Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -4 1 0 -4 10 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 93 0 0 0 0 0 0 0 2.14 1.06 2 I -4 -5 -6 -6 -4 -3 -5 -6 -5 7 1 -5 6 -1 -5 -5 -2 -5 -4 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 62 12 0 20 1 0 0 1 0 0 3 1.32 1.18 3 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 0 -5 -1 1 -1 -3 -3 -5 -3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 76 6 0 1 5 3 2 1 0 0 7 1.36 1.20 4 P -3 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -3 9 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 2 96 0 0 0 0 0 2.78 1.23 5 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 4 -1 -5 1 -3 -5 -4 -2 -5 -4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 2 0 2 0 0 0 2 0 0 68 1.40 1.27 6 R -4 8 -3 -4 2 -2 -3 -4 1 -5 -4 0 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 85 0 0 5 0 0 0 3 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.80 1.23 7 C -3 -5 -5 -5 11 -5 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 3.01 1.23 8 F -4 -5 -5 -6 1 -5 -5 -5 -4 -1 -1 -5 -3 9 -6 -4 -4 1 2 -2 0 0 0 0 3 0 0 0 0 2 2 0 0 81 0 1 0 2 5 1 1.96 1.33 9 S -2 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -1 -4 -3 0 -5 -4 4 6 -5 -4 -3 1 0 0 0 0 0 1 0 0 3 0 0 3 0 0 29 61 0 0 0 1.25 1.36 10 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -3 -5 -4 1 -5 -4 -4 -4 0 -3 0 0 0 0 87 0 0 0 0 0 2 0 0 6 0 0 0 0 4 0 2.83 1.36 11 G -3 -2 1 -4 -1 -4 -4 7 1 -6 -6 -4 -5 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -5 0 2 7 0 2 0 0 80 3 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.65 1.36 12 K -1 2 1 -2 -6 -1 -2 -4 -3 -5 -5 7 -2 -3 -4 -2 0 -6 -3 -5 4 8 7 1 0 1 1 1 0 0 0 65 1 1 0 2 6 0 1 0 1.18 1.51 13 V -3 -5 -6 -5 -4 -5 -1 -6 -6 3 0 -5 2 -1 2 -4 -2 -6 -4 6 1 0 0 0 0 0 4 0 0 12 6 0 4 2 11 0 1 0 0 58 1.05 1.51 14 V -2 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -6 6 1 -5 1 -1 -6 -5 -1 -5 -4 4 3 0 0 0 0 0 0 1 0 49 11 0 3 2 0 0 3 0 0 28 1.18 1.53 15 G 2 -3 -3 -2 -1 -4 -4 6 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -5 2 -3 -1 -5 -5 16 1 0 2 2 0 0 56 0 0 0 2 0 0 0 19 0 1 0 0 1.17 1.58 16 D -2 -3 5 4 -5 0 1 -2 4 -5 -6 -3 -5 -6 -2 2 -2 -6 -3 -5 2 1 27 27 0 3 7 2 12 1 0 1 0 0 2 14 2 0 1 1 0.90 1.58 17 K -2 -1 -3 0 -5 -2 -2 -5 2 -2 2 5 -1 -3 -2 -2 -3 -5 2 0 3 2 1 5 0 1 2 0 5 1 20 42 2 1 2 2 1 0 6 7 0.63 1.56 18 W -5 -3 -3 -6 0 -2 -4 -4 -1 -5 -3 -5 -4 1 -6 -5 -5 11 6 -5 0 1 1 0 2 2 1 1 1 0 1 0 0 5 0 0 0 58 24 0 2.56 1.58 19 E -3 -1 0 3 -6 0 6 -2 -2 -3 -4 -1 -5 -5 -2 -2 -2 -6 -1 -3 2 4 5 14 0 2 53 4 1 2 2 2 0 0 1 2 1 0 2 2 0.93 1.62 20 S 2 2 -2 -1 -5 0 4 -2 -1 -2 -3 2 -2 -3 1 -2 0 -5 -3 -2 19 11 1 3 0 4 25 3 1 2 3 10 1 1 6 2 5 0 1 2 0.39 1.59 21 Y -4 -5 -5 -5 1 -4 -5 -3 0 -4 -3 -5 -3 5 -5 -3 -3 2 8 -4 0 0 0 0 3 0 0 2 1 