Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 5 0 -5 2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 4 0 6 0 0 0 0 0 0 48 1.24 1.07 2 N -3 -1 1 2 -5 4 4 -4 0 -3 -4 2 -4 -6 -4 0 -1 -6 -4 -1 1 2 5 9 0 17 33 1 2 1 1 11 0 0 0 8 3 0 0 6 0.65 1.27 3 V -3 -5 -2 -5 -2 -4 -5 -6 -5 4 2 -5 1 -3 -5 -3 1 -5 -4 5 0 0 2 0 1 1 0 0 0 23 22 0 3 0 0 1 11 0 0 37 0.86 1.31 4 K -4 1 -3 -3 -6 -1 -2 -4 -3 -6 -5 8 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 4 0 0 0 1 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 1.93 1.36 5 E -3 -2 -3 0 -6 1 7 -3 -3 -5 -4 -2 -3 -6 -3 -2 -2 -6 -5 -5 1 1 0 2 0 3 84 2 0 0 1 0 1 0 1 1 2 0 0 0 1.62 1.40 6 V -3 -5 -6 -6 -4 -3 -6 -6 -6 6 2 -5 2 -2 -6 -5 -2 -5 -2 4 1 0 0 0 0 1 0 0 0 45 15 0 5 1 0 0 1 0 1 30 1.13 1.40 7 R -4 6 -2 -3 -4 1 0 -5 -2 -5 -5 5 -3 -5 -5 -2 -1 -1 -3 -4 0 49 1 0 0 5 4 0 0 1 0 31 0 0 0 1 3 1 1 1 1.23 1.42 8 L -4 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -5 2 4 -5 4 5 -6 -5 -3 -3 -1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 9 42 0 11 29 0 0 1 0 1 5 1.12 1.40 9 S -3 5 0 -3 -5 -1 -3 1 -1 -5 -4 0 -3 -4 -4 4 2 -6 -5 -4 0 35 4 0 0 1 0 9 1 0 1 4 0 0 0 30 11 0 0 0 0.83 1.42 10 P 0 -5 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -2 -1 -4 -3 -1 7 -1 -1 3 1 -1 8 0 1 1 0 0 0 2 0 3 6 0 1 2 53 5 3 5 6 5 1.17 1.42 11 T 0 2 4 -2 -2 0 -3 1 1 -4 -4 4 -2 -1 -3 -1 1 -2 -3 -2 6 9 21 1 1 4 0 9 3 0 1 23 1 3 1 3 10 1 0 2 0.48 1.39 12 I -3 -5 -5 -5 -2 -5 -5 -6 -6 7 -1 -5 1 -3 -5 -4 3 -5 -4 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 69 1 0 2 0 0 0 22 0 0 4 1.40 1.37 13 E 0 -3 0 6 -2 -1 3 2 -1 -6 -6 -3 -5 -6 -4 0 -2 0 -5 -5 7 0 3 41 1 1 21 16 1 0 0 1 0 0 0 5 1 1 0 0 0.93 1.37 14 E -1 -3 -1 4 -5 2 4 -3 -3 -1 -3 0 -3 -4 0 -1 1 -6 -5 -1 6 1 2 21 0 8 28 1 0 3 3 5 0 0 4 3 8 0 0 5 0.52 1.37 15 H -2 -2 3 -3 -6 -1 -2 1 9 -6 -6 -1 -5 -5 -5 -2 -4 -6 -2 -6 3 