Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -2 2 -2 -2 -5 2 2 -3 -2 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 9 0 0 0 9 11 0 0 0 0 71 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.60 2 A 0 2 -2 -3 -4 0 1 1 -3 0 -3 5 -3 -4 -3 -2 -2 -5 -4 -1 10 11 0 0 0 2 11 11 0 8 0 44 0 0 0 1 0 0 0 3 0.54 0.69 3 I -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -5 5 0 -2 2 -3 -4 -3 2 -5 -3 4 0 1 0 0 0 1 0 0 0 32 4 3 5 0 0 0 16 0 0 37 0.74 0.81 4 P 2 0 -3 -2 -4 1 -1 -3 -1 -1 -3 0 -3 -5 6 0 -2 -5 -4 -3 16 5 0 2 0 7 3 0 2 4 1 7 0 0 48 5 1 0 0 0 0.99 0.79 5 K -2 2 5 3 0 -1 -1 -2 0 -2 -3 2 -3 -3 0 -1 -2 -5 -4 -2 2 10 33 15 3 2 2 1 2 3 1 14 0 1 4 2 1 0 0 4 0.51 0.80 6 D -1 -1 2 5 -5 1 3 -2 -1 -4 -5 1 -4 -5 -3 1 -1 -5 -2 -4 3 2 8 33 0 6 18 2 1 0 0 8 0 0 0 13 2 0 1 0 0.63 0.80 7 Q -3 1 0 1 -5 4 3 -4 -1 0 -2 3 -3 -4 -1 -1 -2 -5 -4 -2 0 4 4 7 0 26 21 0 1 6 3 20 0 1 2 2 1 0 0 2 0.55 0.79 8 R -3 7 -1 -3 -5 -1 -1 -4 1 -3 -2 2 -3 -4 -4 -1 -1 -4 -3 -4 0 72 2 0 0 0 2 0 3 2 4 8 0 0 0 4 3 0 0 0 1.17 0.77 9 A -2 0 -2 -3 -3 -2 -1 -4 -2 4 0 1 0 -1 -4 -1 3 -4 -2 1 1 5 2 0 0 1 5 0 1 33 5 10 2 2 0 3 21 0 1 8 0.39 0.77 10 T -1 -3 -1 -2 -3 -2 -3 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 2 6 -4 -1 -2 1 0 1 1 0 0 0 8 0 0 0 1 0 0 1 11 71 0 3 1 0.98 0.77 11 T -1 -2 -1 0 -3 -1 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 2 3 5 -4 0 -2 2 2 1 5 0 2 0 2 0 1 3 1 1 1 10 24 41 0 3 2 0.57 0.78 12 P -1 2 0 -3 -4 1 -1 -3 -3 -3 -3 1 -3 -5 7 0 -3 -5 -4 -3 3 11 4 0 0 6 2 1 0 2 3 10 0 0 52 7 0 0 0 1 1.12 0.75 13 Y -3 3 -3 -4 -4 -1 -3 -4 1 -1 -2 -1 -2 2 -5 -3 -2 3 7 0 0 17 1 1 0 1 1 1 3 4 2 3 1 6 0 0 1 3 51 6 0.95 0.75 14 M -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -3 1 4 -4 7 0 -5 -4 -3 -3 2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 43 0 38 2 0 0 0 0 8 0 0.97 0.72 15 T -2 -3 0 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -2 -3 -4 -3 1 7 -5 -4 -2 0 0 4 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 7 87 0 0 0 1.27 0.74 16 K -2 3 -2 -2 -4 -1 0 -3 -2 -2 -3 6 -3 -4 -3 -1 -1 0 -1 -3 1 17 0 1 0 0 5 1 0 2 2 61 0 0 0 2 3 1 2 1 0.89 0.72 17 Y -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -1 -2 -2 -3 -2 5 -4 -3 -3 0 8 -2 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 27 1 1 1 0 59 1 1.38 0.67 18 E -1 -2 -2 0 -4 0 7 -3 -2 -3 -2 -1 -3 -4 -2 -2 -2 -4 -3 -3 3 1 1 1 0 1 80 1 0 1 5 1 0 1 1 1 1 0 0 1 1.15 0.67 19 R -1 5 -2 -2 -2 0 0 -3 0 0 0 4 1 -2 -3 -2 -2 -3 -3 0 3 30 1 1 1 2 6 1 2 5 8 26 4 2 1 1 2 0 0 6 0.46 0.67 20 A 5 