -3 -3 1 2 2 -3 0 6 3 7 9 0 0 18 1 0 11 4 3 0 0 1 10 14 3 0 8 0.24 0.73 68 D 1 -1 -3 -1 -3 -3 -1 -1 -3 1 3 -3 -1 1 -1 -1 -2 -3 -2 3 10 4 0 3 0 0 4 5 0 5 28 1 0 7 3 5 1 0 0 23 0.26 0.73 69 D -1 -3 0 3 -4 1 0 4 -3 -5 -5 1 -4 -5 -3 1 1 -5 -4 -4 4 0 2 17 0 6 5 36 0 0 0 8 0 0 0 13 9 0 0 0 0.60 0.81 70 K 0 -1 2 2 -4 0 4 -1 -2 -4 -4 3 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 9 0 10 13 0 2 30 3 0 0 0 23 0 0 0 5 3 0 0 0 0.59 0.79 71 S -1 -3 2 1 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -5 -2 -4 -5 -3 6 1 -5 -4 -4 0 0 8 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 5 0 0 0 1.13 0.81 72 V -1 -4 -5 -5 -3 -2 -4 -5 -5 2 3 -4 -1 -2 -5 -4 -2 -4 -1 5 3 0 0 0 0 2 0 0 0 11 37 0 0 0 0 0 0 0 3 43 0.81 0.81 73 D -3 -3 6 0 -4 0 0 -3 1 -3 -4 -1 -3 -2 -4 -2 -2 -3 5 1 0 0 43 3 0 4 5 0 3 0 0 3 0 0 0 0 0 0 25 14 0.83 0.81 74 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 5 -4 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 76 0 0 0 0 0 0 0 0 18 1.08 0.78 75 G -2 -4 -2 -3 -5 -3 0 7 1 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 8 89 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.60 0.76 76 F -3 -3 -2 4 -4 0 3 -4 -3 1 -2 -2 -3 -1 -3 0 1 -4 0 0 0 0 0 31 0 4 22 0 0 9 2 0 0 3 0 6 10 0 4 8 0.50 0.76 77 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 2 -4 -1 1 -5 -4 -1 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 18 0 0 5 0 0 4 0 0 17 0.93 0.76 78 K 2 3 0 -3 -4 -1 1 -2 1 -3 -4 2 -3 -1 0 1 -1 -5 -3 0 18 21 4 0 0 0 12 2 4 0 0 11 0 3 5 9 2 0 0 10 0.32 0.75 79 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 3 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 5 0 0 0 0 0 0 0 1.26 0.71 K Lambda Standard Ungapped 0.1374 0.3148 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1810 0.3187 PSI Gapped 0.0554 0.2670