Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.14 1.09 2 F -3 -1 -1 -4 -5 1 -2 -2 3 -2 2 0 3 4 -5 -2 -2 -2 5 -1 0 3 3 0 0 6 2 3 8 2 18 6 7 18 0 3 1 0 18 3 0.50 1.16 3 K -2 1 5 0 -5 3 0 -2 2 -4 -5 2 -2 -2 0 0 -1 -5 -2 -4 2 7 27 4 0 12 4 3 4 1 0 15 1 2 4 7 4 0 1 1 0.51 1.18 4 T 2 -2 -2 -5 3 -4 -3 -3 -5 2 1 -4 -2 -2 0 -2 0 -5 -4 4 20 3 2 0 5 0 1 1 0 9 10 0 0 1 4 3 4 0 0 36 0.52 1.17 5 F -3 -3 -5 -6 -3 -3 -5 -6 -1 0 1 -3 1 4 -5 -4 -4 3 7 0 2 1 0 0 0 1 0 0 1 4 16 1 3 15 0 1 0 3 49 5 1.22 1.19 6 Y 0 0 -2 -2 -5 2 2 0 3 -1 -3 2 -1 -3 -4 -1 -2 3 1 0 7 5 2 1 0 11 14 7 8 3 2 14 2 1 0 5 2 5 5 7 0.28 1.20 7 I -2 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -6 6 2 -5 1 -1 -5 -4 -2 -5 -4 4 2 0 0 0 2 0 0 0 0 46 17 0 2 2 0 0 1 0 0 26 1.04 1.19 8 K -1 1 1 1 -3 0 2 -4 3 -3 -3 3 -4 -4 -4 0 2 -3 -1 -1 5 8 5 9 1 3 12 0 8 1 1 17 0 1 0 7 15 0 2 4 0.36 1.20 9 V -2 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -6 5 -1 -5 -2 -2 -5 -4 -1 -5 -4 6 1 0 0 0 1 0 0 0 0 29 2 0 0 1 0 0 2 0 0 64 1.31 1.20 10 I -1 2 -1 -1 -2 1 0 -3 0 0 -3 2 -2 -1 -4 0 3 -1 1 0 6 10 3 4 1 5 7 1 2 6 2 11 1 2 0 7 20 1 6 7 0.23 1.20 11 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 4 5 -5 1 2 -5 -5 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 57 0 2 7 0 0 0 0 0 10 1.09 1.20 12 K 1 2 1 4 -5 2 2 -2 -2 -4 -4 0 -3 -5 -4 2 -1 -5 -3 -2 10 12 7 22 0 8 11 2 1 0 1 4 1 0 0 16 3 0 1 3 0.46 1.20 13 E -1 -2 -1 2 -5 1 4 -4 -3 -5 -4 2 -4 -6 3 0 -3 -6 -4 -3 3 1 1 12 0 6 34 1 0 0 1 15 0 0 16 8 0 0 0 2 0.74 1.20 14 G -1 -2 2 5 -5 0 2 1 0 -5 -6 -1 -5 -6 -4 1 0 -6 -4 -5 3 1 9 35 0 3 15 13 2 0 0 3 0 0 0 9 6 0 0 0 0.73 1.20 15 T 1 -5 -4 -5 10 -4 -3 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -5 -2 1 2 -5 -5 -1 10 0 0 0 59 0 1 0 0 0 0 0 0 0 2 10 13 0 0 4 1.72 1.20 16 Q -1 -4 -4 -3 -4 3 0 -5 -4 1 3 -2 4 -3 1 -2 -2 -5 -4 2 4 0 0 1 0 14 6 0 0 8 28 2 10 0 7 3 1 0 0 17 0.47 1.20 17 L -3 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 -1 5 -5 7 0 -5 -5 -3 -4 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 53 0 40 3 0 0 0 0 0 2 1.41 1.20 18 K -3 1 -3 -3 -6 -1 -2 -3 -3 -5 -4 7 -4 -6 0 -2 -3 -6 -4 -5 0 5 0 0 0 0 0 1 0 0 2 87 0 0 5 1 0 0 0 0 1.59 1.20 19 S 4 -4 -1 -1 -4 -2 -3 2 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 3 -2 -5 -2 -3 43 0 2 3 0 1 0 16 0 0 3 1 0 0 0 26 1 0 2 0 0.75 1.20 20 A 5 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -5 0 -1 -4 -2 -4 0 -2 -3 -5 -4 5 47 0 0 0 0 0 0 0 0 3 5 0 0 0 5 0 0 0 0 40 0.94 1.20 21 R -4 8 -3 -3 -6 -1 -3 -5 -3 -6 -5 1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 0 97 0 1 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2.11 1.20 22 I 6 -4 -4 -4 0 -3 -4 -1 1 -2 -2 -4 0 -2 -4 0 -1 -5 -2 1 67 0 0 0 2 0 0 3 3 1 3 0 2 1 0 4 2 0 1 11 0.92 1.20 23 Y -3 -4 -5 -4 -1 -4 -5 -5 1 -2 -1 -2 1 6 -6 -2 -3 1 6 -1 1 0 0 1 1 0 0 0 3 2 4 2 4 43 0 2 1 2 28 4 1.21 1.20 24 L -3 -4 -5 -6 -4 -1 -5 -6 -5 3 4 -4 7 -2 -5 -4 -3 -4 -4 0 1 0 0 0 0 3 0 0 0 14 41 0 37 0 0 0 0 0 0 4 1.23 1.20 25 V -1 -5 -5 -6 0 -5 -5 -6 -6 5 0 -5 -2 -2 -5 -3 -1 -5 -4 5 4 0 0 0 2 0 0 0 0 30 6 0 0 1 0 1 2 0 0 53 1.11 1.20 26 F -3 -3 -5 -3 -5 0 -3 -6 0 2 2 -5 2 6 -6 -4 -3 -3 1 1 2 1 0 2 0 4 2 0 2 9 20 0 4 40 0 1 1 0 4 8 0.86 1.35 27 H -1 1 3 0 -5 4 3 -3 0 -3 -4 3 -2 -6 -4 -1 -2 -6 -4 -5 5 6 13 5 0 20 16 2 2 1 1 22 1 0 0 5 2 0 0 0 0.64 1.35 28 K 3 3 2 0 -3 0 0 -2 0 -1 -3 1 -3 -2 -4 -1 1 -5 -2 -1 22 14 12 6 1 4 5 2 2 3 2 7 0 2 0 4 8 0 1 5 0.29 1.35 29 L -2 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 2 6 -5 1 -1 -6 -5 -4 -4 -3 1 3 0 0 0 1 0 0 0 0 9 73 0 2 1 0 0 0 0 1 10 1.23 1.35 30 E -2 -1 1 0 -6 1 6 -1 -1 -6 -5 1 -4 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 2 3 6 4 0 5 61 4 1 0 1 8 0 0 0 5 1 0 0 0 1.08 1.34 31 E 0 0 1 2 -5 2 5 -1 -2 -5 -5 1 -4 -6 -1 0 -2 -5 -5 -5 6 4 8 10 0 10 36 4 1 0 0 10 0 0 3 7 2 0 0 0 0.65 1.33 32 L -2 -3 -1 -3 -1 -3 -3 -2 -2 3 3 -3 3 2 -3 -2 -2 2 1 2 3 1 3 1 1 1 1 3 1 15 26 1 6 9 1 3 2 3 5 12 0.37 1.06 33 K 1 0 0 0 3 0 0 1 2 -1 -1 0 -1 -1 -1 1 0 -1 -1 -1 11 4 5 4 7 3 5 10 6 3 6 7 1 2 3 11 5 1 2 4 0.11 0.60 34 C -1 -4 -3 -4 -1 -4 -4 7 -4 -3 -5 -4 -5 -2 -4 -2 -1 -5 -5 -3 2 0 0 0 2 0 0 83 0 1 0 0 0 2 0 2 3 0 0 1 1.65 1.29 35 E -2 -2 -1 2 -5 1 6 -4 -1 -3 -5 0 -4 -5 -1 -1 1 -5 -3 -3 2 1 2 12 0 6 52 0 1 1 0 3 0 0 3 3 9 0 1 1 0.90 1.32 36 V -2 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 6 0 -5 -1 -3 -5 -5 -3 -5 -4 5 2 0 0 0 1 0 0 0 0 43 7 0 1 0 0 0 0 0 0 46 1.30 1.35 37 V -2 -3 -6 -6 -2 -4 -4 -4 -6 6 2 -5 0 -1 -5 -4 -2 -5 -3 3 3 1 0 0 1 1 1 1 0 55 14 0 1 1 0 1 1 0 1 18 1.06 1.35 38 R 1 0 -1 -1 -5 1 0 -1 1 -4 -3 5 -2 -4 -4 0 -3 0 0 -1 12 3 2 3 0 6 4 4 4 0 2 43 1 0 0 8 0 1 3 5 0.59 1.35 39 T 1 -4 -3 -4 2 -3 -4 -3 -4 -1 -2 -3 1 -2 -4 5 4 -5 -2 0 10 0 0 0 4 0 0 1 0 3 3 0 3 1 0 43 26 0 1 5 0.77 1.35 40 I -1 0 2 0 -2 0 2 -5 1 1 -2 0 -1 1 -5 -1 1 -2 -1 2 4 4 11 4 1 4 15 0 3 10 2 6 1 6 0 4 8 1 2 15 0.22 1.35 41 P -4 -5 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 9 -4 -4 -6 -6 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 97 0 0 0 0 0 2.86 1.35 42 S 0 -2 0 2 -4 -2 1 -1 -3 -4 -5 -3 -4 -5 3 4 1 -6 -3 -4 8 1 3 13 0 0 11 4 0 1 0 1 0 0 12 38 7 0 1 1 0.65 1.34 43 V 1 0 -2 -4 -1 -1 0 -5 -4 1 0 -2 0 -1 0 -1 1 -1 -2 4 14 5 1 0 1 3 6 0 0 6 8 2 2 3 5 5 10 1 1 28 0.30 1.34 44 E -2 -3 -2 3 -6 4 5 -3 -3 -6 -4 -1 -2 -6 0 -1 -2 -6 -5 -5 2 0 1 17 0 18 47 1 0 0 1 2 1 0 5 3 2 0 0 0 1.01 1.35 45 E 0 -1 0 5 -5 0 3 -3 -1 -3 -3 -1 -1 -5 -4 -1 -2 -6 -5 -1 10 3 3 37 0 4 20 1 1 1 3 3 1 0 0 4 2 0 0 5 0.67 1.34 46 I -1 -5 -5 -4 -4 -2 -4 -6 -5 6 4 -3 1 -1 -5 -5 -3 1 -4 0 4 0 0 1 0 2 1 0 0 48 35 1 3 1 0 0 0 2 0 2 1.03 1.33 47 E -4 -2 -2 1 -6 2 7 -5 -3 -4 -5 0 -5 -6 -3 -3 -2 -1 -5 -4 0 1 1 5 0 8 76 0 0 1 1 3 0 0 1 0 2 1 0 1 1.51 1.42 48 E 0 -2 3 4 -5 2 3 -3 -3 -2 -4 1 -4 -6 -4 -1 -1 -6 -5 -3 8 1 13 27 0 9 22 1 0 2 1 7 0 0 0 4 4 0 0 2 0.68 1.44 49 E -1 -4 -2 2 -3 -1 6 4 0 -6 -4 -2 -5 -4 -4 -3 -4 -6 -5 -5 4 0 1 9 1 2 52 28 2 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 1.10 1.43 50 K -1 2 3 2 -5 1 2 -2 0 -4 -5 4 -4 -5 -4 0 -1 -6 -3 -3 5 9 17 10 0 6 11 3 2 1 1 23 0 0 0 5 3 0 1 1 0.53 1.42 51 F -2 -5 -3 -2 -2 -4 -2 -5 -4 0 -1 -5 -3 8 -3 -1 -4 -2 3 -1 4 0 2 3 1 1 2 0 0 4 4 0 0 62 1 4 0 0 7 4 1.30 1.40 52 E -2 -3 0 6 -6 -1 3 2 -4 -4 -4 -2 -5 -4 -4 -1 -2 -6 -5 -2 3 1 3 42 0 1 19 16 0 1 2 1 0 1 0 4 2 0 0 4 0.87 1.43 53 N -3 1 1 -1 -2 2 0 2 1 -3 1 0 -2 3 -4 -1 1 -4 0 -3 1 6 8 3 1 10 5 14 3 1 12 5 0 11 1 5 9 0 3 1 0.20 1.41 54 E -1 -1 -1 3 -2 0 3 -2 0 -3 -5 1 -4 -2 -3 2 1 -5 -2 -3 4 3 3 17 1 4 23 3 2 2 0 7 0 2 1 18 7 0 1 2 0.45 1.38 55 V -3 -5 -6 -6 -5 -5 -3 -6 -4 2 1 -5 -1 8 -6 -3 -4 -3 0 1 2 0 0 0 0 0 2 0 0 11 12 0 1 60 0 2 0 0 1 8 1.38 1.44 56 E 1 -1 -1 0 -3 1 2 -3 0 0 -2 0 -2 -3 -4 3 2 -2 -2 -1 12 3 2 4 0 7 13 1 2 5 4 5 1 1 0 22 13 1 1 3 0.29 1.42 57 L -1 -5 -6 -6 -1 -5 -4 -6 -5 2 2 -5 1 3 -5 -2 -3 -1 2 4 5 0 0 0 1 0 1 0 0 12 22 0 3 11 0 2 0 1 7 35 0.75 1.44 58 F -3 -2 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -1 4 2 -3 0 1 -5 -3 0 3 3 3 2 2 0 0 1 0 1 1 2 21 22 1 1 5 0 1 6 4 9 20 0.58 1.44 59 V -1 -4 -6 -6 -1 -4 -5 -5 -3 3 3 -5 1 3 -6 -5 -3 -4 3 3 4 1 0 0 1 1 0 0 0 18 27 0 3 13 0 0 1 0 11 19 0.74 1.44 60 I 1 -1 -2 -3 -4 -3 0 -5 -3 4 2 -2 -1 -1 -5 -2 -1 -5 -2 3 15 3 2 1 