0 1 0 0 24 0 1 2 2 59 0 1.80 1.57 22 L -3 0 -3 -2 -1 1 -2 -5 -2 0 4 3 2 -2 -2 -2 -2 -5 -3 1 1 4 1 2 1 6 2 0 1 6 37 16 4 1 2 3 2 0 1 9 0.47 1.69 23 N 0 1 1 1 -5 1 3 1 -1 -3 -4 2 -4 -3 -4 -1 -1 -5 -1 -3 7 9 5 6 0 7 22 13 1 1 1 13 0 1 0 5 4 0 2 2 0.39 1.67 24 L -3 5 -5 -5 -1 -1 -1 -6 -4 -1 4 0 1 -1 -5 -3 -3 -5 0 -2 1 28 0 0 1 2 4 0 0 3 42 6 3 2 0 1 1 0 3 3 0.78 1.67 25 L -1 -2 -5 -6 2 -5 -3 -4 -5 3 4 -3 0 -2 -3 -3 -1 -5 -2 3 5 2 0 0 4 0 1 1 0 14 38 1 2 1 1 2 4 0 1 21 0.65 1.66 26 Q 0 2 1 1 -5 4 2 -3 0 -4 -2 2 -2 -5 -4 0 -1 -5 -4 -5 6 12 7 8 0 17 15 2 2 1 3 13 1 0 0 6 3 0 0 0 0.48 1.62 27 E 2 -1 1 2 -1 1 4 -1 -4 -2 -4 1 0 -5 -2 -1 0 -6 -5 -4 20 2 6 11 2 7 23 4 0 2 2 7 2 0 2 4 5 0 0 0 0.42 1.70 28 D -2 -1 1 2 -4 0 2 4 0 -1 -4 -1 -4 -5 0 -1 -1 -5 -4 0 3 3 7 12 0 5 12 28 2 4 1 4 0 0 4 5 4 0 0 6 0.40 1.59 29 E -2 0 -1 0 -4 1 4 1 1 -1 -4 2 -1 -4 -1 -1 0 -4 0 -1 3 6 3 4 0 6 27 9 3 5 2 11 2 1 3 3 5 0 4 5 0.32 1.48 30 L -2 -1 -1 -2 0 -1 1 -2 0 0 0 0 3 -1 0 -1 1 -3 4 0 3 3 3 2 2 3 9 3 2 4 11 6 9 3 4 4 10 0 13 6 0.19 1.58 31 D 0 1 1 1 -5 1 0 0 3 0 -4 0 2 1 1 0 0 -5 -4 -4 7 7 7 7 0 7 7 7 6 7 1 7 6 6 7 7 7 0 0 0 0.18 1.56 32 E -2 0 -3 1 -5 -1 4 0 -1 -2 -3 1 0 -5 4 -2 -2 -5 -2 -3 3 5 0 6 0 2 29 7 1 2 2 10 3 0 20 3 2 0 2 2 0.54 1.28 33 G 0 0 0 0 0 0 1 4 -3 -3 -4 0 -4 -4 0 0 -1 1 -4 -3 7 5 4 5 2 3 10 34 0 2 1 7 0 0 5 6 3 2 0 2 0.42 1.22 34 T 1 0 0 4 -4 2 2 -1 -3 -3 -2 2 -3 -4 -1 -1 1 -4 -4 -2 11 4 3 24 0 8 11 3 0 1 3 12 0 0 3 4 9 0 0 3 0.36 0.92 35 A 4 -1 -1 -3 -3 -3 -3 1 -3 0 -3 -3 -2 0 0 0 -1 -4 -3 2 38 4 4 1 0 0 1 9 0 7 1 1 0 4 5 7 4 0 0 14 0.39 0.93 36 L 2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 0 2 -2 4 3 -3 -2 -2 -2 -1 2 18 1 1 1 0 1 1 1 0 1 18 1 17 17 1 1 1 0 1 18 0.37 0.46 37 S -3 -3 2 7 -5 -1 0 -3 1 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 1 0 11 67 0 1 4 1 3 0 1 3 0 0 0 3 3 0 0 1 1.27 0.95 38 R 3 -1 -1 2 -4 0 3 -2 -2 -1 -4 1 -1 -3 -3 0 -1 -4 -4 -3 29 3 3 14 0 4 20 1 1 4 1 7 2 1 0 5 4 0 0 1 0.42 0.95 39 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 6 -4 1 0 -4 -4 -3 -3 -3 0 1 0 0 0 0 0 1 1 0 6 79 0 2 3 0 1 0 0 0 3 1.11 0.95 40 G -2 -2 1 1 -2 0 -2 6 0 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -3 -4 -4 -4 1 2 6 7 1 4 2 65 2 0 1 2 0 0 0 3 1 0 0 1 1.07 0.95 41 L -2 -1 -4 -4 1 -4 -4 -4 -4 2 5 -4 1 -1 -2 -4 -3 -3 -1 2 2 4 0 1 3 0 1 1 0 13 53 1 3 2 2 1 1 0 2 11 0.68 0.93 42 K -2 1 1 0 -4 0 2 -3 -1 -3 -4 5 -3 -4 -2 -1 1 -4 -2 -1 1 4 6 4 0 2 11 1 1 1 1 47 0 0 1 3 9 0 1 5 0.62 0.93 43 R -3 7 -3 -2 1 -1 -2 -4 2 -4 -3 2 -2 -4 -2 -3 -3 -4 2 -4 0 67 0 2 3 1 0 0 4 0 2 9 1 0 1 0 0 0 6 0 1.21 0.98 44 Y -3 -3 -1 -3 -4 -3 -3 -4 1 0 -2 -3 -1 2 -3 -2 -3 0 8 -2 2 0 3 1 0 0 1 1 2 5 3 1 2 4 2 3 1 0 69 1 1.40 0.94 45 C -2 -4 -4 -5 10 -4 -4 -4 0 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -2 