Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -5 -2 1 -5 11 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 94 0 0 0 0 0 0 0 2.62 1.56 2 P -3 -5 -6 -6 -5 -6 -5 -6 -6 7 -1 -4 -1 -2 2 -4 -3 -6 -2 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 58 4 1 1 1 11 1 1 0 1 18 1.28 1.82 3 V -1 1 1 -2 -3 1 -1 -5 -1 0 -3 4 -3 -2 -4 0 2 -6 -1 1 4 8 6 2 1 7 4 0 2 5 2 28 0 2 0 5 11 0 2 9 0.40 1.82 4 I -4 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -7 7 1 -6 -1 -1 -6 -6 -4 -2 -3 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 59 8 0 1 2 0 0 0 1 1 29 1.53 1.85 5 T -3 1 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 -1 -4 0 -3 0 -5 0 6 -6 -2 -1 1 7 1 1 0 3 2 0 1 3 1 6 0 5 0 5 58 0 1 5 0.98 1.89 6 L -5 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -6 -5 0 6 -4 1 4 -6 -4 -1 -4 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 65 1 2 19 0 1 4 0 1 2 1.28 1.85 7 P -2 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -3 -4 -3 1 -4 -4 8 -2 -3 -3 -4 -4 2 1 1 1 0 1 1 1 1 1 3 9 0 1 72 2 2 1 1 1 1.92 1.94 8 D -3 -2 2 7 -7 -1 -1 -2 -2 -5 -6 2 -3 -7 -4 -3 -3 -7 -5 -5 2 2 8 64 0 2 1 3 1 0 0 12 1 0 0 1 1 0 0 0 1.46 1.96 9 G -3 -4 -1 -3 -6 -3 -4 7 -3 -7 -6 -3 -6 -5 -6 -3 -4 -6 -6 -6 1 1 3 1 0 1 1 87 1 0 1 2 0 1 0 1 1 0 0 0 2.00 1.97 10 S 0 0 0 2 -5 0 0 -4 -1 -4 -4 2 -4 -5 -4 5 0 -6 -4 -3 7 4 4 12 0 3 6 1 1 1 1 12 0 0 1 39 5 0 0 1 0.63 2.00 11 Q -2 -2 -3 -4 -2 3 0 -5 -3 2 -1 0 -1 -3 -3 -1 0 -6 -5 5 3 2 1 0 1 15 7 1 1 12 5 7 1 1 1 4 5 0 0 34 0.57 1.98 12 R -4 5 -3 -4 -3 -1 -3 -5 -1 1 0 5 0 -3 -4 -4 -3 -3 -1 0 1 30 1 1 1 3 1 0 2 8 9 30 3 1 0 1 1 0 2 6 0.79 1.99 13 H -1 -2 -1 1 -4 2 5 -2 -2 -4 -5 0 -3 -4 -2 1 -1 -6 -3 -2 4 2 3 6 0 7 42 3 1 1 1 4 1 1 2 10 4 0 1 3 0.60 1.98 14 Y -2 -4 -6 -6 -2 -4 -5 -1 -1 0 2 -4 0 5 -6 -4 -1 -2 5 2 3 1 0 0 1 1 1 5 1 4 21 1 2 22 0 0 3 0 16 13 0.65 1.97 15 D 1 -3 -1 2 -3 -1 3 -4 -2 -4 -5 -1 -5 -6 5 0 -2 -6 -3 -3 11 1 2 11 1 2 21 1 1 1 1 3 0 0 28 7 2 0 1 2 0.67 1.98 16 H 1 0 1 -2 -3 2 1 -1 1 -3 -4 3 -3 -3 -2 1 -2 5 -2 -3 14 4 6 2 1 8 8 5 4 1 1 16 1 1 2 9 2 7 1 1 0.28 1.96 17 A -1 -2 0 -2 -4 -2 -1 6 -3 -5 -5 -2 -4 -4 2 -1 -3 2 -4 -4 5 2 4 2 0 1 5 50 1 1 1 3 0 1 10 4 1 2 0 2 0.83 1.96 18 V 2 -4 -3 -5 0 -3 -4 -4 -3 2 -2 -2 0 -3 -2 2 4 -6 -3 2 14 1 1 0 2 1 1 1 1 9 2 2 3 1 2 12 27 0 1 16 0.48 1.92 19 S -2 -3 -1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -6 -2 2 7 -6 -3 -3 2 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 0 2 16 60 0 1 1 1.11 1.91 20 P 0 -5 -5 -5 -2 -5 -5 1 -5 0 0 -5 -1 -2 5 -3 -1 -1 0 2 7 0 0 0 1 0 0 10 0 6 10 0 1 2 32 2 3 1 3 16 0.63 1.84 21 M 0 0 -3 -3 -2 -2 0 -2 0 1 2 -1 2 1 -5 -2 -1 0 3 0 7 4 1 1 1 2 7 3 2 7 23 4 4 4 0 2 4 1 11 5 0.19 1.90 22 D -2 -3 -2 6 -6 2 4 -3 -1 -4 -5 -2 -2 -4 -3 -2 -2 -6 -3 -4 3 1 1 44 0 8 23 2 1 1 1 2 1 1 1 2 2 0 1 1 0.96 1.90 23 V -1 -6 -6 -6 0 -5 -6 -3 -5 4 1 -5 1 5 -6 -5 -2 -4 0 3 4 0 0 0 2 0 0 2 0 23 12 0 3 23 0 0 2 0 2 19 0.75 1.83 24 A 5 -3 -5 -5 0 -2 -4 -3 1 1 -1 -2 -1 -1 -5 -1 -2 1 -1 -1 52 2 0 0 1 2 0 2 3 7 7 2 2 2 0 4 2 2 2 4 0.66 1.96 25 L -1 1 -1 -2 -1 1 1 -2 -1 -3 -3 3 -1 1 -5 -2 -1 0 4 -3 6 8 3 2 1 7 11 3 1 2 3 16 2 5 0 3 4 1 15 2 0.29 1.96 26 D 0 -1 1 1 1 1 0 0 1 -2 -3 1 0 -1 -1 1 -1 -5 0 -2 8 4 7 7 2 7 6 7 3 3 3 8 3 3 3 11 4 0 3 3 0.05 1.93 27 I -1 0 1 -4 3 1 0 -5 -4 0 -1 0 2 1 -5 -3 0 4 2 0 6 6 6 0 6 6 6 0 0 6 6 6 6 6 0 0 6 6 6 6 0.19 1.67 28 G -1 -1 0 -1 -5 -1 -1 2 5 -2 -3 -1 -4 -2 -2 4 -2 -5 -2 -3 4 4 4 3 0 3 3 14 15 3 3 3 0 2 2 27 2 0 2 2 0.43 2.06 29 P -1 -2 0 -2 -1 0 1 -3 -1 -2 -3 2 -1 -2 4 1 1 0 -5 -3 6 2 5 2 2 4 8 2 1 2 3 12 2 2 18 11 10 1 0 2 0.26 2.09 30 G -1 -1 1 0 1 0 0 2 0 -1 -3 1 0 -1 -5 2 -1 2 -1 -2 5 3 7 6 2 4 6 13 3 3 3 8 3 3 0 13 4 2 3 3 0.11 2.18 31 L -2 -2 -2 -1 1 -1 -2 -3 0 1 3 -2 1 -1 -2 -2 -2 2 1 2 3 3 2 4 2 2 3 3 2 8 28 3 3 3 2 3 3 2 5 12 0.22 2.18 32 A 3 -2 -2 -2 0 -1 -2 4 -2 -2 -3 -1 0 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 20 3 2 2 2 2 3 33 1 2 3 3 3 3 3 3 3 1 2 4 0.43 2.12 33 K -1 2 2 0 -1 0 1 -2 3 -4 -4 4 -1 -3 -3 0 -2 -6 -1 -3 4 11 10 6 2 4 8 3 7 1 1 28 2 1 1 6 2 0 2 1 0.49 2.14 34 A 0 2 1 1 0 0 1 -2 3 -3 -4 3 -1 -6 -1 -1 0 -6 -2 -3 7 12 7 8 2 4 9 3 8 2 1 19 2 0 3 4 6 0 1 2 0.36 2.16 35 C 3 -3 -5 -6 7 -2 -5 -3 -1 1 -2 -5 0 -2 -3 0 1 1 -2 1 27 2 0 0 21 2 0 1 1 9 2 0 3 2 2 5 10 2 2 10 0.73 2.10 36 I -1 -1 -4 -6 1 -3 -5 -4 -6 4 2 -4 0 -2 -6 -4 -2 -2 -2 5 4 3 1 0 3 1 1 1 0 20 19 1 2 1 0 1 2 1 1 38 0.80 1.92 37 A 5 -4 -3 -5 0 -2 -3 3 -5 1 -1 -4 -2 -3 -5 -1 -3 -6 -3 1 40 1 1 0 2 2 1 23 0 7 5 1 1 1 0 5 1 0 1 8 0.69 1.92 38 G 5 -5 -5 -5 1 -4 -5 2 -5 -1 -3 -4 1 -3 -3 0 -2 -5 -2 0 55 0 0 0 3 0 0 17 0 3 2 0 4 1 1 5 1 0 1 6 0.92 1.92 39 R -1 2 -1 -1 1 0 0 -2 0 0 -2 4 0 -1 -5 -1 0 2 0 0 4 12 3 4 3 3 6 3 3 5 3 22 3 3 0 5 5 3 3 8 0.24 1.84 40 V -2 -1 -5 -5 1 -1 -2 -6 1 2 0 -1 1 1 -5 -2 -1 2 0 5 4 3 0 0 3 3 3 0 3 9 8 3 3 7 0 3 3 3 3 37 0.53 1.87 41 N -2 -1 6 5 -5 -1 -1 -1 1 -5 -6 -1 -5 -1 -1 -1 -1 -6 -5 -5 3 3 37 29 0 3 3 3 3 0 0 3 0 3 3 3 4 0 0 0 0.98 1.69 42 G -1 -1 0 0 -5 0 -2 6 0 -5 -3 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -5 -1 -5 6 3 4 6 0 4 3 54 2 0 3 2 2 2 2 2 2 0 2 0 0.86 1.68 43 E -2 3 -1 -1 -2 2 3 -4 0 -1 -3 4 -1 -3 -5 -2 0 -6 -5 0 3 12 2 3 1 7 19 1 3 3 3 23 1 1 0 2 5 0 0 