0 1 6 0 1 23 17 2 1 2 0 3 2 0 1 22 0.46 1.42 61 S -1 -4 -2 -4 0 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -4 -5 -3 4 6 -5 -3 -3 4 0 1 0 2 0 0 3 1 2 2 0 0 0 1 32 51 0 1 1 1.06 1.42 62 P -2 0 2 3 -5 2 2 -2 1 -5 -5 3 -1 -6 0 1 0 -6 -5 -5 3 4 8 15 0 9 11 3 3 0 0 23 1 0 5 9 5 0 0 0 0.49 1.46 63 V 1 1 -2 0 -2 2 4 -1 0 -2 -2 2 -1 -3 -3 0 -2 -4 -4 -1 10 6 1 4 1 8 27 5 2 3 5 13 1 1 1 5 2 0 0 4 0.34 1.46 64 D -1 -4 1 4 -5 -2 2 -1 -3 -5 -6 -1 -3 -6 2 3 1 -6 -5 -5 4 0 6 25 0 1 15 4 0 0 0 3 1 0 9 23 9 0 0 0 0.68 1.46 65 L 1 -1 -2 -1 -5 1 2 -3 -4 0 0 2 -1 -1 2 0 -2 -5 -2 0 14 3 1 3 0 5 13 2 0 6 10 13 1 2 9 6 2 0 1 8 0.19 1.46 66 E -1 -1 -1 4 -6 2 5 -2 -1 -5 -5 0 -5 -6 -4 -1 -2 -6 -4 -5 4 2 2 27 0 7 43 2 1 0 0 3 0 0 0 5 2 0 0 0 0.99 1.46 67 K 0 -1 -1 2 -5 2 4 -3 -2 -4 -2 2 -3 -3 -3 -1 0 -6 -2 -2 10 3 2 13 0 7 31 1 0 1 4 12 0 1 1 4 6 0 1 3 0.49 1.46 68 L -3 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 6 3 -5 0 -1 -6 -5 -3 -5 -4 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 45 28 0 2 2 0 0 1 0 0 22 1.19 1.46 69 S -2 3 -2 -3 -5 3 2 -5 -1 -1 0 4 -1 -3 -4 -1 -2 -5 0 -1 2 16 1 0 0 12 16 0 1 4 8 23 1 0 0 5 2 0 4 6 0.49 1.46 70 E 0 0 2 1 -5 3 3 -2 1 -5 -5 2 -3 -6 -3 0 0 -2 -5 -3 9 4 9 8 0 13 19 3 3 0 0 15 1 0 1 7 6 1 0 2 0.45 1.46 71 A 2 0 -2 -2 -4 0 1 -4 -2 2 0 2 -1 -3 -4 0 0 -5 -4 1 20 5 2 2 0 5 9 1 1 12 8 12 1 1 0 6 5 0 0 9 0.25 1.45 72 L 1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -6 5 3 -5 0 -3 -5 -4 -3 -5 -4 3 11 0 0 0 0 0 0 1 0 35 28 0 1 0 0 0 1 0 0 23 0.96 1.44 73 S 0 0 2 -1 -4 1 1 -2 -1 -2 2 1 4 -2 -4 1 -1 -5 -3 -3 7 5 11 2 0 5 10 3 1 2 20 10 10 2 0 9 2 0 0 1 0.27 1.45 74 S -1 0 4 0 -5 1 0 2 0 -5 -4 2 -4 -6 -4 3 -1 -6 -5 -5 5 5 18 6 0 6 6 13 2 0 1 12 0 0 0 21 4 0 0 0 0.49 1.46 75 I -3 -3 -2 -2 -4 -3 -3 -6 0 5 0 -5 0 -3 -5 -3 -1 -5 -4 5 1 1 2 2 0 1 2 0 3 39 5 0 2 0 0 1 3 0 0 38 0.96 1.43 76 A 1 -4 -3 -2 -4 -3 -3 -2 -4 -4 -3 -3 2 -5 2 6 1 -6 -5 -3 8 0 0 2 0 0 0 2 0 0 2 0 6 0 9 64 6 0 0 1 1.05 1.45 77 D -4 -3 -2 4 -6 0 7 -4 -2 -6 -6 -2 -1 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 1 20 0 2 74 1 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1.65 1.44 78 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 0 -5 -2 -3 -5 -5 -3 -6 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 54 5 0 0 0 0 0 0 0 0 41 1.49 1.41 79 E 1 0 -2 3 -5 0 5 -4 -2 -4 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