Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 1 -2 4 -1 -3 -1 -2 2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 4 0 -4 -3 -3 7 0 30 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0.63 0.36 2 Q -2 2 4 -1 -4 5 0 -3 -1 -4 -4 1 -2 -5 2 -1 -2 -4 -3 -4 0 10 32 0 0 43 0 0 0 0 0 4 0 0 11 0 0 0 0 0 0.83 0.47 3 Q -3 0 -2 1 -5 5 5 -4 -2 -4 -4 1 1 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -2 0 2 0 7 0 39 38 0 0 0 0 7 4 0 0 0 0 0 0 3 0.92 0.67 4 L 1 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -1 -4 0 2 -3 7 -2 -4 -2 2 -4 -3 1 13 0 0 0 0 0 0 5 0 2 20 0 39 0 0 0 14 0 0 8 0.69 0.73 5 N -2 -2 7 -1 -4 -2 -2 -2 1 -4 -4 -1 -3 -5 -4 -1 -2 -5 -4 0 2 0 82 0 0 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 9 1.37 0.73 6 R -3 3 -1 -1 -4 1 0 -4 0 2 1 0 3 0 -4 -3 -2 0 -1 0 0 20 3 3 0 8 6 0 2 17 14 5 8 3 0 0 2 1 2 6 0.30 0.77 7 L 1 2 -2 0 -4 3 3 -3 -2 -4 -1 4 -1 -2 -3 -2 -2 -4 -3 -3 11 9 0 3 0 18 19 0 0 0 7 30 2 2 0 0 1 0 0 0 0.55 0.76 8 L 2 -4 -5 -5 0 -3 -4 -4 -4 3 4 -4 5 0 -4 -3 -3 -3 0 -1 22 0 0 0 1 0 0 0 0 16 38 0 16 3 0 0 0 0 3 0 0.64 0.76 9 L 0 -2 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 3 0 0 2 -1 -4 -3 -1 -3 4 4 8 1 0 0 0 0 0 0 0 16 6 6 6 0 0 0 4 0 18 36 0.56 0.76 10 E -2 2 -2 3 -5 4 3 -4 4 -3 -3 2 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -1 -4 2 10 0 20 0 24 19 0 10 1 3 10 0 0 0 0 0 0 2 0 0.69 0.81 11 W -1 -4 -3 -5 -3 -1 -4 -5 -4 3 4 -4 3 -1 -4 -3 1 3 0 2 3 0 1 0 0 3 0 0 0 19 40 0 7 1 0 0 8 4 2 12 0.59 0.82 12 I -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 4 5 -5 1 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 60 0 3 0 0 0 0 0 0 10 1.02 0.84 13 G 1 -1 4 0 -4 0 1 0 -2 -4 0 3 0 -4 -4 -1 -2 -5 -2 -2 14 1 24 3 0 4 9 7 0 0 10 19 2 0 0 2 0 0 2 1 0.37 0.84 14 A 1 1 1 2 -5 2 4 -1 -2 -4 -3 2 -2 -4 -3 -2 0 -4 0 -4 11 8 8 9 0 7 27 3 0 0 2 14 1 0 0 0 4 0 4 0 0.45 0.84 15 W -5 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -5 -4 -5 -4 -5 -3 0 -6 -5 -4 12 2 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 94 4 0 3.56 0.84 16 D -4 -3 4 7 1 -2 -1 -3 -3 -5 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 18 78 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.61 0.84 17 P -3 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.78 0.84 18 F -4 -4 -5 -5 -4 -4 -2 -5 -4 1 2 -4 4 7 -5 -2 -3 -2 0 -2 0 0 0 0 0 0 3 0 0 8 15 0 15 55 0 4 0 0 0 0 1.10 0.84 19 G 0 0 2 1 -5 2 0 3 4 -5 -4 1 -4 -5 -4 0 -3 -5 -3 -4 6 4 11 7 0 13 6 25 13 0 2 8 0 0 0 5 0 0 0 0 0.51 0.84 