Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -3 2 -3 -3 -6 3 -2 -4 -3 -6 -5 7 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 8 0 0 0 14 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 1.25 2 D -3 -1 3 4 -6 0 4 -2 -2 -6 -5 1 -5 -4 0 -1 -2 -6 -2 -5 1 3 14 27 0 2 30 3 1 0 0 7 0 1 4 3 2 0 2 0 0.77 1.36 3 F -2 -4 -2 -3 -5 -2 -3 -6 5 -1 2 -3 5 2 -2 -3 -2 -4 4 1 3 0 2 2 0 2 1 0 16 2 19 1 13 8 2 1 2 0 15 12 0.63 1.46 4 I -4 6 -2 -4 -6 1 -3 -6 -4 1 1 0 2 -1 -1 -4 -3 -3 -3 -2 1 46 1 0 0 5 1 0 0 8 16 5 6 2 4 0 1 0 1 2 0.85 1.54 5 I -2 -4 -4 -6 -3 -5 -6 -6 -6 6 1 -3 3 -2 -2 -4 -1 -5 -1 4 2 1 1 0 0 0 0 0 0 44 11 2 7 1 2 0 3 0 2 23 0.99 1.58 6 N -5 -4 9 -1 -6 -3 -3 0 -3 -7 -7 -3 -5 -6 -5 -2 -3 -7 -5 -6 0 0 93 2 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.29 1.59 7 E -3 2 1 3 -6 1 6 -2 -1 -6 -5 -1 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -3 -6 1 13 6 16 0 4 50 4 1 0 1 2 0 0 0 1 1 0 1 0 1.05 1.62 8 Q -1 3 1 2 -6 4 4 -2 -1 -6 -4 2 -1 -1 -5 -2 -3 -3 -3 -5 5 13 6 10 0 16 22 3 1 0 1 14 1 3 0 2 1 0 1 0 0.58 1.63 9 I -4 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 8 -1 -6 -2 -3 -6 -5 -3 -6 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 2 0 0 0 0 0 1 0 0 2 2.05 1.63 10 R -2 6 -1 -2 -4 0 -1 -4 0 -4 -4 2 -2 -4 1 -1 2 -6 -4 -4 3 45 2 2 0 3 3 1 2 1 1 11 1 1 6 3 13 0 0 1 0.86 1.70 11 A 4 -5 -2 0 -1 -2 -1 -2 0 -2 -3 -4 -4 2 -5 0 -2 -5 1 2 41 0 2 5 1 1 4 2 2 2 1 0 0 10 0 8 2 0 4 14 0.54 1.68 12 R -1 4 -1 1 -6 -1 -1 -2 0 -5 -5 3 -5 -4 5 0 -2 -6 -4 -5 4 26 3 9 0 2 2 3 2 0 1 16 0 1 23 5 2 0 0 1 0.75 1.68 13 E -3 0 -2 -1 -3 2 6 -5 -2 0 -3 1 -3 -1 -3 -2 0 -6 -3 -2 1 4 2 1 0 9 50 0 1 5 2 9 1 3 1 2 6 0 1 3 0.83 1.68 14 V -3 -6 -6 -7 0 -5 -6 -7 -6 3 0 -6 3 -1 -6 -5 -3 -6 -2 6 1 0 0 0 1 0 0 0 0 17 6 0 7 2 0 0 1 0 1 64 1.34 1.67 15 R -5 8 -2 -5 -3 1 -3 -6 0 -4 -1 -1 -1 -2 -5 -3 -3 -3 -3 -4 0 72 2 0 1 7 1 0 2 1 7 2 1 2 0 1 1 0 1 1 1.52 1.67 16 L -3 -6 -7 -7 1 -6 -6 -7 -6 1 5 -6 2 -2 -6 -5 -3 -5 -4 4 1 0 0 0 3 0 0 0 0 6 50 0 4 1 0 0 1 0 0 33 1.17 1.72 17 I -3 -6 -3 -6 -4 -4 -6 -7 -6 6 0 -6 -1 -2 -6 -4 -1 -6 -3 5 1 0 1 0 0 1 0 0 0 47 8 0 1 1 0 1 3 0 1 35 1.27 1.72 18 D -2 -3 0 5 -5 -4 -2 4 -3 -5 -4 -3 -2 -3 -4 1 -1 -6 -5 -4 2 1 3 35 0 0 2 35 1 1 2 1 1 1 1 9 3 0 0 2 0.93 1.73 19 Q 1 -3 0 4 -5 1 4 -2 0 -3 -4 -2 -3 -3 1 -1 -2 -6 -3 -1 12 1 3 