Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -1 -3 0 -2 -3 -2 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 1 -2 -4 -4 -4 0 0 3 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 1.20 0.30 2 T -1 -3 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -2 0 7 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 1.24 0.51 3 P -1 -3 -2 1 -3 -3 -2 -3 -4 1 -2 -3 -2 -3 4 2 -1 -5 -3 4 0 0 0 9 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 18 25 0 0 0 43 0.54 0.51 4 D -3 -3 4 7 -5 -2 0 -2 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 23 75 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.33 0.51 5 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 7 0 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.31 0.57 6 I 3 -3 -3 -4 -2 -3 -3 0 -4 2 -1 -3 -2 -3 -3 2 -1 -4 -3 4 27 0 0 0 0 0 0 7 0 10 2 0 0 0 0 17 0 0 0 36 0.46 0.57 7 V -1 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 1 1 -4 -1 -2 -4 -3 0 -4 -3 6 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 3 0 0 87 0.98 0.57 8 N -3 1 3 0 -4 -2 -2 -3 4 -4 -4 1 -3 0 -4 0 -2 -1 6 -4 0 10 19 5 0 0 0 0 10 0 0 9 0 0 0 5 0 0 41 0 0.77 0.57 9 A 3 -4 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -4 0 -2 -3 -2 -3 3 -2 1 -5 -3 4 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 8 0 0 44 0.64 0.57 10 Q -2 4 -1 -3 -3 2 0 -4 -3 1 -2 -1 1 -3 -3 0 3 -4 -3 1 0 25 2 0 0 10 4 0 0 12 0 0 5 0 0 5 27 0 0 10 0.41 0.57 11 I -1 -4 -4 -5 -3 -1 -4 -5 0 2 4 -4 1 3 0 -3 -3 -3 -1 2 4 0 0 0 0 3 0 0 3 10 44 0 3 15 4 0 0 0 0 15 0.52 0.57 12 N 2 -3 2 5 -4 -2 2 -3 -3 -3 0 -2 -3 -4 -3 -1 1 -5 -4 -1 20 0 10 34 0 0 12 0 0 0 10 0 0 0 0 0 8 0 0 6 0.48 0.57 13 S -2 1 -1 5 -4 0 0 -3 -2 -4 -4 4 -3 -5 -3 1 -2 -5 -4 -2 0 5 0 44 0 2 0 0 0 0 0 32 0 0 0 14 0 0 0 3 0.78 0.57 14 E -2 -2 1 4 -4 0 4 -3 -2 -4 -4 1 -3 -4 -2 -1 0 -4 -1 -3 1 0 7 30 0 0 38 1 0 0 1 8 0 0 0 3 6 0 3 0 0.70 0.53 15 D -2 -2 2 6 -4 -1 1 0 -2 -4 -4 2 -4 -4 0 -1 -2 -4 -4 -4 1 0 12 52 0 0 6 8 0 0 1 14 0 0 3 1 0 0 0 0 0.81 0.53 16 E -2 2 0 1 -3 1 3 0 -2 -1 -3 3 -2 -3 -2 -1 -2 -3 -1 0 1 12 4 6 0 4 27 7 0 3 1 19 0 1 1 1 1 0 3 8 0.34 0.49 17 N -2 -2 6 3 -4 -1 -1 -2 1 -4 -4 1 0 -4 -3 0 2 -4 -3 -3 1 0 47 16 0 0 0 1 3 0 1 10 3 0 0 2 14 0 0 0 0.72 0.53 18 V -2 1 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -4 3 1 -3 -1 -2 -3 -3 0 -4 -3 5 1 8 0 0 0 0 0 1 0 18 9 0 0 0 0 1 6 0 0 54 0.60 0.53 19 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 5 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.57 20 D -1 -2 1 3 -3 -1 3 -2 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 4 1 -5 -4 -4 0 0 4 17 0 0 19 0 0 0 0 6 0 0 0 47 8 0 0 0 0.65 0.57 21 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -1 0 -5 -1 8 -5 -4 -4 -1 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 94 0 0 0 0 0 0 1.67 0.59 22 I 0 -3 -3 -3 -3 -2 1 -2 -4 5 -1 1 -1 1 -4 -3 0 -4 -3 1 6 0 0 0 0 0 12 4 0 50 0 12 0 6 0 0 5 0 0 6 0.45 0.59 23 I 2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 -1 -3 -1 -3 -4 -2 0 -4 -3 5 19 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 6 0 0 63 0.76 0.59 24 E -3 2 1 2 -5 4 4 -1 -2 -5 -4 2 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -4 -4 0 12 5 12 0 26 28 4 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0.70 0.59 25 D -3 -2 5 5 -5 -1 3 -3 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -5 0 0 29 43 0 0 22 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1.03 0.59 