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -2 1 1 -3 -3 0 67 1 1 2 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 6 8 0 0 7 0.73 0.67 21 R -3 7 -2 -3 -4 -1 -2 -3 1 -1 -3 2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -1 -2 1 70 1 1 0 1 1 1 3 5 1 7 0 1 1 1 1 0 2 2 1.09 0.67 22 I -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 6 2 -2 0 -2 -3 -3 -2 -3 -3 3 1 1 1 1 0 1 1 1 0 48 17 2 2 1 1 1 1 0 0 20 0.73 0.67 23 L -1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 4 3 -4 1 3 -4 -3 -1 -3 -2 1 6 1 1 1 0 1 1 1 0 29 29 1 2 15 1 1 3 0 0 10 0.58 0.78 24 G 0 0 -2 -3 -4 -3 -3 6 3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -3 -4 5 5 1 1 0 1 1 71 7 1 1 1 0 0 1 4 1 0 0 1 1.17 0.78 25 T 2 -3 -2 0 -3 -2 0 1 -3 1 -1 -2 -1 -3 -3 -1 4 -4 -3 0 20 1 1 5 0 1 6 9 0 10 4 1 2 0 1 3 31 0 0 7 0.35 0.78 26 R -3 7 -3 -3 0 -1 -2 -4 -2 0 -3 0 -2 1 -3 -3 -3 4 -2 -1 1 62 1 1 2 1 1 1 0 7 1 1 0 8 1 1 1 5 0 6 0.96 0.78 27 A 5 -2 -3 -3 -2 -2 0 -1 -3 1 -2 -2 -2 -3 -3 1 -1 -4 -3 -1 61 2 0 0 0 0 5 2 0 8 2 1 0 0 0 10 3 0 0 3 0.67 0.81 28 L -2 1 -1 -3 -3 1 -3 -4 -3 -1 3 -1 1 0 -3 -2 0 5 0 -1 3 10 3 1 0 7 1 1 0 3 34 3 3 3 1 3 5 9 3 3 0.33 0.88 29 Q -2 -1 -2 -2 -4 7 1 -3 -2 -4 -4 -1 -2 -4 -3 2 1 -4 -3 -3 1 1 1 1 0 58 8 1 0 1 1 1 0 0 1 15 9 0 0 1 1.01 0.88 30 I 1 -4 -4 -4 4 -3 -4 -4 -4 4 3 -3 -1 0 -3 -3 0 -3 -3 0 15 1 1 1 9 1 1 1 0 22 26 1 0 5 1 1 5 0 0 5 0.41 0.88 31 S 1 -2 4 -1 -4 -1 -3 -2 -3 -4 -4 -3 0 -1 -4 4 -1 -4 3 0 10 2 18 2 0 2 0 2 0 0 0 0 2 2 0 39 2 0 10 7 0.57 1.06 32 M -2 -1 2 1 3 0 -2 -2 0 0 -1 -1 5 1 -4 0 -1 -4 1 0 3 2 9 8 7 4 2 2 2 6 5 3 19 7 0 8 3 0 5 6 0.30 1.16 33 N -1 -3 5 2 2 -3 0 4 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 1 -3 -5 -4 -4 5 0 26 9 5 0 5 35 0 0 1 1 0 0 0 10 1 0 0 1 0.79 1.15 34 A 1 -2 2 -2 -3 -2 1 1 -3 1 -3 1 -3 -4 -3 1 1 -4 -3 1 11 1 10 1 0 0 11 11 0 11 1 11 0 0 1 11 11 0 0 11 0.24 0.90 35 P 1 -1 -1 -1 -4 -1 -1 -4 -3 -4 -2 -1 -4 -1 6 1 1 -4 1 -2 11 3 3 3 0 3 3 1 0 0 3 3 0 3 38 12 7 0 4 3 0.70 1.19 36 V 0 0 -3 -4 1 -3 -3 -4 3 1 -1 -3 0 -1 4 1 0 -4 -3 2 8 7 0 0 3 0 1 1 7 8 5 0 3 3 23 9 7 0 0 13 0.44 1.19 37 F -3 -4 -3 -5 2 -2 -4 -5 -2 0 4 -2 5 2 -1 -4 1 -4 -1 0 2 0 1 0 4 1 0 0 1 3 35 3 15 9 3 0 9 0 2 5 0.56 1.48 38 V -3 -5 -2 -2 1 -5 -5 -2 -5 5 0 -5 0 -1 -2 -4 -2 -5 -4 5 2 0 2 2 3 0 0 3 0 27 7 0 1 2 2 0 2 0 0 40 0.77 1.48 39 D -3 -2 0 5 -5 0 3 -3 1 -3 -5 2 -2 -5 2 -1 -3 2 -4 -5 2 1 3 28 0 4 20 2 3 2 1 11 1 0 8 5 1 3 0 0 0.60 1.46 40 L -2 0 -1 -2 -4 -3 -2 -3 -4 2 3 -2 -1 -2 0 0 1 -4 -1 1 2 7 3 2 0 1 2 2 0 12 25 2 1 2 