23 0 6 25 2 2 2 2 2 0 1 8 5 1 0 1 4 0.54 1.75 20 N -2 -3 5 5 -6 0 3 -2 -1 -5 -5 0 -3 -4 -3 -2 -1 -6 -5 -4 2 1 25 29 0 3 18 3 1 1 1 6 1 1 1 3 3 0 0 1 0.87 1.73 21 G -3 -4 1 -3 -5 -2 -4 7 -5 -2 -4 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -1 -4 0 1 1 6 1 0 2 1 68 0 3 2 2 1 1 1 2 1 1 1 6 1.26 1.71 22 D -2 -2 2 0 -5 1 5 -2 2 -3 -5 1 -2 -5 -3 0 0 -5 -3 -3 2 1 9 4 0 4 42 3 5 2 0 8 1 0 1 7 7 0 1 2 0.70 1.70 23 Q -2 -2 3 1 -5 6 0 -3 -2 -3 -3 1 1 -2 -1 0 -2 -5 -2 -3 2 1 12 6 0 35 5 2 1 2 3 8 4 2 4 6 3 0 1 2 0.63 1.62 24 L -2 0 -2 -4 -2 -1 -3 -3 2 2 4 -2 2 -2 -1 -3 -2 -4 -1 2 3 6 2 1 1 3 2 2 5 10 37 3 4 1 4 2 2 0 2 12 0.42 1.52 25 G -2 -3 -2 -1 1 -3 -2 7 -4 -4 -5 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -3 -5 2 1 1 4 3 1 3 71 0 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1.32 1.55 26 I -3 -5 -2 -3 -4 -2 -2 -5 -2 5 -1 -3 -1 -4 -2 -3 -1 -5 -4 5 2 0 2 2 0 1 3 0 1 32 4 2 1 0 3 2 3 0 0 40 0.88 1.61 27 K -4 -3 -5 -5 -1 -2 -3 -5 -1 1 1 0 6 2 -1 -4 -2 -4 1 4 0 1 0 0 1 2 2 0 1 7 10 5 23 7 3 0 2 0 5 28 0.70 1.63 28 S -1 -1 -1 1 -4 -1 0 -3 2 -3 -4 0 -2 -3 3 4 2 -5 -2 -3 5 4 3 7 0 2 5 2 5 1 2 5 1 1 15 29 10 0 1 1 0.45 1.67 29 K -2 3 -2 -4 -1 -2 -4 -3 -4 2 1 1 0 -1 0 -1 3 -5 -2 -1 4 16 2 0 2 2 0 2 0 11 12 9 2 2 5 4 16 0 2 4 0.23 1.61 30 Q 1 2 -1 1 -5 0 1 -2 2 -1 -3 1 0 -2 -2 0 -1 -5 -1 -2 14 12 3 7 0 4 10 3 5 4 2 9 2 2 2 7 3 0 2 2 0.12 1.56 31 E -1 0 0 2 -4 1 3 -2 1 -1 -2 1 1 -4 -4 0 -1 -5 -4 -1 4 4 4 12 0 5 22 3 3 3 4 9 3 0 0 8 3 0 0 4 0.24 1.34 32 A 1 -3 2 -3 4 -3 -3 1 -3 1 -2 -3 3 -3 -3 1 1 -4 -4 1 10 0 9 0 9 0 1 10 0 10 1 1 9 0 0 10 10 0 0 10 0.24 1.01 33 L -2 -1 -2 -5 -5 1 -5 -5 -5 2 4 -1 3 0 -5 -2 -2 1 0 0 3 4 2 0 0 6 0 0 0 9 41 3 6 3 0 2 3 2 3 5 0.49 1.89 34 E 0 2 0 0 1 1 2 -2 1 -2 -3 2 1 -1 -5 -1 0 2 -1 -2 7 10 4 5 3 7 13 3 3 3 3 10 3 3 0 5 6 2 3 3 0.12 2.06 35 I -1 0 0 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.12 2.01 36 A 5 -4 -4 -4 3 -3 -4 0 -4 0 -1 -3 2 -4 -4 0 0 -4 -4 -3 49 0 0 0 5 0 0 6 0 5 6 0 6 0 0 6 6 0 0 0 0.61 1.39 37 A -2 1 2 3 -5 1 2 -2 1 -1 -2 -1 1 -1 -4 -1 -1 -4 0 -2 4 7 9 16 0 6 13 3 3 3 4 4 4 3 0 3 3 0 3 3 0.16 1.39 38 R -1 1 -1 1 -5 2 5 -2 -1 -3 -4 0 -2 -3 -4 0 -2 -1 -2 -4 5 6 3 8 0 9 35 2 1 1 1 4 1 1 0 8 2 1 1 1 0.46 1.46 39 R 2 2 0 -2 -1 1 0 -3 1 -1 0 1 0 -2 -4 -1 -2 -5 -2 -1 19 13 5 1 1 6 5 1 4 3 9 10 2 2 0 