1 14 0 0 1 1 11 63 0 0 3 0 0 0 2 0 0 0 0 1.78 1.38 16 D -5 -4 0 8 -6 -3 -1 -4 0 -6 -6 -4 -2 -6 -4 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 2 95 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2.25 1.41 17 F -4 -2 -6 -6 -5 -5 -5 -5 -3 1 3 -4 1 4 -6 -4 -3 -2 6 -2 1 2 0 0 0 0 0 1 0 6 33 1 3 18 0 1 1 0 32 2 1.08 1.41 18 N -2 -2 3 3 -4 3 3 0 -2 -4 -3 0 -2 -4 -4 -1 -1 -6 -3 -4 2 2 16 17 0 16 21 6 0 1 2 6 1 1 0 4 3 0 1 1 0.59 1.41 19 T -2 -2 -2 -4 -4 -3 -4 -4 -1 2 -1 -4 0 3 -5 -3 5 -1 0 3 1 3 1 1 0 1 0 1 2 9 3 0 2 14 0 0 34 1 3 25 0.70 1.41 20 K -3 3 -2 -4 -3 -1 -2 -5 -2 -5 -4 7 -2 -6 -4 -3 -4 -1 -3 -4 1 12 1 0 1 1 0 0 1 0 1 80 1 0 0 0 0 1 1 1 1.61 1.45 21 L 1 -1 -3 -5 -2 -2 -4 -4 -3 3 3 1 3 -2 -5 -1 -1 -5 -3 2 14 4 1 0 1 1 1 1 1 14 26 9 8 1 0 4 3 0 1 13 0.42 1.47 22 R -2 5 3 0 -3 -1 -2 -1 -2 -3 -5 5 -4 -6 -5 -2 -3 -6 -5 -4 2 28 14 4 1 2 1 4 1 2 0 37 0 0 0 2 1 0 0 1 0.91 1.47 23 N 0 1 4 -2 -5 5 -2 -4 5 -4 -4 1 0 -4 -5 0 -1 -5 -2 -4 8 7 19 1 0 26 1 1 16 1 1 9 3 1 0 5 2 0 1 1 0.78 1.47 24 A 5 -5 -5 -5 0 -2 -4 -2 -5 3 0 -4 2 -4 -4 -1 -1 -5 -4 2 47 0 0 0 2 1 0 2 0 15 8 0 5 0 0 3 4 0 0 14 0.74 1.41 25 R -2 4 -1 -1 -2 2 2 -4 0 2 -2 2 0 -3 -5 -2 -1 -5 -2 0 2 22 3 3 1 9 12 1 2 11 4 14 2 1 0 2 4 0 1 5 0.40 1.46 26 K -2 4 -1 -1 -2 1 2 0 -1 -4 -4 5 -2 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -4 2 23 3 3 1 6 12 6 2 1 1 32 1 0 0 3 2 0 0 1 0.70 1.40 27 F -3 -5 -6 -6 -5 -3 -6 -6 -1 -1 -1 -6 -1 8 -6 -4 -5 6 1 -2 1 0 0 0 0 2 0 0 2 2 5 0 1 71 0 1 0 10 3 1 1.80 1.40 28 L -1 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 2 6 -5 2 1 -6 -5 -4 -5 -4 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 12 70 0 4 4 0 0 0 0 0 4 1.20 1.40 29 E 0 -1 -1 0 -1 1 4 -1 -1 -3 -3 3 -1 -3 -4 0 -2 -1 -2 -3 7 2 3 5 1 4 32 4 1 1 3 21 1 1 0 7 2 1 1 2 0.48 1.40 30 K 0 0 1 3 -1 1 3 -1 1 -5 -4 3 -4 -6 -4 0 -2 -6 -5 -3 7 4 6 18 1 