Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -5 3 -4 -4 -7 6 4 -6 3 -7 -6 4 -5 -7 -5 -4 -4 -6 -5 -6 0 14 0 0 0 32 21 0 8 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 1.31 2.05 2 A 4 -1 -4 -3 -2 -2 0 -2 -3 -3 -4 -1 -1 -5 -4 2 -2 -6 -1 4 29 3 0 1 1 1 7 3 0 0 1 3 1 0 1 17 2 0 2 25 0.58 2.14 3 P 3 -5 -5 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -1 -5 -6 8 -3 -4 -7 -5 -4 24 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1 3 0 0 66 1 0 0 0 1 1.95 2.17 4 P -3 -4 -5 -5 -5 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -3 -5 -5 9 -4 -3 -5 -5 -3 2 1 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 1 88 1 1 0 0 2 2.63 2.21 5 T -2 2 -2 -1 -3 1 1 -5 1 0 -3 2 0 -2 -5 1 1 -1 0 1 3 12 2 3 0 6 10 0 3 5 3 10 2 2 0 12 9 1 3 11 0.24 2.21 6 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -6 -6 -4 5 0 -5 0 7 -5 -5 -3 3 -2 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 29 8 1 2 39 1 1 1 4 0 10 1.25 2.18 7 K -2 -1 -3 -1 -4 0 0 -5 -1 2 1 0 0 -4 -2 0 3 -1 -3 2 2 4 1 3 0 4 5 1 2 10 14 5 2 1 3 8 20 1 1 13 0.28 2.18 8 V -1 1 -1 -2 -4 2 1 -3 0 0 -1 2 -1 -3 -2 0 1 -3 -2 2 4 7 2 3 0 10 10 2 2 6 5 10 2 1 2 6 9 0 1 16 0.21 2.19 9 S -1 0 0 -2 -1 1 0 0 2 -2 -3 2 -2 -3 4 1 0 -1 -2 -2 4 5 4 2 1 5 7 6 5 2 3 11 1 1 20 11 6 1 2 4 0.31 2.18 10 L -3 -3 -2 -4 -4 -3 -3 -4 -2 0 3 -2 1 0 6 -1 -2 -4 -3 -2 2 1 2 1 0 1 2 1 1 5 26 2 3 4 40 4 2 0 1 3 0.91 2.17 11 M -1 2 0 -1 -3 3 2 -2 0 -2 -3 2 -1 -4 -1 2 1 -4 -2 -1 6 10 4 2 1 12 11 3 2 2 3 12 2 1 3 13 7 0 1 5 0.25 2.18 12 D -2 -2 4 4 -4 -2 0 -3 0 -3 -3 -1 -2 -4 1 2 0 -2 -3 -3 2 2 18 25 0 2 6 2 2 1 2 3 1 1 6 17 5 1 1 2 0.59 2.16 13 Q -1 1 -3 -4 -1 3 -1 -3 2 2 0 0 1 -3 -4 -2 1 -3 -1 3 4 7 1 1 1 15 4 2 4 10 10 5 3 1 1 3 9 0 2 17 0.30 2.17 14 S -1 0 0 -1 -4 0 1 -3 1 -1 -2 -1 -2 -3 -3 1 4 -2 0 1 6 4 4 3 0 4 10 2 3 4 3 4 1 1 1 9 26 1 3 10 0.31 2.18 15 V 2 -3 -4 -5 0 -3 -4 -3 -3 2 0 -3 -1 -2 -4 -2 -1 -1 -2 5 16 2 1 0 2 1 1 2 1 9 7 2 1 2 1 2 4 1 1 44 0.71 2.18 16 R 0 1 0 -1 -3 1 0 -4 -1 0 0 1 0 -1 1 0 1 0 -1 1 6 8 5 4 1 6 6 1 2 4 8 8 3 3 7 8 7 2 3 9 0.08 2.18 17 E 0 -1 -3 -1 -4 0 5 -4 -3 0 -1 0 -2 -3 -1 -1 -1 -2 -3 1 9 4 1 2 0 4 37 1 1 5 6 4 1 1 4 4 3 1 1 11 0.48 2.18 18 G -3 -3 0 -2 -4 -3 -3 7 -2 -6 -6 -2 -4 -5 -5 -2 -3 -3 -4 -5 1 1 4 2 0 1 2 76 1 0 1 2 0 0 0 3 1 0 1 0 1.60 2.18 19 Q -1 0 0 2 -2 3 3 0 1 -4 -4 0 -1 -4 -4 2 0 -4 0 -4 4 4 3 12 1 13 17 8 3 1 1 5 2 1 0 14 5 0 3 1 0.38 2.16 20 D -1 0 2 2 -2 0 0 -4 -1 -4 -4 0 -2 -4 1 2 3 -4 -3 -2 5 