3 2 0 1 4 0.13 1.36 40 N -2 -1 3 3 -5 0 1 4 0 -5 -5 0 -1 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -5 2 2 14 13 0 3 10 29 2 0 0 7 2 0 0 4 2 0 0 0 0.46 1.19 41 L -1 -2 -5 -5 0 0 -1 -3 -4 0 4 -1 2 -1 -5 -2 -2 -4 -1 0 5 2 0 0 2 4 5 2 0 5 43 3 5 2 0 2 2 0 2 5 0.31 1.15 42 D -4 -1 0 7 -5 0 0 -4 0 -2 -3 -1 0 -5 -4 -1 -1 -6 -5 -5 0 3 3 58 0 3 3 0 3 3 3 3 3 0 0 3 3 0 0 0 0.91 1.15 43 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 2 -3 5 -1 -4 -3 -2 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 20 0 20 0 0 0 0 0 0 20 0.36 0.44 44 V 0 -4 -4 -4 3 -3 -4 -4 -4 1 0 -4 2 -2 -4 -3 0 -3 1 4 6 0 0 0 6 0 0 0 0 6 8 0 6 0 0 0 6 0 6 44 0.41 0.67 45 L 0 1 1 -4 3 1 0 0 -4 0 -1 0 2 -5 1 0 0 -6 -5 0 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 6 0 0 6 0.10 1.67 46 V -4 0 0 -1 -5 -4 -1 -6 -5 4 0 -1 2 1 -5 -4 -1 -5 -4 3 0 6 4 4 0 0 4 0 0 27 9 4 5 6 0 0 4 0 0 19 0.42 1.44 47 A 0 0 2 0 -4 0 -1 -1 1 -4 -5 0 -4 -4 -4 4 -1 2 0 -1 8 4 11 5 0 4 3 4 3 0 0 5 0 0 0 30 3 3 3 4 0.33 1.40 48 P 0 -1 -2 -2 0 0 0 -3 -1 -2 1 -1 0 -2 5 -1 -1 -5 -2 -3 8 3 2 3 2 4 7 2 1 2 13 4 2 1 28 3 4 0 2 2 0.37 1.73 49 N -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.01 50 A 5 -3 -1 -1 -4 0 -2 0 -4 -3 -3 0 -2 -5 -1 2 0 -6 -5 -1 43 1 3 3 0 4 2 7 0 1 2 5 1 0 3 18 5 0 0 3 0.55 1.45 51 K -2 -1 3 3 -6 0 3 -3 -2 -3 -5 3 -5 -4 -3 1 0 0 -1 -1 2 3 13 18 0 4 19 2 1 1 1 15 0 1 1 9 4 1 2 4 0.48 1.46 52 P -2 -3 -3 -5 -1 -3 -3 -4 -5 -1 -3 -3 -3 -4 8 -4 -2 -6 -3 -1 2 1 1 0 2 1 1 1 0 3 2 1 1 1 75 0 2 0 1 6 1.91 1.45 53 P -1 -5 -4 -5 -5 -3 -2 -4 -2 -3 -5 -3 -2 -4 8 -2 -2 -2 -3 -1 5 0 1 0 0 1 2 1 1 2 0 1 1 1 74 2 2 1 1 6 1.91 1.47 54 V -2 -3 -6 -6 -4 -3 -3 -6 -6 3 -1 -3 -2 -2 0 -4 -1 -6 -4 6 1 1 0 0 0 1 2 0 0 16 4 1 0 1 6 0 3 0 0 63 1.11 1.47 55 C 1 -2 -4 -5 9 -4 -5 -2 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -1 -1 2 3 -1 10 3 0 0 50 0 0 3 0 3 3 0 0 3 0 3 3 3 11 5 1.23 0.94 56 R -3 5 -3 -3 -5 1 -2 -1 -3 -1 -4 5 -3 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -1 0 32 0 0 0 6 0 4 0 4 0 41 0 0 0 4 4 0 0 4 0.86 0.96 57 I -1 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 5 4 -5 2 1 -5 -4 -1 -4 1 1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 34 37 0 5 4 0 0 4 0 4 6 0.78 0.96 58 M -2 -4 -4 -1 0 1 -2 -3 -4 2 1 -4 7 0 -2 -2 0 -4 -1 2 3 0 0 3 2 6 2 2 0 9 9 0 37 4 2 