Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 3 -4 -3 -3 -4 -3 -4 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -4 28 0 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.39 0.79 2 G 0 -4 -2 -3 -4 -3 -4 6 -4 -5 -5 -3 -4 -4 2 0 -1 -4 -1 -5 4 0 0 0 0 0 0 72 0 0 0 0 0 0 11 6 4 0 3 0 1.27 0.82 3 E -2 -1 3 6 -5 -2 3 1 -3 -5 -6 0 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 2 3 13 45 0 0 20 11 0 0 0 4 0 0 0 3 0 0 0 0 0.94 0.95 4 S -2 -4 1 -3 -4 -3 -4 6 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 -1 1 -5 -5 -4 0 0 8 0 0 0 0 72 0 0 4 0 0 0 0 3 10 0 0 0 1.27 0.96 5 M 0 -2 -4 0 -3 -4 -4 -4 -4 3 0 -4 3 -3 -4 -3 1 -5 -3 4 7 3 0 7 0 0 0 0 0 17 7 0 8 0 0 0 10 0 0 40 0.60 0.96 6 L -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 5 4 -5 3 -2 -5 -4 -1 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 49 0 9 0 0 0 4 0 0 2 1.06 1.01 7 R -4 -2 -5 -6 -5 -4 -4 -5 -1 -3 0 -4 -3 3 -5 -4 -4 3 9 -3 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 8 0 0 0 3 78 0 1.85 1.01 8 G 3 -1 0 -4 -4 0 -4 4 -4 -3 -1 -3 -3 -4 -4 0 0 -5 0 1 25 3 3 0 0 4 0 33 0 0 7 0 0 0 0 5 6 0 3 11 0.51 1.03 9 V -3 -5 -5 -1 -3 -4 -5 -5 -5 4 1 -4 3 2 -1 -4 0 -4 -3 5 0 0 0 4 0 0 0 0 0 21 10 0 7 7 3 0 5 0 0 44 0.76 1.03 10 Y -3 3 -2 3 -5 3 2 -4 -3 -4 -4 0 -3 -4 -4 -1 2 -4 2 0 0 16 0 19 0 18 12 0 0 0 0 5 0 0 0 3 13 0 8 7 0.56 1.03 11 Q 1 -3 2 2 -4 2 0 2 -3 -5 -5 -3 -4 -5 2 3 0 -5 -5 -4 14 0 10 11 0 8 5 14 0 0 0 0 0 0 10 25 4 0 0 0 0.52 1.05 12 D -3 -4 3 6 -5 -1 -2 3 -3 -6 -6 -3 -5 -3 -4 1 -3 -6 -5 -5 0 0 17 46 0 2 0 22 0 0 0 0 0 2 0 12 0 0 0 0 1.06 1.05 13 K 1 1 0 2 -5 1 0 4 -3 -5 -3 2 -1 -5 -4 -1 1 -5 -5 -4 10 7 5 10 0 6 5 29 0 0 2 14 2 0 0 2 9 0 0 0 0.46 1.07 14 F -1 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -4 -4 1 3 -4 -2 3 -5 -4 -3 9 -1 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 7 31 0 0 11 0 0 0 34 0 7 1.28 1.04 15 Y -1 1 -1 -5 -5 -3 -2 -5 0 -2 -2 -3 0 3 -5 -2 -4 2 8 -3 5 10 3 0 0 0 3 0 1 2 2 0 2 8 0 2 0 2 59 0 1.29 1.15 16 Q 0 5 -3 -2 -5 3 -2 -2 -3 -1 -1 0 -1 -1 -1 -2 0 -5 0 0 9 32 0 2 0 16 0 3 0 3 5 5 1 3 2 2 6 0 3 8 0.44 1.15 17 G -1 0 -2 -2 -5 -3 -3 4 