5 10 13 1 3 6 1 1 1 2 4 1 1 7 17 18 0 1 3 0.38 2.15 21 V 3 -5 -5 -5 0 -4 -5 -3 -4 2 1 -4 -1 0 -5 -3 -1 -3 -3 5 23 0 0 0 2 1 0 2 0 9 13 1 1 3 0 1 3 0 1 39 0.76 2.14 22 I -2 2 -1 -2 -2 0 0 -5 1 1 -1 1 0 -2 -4 0 4 -2 -1 2 3 11 3 2 1 4 7 1 3 6 5 7 2 2 0 7 22 0 2 13 0.30 2.13 23 M -4 -5 -7 -7 -3 -6 -5 -6 -4 1 5 -6 3 5 -7 -5 -4 0 -2 -1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 8 56 0 6 20 0 0 0 1 1 3 1.22 2.13 24 S -2 1 0 0 0 1 2 -4 2 -2 -3 0 -2 -1 0 1 3 -3 -1 -1 4 8 4 5 2 5 14 1 4 2 3 5 1 3 4 10 17 0 2 5 0.23 2.16 25 I -2 -5 -6 -7 11 -6 -7 -5 -6 -3 -4 -6 -3 -4 -5 -4 -4 -2 -3 -1 3 1 0 0 83 0 0 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 4 2.98 2.15 26 R -1 2 0 -1 -2 1 2 -3 1 -1 -2 2 -1 -3 -1 0 0 -1 -2 -1 5 13 4 3 1 6 15 1 3 4 4 11 2 1 3 8 7 1 1 5 0.20 2.17 27 V 3 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -3 2 -1 -4 -2 -1 -2 -1 -1 1 -2 5 26 1 1 1 1 0 1 1 1 9 5 1 1 2 2 5 4 2 1 36 0.67 2.17 28 Q -1 1 0 1 -2 1 2 -3 0 -2 -2 0 -1 -1 -2 2 2 -2 -2 -1 4 6 5 7 1 6 12 2 3 3 5 6 1 2 2 18 11 1 1 5 0.19 2.14 29 G 1 -3 -1 -3 -1 -3 -3 6 -1 -4 -4 -3 -2 -4 -2 1 -3 -2 -3 -4 12 1 2 2 1 1 1 55 2 1 1 2 1 1 2 11 1 1 1 1 1.01 2.07 30 E -1 0 3 2 -2 -1 0 -2 1 -1 -2 -1 -1 1 -3 1 0 -1 1 -1 4 4 16 11 1 2 7 3 4 4 5 4 1 5 1 11 5 1 5 5 0.21 2.13 31 P -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -2 -4 -4 -2 -3 -4 8 -2 -2 -2 -2 -4 3 2 2 2 1 1 2 2 1 1 2 2 1 1 70 3 2 1 1 1 1.79 2.11 32 K 0 1 -1 -1 -2 0 0 -2 0 -2 -2 1 -1 -2 3 0 1 -1 -3 -1 9 6 3 4 1 4 6 2 2 2 4 10 2 1 16 7 10 1 1 5 0.20 2.11 33 P 0 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 -3 7 -2 -2 0 -2 -2 9 1 1 1 1 1 2 2 1 3 3 1 1 1 59 3 2 1 1 3 1.37 2.07 34 V -1 0 0 1 -1 1 1 -3 1 1 -2 0 -1 -1 -1 1 2 0 -1 -1 4 4 5 8 1 6 9 2 3 8 4 6 2 3 4 9 14 1 2 4 0.13 2.03 35 V -3 -3 -2 -5 0 -2 -1 -3 -1 4 0 -3 1 0 -2 -3 -1 1 1 4 2 2 2 0 2 2 4 2 2 23 8 2 4 3 2 2 4 2 4 27 0.48 1.96 36 S 0 0 -1 -1 1 -1 1 -2 1 -1 -2 0 0 0 -1 1 3 2 0 0 8 6 3 3 2 3 8 3 3 4 3 5 3 4 3 9 19 3 3 8 0.16 1.83 37 W -2 -1 -5 -6 2 -5 -5 -2 -5 -1 -2 -5 1 0 -6 -2 -1 11 1 -1 4 4 0 0 4 0 0 4 0 4 4 0 3 4 0 4 4 52 3 4 1.83 1.81 38 L -3 1 -2 -3 -2 -1 -2 -4 -1 -1 1 0 1 3 -4 0 1 1 4 -1 2 9 2 2 1 3 3 1 2 4 13 7 4 12 1 6 9 1 14 4 0.32 2.26 39 R -3 4 -2 -3 0 -1 -3 -3 3 -3 -1 5 -1 0 -3 -2 -3 -1 0 -3 1 18 2 1 2 2 1 2 6 2 6 41 1 4 1 2 1 1 3 2 0.77 2.25 40 N -2 -2 5 4 -2 -1 1 0 -1 -3 -3 -2 -2 -3 0 -1 -2 -1 -2 -2 4 2 26 22 1 2 8 8 1 2 3 3 1 1 5 4 2 1 1 3 0.56 2.21 41 R -1 -1 2 2 -1 -1 -1 5 0 -3 -3 0 -1 -3 -2 -1 -2 1 -2 -3 4 3 8 11 1 3 4 36 2 2 3 6 1 1 2 5 3 2 2 2 0.49 2.21 42 Q -1 1 0 -1 -1 3 1 0 1 -1 -2 1 1 -2 -2 0 0 0 -2 0 4 6 4 4 1 12 9 9 3 3 4 8 4 2 2 8 5 1 2 7 0.11 2.21 43 P -1 -1 -1 0 0 0 1 -2 0 -1 -1 0 0 -2 4 0 0 0 -1 0 5 4 3 5 2 5 10 3 3 4 5 5 3 2 21 6 6 1 2 6 0.23 2.19 44 V -3 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -4 -1 4 3 -3 1 -1 -2 -3 -2 0 -2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 1 26 31 2 3 2 2 2 2 1 2 13 0.58 2.21 45 R -1 0 1 1 0 1 0 -2 1 -1 -1 0 0 -1 1 1 0 1 -1 -1 5 6 5 7 2 6 6 4 3 4 5 6 3 2 7 10 7 2 2 5 0.03 2.22 46 P -1 -1 0 0 1 0 0 -1 1 -1 -1 -1 1 -1 3 0 0 2 0 -1 5 4 5 5 3 5 7 6 3 3 6 4 3 3 12 8 6 2 3 4 0.06 2.23 47 D -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 48 Q -1 0 1 1 0 0 0 0 1 -2 -2 -1 0 -1 1 1 0 2 0 -2 5 6 6 8 2 4 7 8 4 3 3 4 3 3 8 9 5 3 3 3 0.05 2.23 49 R -2 3 1 0 -1 0 0 1 2 -2 -3 0 -1 -1 0 0 -1 1 0 -2 4 16 5 6 2 3 5 9 4 3 3 6 2 3 6 8 5 2 3 3 0.12 2.21 50 R -2 3 0 -1 -1 0 -1 -2 3 0 -2 1 0 0 -2 -1 -1 0 2 0 3 18 4 3 1 4 4 3 7 6 4 8 3 4 2 4 4 1 6 6 0.18 2.15 51 F -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 0 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.23 52 A -2 1 -2 -2 -1 1 -1 -2 0 2 0 0 1 0 -2 0 1 1 -1 1 4 7 2 2 1 5 4 4 3 13 7 5 3 4 2 8 8 2 2 10 0.07 2.25 53 E -1 -1 -1 -1 1 0 0 -2 1 2 -1 -1 2 0 -1 0 0 2 1 1 4 4 4 4 3 5 5 3 3 10 7 4 4 4 3 6 6 2 4 9 -0.00 2.28 54 E -2 0 1 0 1 1 1 -2 1 0 -1 0 1 0 -1 0 0 2 1 -1 4 4 6 6 3 5 8 4 4 4 7 5 3 5 3 7 6 2 4 5 -0.02 2.27 55 A -1 0 1 1 1 0 0 -1 1 -1 -2 -1 0 0 0 1 0 2 0 0 5 4 6 7 3 5 6 5 3 3 4 4 3 4 5 12 6 2 3 6 0.03 2.24 56 E -1 0 2 2 0 0 1 -1 1 -1 -2 0 0 -1 -1 0 0 2 0 -1 4 6 8 12 2 5 10 5 3 3 4 5 3 3 4 6 5 2 3 4 0.08 2.18 57 G -1 -1 1 1 -2 0 0 4 1 -3 -2 0 -2 -1 -1 0 0 0 -1 -2 4 3 7 9 1 4 5 27 3 2 4 5 1 3 3 6 5 1 2 2 0.27 2.15 58 G -2 0 1 1 0 0 0 3 1 -2 -3 -1 -1 -1 -2 1 0 1 0 -2 4 5 7 7 2 4 5 21 3 3 3 4 2 3 3 9 5 2 4 4 0.17 2.13 59 L -2 0 1 0 1 0 -1 0 1 0 -1 -1 1 0 -1 0 1 2 1 1 4 5 6 4 3 4 5 7 4 6 7 5 3 4 3 6 7 3 4 8 0.02 2.12 60 C 0 -1 -1 -1 3 0 -1 0 3 0 -1 -1 1 0 -1 1 0 3 1 -1 7 4 3 3 5 4 3 7 7 6 6 3 3 4 3 12 6 4 5 4 0.12 2.14 61 R -2 1 0 -2 0 0 0 -3 0 0 -1 0 0 0 -2 2 3 1 0 0 3 8 4 2 2 4 5 2 3 5 5 5 2 3 2 15 18 2 3 6 0.18 2.20 62 L -3 -3 -3 -4 -1 -3 -4 -4 -2 0 6 -3 1 0 -3 -4 -3 0 -2 -1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 4 67 1 3 3 1 1 1 1 1 3 1.01 2.24 63 R -3 1 1 -2 -2 1 1 -3 3 1 -1 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