Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 4 2 -6 -5 -4 51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 36 13 0 0 0 1.16 1.46 2 S 2 -3 0 -1 -4 -1 -3 -2 -2 -3 -4 1 -4 -4 -4 4 4 -6 -4 -3 14 1 4 4 0 2 1 2 1 1 0 8 0 0 0 31 28 0 0 1 0.70 1.64 3 G 3 -4 -1 1 -5 -3 -1 4 -4 -6 -3 -1 -4 -6 3 -1 -2 -6 -6 -4 21 0 3 7 0 1 4 34 0 0 3 4 0 0 15 4 2 0 0 1 0.70 1.70 4 P -1 -3 -5 -4 -4 -2 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -2 -6 8 -3 -3 -7 -6 -2 5 1 0 0 0 1 0 0 0 1 3 0 1 0 81 1 1 0 0 3 2.25 1.79 5 R -1 4 -2 -2 -5 3 1 -3 -2 -2 -4 3 1 -5 -3 -1 0 -6 -3 0 4 25 1 2 0 13 9 1 1 2 0 17 4 0 1 5 5 0 1 8 0.54 1.86 6 A 2 -3 -3 -4 1 -3 -3 -5 -4 0 1 -3 -2 -1 5 -3 -3 -3 1 1 19 2 1 1 3 1 1 0 0 4 15 1 1 3 32 2 1 0 5 8 0.70 1.86 7 L -3 -1 -5 -6 -2 -5 -5 -6 -5 4 4 -4 0 -2 -5 -4 -1 -3 -3 2 2 3 0 0 1 0 0 0 0 24 46 1 2 1 0 1 4 0 1 15 0.93 1.87 8 S -1 1 2 -1 -4 0 -1 -3 2 -2 -3 1 -2 0 -3 2 0 -3 2 1 4 9 10 3 0 4 4 2 4 2 1 9 1 3 1 18 6 0 7 11 0.26 1.87 9 R -2 5 3 -2 2 2 -1 -2 -1 -2 -4 2 0 -2 -2 -1 0 -4 -2 -3 4 29 12 2 4 7 2 3 1 2 2 13 3 2 2 4 6 0 1 1 0.53 1.88 10 N 0 -2 -1 -2 -1 -2 -3 -4 -3 2 -3 -1 -2 -2 5 -1 -1 -6 -3 3 8 2 4 2 1 1 2 1 1 10 2 4 1 2 27 3 4 0 1 25 0.59 1.87 11 Q 1 0 1 0 -6 3 2 -3 -1 -4 -2 2 -1 -4 3 0 -1 -6 -2 -2 13 5 6 5 0 11 12 1 2 1 4 13 1 1 13 5 4 0 1 2 0.32 1.86 12 P -2 -4 -4 -4 -6 -4 -4 -5 -4 -1 -3 -3 -3 -3 8 -2 -3 -4 -5 -3 3 1 0 0 0 1 0 0 0 4 3 1 1 1 79 2 1 0 0 2 2.16 1.83 13 Q -1 3 1 2 -6 2 2 -4 0 -1 -4 2 -2 -4 -2 -1 -1 -6 -4 0 6 18 6 9 0 8 12 1 2 3 1 14 1 1 2 4 3 0 1 8 0.37 1.93 14 Y -5 -5 -4 -7 -4 -4 -6 -7 -1 -3 -3 -5 -1 2 -6 -4 -5 1 9 -4 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 2 0 2 7 0 1 0 1 84 1 2.49 1.95 15 P -4 -5 -4 -4 -6 -5 -4 -6 -4 -6 -6 -4 -6 -7 9 -3 -3 -4 -6 -5 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 93 2 1 0 0 0 2.85 1.95 16 A 1 2 -2 0 -4 1 2 -3 -2 -2 -2 1 -1 -4 2 0 -1 -3 -1 -1 14 13 2 5 0 5 14 1 1 3 4 7 2 1 11 7 4 0 2 4 0.26 1.97 17 R 1 2 -2 1 -5 2 3 -2 -2 1 -1 0 0 -3 -4 0 -2 -2 -2 -1 12 11 2 7 0 8 18 3 1 8 5 5 2 1 1 8 2 0 1 3 0.24 1.96 18 A 6 -4 -4 -4 -1 -3 -2 -3 -4 -3 -1 -3 0 -4 -3 1 -3 -4 -3 -2 71 0 0 1 1 1 2 1 0 1 7 1 2 1 1 7 0 0 1 1 1.17 1.95 19 Q 1 5 -3 -4 -4 3 -1 -4 -2 0 1 2 0 -2 -4 -2 -3 -2 -2 -1 11 26 1 1 0 12 3 1 1 5 14 12 3 1 1 2 1 1 2 5 0.49 1.94 20 A 0 5 -1 0 -2 2 2 -4 -2 -4 -3 2 0 -5 -4 -1 -2 -3 -3 -3 8 34 2 5 1 8 13 1 1 1 2 13 2 0 1 5 2 0 1 1 0.66 1.93 21 L 1 4 2 0 -4 2 -1 -3 -2 -3 -1 1 2 -3 -3 -1 -2 -1 -3 -3 14 21 9 5 0 10 4 2 1 2 7 8 6 1 1 4 2 1 1 1 0.37 1.92 22 R -2 3 2 -2 -3 0 -1 5 1 -5 -5 1 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -4 -5 2 16 8 1 1 3 4 46 4 0 1 9 0 1 0 2 1 0 0 0 0.90 1.90 23 I -2 -1 -4 -4 -4 1 1 -4 -2 5 1 -1 1 -1 -5 -3 -2 3 0 2 3 4 1 1 0 6 9 1 1 28 12 5 3 2 0 1 3 4 3 13 0.46 1.88 24 E -2 -2 -1 -1 -4 5 5 -3 -1 -5 -5 -1 -3 -4 -3 1 0 -4 -1 -4 3 1 2 2 0 22 42 2 1 1 0 2 1 1 1 10 6 0 2 1 0.90 1.88 25 G -2 -5 -3 -4 -4 -4 -5 7 -5 -6 -7 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -6 -6 -5 2 0 1 1 0 0 0 91 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 2.08 1.86 26 Q -2 3 -1 -1 1 0 0 -5 -1 -1 -3 2 -2 -2 -4 0 3 3 0 0 2 15 3 4 3 3 7 0 1 3 2 10 1 2 0 8 20 4 3 8 0.35 1.88 27 V 1 -4 -4 -6 2 -5 -5 -5 -6 0 -1 -5 -1 -3 -3 -3 0 -6 -4 6 10 1 1 0 4 0 0 1 0 3 4 0 1 0 2 2 6 0 0 67 1.21 1.86 28 K -3 2 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -1 2 0 0 1 -1 -4 -2 2 -1 0 3 2 10 2 2 0 3 5 2 1 12 10 7 4 2 0 3 13 1 4 18 0.28 1.88 29 V -2 -5 -5 -7 -2 -5 -5 -6 -2 3 3 -6 1 -1 -6 -4 -3 -2 -2 5 3 0 0 0 1 0 0 0 1 13 32 0 3 2 0 1 1 0 2 41 0.99 1.87 30 K 0 4 -1 -2 -3 2 2 -3 0 -2 -2 1 0 -4 -5 2 -1 -2 -3 -2 7 21 3 2 0 9 14 2 2 2 4 9 2 1 0 14 4 1 1 2 0.39 1.87 31 F -2 -6 -6 -7 0 -6 -6 -5 -3 1 0 -6 0 7 -6 -4 -4 -1 2 3 4 0 0 0 2 0 