6 19 4 3 0 1 21 0 0 0 7 2 0 0 1 0.52 1.40 31 G -2 -2 -1 -1 -5 -2 -2 7 -1 -6 -4 0 -5 -6 -5 -2 -4 1 -5 -6 2 2 3 2 0 2 2 74 2 0 2 6 0 0 0 2 0 2 0 0 1.40 1.40 32 D -2 -2 4 5 -1 -2 -1 -4 5 -3 -3 0 1 -2 -5 -1 -4 0 2 -5 3 1 18 33 2 1 2 0 14 1 2 6 3 1 0 3 0 1 8 0 0.78 1.38 33 K -2 3 -1 -1 -5 0 -1 -4 1 -2 -2 5 0 -1 -1 -1 -1 2 0 -2 3 16 3 3 0 3 3 0 3 3 3 37 3 3 3 3 3 3 3 3 0.54 1.35 34 V 1 -4 -4 -4 5 -3 -4 1 -4 2 1 -4 4 -3 -4 1 1 -4 -4 1 11 0 0 0 11 0 0 11 0 11 11 0 11 0 0 11 11 0 0 11 0.40 0.89 35 K -3 1 2 1 -5 2 1 -4 3 -3 0 1 3 -4 -4 0 1 -5 -4 0 0 8 8 8 0 8 8 0 8 0 8 8 8 0 0 8 8 0 0 8 0.32 1.22 36 A 0 -4 -5 -5 2 -4 -4 -5 -5 3 1 -4 2 2 0 -1 0 3 -3 3 7 0 0 0 4 0 0 0 0 16 14 0 4 11 5 4 4 4 0 25 0.49 1.17 37 T -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -2 -4 2 -2 -1 2 0 -4 0 4 2 0 0 3 3 3 3 3 3 5 3 0 12 3 3 6 3 0 8 27 3 4 5 0.30 1.40 38 I 1 -3 -3 -4 5 2 -3 -4 -3 2 1 -3 4 3 -3 -3 -2 -3 -2 1 12 1 0 1 11 12 1 1 0 12 12 1 11 12 1 1 1 0 0 12 0.41 0.79 39 R -2 4 -1 -1 -4 1 -1 -2 1 -1 -1 1 4 0 -1 -1 -1 2 0 0 3 25 3 3 0 6 3 3 3 3 4 7 10 4 3 3 4 3 3 6 0.30 1.36 40 F -1 -3 -2 -5 -1 -1 -3 -3 -1 -1 1 -2 0 7 -1 -2 -2 1 1 -2 7 2 2 0 1 3 2 2 2 2 10 3 2 45 4 3 2 2 4 3 0.80 1.72 41 K -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 42 G -1 1 0 -1 -5 0 -4 5 -4 -1 -2 0 -4 0 -1 -1 -1 3 -4 -2 4 7 5 3 0 4 0 39 0 4 4 7 0 4 4 4 4 4 0 3 0.52 1.80 43 R 0 1 1 1 -5 1 0 0 3 0 -4 0 -4 -4 1 0 0 -5 2 0 7 7 7 7 0 7 7 7 6 7 1 7 0 0 7 7 7 0 6 7 0.16 1.56 44 A 0 0 0 1 1 2 2 -1 2 -1 -2 0 0 -1 -1 1 0 -4 0 -2 7 4 4 8 3 8 16 4 5 3 4 5 3 3 4 10 5 0 3 3 0.15 1.67 45 I -1 0 1 -1 1 1 -2 -1 1 3 0 0 4 -1 -1 -1 -1 -5 0 0 6 4 6 3 3 7 3 4 3 14 8 6 11 3 3 4 3 0 3 5 0.17 1.93 46 T 1 0 0 0 -5 2 1 -2 1 -1 -2 0 2 -1 -1 0 2 -5 0 -1 13 4 4 5 0 8 9 3 4 4 4 6 5 3 4 6 11 0 3 4 0.13 1.97 47 H -2 1 2 0 -5 -2 0 -2 7 -3 -2 0 -1 1 -1 -1 -1 -4 3 -2 3 8 8 5 0 2 5 3 27 2 4 4 1 