0 -4 1 -3 1 0 0 0 79 0 0 1 2 0 1 0 0 0 0 3 5 0 5 0 2.20 0.95 46 C -2 -1 -4 -4 10 0 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 0 -3 -4 -1 -3 1 3 0 0 76 5 0 1 0 0 1 0 0 0 0 7 0 0 3 0 2.07 0.95 47 R -3 7 -2 -3 2 -1 -2 -2 0 -4 -2 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 0 -4 1 69 0 0 5 0 1 4 3 0 5 5 0 0 0 2 1 0 4 1 1.16 0.94 48 R -2 7 -3 -4 4 -1 -3 0 0 -4 -2 0 -3 -4 0 -2 -2 -1 -2 -4 2 60 0 0 11 2 0 7 2 0 3 1 0 0 5 1 2 1 1 0 1.03 0.98 49 M -3 -1 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -1 0 -3 9 -1 -2 -3 -1 3 -3 0 0 3 0 0 0 0 0 0 3 1 1 0 74 1 2 1 4 5 0 3 1.52 0.99 50 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 3 4 -4 4 3 -2 -4 -3 0 1 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 16 38 0 12 11 2 0 0 1 4 9 0.68 0.99 51 L -3 -2 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 5 -4 5 -1 -5 -4 -3 -4 -2 1 1 2 0 0 0 0 0 0 0 5 67 0 14 1 0 0 0 0 1 6 1.03 0.99 52 T 3 -3 -1 -3 -1 -3 -3 1 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 2 5 -4 -3 -3 28 0 3 0 1 0 0 10 0 0 2 0 0 0 0 18 36 0 1 0 0.70 0.99 53 H -2 -2 -1 -3 -5 2 -2 -4 9 -5 -3 -3 -3 -3 -1 -2 -1 -4 2 -4 3 0 2 0 0 8 0 0 69 0 2 0 0 0 3 3 3 0 5 0 1.65 0.98 54 V -1 0 -4 -5 -2 -3 -3 -5 -4 2 -2 -1 1 0 -4 -3 0 -4 -3 6 3 5 0 0 1 1 1 0 0 7 0 5 3 4 0 1 5 0 0 64 0.85 1.01 55 D -3 -3 0 7 -5 -1 2 1 -1 -5 -5 -1 -5 -5 -2 -2 -2 -5 -5 -3 1 0 4 61 0 1 10 10 2 0 0 4 0 0 1 1 1 0 0 2 1.14 1.01 56 L -3 -4 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -4 2 5 -4 1 0 -4 -3 -1 0 0 0 1 0 1 0 0 1 1 0 0 10 64 0 3 3 1 1 3 1 3 6 0.84 1.03 57 I -2 -5 -5 -5 -4 -2 -5 -5 -5 6 -1 -4 2 1 -2 -2 1 -1 -3 2 2 0 0 0 0 2 0 1 0 60 2 0 4 5 2 2 11 1 0 10 0.95 1.07 58 E -3 -1 -2 4 -6 1 5 -3 -3 -5 -5 2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 1 -4 0 2 1 27 0 4 44 1 0 0 0 12 0 0 1 1 0 0 6 1 0.99 1.08 59 K -3 1 0 1 -5 1 2 -4 -1 -1 -2 5 -3 -3 -4 -2 -2 0 -4 -1 1 6 4 6 0 5 16 0 1 4 3 45 0 1 0 0 2 2 0 4 0.68 1.10 60 F -2 -5 -6 -6 -4 -5 -4 -6 -5 3 5 -5 1 -1 -5 -4 -3 -4 -2 2 3 0 0 0 0 0 1 0 0 14 63 0 2 2 0 1 1 0 1 14 0.98 1.07 61 L 0 -3 -3 -5 -4 -4 -5 -3 -5 2 5 -4 2 -1 -4 -1 -3 -4 -3 0 10 2 1 0 0 0 0 1 0 12 58 0 5 2 1 5 0 0 0 2 0.75 1.06 62 R -2 1 5 -1 -2 1 0 -3 1 -4 -4 3 0 -5 3 -1 -3 -6 -3 -3 2 6 28 2 1 6 6 1 3 0 1 23 3 0 15 2 0 0 1 2 0.65 1.09 63 Y -3 -4 -5 -6 2 -4 -5 -5 0 -3 -3 -4 -3 5 -5 -4 -4 0 9 -3 2 0 0 0 5 0 0 0 1 0 0 0 0 21 0 0 0 0 72 0 1.90 1.06 64 N 2 -3 4 1 0 3 -2 -1 1 -4 -4 -2 -2 -5 -3 2 1 -5 -3 -2 19 0 23 8 2 13 1 4 4 0 0 1 1 0 0 15 7 0 0 3 0.48 0.96 65 P -2 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 8 -2 3 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 0 25 0 0 0 1.94 0.70 K Lambda Standard Ungapped 0.1446 0.3277 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1912 0.3174 PSI Gapped 0.0585 0.2670