0 1 1 7 9 0 2 45 0 1 1 1 5 22 1.19 1.87 32 D -2 0 -2 2 -3 0 -1 -4 0 1 0 -2 0 -1 -5 -1 3 2 -2 2 2 5 2 12 1 4 4 1 2 8 10 2 2 2 0 4 17 2 1 17 0.28 1.87 33 V -3 -6 -6 -6 -2 -4 -6 -7 -6 5 1 -6 0 -1 -6 -4 -2 0 -3 5 1 0 0 0 1 1 0 0 0 36 11 0 2 2 0 1 1 1 1 43 1.23 1.86 34 T -1 -2 3 5 -2 -2 0 0 -1 -4 -3 -1 -2 -4 -5 1 1 -2 -4 -4 5 2 15 31 1 2 5 9 1 1 3 3 1 1 0 9 10 1 1 1 0.59 1.95 35 P 2 1 -2 -1 -3 -1 2 -3 -1 -3 -4 2 -3 -4 3 0 1 -6 -4 -2 20 7 1 3 1 2 16 1 2 1 1 14 1 1 12 6 9 0 1 2 0.42 1.96 36 D -2 -1 2 6 -6 2 1 -3 0 -4 -4 0 -3 -4 -5 0 1 -2 -2 -4 3 2 10 37 0 8 9 2 2 1 1 6 1 1 0 7 8 1 1 1 0.72 1.95 37 G -2 -3 -2 -3 -6 -5 -5 7 -1 -7 -5 -3 -6 -6 -5 -2 -5 -6 -2 -6 2 1 1 1 0 0 0 86 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 1 0 1.93 1.89 38 R -1 3 1 -2 -2 1 0 -2 1 -2 -3 2 -1 -2 -5 2 1 -1 -2 -2 5 16 7 2 1 6 6 4 3 2 3 14 1 2 0 15 10 1 2 2 0.30 1.90 39 V -1 -4 -6 -6 0 -1 -5 -6 -6 3 1 -5 -1 -1 2 -3 0 -1 -2 5 5 1 0 0 2 3 0 0 0 16 10 0 1 3 11 1 5 1 1 40 0.74 1.88 40 D 0 1 -2 -1 0 0 2 -2 0 1 -1 1 -1 -2 -3 1 2 -5 -1 -1 7 7 1 4 2 5 13 4 2 7 6 7 2 2 1 11 13 0 2 5 0.15 1.87 41 N -1 0 4 4 -2 1 1 0 0 -4 -4 0 -2 -3 -5 1 -2 -2 -1 -3 4 4 19 23 1 5 7 7 2 1 2 6 1 1 0 10 2 1 2 2 0.50 1.88 42 V 1 -2 -2 -2 2 -1 -2 -3 0 3 -1 -2 1 -1 1 -2 -1 2 0 3 10 3 3 3 4 3 3 3 3 14 6 3 3 3 7 4 3 3 3 20 0.23 2.16 43 Q -1 3 0 -1 1 1 2 -2 1 -1 -3 2 0 -1 -2 0 0 2 0 -1 5 14 4 3 2 7 11 3 3 3 3 12 3 3 3 7 5 3 3 5 0.19 2.14 44 I -2 -3 -3 -6 -5 -2 -3 -4 -6 4 1 -3 0 -1 -2 -3 -2 0 -2 5 3 2 2 0 0 2 2 2 0 25 13 2 2 2 2 2 2 1 2 36 0.76 2.09 45 L -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 46 S -1 2 0 0 1 2 0 -1 3 -2 -3 2 0 -1 -1 0 0 2 0 -2 4 12 4 4 3 9 7 5 6 3 3 13 3 3 3 7 5 2 3 3 0.20 2.14 47 A 1 -1 -1 -2 0 -2 -1 2 -1 -3 -5 -1 -2 -3 0 5 0 -1 -2 -3 12 3 2 2 2 1 3 13 1 1 0 3 1 1 4 40 5 1 1 2 0.57 2.08 48 K -1 -2 0 1 1 0 0 -3 0 0 -1 0 -1 -1 -2 4 1 -6 -1 0 