7 3 3 3 0 9 3 0.61 1.98 48 K -1 1 -1 -1 -1 2 0 -2 -1 -2 -3 2 0 -3 4 0 0 0 -2 -2 5 7 3 4 1 9 6 4 2 3 2 13 2 1 19 7 6 1 1 4 0.30 2.01 49 E -2 -2 2 4 -6 1 5 -3 1 -3 -4 0 -5 -2 -2 -1 -2 -6 -2 -3 3 2 8 21 0 6 34 2 3 2 2 6 0 2 2 3 2 0 1 2 0.70 1.96 50 I -1 -1 2 -1 -5 1 0 -2 1 0 2 1 1 -1 -1 0 0 2 0 -1 4 4 9 4 0 6 6 3 4 5 17 10 3 3 3 6 6 3 3 3 0.12 1.87 51 G 1 -4 0 -4 -5 0 -4 4 1 -1 -2 -1 1 -1 -1 0 -1 -5 0 -2 13 0 4 0 0 4 0 33 3 3 4 4 4 3 3 8 4 0 3 3 0.40 1.87 52 Q -2 1 -2 -1 -5 1 2 -2 0 -1 -1 2 2 1 -3 -3 -2 0 0 0 3 8 2 4 0 5 15 3 2 4 7 14 5 5 2 2 2 1 4 6 0.14 1.97 53 R -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 0 5 6 6 5 6 6 6 5 0 6 6 6 0 5 6 0.04 1.89 54 V -1 0 1 0 -5 1 0 -1 -4 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 -4 0 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 0.08 1.78 55 L 0 -4 -5 -5 1 -1 -2 -5 1 2 3 -1 4 1 -5 -2 -1 -4 0 0 7 0 0 0 3 3 3 0 3 9 31 3 9 7 0 3 3 0 4 4 0.36 1.72 56 D -2 0 2 3 -5 2 2 -2 -1 -3 -1 2 -1 -3 -4 -1 -2 -5 -2 -3 4 5 11 14 0 10 14 3 2 1 8 10 2 1 0 3 3 0 2 2 0.25 1.74 57 R -3 5 -1 -1 -6 2 0 -3 -1 -3 -4 3 -2 -2 -3 -2 -2 -1 0 -3 2 36 2 4 0 7 5 2 1 1 1 19 1 1 1 2 2 1 3 2 0.63 1.74 58 L -2 -5 -6 -6 1 -5 -5 -6 -5 4 1 -5 2 6 -6 -2 -2 -4 0 2 3 0 0 0 3 0 0 0 0 22 13 0 5 28 0 2 2 0 2 13 0.78 1.75 59 S 3 0 -2 -3 0 -1 0 -3 -2 1 1 0 -1 -2 -5 -1 -2 1 -1 1 24 5 1 1 2 3 7 1 1 9 12 6 2 2 0 3 2 2 2 9 0.17 1.81 60 E 1 -1 0 2 -5 2 4 -2 -1 -3 -4 1 -2 -5 -2 0 -1 -6 -5 -3 10 2 5 9 0 8 28 3 1 1 1 8 1 0 1 8 4 0 0 2 0.39 1.81 61 A 0 -1 -2 4 -6 1 2 -3 -1 -2 -1 1 2 -2 -4 -1 -1 -1 -2 -3 8 4 1 25 0 6 12 2 1 2 6 7 5 2 1 4 4 1 1 1 0.32 1.90 62 C -3 -5 -4 -6 2 -5 -6 -5 -6 2 5 -5 3 -1 -6 -4 -1 -5 -3 2 1 0 1 0 4 0 0 1 0 11 47 0 6 2 0 1 4 0 1 15 0.81 1.86 63 A 1 -2 -2 -1 -2 1 4 0 -2 -4 -4 2 0 -4 -1 1 -1 -6 -5 -3 14 1 2 3 1 5 24 7 1 1 1 13 2 1 3 11 3 0 0 2 0.34 1.85 64 D -3 -3 -1 5 -3 -1 5 0 0 -4 -5 -2 -4 -4 -2 -2 -3 -6 -3 -4 2 1 2 35 1 1 33 8 2 1 1 1 0 1 2 2 1 0 1 1 0.91 1.88 65 I -2 -4 -3 -2 -1 -2 -2 -4 -1 4 1 -2 0 1 -2 -3 -2 -2 2 3 2 1 1 2 1 1 3 1 2 25 13 3 2 5 2 2 2 1 7 20 0.43 1.90 66 A 4 -5 -3 -4 2 -4 -4 4 -2 -2 -4 -4 -3 -3 -4 0 -2 -5 0 -2 38 0 1 1 4 0 1 32 1 2 1 1 1 1 1 7 1 0 3 3 0.81 1.93 67 V -1 -2 0 -1 -3 2 0 -4 -1 0 -3 3 -2 -1 -5 0 3 -6 -3 2 5 2 4 3 0 9 5 1 1 5 2 19 1 3 0 6 15 0 1 16 0.31 1.94 68 V -2 -3 -6 -6 -2 -3 -3 -5 -4 3 -1 -1 0 0 0 -4 -2 -6 -2 5 3 2 0 0 1 1 2 0 0 16 5 5 2 3 6 1 2 0 1 45 0.74 1.94 69 E -2 -3 -2 2 -6 1 6 -4 -2 -4 -4 0 -3 -4 -5 -1 -2 -6 -4 -3 3 0 1 11 0 4 58 1 1 1 2 4 0 1 0 4 2 0 0 2 1.07 1.94 70 T -1 1 -1 -3 -4 4 -1 -1 -2 -3 -4 3 -1 -2 -5 2 0 -2 -3 -2 5 7 3 1 0 17 3 4 1 2 2 20 2 2 0 18 6 1 1 2 0.41 1.97 71 A 0 1 -1 -1 -6 1 2 0 0 -4 -3 3 2 0 2 -2 -2 -3 -2 -2 9 6 2 4 0 7 11 6 2 1 2 15 6 5 11 3 2 0 1 2 0.23 1.96 72 P 1 -4 -3 -5 -3 -2 -4 -4 -5 0 -4 -2 -3 -4 8 -2 -4 -6 -4 -2 10 1 1 0 1 2 1 1 0 7 1 2 0 1 68 3 0 0 1 2 1.78 1.95 73 K -2 2 -1 -3 -4 2 -1 -4 -1 -2 -4 6 -1 -3 -3 -1 -1 -6 -3 -2 3 12 2 1 0 10 3 1 1 2 1 48 2 1 1 4 4 0 1 2 0.87 1.96 74 M -2 2 -4 -5 -5 1 -3 -5 -3 0 3 -1 6 1 -4 -3 -2 -5 -2 1 3 10 1 1 0 7 2 0 0 4 25 4 22 6 1 1 2 0 1 9 0.63 1.98 75 D -2 -3 -1 2 -6 0 6 -2 -3 -4 -4 -2 0 -2 -5 -1 -3 -6 -4 -3 2 1 2 11 0 3 59 4 0 1 1 2 2 2 0 5 1 0 0 2 1.11 1.96 76 G -2 -3 -2 -2 -6 -3 -4 7 -4 -6 -7 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -6 -5 2 1 1 2 0 1 1 81 0 0 0 3 0 1 2 2 1 0 0 0 1.74 1.95 77 R -4 7 1 -5 -7 -1 -3 -2 -2 -5 -4 4 -1 -5 -3 -2 -3 -6 -4 -5 1 58 7 0 0 1 0 3 1 0 1 21 1 0 1 2 1 0 0 1 1.40 1.96 78 N -1 1 4 -3 -6 5 -3 -1 -1 -3 -4 -1 0 1 -5 2 0 -6 0 -2 5 7 21 1 0 22 0 4 1 1 1 3 2 6 0 13 7 0 3 3 0.55 1.96 79 M 0 -4 -6 -6 -2 -4 -6 -6 -5 2 2 -3 9 0 -6 -4 -3 -2 -1 1 7 1 0 0 1 0 0 0 0 8 17 2 49 3 0 1 1 0 2 8 1.34 1.93 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