Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 3 6 -5 -4 -2 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 55 0 0 0 1.00 0.90 2 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.20 1.11 3 Q -1 -2 5 4 -5 -2 -1 -3 -3 -2 -5 -1 -4 -5 -4 2 0 -6 -3 0 4 1 33 23 0 1 3 0 0 3 0 3 0 0 0 14 5 0 1 9 0.73 1.15 4 A 2 -4 -3 -2 -4 -2 -1 -4 -5 0 -3 -3 -1 -2 6 -1 -2 -6 -4 3 15 0 1 2 0 1 4 0 0 4 1 1 1 2 40 3 1 0 0 24 0.91 1.15 5 S -1 -1 -2 -4 -4 -2 -2 0 -1 0 1 0 4 -4 -4 1 3 0 -4 0 5 3 1 0 0 1 2 6 1 5 12 6 14 0 0 11 23 2 0 6 0.33 1.13 6 Q 0 -1 0 3 -5 5 4 -3 -3 -5 -3 1 -2 -5 -3 -1 -2 -5 -3 -4 9 3 3 15 0 26 28 1 0 0 2 6 1 0 1 2 1 0 1 0 0.71 1.13 7 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -2 1 6 -5 0 -1 -5 -5 -4 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6 84 0 0 1 0 0 0 0 0 7 1.33 1.12 8 A 1 -1 -1 -2 -4 1 0 -2 -4 0 -2 -2 3 -3 -4 4 2 -5 -4 -1 9 4 2 1 0 7 5 2 0 7 2 2 9 1 0 32 14 0 0 4 0.41 1.15 9 V -1 -4 -4 -2 -4 -4 -2 -2 -5 -1 -2 -3 -4 -5 7 1 -1 -6 -5 1 5 0 0 2 0 0 2 2 0 3 3 1 0 0 57 11 2 0 0 13 1.28 1.14 10 C -3 -3 -5 -6 11 -5 -6 -3 -6 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 1 0 0 97 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.06 1.14 11 A 3 -1 -3 -2 -4 -1 -3 -1 -4 -1 3 -1 0 -2 -4 -2 -2 -5 -4 1 32 3 1 2 0 2 1 5 0 2 35 4 2 1 0 2 2 0 0 7 0.46 1.14 12 S 0 -2 -2 0 -4 -3 -1 2 -4 -4 -1 -3 -4 -4 5 2 -1 2 -4 -3 7 1 1 5 0 1 3 16 0 0 8 0 0 1 34 18 3 3 0 1 0.71 1.13 13 A 6 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -4 -4 -3 -4 -2 3 0 -1 -5 -4 -1 70 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0 0 0 2 13 5 2 0 0 4 1.05 1.15 14 I -2 -2 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 2 -5 3 2 -5 -3 -2 -4 -2 2 2 2 0 0 0 0 0 0 0 46 17 0 8 10 0 1 1 0 1 11 0.90 1.16 15 L -1 -3 -1 -4 -4 0 -2 -3 -4 3 1 -1 2 1 -4 -1 4 -4 -1 0 4 1 3 0 0 4 2 1 0 17 11 3 6 6 0 3 33 0 2 4 0.45 1.17 16 S -2 -2 2 -2 -4 -2 -1 3 -3 -1 -2 0 1 0 -4 3 2 2 0 -3 1 1 10 1 0 2 4 20 0 3 5 6 3 5 0 21 12 2 4 1 0.32 1.17 17 G -1 1 0 -3 -5 -3 -1 5 -4 -5 -5 -1 -2 -5 -1 2 -1 -2 -5 -5 3 9 5 0 0 0 3 50 0 0 1 2 1 0 3 19 3 1 0 0 0.85 1.11 18 A 2 -3 -1 -2 -4 0 -1 1 -4 -2 0 0 -2 -4 -4 3 2 -5 -4 0 19 1 3 2 0 5 4 12 0 1 10 5 1 0 0 21 11 0 0 6 0.29 1.10 19 K 1 -2 -2 -2 -5 3 -1 -4 3 -4 -2 2 -2 -5 5 0 -1 -5 -3 -2 12 1 1 1 0 13 3 0 9 0 3 11 1 0 32 5 4 0 1 3 0.70 1.10 20 P -2 -3 -4 -3 -4 -2 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -2 1 1 0 0 0 1 1 1 1 2 2 2 0 0 80 2 1 0 0 3 2.04 1.00 21 S -1 -3 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -4 -3 -1 -3 -4 0 5 4 -4 -2 -3 2 0 0 0 0 2 0 1 0 0 3 3 0 0 4 55 25 0 1 1 0.88 1.02 22 G 3 -1 -1 -1 -3 0 0 0 -3 -4 -3 2 -2 -1 2 1 2 -2 -3 -2 25 2 3 3 0 3 5 6 0 0 2 13 1 2 11 8 13 1 0 2 0.32 1.02 23 E 2 -2 -2 1 -4 1 3 -1 -1 1 0 -2 -2 -4 -3 0 1 -5 -2 -1 20 1 1 8 0 5 20 3 2 10 