8 -5 -3 -3 -4 -3 -5 -1 -4 -4 2 -5 6 4 0 2 0 0 0 31 44 0 2 0 0 0 0 3 0 0 8 0 1.25 1.15 18 T 2 1 1 2 -4 -2 0 -4 0 -4 -1 1 -3 -5 0 1 3 -5 -4 -3 16 8 7 14 0 0 4 0 2 0 7 8 0 0 4 11 18 0 0 1 0.35 1.15 19 Y 0 -4 -2 2 -5 -1 -2 3 -3 -4 -2 -3 2 1 4 -2 -3 2 2 -4 6 0 2 10 0 3 2 28 0 0 3 0 7 5 20 2 0 2 9 0 0.58 1.14 20 P -1 0 -4 -4 -4 -2 -3 -2 -4 -4 -4 -1 0 -3 6 0 -1 7 1 -2 3 5 0 0 0 2 0 2 0 0 1 3 3 0 44 9 4 15 4 2 1.15 1.09 21 Q -2 4 -2 -1 -4 2 2 0 -3 -4 -3 -1 -3 -2 0 1 2 -4 -1 -1 2 22 0 3 0 9 12 6 0 0 3 3 0 2 4 12 15 0 2 4 0.36 1.10 22 N -2 -2 4 5 -5 -2 0 0 2 -5 -5 -3 -4 -5 1 1 0 -5 -2 -3 2 2 21 31 0 0 6 6 5 0 0 0 0 0 8 10 5 0 1 2 0.67 1.15 23 K 1 -3 -3 -4 -1 -1 -4 6 -4 0 -2 -2 -4 -4 0 -3 -4 2 -1 -4 12 1 0 0 1 2 0 57 0 7 4 2 0 0 6 0 0 3 2 0 0.93 1.15 24 N 1 0 2 -3 -4 1 -1 2 -3 -4 -3 -2 -1 -4 -4 2 4 1 -4 -2 10 5 9 0 0 6 3 14 0 0 1 2 1 0 0 17 25 2 0 3 0.42 1.13 25 D -1 -1 -1 3 -4 -1 0 1 -4 -1 -4 0 -3 2 1 -1 -1 0 -1 1 5 3 2 20 0 2 6 13 0 4 0 5 0 9 8 4 4 2 1 11 0.25 1.13 26 N 0 -1 4 1 -4 0 -2 -1 -3 -1 -4 -1 -3 -2 -4 3 2 -5 -4 0 8 3 20 9 0 4 2 4 0 3 0 3 0 2 0 21 12 0 0 6 0.39 1.13 27 W 0 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -3 -4 -1 -2 -4 -3 4 -5 -2 -4 11 1 -4 8 0 0 0 0 2 0 2 0 4 3 0 0 16 0 3 0 55 3 0 1.99 1.10 28 L 2 -1 0 -2 -4 -2 -3 0 2 1 1 -3 2 -1 -4 -2 0 -4 2 2 19 4 4 3 0 1 1 6 5 8 15 0 5 2 0 2 5 0 6 13 0.21 1.15 29 A 2 -3 1 -1 0 0 0 3 -3 -4 -4 -1 -4 -4 0 2 1 -4 0 -1 15 0 7 2 2 4 6 24 0 0 1 3 0 0 4 13 10 0 3 5 0.35 1.14 30 R 2 2 1 -2 -4 -1 -2 2 0 -4 -2 -2 -3 0 2 2 -1 -4 -4 -4 21 11 7 2 0 2 2 17 2 0 4 0 0 4 10 14 3 0 0 0 0.34 1.15 31 A 3 0 -1 1 -4 1 -3 1 -3 -4 -4 -3 -4 -5 4 1 1 -5 -4 -2 26 6 2 8 0 6 0 12 0 0 1 0 0 0 20 8 7 0 0 2 0.51 1.14 32 T 0 4 -3 -4 -4 -1 -2 1 -4 0 -3 2 -3 -4 -4 -1 3 -5 -1 1 6 23 0 0 0 3 2 13 0 5 1 13 0 0 0 3 17 0 2 12 0.44 1.22 33 L 1 2 -2 -4 -4 2 0 -3 1 1 0 1 -3 -4 -2 -2 3 -5 -4 1 10 11 2 0 0 10 6 1 3 7 10 8 0 0 2 2 18 0 0 10 0.26 1.20 34 I -1 -1 -5 -5 -4 0 -3 -5 -5 5 2 -4 -1 -1 -3 -4 -2 -5 -3 3 4 3 0 0 0 5 2 0 0 43 16 0 0 2 1 0 1 0 0 21 0.79 1.20 35 G -2 -5 -3 -2 -5 -4 -4 6 -4 0 -5 -3 -4 -5 -2 0 -2 -5 -1 1 2 0 0 2 0 0 0 67 0 6 0 1 0 0 2 6 2 0 2 10 