8 0.47 1.82 44 L -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -4 0 2 4 -3 1 0 -1 -3 -1 -1 0 2 2 3 2 1 1 2 2 1 2 10 39 1 4 3 4 1 4 1 3 15 0.50 1.82 45 V -2 -1 -4 -6 -1 -3 -4 -5 -2 1 -1 -2 0 -2 -5 -3 -1 6 0 6 3 3 1 0 1 1 1 1 1 7 3 3 2 1 0 2 3 11 4 51 0.92 1.76 46 D -2 -3 -1 7 -6 -2 1 -2 -2 -6 -6 -2 -6 -6 4 -1 -2 -7 -6 -6 2 1 2 56 0 1 7 3 1 0 0 1 0 0 18 4 2 0 0 0 1.31 1.76 47 A -2 -4 -4 -6 -1 -5 -6 -5 -2 1 5 -3 3 0 -4 -3 1 -1 1 -1 4 1 1 0 1 0 0 1 1 6 56 1 6 3 1 1 10 1 5 2 0.83 1.81 48 C -1 2 2 2 0 0 -1 -3 0 -4 -4 -1 -1 -3 -3 3 1 0 -1 -3 5 10 11 12 2 4 4 2 2 1 2 3 2 1 1 26 9 1 2 2 0.39 1.86 49 D -1 4 -3 1 -2 0 -1 -5 3 -4 -3 -1 -2 1 -5 0 3 2 4 -4 4 19 1 7 1 4 5 0 7 1 2 3 1 6 0 5 19 2 13 1 0.52 1.86 50 L -2 1 -3 -4 -3 1 1 -4 -3 -1 -1 1 -1 -4 6 -2 -1 -6 -4 1 3 7 1 0 1 5 8 1 1 3 5 8 1 0 40 2 4 0 0 10 0.80 1.87 51 I -3 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 5 5 -6 0 -1 -3 -6 -4 -5 -4 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 37 49 0 2 2 1 0 0 0 0 7 1.28 1.78 52 E -2 0 1 2 -3 2 4 -3 1 -4 -4 2 -2 -4 -2 -1 2 -3 -2 -3 2 4 6 9 0 7 28 2 3 1 1 12 1 1 2 4 11 0 2 2 0.46 1.80 53 N 0 0 3 1 -2 1 3 0 1 -4 -5 1 -2 -4 -4 1 1 -6 -3 -4 6 5 15 7 1 6 18 6 3 1 0 8 1 1 1 12 9 0 1 1 0.40 1.82 54 D -3 -4 1 7 -6 -3 -2 4 -3 -5 -7 -4 -6 -7 -4 -1 -3 -7 -5 -5 1 0 5 52 0 1 1 31 1 0 0 0 0 0 1 5 1 0 0 0 1.38 1.81 55 A 3 -4 -3 3 5 1 -1 2 -3 -4 -5 -3 -1 -5 -5 1 -2 -6 -6 -1 24 0 1 19 13 6 3 14 1 1 0 1 1 0 0 9 2 0 0 4 0.64 1.81 56 Q 0 1 0 0 -3 3 2 -4 0 0 -4 2 -2 -4 -2 1 3 -4 -4 -1 7 8 4 4 0 12 11 0 2 5 1 11 1 1 2 11 16 0 0 3 0.32 1.81 57 L -4 -6 -7 -5 -2 -6 -5 -7 -6 4 4 -6 -1 0 -6 -5 -4 -5 -3 5 1 0 0 1 1 0 1 0 0 19 34 0 1 4 0 0 0 0 1 39 1.13 1.77 58 S 0 0 -1 -1 -4 1 6 -4 -3 -4 -5 1 -3 -5 -5 0 -2 -6 -5 -3 8 5 3 2 0 6 54 1 0 1 0 7 0 0 0 7 2 0 0 2 0.96 1.77 59 I -4 -5 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -6 7 3 -6 -1 3 -4 -5 -4 -5 -2 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 56 22 0 1 10 1 0 0 0 1 8 1.30 1.74 60 I -4 -5 -3 -6 -2 -4 -5 -7 -1 5 3 -5 0 0 -6 -5 -3 -3 -1 3 0 0 1 0 1 0 0 0 2 35 30 1 2 4 0 0 0 0 2 20 0.97 1.74 61 T -3 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -3 -2 -5 -3 -1 8 -6 -5 -3 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 94 0 0 1 1.98 1.69 62 A 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 0 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 5 -2 -6 -5 -4 55 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 39 0 0 0 0 1.20 1.36 K Lambda Standard Ungapped 0.1379 0.3196 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1872 0.3171 PSI Gapped 0.0573 0.2670