5 7 10 0 2 10 0.21 1.42 41 E -2 -1 -1 1 -5 1 4 -1 -3 -5 -4 0 -4 -5 2 2 1 -5 -2 -2 2 2 3 7 0 6 24 4 0 0 2 6 0 0 10 17 7 0 1 3 0.40 1.46 42 G -2 -2 2 1 0 -2 0 4 -4 -4 -1 2 -4 -5 0 0 -1 -5 -3 -4 2 1 8 8 2 1 5 30 0 0 6 14 0 0 5 5 4 0 1 1 0.40 1.43 43 E -1 -1 -1 1 -1 0 4 -2 0 -1 -1 -1 0 -4 -4 1 1 -5 0 -3 6 3 3 8 1 3 26 3 2 4 6 3 3 0 0 10 10 0 3 1 0.25 1.49 44 T -2 -3 -2 0 -4 -2 -1 -3 -2 2 0 -1 0 -3 -4 1 4 -5 -2 2 2 1 1 5 0 1 3 1 1 11 10 4 2 1 0 11 27 0 1 12 0.32 1.52 45 D -4 -2 1 7 -5 -2 0 -4 1 -5 -6 -2 -5 -5 -3 1 -1 -6 -3 -5 0 1 5 60 0 1 4 0 4 0 0 1 0 0 1 11 4 0 1 0 1.20 1.52 46 P -1 -4 -2 -2 -2 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -2 -4 -5 8 1 -2 -5 -5 -3 5 0 2 2 1 0 0 2 0 1 1 2 0 0 65 9 2 0 0 2 1.56 1.49 47 L -2 -5 -2 -6 -4 -5 -6 -6 -2 4 4 -5 0 0 -6 -5 -4 -5 -2 3 2 0 2 0 0 0 0 0 1 23 42 0 1 3 0 0 0 0 1 18 0.84 1.54 48 R -2 -2 -1 3 -5 2 3 -4 -1 -2 0 2 2 -2 -5 -1 -2 -5 0 -2 3 1 2 19 0 8 16 1 1 2 9 11 6 2 0 5 2 0 4 3 0.29 1.52 49 I -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 0 -6 3 -3 -6 -5 -4 -5 -4 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 68 7 0 7 0 0 0 0 0 0 11 1.40 1.54 50 A 6 -4 -3 -4 -1 -4 -3 -3 -4 -1 -4 -4 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -2 79 0 1 0 1 0 1 0 0 3 0 0 0 0 0 3 1 0 0 2 1.25 1.50 51 M -1 0 -2 -2 -2 -1 3 -4 -4 2 0 2 4 -2 -5 -3 -2 -3 0 -2 6 5 1 2 1 2 17 1 0 10 10 15 12 2 0 1 1 0 4 2 0.29 1.50 52 K -2 1 -2 -2 -5 0 4 -4 -1 0 0 4 2 -3 -4 -3 -3 -5 1 -1 2 7 1 1 0 3 25 1 2 5 8 22 5 1 0 0 1 0 5 4 0.42 1.50 53 E -4 -3 -3 1 -6 -1 7 -5 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -5 -5 0 0 0 5 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.66 1.41 54 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 0 5 -5 1 4 -6 -5 -4 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 58 0 2 14 0 0 0 0 8 7 0.99 1.43 55 A -1 2 0 1 -5 -1 3 -4 -2 -2 0 3 -3 -2 -4 -2 -2 -5 -1 -2 6 11 5 8 0 2 18 0 1 2 11 20 0 1 0 2 1 0 2 2 0.30 1.43 56 E 2 1 2 -2 -5 4 2 -4 -1 -4 -2 2 -2 -4 -4 -2 -2 -5 -4 -4 16 6 12 1 0 21 15 0 1 0 4 11 1 0 0 2 1 0 0 1 0.46 1.39 57 K -3 3 2 -1 -6 -2 -2 4 -2 -6 -6 4 -5 -6 -5 -3 -3 -6 -5 -6 0 16 8 4 0 1 2 35 1 0 0 26 0 0 0 0 1 0 0 0 0.81 1.39 58 K -1 2 -1 -4 -5 -2 -1 -5 -4 0 -1 5 2 -5 -5 -2 -2 -6 -4 3 5 12 3 0 0 1 4 0 0 6 7 34 4 0 0 2 2 0 0 20 0.59 1.38 59 I -4 -5 -4 -6 -4 -5 -6 -4 -6 6 3 -5 1 -2 -6 -5 0 -5 -4 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 56 24 0 3 1 0 0 7 0 0 8 1.14 1.33 60 P -4 -2 -3 0 -6 -4 -3 -5 -2 -6 -6 -4 -5 -7 9 -2 -4 -7 -6 -5 0 2 1 5 