1.16 1.24 36 K 0 0 0 -3 -4 -1 -3 1 -4 -4 -3 1 -4 -1 0 3 4 -5 -4 -2 6 6 4 0 0 2 0 12 0 0 1 7 0 3 5 22 27 0 0 2 0.46 1.22 37 G -1 -1 -1 0 -3 0 -2 4 0 -3 -2 -1 -3 -1 -1 1 1 -3 -3 -3 4 4 3 5 0 5 2 39 3 1 4 3 1 3 3 12 8 0 1 2 0.46 0.94 38 G -1 -4 1 1 -4 -3 -2 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -2 0 -3 1 -4 -2 2 0 6 8 0 0 2 66 0 0 1 0 0 0 2 6 0 2 0 3 1.16 1.17 39 W -3 -5 -6 -6 -5 -4 -2 -3 -5 -1 1 -3 -3 0 -6 -3 -5 11 1 -4 1 0 0 0 0 0 3 2 0 3 16 2 0 3 0 2 0 65 2 0 2.37 1.28 40 S 0 -3 4 2 -5 3 0 0 0 -5 -2 0 -4 0 -4 1 -1 -1 -2 -5 7 0 24 12 0 15 6 6 2 0 4 6 0 4 0 8 3 1 1 0 0.47 1.28 41 N 1 2 3 0 -5 2 2 3 -1 -2 -5 -2 -4 -5 -2 0 -1 -5 -5 -3 10 11 13 4 0 11 11 21 1 3 0 1 0 0 2 7 3 0 0 1 0.41 1.27 42 F -1 -4 -4 -1 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 3 6 -1 -2 -1 2 6 -1 6 0 0 4 0 0 0 2 0 0 2 0 7 38 3 2 5 2 24 4 0.99 1.25 43 K -1 1 1 0 -4 -1 -2 2 -3 -4 -3 1 -1 -5 -2 3 1 -5 -2 -2 3 8 5 6 0 2 2 16 0 0 3 10 2 0 2 26 9 0 2 3 0.36 1.25 44 F 1 2 -1 -4 -5 1 -2 0 4 0 0 0 -1 1 -4 0 0 1 -3 -2 13 14 3 0 0 7 2 6 10 5 8 6 1 6 0 8 6 2 0 2 0.23 1.29 45 L -3 -5 -2 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 4 -5 3 -3 -1 -4 -2 -5 -4 4 1 0 2 0 0 0 0 0 0 17 35 0 6 0 4 0 2 0 0 33 0.89 1.29 46 F 2 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -2 -5 1 2 -5 -2 5 -5 -2 2 0 0 1 18 0 0 0 0 0 0 2 0 8 21 0 0 23 0 2 13 1 2 9 0.57 1.29 47 L 2 0 -3 -4 1 -3 -4 1 -4 0 -1 -3 -3 4 -2 3 0 -4 -1 -1 17 5 0 0 2 0 0 11 0 6 5 0 0 20 1 22 5 0 1 3 0.41 1.22 48 S 1 -4 0 -1 -4 -3 -4 5 1 -1 -5 -2 -1 -5 -1 2 -2 -5 -4 -4 13 0 4 4 0 0 0 47 4 5 0 2 2 0 3 13 1 0 0 0 0.77 1.24 49 P 0 -3 0 -2 -5 -4 -1 4 -4 -5 -5 -2 -5 -6 5 -1 1 -6 -3 -3 6 1 3 2 0 0 4 33 0 0 0 2 0 0 34 3 8 0 1 2 0.96 1.29 50 G -2 -2 4 6 -5 -3 -1 1 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -2 0 0 -6 -5 -5 2 1 22 49 0 0 1 9 0 0 0 1 0 0 2 6 6 0 0 0 1.11 1.31 51 G 0 -3 0 -2 -5 -2 -2 6 -4 -6 -6 -4 -5 -3 -5 -3 -1 -5 -5 -4 6 1 5 1 0 2 3 75 0 0 0 0 0 2 0 0 4 0 0 1 1.42 1.31 52 E -2 2 0 3 -4 -3 -1 -5 0 2 -2 -1 -3 -4 -5 -1 1 -6 -4 3 2 14 5 16 0 0 3 0 3 12 1 3 0 0 0 5 10 0 0 26 0.45 1.31 53 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -4 -6 -5 4 4 -5 3 1 -6 -5 -4 -4 -1 3 0 0 0 0 0 0 1 0 0 23 47 0 7 5 0 0 0 0 2 16 0.99 1.31 54 Y -2 -4 -2 -3 -5 -4 -5 -3 -1 -1 -1 -4 -1 3 -5 -4 -4 -1 8 -1 3 0 2 1 0 0 0 2 0 3 6 0 1 10 0 0 0 0 68 3 1.63 1.28 55 G 4 0 -3 -4 -4 -2 -2 4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -2 -1 -1 -5 -4 0 44 5 0 0 0 2 2 31 0 0 0 0 0 0 2 4 4 0 0 6 0.81 1.26 56 V 0 1 -2 -1 -4 -4 -4 -3 -4 4 -1 -2 -2 -1 -4 0 -1 -5 0 4 7 9 2 4 0 0 0 2 0 23 3 1 0 2 0 7 3 0 3 34 0.53 1.26 57 L -2 3 2 2 -4 2 -1 -4 -3 -4 -3 2 -4 -5 -2 2 3 -5 -4 -2 2 16 9 10 0 10 2 0 0 0 3 12 0 0 1 13 18 0 0 3 0.47 1.26 58 N 0 -2 3 2 -4 -2 1 2 1 -5 -5 -1 -4 -5 3 2 0 -5 -4 -4 7 2 15 10 0 1 8 14 4 0 0 3 0 0 15 14 5 0 0 0 0.47 1.24 59 D 0 -4 2 5 -5 -2 -1 4 -3 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -5 8 0 11 33 0 2 3 35 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 0.95 1.26 60 K -2 1 2 2 -5 2 1 3 3 -5 -5 2 -2 -5 -4 -2 -3 -5 0 -5 3 6 9 11 0 11 7 25 6 0 0 14 1 0 0 2 0 0 4 0 0.55 1.29 61 I -4 -5 -5 -6 -4 -4 -3 -5 -5 1 4 -3 1 1 -5 -3 -2 9 -2 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 5 45 1 4 4 0 2 2 26 0 7 1.20 1.29 62 Y -4 -3 -5 -5 -5 -4 -2 -6 1 -2 2 -4 0 2 -5 -4 -4 6 7 -1 0 2 0 0 0 0 3 0 2 2 18 0 2 5 0 0 0 13 48 4 1.33 1.30 63 K 0 5 -3 -3 -4 -1 -3 -2 -3 -3 0 2 -1 -2 -1 -1 1 -4 -1 0 7 35 0 1 0 2 0 3 0 0 11 12 1 1 3 3 8 0 3 9 0.49 1.23 64 G -3 0 0 -4 -5 -3 -4 2 6 -3 -3 -3 -4 1 -5 -1 -2 4 6 -1 0 6 5 0 0 0 0 19 21 2 2 0 0 4 0 3 2 5 26 4 0.85 1.26 65 T -2 1 0 2 -4 0 0 -3 1 -2 -3 0 -4 -2 2 0 4 -5 -4 -2 2 8 5 13 0 3 4 1 4 2 2 4 0 2 11 8 27 0 0 3 0.43 1.26 66 P -1 -2 -3 3 -4 -4 -3 5 1 -4 -4 -4 0 -5 2 -3 -3 0 -4 1 3 2 0 15 0 0 0 47 3 0 0 0 2 0 11 0 0 1 0 11 0.85 1.25 67 P 1 2 0 -3 -4 0 -1 -2 -1 -1 -2 0 -3 -1 3 0 -1 6 2 -1 11 10 5 0 0 4 4 2 1 4 4 4 0 3 13 8 4 11 7 4 0.33 1.22 68 T 0 2 1 -2 -3 -2 -1 0 -1 -3 -1 -1 -3 -2 -1 2 3 -4 -2 0 8 10 7 2 0 1 3 7 2 1 7 4 0 2 3 17 18 0 1 8 0.22 1.18 69 H -2 -2 4 3 3 -1 -1 1 1 -2 -4 -3 -4 -4 -4 1 2 5 -4 -2 2 1 20 14 6 3 4 11 3 3 0 0 0 0 0 9 14 7 0 2 0.50 1.26 70 D 1 -4 0 1 -4 -3 0 4 1 -5 -4 -3 -4 -2 2 0 1 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