10 2 1 0 1 5 7 0 1 2 0.26 1.08 24 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -3 -3 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 2.87 1.10 25 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -3 -3 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 2.87 1.10 26 G 2 0 1 0 -4 1 0 0 -3 -2 -4 2 0 -3 -4 2 1 -5 -4 0 19 3 6 5 0 6 4 6 0 1 0 11 2 1 0 18 10 0 0 7 0.30 1.10 27 N -2 2 3 -3 -5 1 -1 -2 -3 -2 -4 5 -1 -3 -4 -1 1 -5 -4 -2 2 11 16 0 0 4 2 2 0 2 0 43 2 1 0 4 8 0 0 2 0.70 1.06 28 L -2 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 5 -5 4 -2 -5 -4 -1 -4 -3 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 5 73 0 11 0 0 0 3 0 0 5 1.14 1.06 29 R -3 4 -1 -3 -5 2 -2 -3 -3 0 -3 5 2 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -2 0 24 2 0 0 7 0 1 0 7 1 46 6 0 0 1 2 0 0 2 0.87 1.06 30 A 2 2 -1 1 -5 0 4 1 -3 -3 -3 0 -1 -5 -4 0 -1 -5 -4 -2 16 10 2 6 0 3 35 9 0 2 2 4 2 0 0 5 2 0 0 2 0.49 1.09 31 Q -3 -2 0 -3 -5 7 1 -4 4 -5 -2 0 -3 -5 -4 -2 1 -5 -3 -4 0 0 3 0 0 64 6 0 9 0 3 4 0 0 0 0 11 0 0 0 1.25 1.09 32 Q -1 2 -2 -1 -5 4 1 -2 -1 -2 -2 4 1 -5 0 -2 -2 -5 -4 -2 4 11 1 3 0 21 6 2 1 2 4 31 4 0 6 2 2 0 0 2 0.55 1.09 33 G 2 0 0 0 -4 0 3 0 1 -1 -4 0 1 -5 3 0 -1 -5 -4 -3 21 4 4 4 0 4 20 6 4 4 0 4 4 0 13 6 4 0 0 0 0.34 0.83 34 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -4 -3 3 -5 2 -2 -4 -2 -3 0 0 0 0 65 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0 18 0 0 0 0 1.79 0.83 35 F -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 0 1 5 -5 2 4 -5 -4 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 7 58 0 4 21 0 0 0 0 4 4 0.91 0.84 36 C -2 -5 -4 -5 10 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 1 -5 0 -3 -4 -3 -3 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 8 0 0 0 0 2.31 0.84 37 Q -1 0 -1 0 -4 5 0 2 -2 -1 -3 0 1 -3 -2 -2 0 -4 2 -2 5 5 2 5 0 29 4 18 0 3 1 3 5 0 2 1 7 0 8 2 0.39 0.84 38 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -1 -1 -1 -4 -3 4 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 15 0 0 0 0 77 0 1.81 0.89 39 A 1 -2 -4 -5 -3 -2 -4 -4 -4 4 3 0 3 -1 -4 -2 -2 0 0 0 14 1 0 0 0 2 0 0 0 23 32 6 9 2 0 2 1 1 4 3 0.49 0.89 40 K -1 3 1 -1 -5 1 -1 -4 0 -3 -4 5 2 -5 -3 -1 1 -5 -4 -4 3 14 6 4 0 4 2 0 2 2 0 45 6 0 0 2 10 0 0 0 0.68 0.89 41 D -3 -3 6 5 -5 -2 -2 -1 0 -3 -5 -2 -4 -5 -4 0 -2 -6 -4 -4 1 0 49 31 0 0 0 4 2 2 0 2 0 0 0 6 1 0 0 1 1.14 0.99 42 P -1 -2 -4 -4 -5 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -4 -5 8 -2 -3 -5 -2 -3 4 2 0 0 0 0 0 3 0 0 1 0 0 0 84 2 0 0 1 2 2.17 0.99 43 T 0 -1 4 -1 -4 -1 -1 -1 -2 -2 0 -1 1 -2 -3 1 1 3 -2 1 10 3 22 3 0 2 3 4 1 1 8 4 3 1 1 11 7 4 1 11 0.25 1.00 44 Y -3 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -5 -3 0 4 -4 0 4 -5 -4 -2 2 6 0 2 0 1 0 0 0 0 0 0 5 37 0 2 16 0 0 2 2 27 4 0.86 1.01 45 G 