4 2 3 7 3 4 6 2 2 5 5 5 1 2 2 29 9 0 2 7 0.27 2.09 49 P -2 -2 -1 0 0 -2 -2 4 0 -3 -3 -2 -1 -3 5 -2 -1 -6 -2 -3 2 3 3 6 2 1 2 34 2 2 3 2 1 1 25 3 4 0 1 2 0.72 2.05 50 A -1 1 0 0 -1 -1 0 -1 5 -3 -3 0 -1 0 3 1 -2 1 2 -3 6 6 4 5 1 2 5 5 12 1 2 6 1 4 14 10 3 2 7 2 0.29 2.10 51 N 0 1 1 1 -2 0 1 2 0 -3 -3 1 -2 -2 2 1 -2 -5 -2 -3 8 9 5 9 1 4 8 15 2 1 2 7 1 2 11 9 2 0 2 2 0.23 2.01 52 M 0 1 -2 -1 1 -2 -1 -1 -2 2 1 -3 2 -1 -3 0 -1 -1 0 2 6 7 2 4 3 2 5 4 1 12 15 2 5 3 1 6 4 1 3 14 0.15 1.93 53 F -4 -5 -4 -3 -1 -4 -4 -4 -3 -1 4 -5 0 6 -6 -4 -4 0 -1 -2 1 0 1 2 1 1 1 1 1 2 46 0 2 35 0 1 1 1 1 1 1.18 2.01 54 E -1 -2 1 6 -3 -2 3 -1 -2 -3 -5 -2 -3 -4 -5 -2 -2 -2 -4 -2 5 2 6 52 1 1 15 5 1 2 1 2 1 1 0 2 2 1 1 3 1.06 2.11 55 R 1 4 0 1 -3 2 3 -3 -1 -4 -4 2 -3 -5 -3 -1 -2 -2 -3 -3 11 19 4 7 0 9 20 1 1 1 1 14 1 0 1 4 3 1 1 2 0.51 2.12 56 E 5 -3 -2 -2 -3 -1 4 -3 -1 -4 -4 -2 -3 -4 -1 1 -1 -6 -3 -2 41 1 2 1 1 2 26 1 1 1 2 2 1 1 3 9 4 0 1 2 0.74 2.12 57 V 6 -4 -5 -5 -2 -3 -4 -3 -3 -1 -3 -4 -2 -4 -5 0 0 -6 -5 2 63 1 0 0 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 0 7 6 0 0 12 1.07 2.09 58 K -2 2 -4 -5 0 -1 0 -6 -4 3 3 1 2 -3 -5 -3 -2 -2 -3 2 2 10 0 0 2 2 5 0 0 16 29 7 5 1 1 2 2 0 1 12 0.50 2.08 59 N 0 5 1 1 -4 1 2 -4 0 -4 -4 2 -3 -5 -5 0 -1 -3 -4 -3 9 26 5 8 0 7 13 1 2 1 2 14 1 0 0 6 3 0 0 2 0.55 2.09 60 A 5 -4 -3 -4 -2 -2 -4 -3 -4 1 -1 -3 1 -4 -5 -1 0 -2 -2 2 53 1 1 1 1 2 1 1 0 6 4 1 3 1 0 4 6 1 1 13 0.80 2.08 61 M 1 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -6 3 2 -4 4 -2 -5 -3 -3 -3 -3 5 12 0 0 0 0 0 0 1 0 16 20 1 9 2 0 1 1 0 1 35 0.85 2.08 62 R -1 5 -1 -3 -4 1 1 -3 -1 -4 -3 4 0 -5 -1 1 -2 -1 -2 -4 6 26 3 1 0 6 8 2 1 1 3 21 2 0 3 11 2 1 2 1 0.56 2.08 63 R -2 4 0 -1 -4 3 -1 -1 0 -5 -3 4 -1 -4 -4 1 0 -6 -3 -5 4 21 4 3 0 12 3 5 3 1 3 24 2 1 0 9 6 0 1 0 0.58 2.07 64 W 1 -4 -5 -6 1 -4 -5 -4 -4 -3 -2 -4 4 1 0 -1 -3 11 0 -3 11 1 1 0 3 0 1 1 0 1 4 1 9 6 5 5 2 47 3 2 1.75 2.09 65 R -2 6 -2 -4 -2 2 -1 -4 0 -4 -3 4 -3 -4 -3 -2 0 -6 -4 -3 2 36 2 1 1 8 3 1 2 1 2 27 1 1 1 3 5 0 0 2 0.90 2.06 66 Y -4 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -3 -3 -2 -5 0 7 0 -5 -4 7 5 -3 1 1 0 0 1 1 0 1 0 1 4 1 2 45 5 1 1 14 20 1 1.58 2.04 67 E -1 1 0 -2 -4 2 2 -4 -2 -1 -1 3 -1 -2 0 0 0 -6 -2 0 6 7 5 2 0 9 11 1 1 4 6 20 1 2 4 8 7 0 1 6 0.27 2.07 68 P -1 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -5 -2 -3 -4 8 -2 -3 -3 -5 -4 4 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 3 1 1 78 2 1 0 0 1 2.16 2.10 69 G 4 -2 -2 -4 -5 -2 -3 5 -3 -3 -4 -1 -2 -5 1 -1 -2 -1 -3 -3 31 2 2 1 0 2 1 37 0 2 1 3 1 0 7 4 2 1 1 2 0.79 2.07 70 K -2 2 -2 -1 -4 1 0 -2 -1 -1 -3 4 0 -4 1 -1 1 -6 -4 0 3 11 1 3 0 6 5 3 2 4 3 28 3 1 6 3 10 0 0 6 0.41 2.11 71 P 0 2 0 1 -4 3 0 -3 -1 -3 -3 0 -2 -4 5 -1 -2 -4 -4 -1 7 9 4 8 0 15 6 2 1 1 2 5 1 1 25 4 2 0 0 5 0.53 2.09 72 G 2 -2 1 0 -1 0 -1 4 -3 -2 -4 -1 -3 -5 0 -1 -1 -4 -3 1 15 3 6 4 1 5 3 30 1 2 2 3 1 0 4 3 3 0 1 12 0.40 2.05 73 S 0 1 1 -1 -2 1 1 1 0 -4 -4 2 -1 -4 -2 2 1 -3 -2 -1 7 7 6 3 1 7 8 11 3 1 1 14 1 1 2 14 8 0 1 5 0.24 2.10 74 G 0 1 1 0 -4 0 0 3 -1 -3 -4 -1 -2 -4 1 0 1 5 -3 -2 9 8 8 5 0 4 6 20 1 2 1 3 1 1 6 6 7 8 1 3 0.34 2.11 75 I -1 -1 -3 -4 -1 1 -3 -4 -1 2 0 -1 2 0 -4 -4 0 -3 1 5 5 3 1 1 1 7 1 1 2 8 9 5 6 3 1 1 5 0 5 35 0.47 2.12 76 V 0 2 -1 -3 -4 1 -1 -4 -3 0 -2 0 -2 -5 0 -1 3 -4 -3 2 8 12 2 1 0 7 4 1 1 6 4 7 1 0 6 5 18 0 1 16 0.31 2.12 77 V -2 -3 -2 -5 -3 -1 -4 -6 -4 3 1 -3 2 -2 -5 -4 -1 -3 -1 6 3 2 2 0 0 3 1 0 0 15 10 2 4 1 0 1 4 0 2 47 0.85 2.12 78 N -2 2 0 -2 -5 1 -1 -5 -3 -4 -5 0 -2 -5 6 -1 2 -3 -5 -3 2 12 4 2 0 7 4 0 1 1 1 5 1 0 41 4 14 0 0 2 0.98 2.12 79 I -4 -5 -5 -7 -3 -5 -6 -6 -4 5 1 -5 1 3 -6 -5 -3 -3 1 4 1 0 0 0 1 0 0 0 0 31 11 0 3 11 0 1 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