26 E -2 -2 -2 2 -5 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 5 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.44 0.59 27 Y -3 -3 -3 -4 3 0 -3 -4 5 -3 -3 -3 -3 1 -4 -3 -1 0 8 -3 0 0 0 0 7 6 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 5 0 63 0 1.27 0.59 28 Y -3 2 1 -3 3 -1 -2 -4 8 -4 -4 -2 -3 1 -4 -2 -3 -3 3 -4 0 16 5 0 9 0 0 0 55 0 0 0 0 6 0 0 0 0 9 0 1.15 0.59 29 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.59 30 K -2 0 -2 -3 -4 4 -1 -3 -2 -3 -2 6 5 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 57 24 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.59 31 K -2 3 -2 -2 -5 1 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 16 0 0 0 5 0 0 0 0 0 79 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.59 32 R -2 1 -2 -3 -2 1 -2 -3 -2 0 4 -2 0 -1 -2 -2 -2 -2 -2 1 2 10 1 1 0 8 2 2 1 1 56 1 1 1 1 2 1 0 1 8 0.43 0.45 33 G 4 -2 -2 -2 -2 -2 -2 3 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -1 1 1 -3 -2 -2 37 1 1 1 0 1 2 28 1 1 2 1 1 1 3 7 9 0 1 2 0.45 0.45 34 V -1 -2 -3 -3 2 -2 -2 -3 -3 3 -1 0 -1 -2 -2 -2 -1 -3 -2 4 2 1 1 1 6 1 2 2 1 21 2 8 1 1 1 2 1 0 1 45 0.46 0.45 35 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.78 0.59 36 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 0 -2 -4 -3 -2 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.59 37 H -3 -3 -2 -4 -4 -2 -3 -4 8 -4 -3 -3 -3 0 -4 -3 -3 0 7 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 0 1.60 0.59 38 I 2 1 2 3 0 -2 0 -3 2 -1 -4 0 -3 -4 -3 2 -1 -5 -3 -1 18 6 12 18 2 0 6 0 5 5 0 5 0 0 0 15 2 0 0 5 0.31 0.59 39 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 3 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 34 0 0 0 0 0 0 0 0 40 0.82 0.59 40 K -2 3 5 -1 -4 1 -1 -3 3 -4 -4 3 -3 -4 -3 0 1 -5 -3 -4 0 16 35 0 0 5 0 0 8 0 0 21 0 0 0 7 8 0 0 0 0.68 0.59 41 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 0 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 1.03 0.59 42 A 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -4 3 4 -4 2 -2 -4 -3 0 -4 -3 2 9 0 0 0 0 0 0 0 0 17 46 0 4 0 0 0 7 0 0 17 0.60 0.59 43 S 0 -3 1 5 -4 -1 3 -3 0 -4 -4 -2 -4 -5 3 1 -2 -5 -4 -2 9 0 7 37 0 0 17 0 2 0 0 0 0 0 13 13 0 0 0 3 0.67 0.59 44 S -1 -2 1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 5 4 -4 -3 -3 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 37 0 0 0 0.88 0.59 45 P -1 0 0 2 -4 4 2 -3 1 -5 -4 0 -3 -5 5 0 -2 -5 -4 -4 3 4 5 10 0 25 12 0 3 0 0 3 0 0 30 6 0 0 0 0 0.76 0.59 46 Q -3 -1 -2 -2 -4 3 3 -4 2 -2 3 2 -1 -3 -3 -2 -3 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 16 24 0 7 0 37 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0.52 0.59 47 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 2 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 88 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.59 48 R -1 0 3 4 -4 0 3 -1 -2 -5 -5 1 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 4 5 19 31 0 3 17 2 0 0 0 10 0 0 0 11 0 0 0 0 0.64 0.59 49 L 2 0 2 1 -3 -2 -2 -1 4 -1 0 0 -2 -3 1 0 -1 -4 -2 -2 25 4 11 8 0 0 0 3 12 3 12 4 0 0 8 6 2 0 0 0 0.24 0.55 50 L -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 6 -4 2 -1 -4 -4 -2 -3 -2 -1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 91 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1.02 0.55 51 Y 0 -2 1 -2 -3 -1 -1 -2 7 1 -2 0 0 -2 -2 0 -2 1 3 -2 8 0 5 0 0 0 2 3 40 9 3 6 2 0 2 7 0 2 9 0 0.60 0.55 52 