0 2 0 -3 -5 1 -1 2 -1 -4 -2 4 -3 -4 -4 1 -1 -5 1 -1 7 12 4 0 0 7 2 15 1 0 3 27 0 0 0 11 2 0 5 4 0.40 1.05 46 Q -1 2 -1 -3 -5 3 -2 1 -1 -5 -2 3 -1 -5 3 1 -2 -5 -4 -4 4 13 3 1 0 16 0 11 1 0 4 16 1 0 17 12 1 0 0 1 0.51 1.07 47 Y -4 -4 -5 -5 -5 -4 -3 -2 0 -1 1 -4 -1 5 -5 -4 -2 -1 8 -3 0 0 0 0 0 0 2 4 1 3 11 0 1 22 0 0 2 0 56 0 1.38 1.07 48 I -2 -5 -3 -5 -4 -5 -5 -6 -5 5 1 -4 0 2 -5 -4 -2 -4 -1 5 2 0 2 0 0 0 0 0 0 34 11 1 1 9 0 0 1 0 2 38 0.91 1.15 49 R -2 -1 5 2 -4 -1 -1 -1 -3 -2 -5 0 -4 -5 -4 2 3 -6 -4 -4 1 3 34 9 0 3 3 3 0 3 0 7 0 0 0 16 19 0 0 0 0.69 1.15 50 S -1 -2 0 -3 -3 -3 -3 -1 -1 -4 -4 -3 0 -2 0 6 1 -5 -1 -2 3 2 4 0 0 0 0 3 1 0 0 0 3 2 4 67 5 0 2 2 0.92 1.13 51 P -1 0 -2 -1 -4 -1 -1 -3 -1 -3 -3 -2 -4 -5 7 -1 0 -5 -4 -4 5 4 1 3 0 3 3 2 2 1 3 1 0 0 61 3 6 0 0 1 1.36 1.07 52 H -1 0 6 0 -4 1 -2 -1 2 -3 -3 0 -3 -1 -4 -2 -1 -4 0 -2 5 4 48 3 0 7 1 4 4 2 2 5 0 2 0 1 3 0 3 3 0.74 1.09 53 A 6 -4 -4 -3 -3 -3 -3 1 -4 -2 -3 -2 -3 -1 -3 1 -1 -5 -4 -1 66 0 0 1 0 0 0 11 0 2 1 2 0 2 0 7 3 0 0 4 0.91 1.15 54 R -2 5 -2 -2 -5 2 -2 -3 3 -2 -1 4 -3 -5 -2 -2 -3 -5 -4 -4 2 34 1 2 0 9 0 2 9 2 8 29 0 0 2 1 0 0 0 0 0.82 1.16 55 D -1 3 0 -1 -5 1 -1 -3 -2 -3 -2 5 2 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -4 4 18 4 3 0 4 3 1 0 1 4 47 5 0 0 3 1 0 0 0 0.80 1.16 56 T 0 -5 -3 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 0 -4 1 -2 -5 -3 2 -5 -4 5 6 0 1 0 0 0 0 0 0 22 8 0 2 1 0 0 14 0 0 46 0.85 1.14 57 L 3 -4 -5 -5 1 -4 -4 -3 -4 1 3 -4 0 3 0 0 -2 -4 -2 1 23 0 0 0 2 0 0 1 0 6 32 0 2 14 4 6 2 0 1 7 0.50 1.13 58 T 3 0 1 0 -4 0 1 -2 -2 -3 -4 3 -4 -5 -4 1 2 -5 -4 -2 23 5 6 6 0 4 8 2 1 1 1 18 0 0 0 9 15 0 0 2 0.40 1.14 59 S 4 -3 -2 -2 0 -2 -3 -3 -2 -1 -3 -2 -3 -2 -4 2 2 -5 0 -1 43 1 1 2 2 1 1 0 1 3 2 2 0 1 0 19 14 0 4 5 0.59 1.14 60 C -3 -6 -5 -6 11 -6 -6 -5 -6 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.22 1.14 61 G -1 1 3 -2 -5 -1 -3 6 1 -6 -6 2 -5 -6 -4 -2 -3 -5 -5 -5 2 6 13 2 0 3 0 55 3 0 0 14 0 0 0 1 0 0 0 0 1.04 1.14 62 L -3 -5 -5 -5 1 -5 -5 -6 -5 5 2 -5 1 -2 -5 -1 -1 -5 -4 4 1 0 0 0 3 0 0 0 0 34 14 0 3 1 0 5 3 0 0 37 0.90 1.13 63 A 1 0 -4 -4 -5 -1 -3 -3 -1 -4 -4 -2 -4 -6 7 -1 -1 -6 -5 -3 13 5 0 0 0 2 1 1 2 1 1 1 0 0 66 3 4 0 0 1 1.59 1.10 64 V -3 -2 -5 -3 -4 -2 -4 -5 -2 3 0 -2 0 5 -4 -3 -2 0 5 2 2 2 0 2 0 1 0 0 1 17 7 2 2 22 1 1 2 1 24 14 0.72 1.10 65 P -3 -4 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -1 -5 -4 -3 -1 -6 8 -2 -2 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 2 0 91 2 1 0 0 0 2.52 1.09 66 H -2 3 2 -1 -4 0 -2 -4 1 -1 -4 3 -2 -5 -4 2 3 -5 -4 -1 0 15 10 2 0 4 0 0 3 3 0 20 1 0 0 18 19 0 0 5 0.51 1.08 67 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.13 1.05 K Lambda Standard Ungapped 0.1327 0.3228 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1816 0.3185 PSI Gapped 0.0556 0.2670