2 4 0 2 13 0.65 1.11 59 D -2 -2 3 6 -5 -1 -1 -2 1 -5 -4 -1 -5 -6 -2 0 1 -6 -5 -3 4 2 15 51 0 1 2 2 3 0 1 2 0 0 2 5 8 0 0 1 0.97 1.18 60 Y -2 0 -4 -4 -4 -3 -4 -3 1 -2 0 0 -1 2 -4 -1 -3 2 8 -2 4 5 0 0 0 0 1 2 2 2 7 6 1 8 0 4 0 2 50 3 1.00 1.14 61 G -2 -1 0 0 -5 0 -3 6 -1 -4 -4 1 -5 -5 -4 1 -2 -1 -5 -5 2 4 4 4 0 4 1 54 1 1 1 8 0 0 0 12 2 1 0 0 0.90 1.27 62 K -1 1 -1 0 -5 1 -1 -2 -1 -3 -4 6 -1 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -4 4 4 2 6 0 6 3 2 1 2 1 63 2 0 0 2 3 0 0 0 1.00 1.26 63 F 0 -1 -4 -4 -5 2 -1 -2 2 -2 -1 -3 -1 6 -5 -3 -3 0 5 -2 10 3 0 1 0 9 4 3 4 1 6 1 1 29 0 1 1 1 21 2 0.70 1.33 64 R -2 3 -2 -4 0 0 -3 -5 0 3 1 5 0 -3 -5 -3 -3 -5 -3 -1 3 13 1 0 2 4 1 0 2 15 15 36 2 1 0 1 1 0 1 3 0.61 1.37 65 F -2 -1 -4 -3 -5 0 0 -5 4 -3 -4 -1 -4 4 -5 -2 -4 1 8 -3 4 3 0 2 0 5 7 0 8 1 0 3 0 15 0 2 0 1 47 1 1.18 1.36 66 E 1 -2 -1 1 -5 4 5 -4 -1 -4 -3 1 -3 -5 -4 -2 -2 -5 -5 -4 11 1 2 8 0 16 44 1 1 1 3 8 1 0 0 1 2 0 0 1 0.82 1.37 67 Q 1 0 -1 -2 -5 5 3 -4 0 -2 0 2 0 -5 -4 -2 -2 -5 -3 -3 13 3 3 1 0 29 16 1 2 3 10 11 3 0 0 2 1 0 1 1 0.53 1.38 68 Q 1 2 -1 -1 -5 5 0 -4 -2 -2 -3 3 -2 -6 -3 1 -2 -2 -5 -3 11 11 3 3 0 31 5 1 0 2 2 15 1 0 1 10 2 1 0 1 0.60 1.45 69 K -3 1 -3 -4 -6 2 -2 -3 -4 -2 -1 6 -1 -5 -1 -2 -3 -6 -5 -2 1 6 1 0 0 10 1 2 0 3 8 60 2 0 2 2 1 0 0 3 1.01 1.45 70 K -1 5 -1 -1 -6 1 1 -4 -1 -4 -4 6 -2 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -4 4 27 2 2 0 4 7 1 1 1 1 45 1 0 0 2 1 0 0 1 1.00 1.46 71 E 3 0 -1 0 -5 2 4 -3 -2 -2 0 2 -1 -4 -4 0 -2 -6 -5 -2 22 4 3 4 0 10 23 1 1 2 9 10 2 0 0 5 1 0 0 2 0.42 1.47 72 K 1 4 0 -3 -6 1 -2 -2 1 -5 -4 5 -4 -6 -4 -1 -3 -6 -2 -4 14 22 4 1 0 5 1 2 4 0 1 41 0 0 0 3 1 0 2 1 0.87 1.46 73 E 1 -2 -2 1 -6 1 6 -4 -2 -4 -4 2 -2 -6 -2 -1 -2 -6 -5 -3 12 1 1 6 0 5 51 1 0 1 2 10 1 0 1 4 2 0 0 1 0.87 1.46 74 A 5 1 0 -3 -4 2 -1 -3 -2 -3 -2 0 1 -4 -4 1 -1 -6 -5 -2 44 6 4 1 0 10 4 1 1 1 4 5 4 1 0 11 3 0 0 1 0.57 1.47 75 R 0 6 -1 -3 -6 0 -1 -3 -2 -5 -3 5 -4 -6 -5 -1 -3 -6 -3 -4 7 40 2 0 0 3 3 1 1 0 2 33 0 0 0 4 1 0 1 1 1.00 1.46 76 K -4 3 -3 -4 -6 1 -2 -5 -3 -6 -5 7 -4 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 10 0 0 0 5 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 1.74 1.34 K Lambda Standard Ungapped 0.1370 0.3195 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1819 0.3184 PSI Gapped 0.0557 0.2670