K -3 1 4 3 -4 2 2 -3 -1 -4 -3 2 -3 -3 -3 -1 -2 -3 1 -4 1 7 25 20 0 11 12 1 0 0 2 12 0 0 0 0 0 0 7 0 0.54 0.55 53 N -1 2 3 -2 -4 -2 -2 2 3 -1 -4 0 -3 -3 -3 1 0 -4 2 -3 3 15 19 0 0 0 0 20 8 5 0 6 0 0 0 9 6 0 8 0 0.38 0.59 54 A 2 0 -1 0 -4 3 -2 0 4 -4 -4 0 -3 -3 4 0 -2 -4 1 -1 17 4 2 6 0 14 0 7 11 0 0 5 0 0 19 6 0 0 5 5 0.39 0.59 55 Y -3 -3 -3 -4 7 -2 -3 -3 6 -3 -3 -2 -3 0 -4 -2 0 -1 6 -3 0 0 0 0 26 0 0 1 24 0 0 3 0 0 0 2 7 0 37 0 1.10 0.59 56 S 1 -2 3 -2 1 -2 -2 -3 4 -2 -1 1 -2 -3 -3 3 1 -4 0 -2 11 0 16 0 4 0 0 0 14 3 7 8 0 0 0 28 6 0 2 2 0.37 0.59 57 T -1 -3 -2 -3 -3 -2 1 -4 -3 2 -1 0 -2 -3 0 -1 5 -4 -3 2 2 0 0 0 0 0 9 0 0 17 3 6 0 0 5 0 45 0 0 14 0.51 0.59 58 V -2 -4 -5 -5 -3 0 -4 -5 -4 5 0 -4 -1 1 -4 -3 -2 -4 -2 5 0 0 0 0 0 5 0 0 0 43 0 0 0 6 0 0 0 0 0 46 0.85 0.59 59 S 2 -3 -2 -3 -3 -2 0 0 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -3 3 3 -4 -3 2 20 0 0 0 0 0 7 6 0 0 0 0 0 0 0 27 21 0 0 19 0.43 0.59 60 C -2 -4 0 -4 10 -4 -4 -1 -4 -2 0 -4 -2 0 -4 0 -2 -4 -3 -2 0 0 6 0 65 0 0 6 0 0 12 0 0 5 0 7 0 0 0 0 1.39 0.59 61 G 0 -3 1 -2 -4 -3 -3 6 -3 -5 -4 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 7 0 6 0 0 0 0 82 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.31 0.55 62 N -3 -2 5 6 -4 -1 1 -2 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -3 -1 0 -4 -1 -4 1 0 30 49 0 0 9 0 0 0 1 0 0 0 0 0 4 0 3 0 0.97 0.55 63 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 0 -2 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 1 8 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 17 0 0 0 0 77 0 1.54 0.55 64 G -1 -3 1 -3 -3 -3 -3 0 -4 0 1 -3 -1 -3 -3 -1 4 -4 -3 3 4 0 9 0 0 0 0 7 0 0 17 0 0 0 0 2 29 0 0 32 0.43 0.59 65 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 1 -4 -1 2 -4 -4 -2 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 6 0 0 12 0 0 0 0 0 50 0.84 0.59 66 L 0 -3 -3 0 4 -3 0 -4 4 1 2 -3 -1 -3 -4 -3 0 -4 -2 3 6 0 0 6 10 0 7 0 12 8 19 0 0 0 0 0 4 0 0 28 0.38 0.59 67 C -3 -3 -3 -4 6 -3 -3 -4 6 -3 -3 -3 -3 3 -4 -3 -3 -1 7 -1 0 0 0 0 18 0 0 0 25 0 0 0 0 10 0 0 0 0 41 6 1.14 0.59 68 N -3 -2 8 0 -4 -1 -2 -2 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.68 0.59 69 L -1 -3 -4 -4 3 -3 -3 -4 -2 1 3 -3 0 4 -3 -3 -2 -1 3 -1 6 1 1 1 7 1 1 1 0 5 38 1 0 23 1 1 1 0 12 1 0.54 0.52 70 V -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 1 1 -3 1 -2 -3 1 3 -3 1 4 1 1 1 1 0 1 1 1 0 3 14 1 3 1 1 10 18 0 7 37 0.37 0.51 71 Q -1 -1 -1 3 -3 3 4 -2 1 -4 -3 1 -3 -4 -2 2 -2 -3 -3 -3 4 1 1 15 0 12 36 1 4 1 1 6 0 0 1 15 1 0 0 1 0.55 0.52 72 N 0 1 5 0 -3 0 -2 1 -1 -3 -2 -1 0 -3 -3 2 -1 -4 -3 -3 9 10 38 2 0 4 1 10 0 1 3 1 3 0 1 16 1 0 0 1 0.50 0.53 73 G -1 -2 2 4 -4 -2 1 2 0 -4 -4 -1 -1 -4 -1 2 -1 -4 -4 -3 2 0 11 24 0 0 10 18 2 0 0 2 2 0 2 22 2 0 0 2 0.46 0.56 74 E -1 3 3 1 0 -1 3 -3 2 -4 -2 0 -3 -4 -3 1 -1 -4 -1 -3 3 15 18 7 2 0 22 0 6 0 4 3 0 0 0 14 3 0 2 0 0.39 0.56 75 Y -2 3 4 -2 0 -1 -2 1 -1 -3 -2 0 -2 3 -3 -1 -1 -2 3 -3 2 21 21 1 2 1 1 10 0 1 2 4 0 12 1 1 3 0 14 1 0.38 0.47 76 D 2 -1 0 2 -3 1 0 4 -2 -4 -4 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 16 2 4 13 0 5 4 36 0 0 1 12 0 0 0 3 0 0 0 0 0.51 0.55 77 L 1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -2 -4 4 3 -4 2 -2 -4 -3 -2 -4 -3 2 15 0 0 0 0 0 0 3 0 33 29 0 5 0 0 0 0 0 0 15 0.56 0.59 78 N -2 0 6 -1 -4 4 0 -2 -1 -4 -4 0 -3 -5 -3 2 1 -5 -3 -4 0 2 42 0 0 24 4 0 0 0 0 5 0 0 0 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