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 88 2 0 0 0 0 2.48 1.33 61 L -4 -5 -6 -6 0 -5 -6 -6 -5 5 4 -5 4 5 -6 -5 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 31 33 0 10 21 0 0 0 0 0 3 1.06 1.29 62 V -3 -3 -4 -1 -1 -3 -4 -3 -5 4 -1 0 -1 -4 -5 0 4 -5 -3 3 1 1 0 3 1 1 0 2 0 30 4 5 1 0 0 6 27 0 0 18 0.64 1.25 63 I -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 0 -5 -2 -3 -2 -5 -3 -6 -4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 3 0 0 0 2 0 0 0 0 51 1.37 1.25 64 R -4 7 -2 -4 -6 0 -3 -3 -2 -1 -3 3 -1 -5 -5 -2 -3 -3 -3 1 0 57 1 0 0 2 0 2 1 3 1 18 1 0 0 2 1 0 1 9 1.11 1.25 65 R -4 8 -3 -4 -1 -1 -3 -5 -3 -6 -5 2 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -4 -5 0 92 0 0 2 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 2.01 1.22 66 Y -4 2 -2 -4 0 -2 -1 -5 1 0 -4 -1 -3 1 2 -2 1 0 6 -1 0 14 1 0 2 1 5 0 3 6 0 3 0 4 11 3 8 1 32 5 0.63 1.17 67 L -4 -3 -4 -5 -2 -4 -3 -4 -3 1 5 -4 4 2 -5 -4 -1 5 0 -2 0 1 1 0 1 0 2 1 0 6 52 1 12 8 0 0 4 7 3 0 0.84 1.13 68 P -2 -1 -3 -4 -5 -2 -2 -4 -4 -4 -5 -3 -4 -3 8 -2 -3 -5 -5 -4 2 4 1 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 1 83 2 0 0 0 0 2.19 1.10 69 D -3 -2 5 6 -6 -3 0 1 -2 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -4 -5 1 2 25 54 0 0 4 9 1 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.27 1.13 70 G -2 -3 1 -1 -5 -3 -2 7 -1 -6 -6 0 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -6 1 1 8 3 0 1 2 76 2 0 0 6 0 0 0 1 0 0 0 0 1.46 1.14 71 S -1 1 -1 -1 -2 -1 0 -2 -3 -5 -3 2 -3 -3 -4 4 1 1 -1 -3 3 7 1 3 1 2 6 2 0 0 2 16 0 1 0 41 10 2 2 1 0.55 1.15 72 F -3 -1 -4 -5 -2 -4 -3 -4 1 -1 -3 -2 -3 3 -5 -3 -1 0 8 1 1 3 0 0 1 0 2 1 2 3 0 3 0 11 0 1 5 1 53 13 1.16 1.15 73 E -3 -2 -3 -1 -6 3 7 -5 -3 -2 -5 -2 -2 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -1 0 0 0 1 0 12 77 0 0 3 0 0 1 0 0 0 1 0 0 4 1.41 1.11 74 D -3 -1 1 6 -5 -3 0 -4 -1 0 0 -2 -4 -4 -3 -2 -2 -5 0 -2 1 3 6 56 0 0 3 0 1 7 9 2 0 0 1 1 2 0 4 3 0.91 1.13 75 W -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 4 -1 -5 -2 -1 -6 -5 -4 11 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 3 0 0 1 0 0 0 51 3 12 2.03 1.12 76 S -1 2 0 -1 -3 -2 -1 0 -3 -5 -4 1 -4 -3 5 2 0 -6 -5 -4 4 13 4 4 0 1 2 8 0 0 2 9 0 1 30 15 7 0 0 0 0.62 1.12 77 V -3 -5 -6 -6 3 -2 -5 -6 -5 4 3 -5 -1 -1 -2 -4 -3 -5 -4 4 0 0 0 0 7 2 0 0 0 23 31 0 0 2 2 0 0 0 0 33 0.88 1.12 78 E -3 0 2 4 -1 2 2 -2 -3 -5 -5 3 -3 -6 -4 1 -2 0 -5 -5 1 4 11 27 1 8 11 3 0 0 0 20 1 0 0 11 1 2 0 0 0.65 1.12 79 E 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