20 L 1 -4 -4 -5 0 -2 -4 -4 -3 2 2 -4 3 2 -4 -3 -3 -2 5 0 16 0 0 0 2 1 0 0 0 14 21 0 9 9 0 0 0 0 22 4 0.59 0.84 21 G -2 -1 -1 0 -5 -1 -2 6 -3 -5 -5 -1 -4 -4 1 -2 -3 -4 0 -5 0 3 1 7 0 3 1 72 0 0 0 2 0 0 7 0 0 0 5 0 1.19 0.84 22 K 0 -3 1 3 -4 0 3 -2 -3 -4 -2 1 -4 -5 4 0 -1 -5 -4 -2 7 0 7 15 0 3 21 1 0 0 3 8 0 0 23 6 4 0 0 3 0.54 0.84 23 D -2 -4 -1 5 -5 -1 2 4 -3 -5 -5 -3 -4 1 0 -2 -2 -5 -4 -5 2 0 1 35 0 3 12 32 0 0 0 0 0 8 4 0 2 0 0 0 0.79 0.84 24 A 1 -1 2 1 -4 0 2 -1 2 -4 -3 -2 0 3 -4 2 1 -4 -2 -3 14 3 9 7 0 2 14 3 5 0 0 0 2 17 0 16 8 0 0 0 0.34 0.84 25 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -3 0 -3 -2 -4 1 2 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 2 0 5 5 0 0 0 0 86 0 1.88 0.84 26 D -2 -1 0 5 -5 -1 4 1 -3 -5 -5 -2 -4 -4 0 -2 -3 -5 0 -5 3 3 3 40 0 0 30 11 0 0 0 0 0 0 4 1 0 0 5 0 0.85 0.84 27 V 1 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -4 -4 -1 -1 -3 -2 0 3 1 5 -4 -3 -1 9 0 0 0 0 3 0 0 0 2 6 0 0 5 13 8 51 0 0 4 0.69 0.84 28 E -3 -2 -2 0 -6 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 2 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.72 0.84 29 A 2 -4 -4 -5 -1 -4 -4 -4 -4 5 -1 -2 2 2 -2 -3 0 -4 -3 2 22 0 0 0 1 0 0 0 0 39 0 2 6 9 2 0 7 0 0 13 0.60 0.84 30 A 4 -2 -3 2 -3 -3 -1 -1 0 -1 -2 -1 -3 -3 -3 1 -2 -3 3 0 37 2 0 12 0 0 2 3 2 3 3 3 0 0 0 11 1 0 13 8 0.39 0.84 31 S -1 -1 0 7 -5 -1 3 -3 -3 -5 -5 1 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 4 2 3 64 0 0 18 0 0 0 0 8 0 0 0 1 0 0 0 0 1.23 0.84 32 V -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 -1 -4 3 -3 -4 0 -1 -5 -3 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 40 0 0 7 0 0 8 3 0 0 41 0.90 0.84 33 L -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 0 3 2 -4 5 -2 -4 -3 0 -4 -1 4 3 0 0 0 0 0 0 0 2 21 13 0 18 0 0 0 4 0 2 35 0.74 0.84 34 Q 1 -1 0 3 -4 4 1 -2 0 -4 -3 -1 1 -4 -3 0 -1 -4 1 -2 16 2 4 18 0 26 7 2 1 0 2 2 4 0 0 4 3 0 5 3 0.43 0.84 35 A 5 -3 -3 -3 -3 1 0 -2 -3 -1 -1 0 -2 -4 -3 -1 -1 -5 -4 0 62 0 0 1 0 6 5 1 0 3 7 5 0 0 0 0 3 0 0 7 0.65 0.84 36 V -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -2 -5 2 4 -4 1 -2 -4 0 -2 -4 -3 4 1 0 0 0 0 0 0 3 0 10 41 0 2 0 0 7 1 0 0 35 0.71 0.84 37 Y -3 -2 1 -3 -4 3 -2 -4 7 -1 -4 -1 -3 0 -4 0 1 -3 4 -1 0 0 8 0 0 16 0 0 32 4 0 2 0 4 0 7 8 0 15 4 0.77 0.84 38 E -2 1 -1 2 -4 3 3 -1 2 -3 -2 -1 -3 -4 -4 -1 1 -5 -1 1 2 8 1 13 0 16 18 6 5 0 4 3 0 0 0 3 8 0 2 11 0.33 0.84 39 T -1 -4 -4 -4 1 -3 0 -5 3 4 2 -3 -1 1 -4 -3 2 -4 -1 0 4 0 0 0 3 0 6 0 9 28 25 1 0 6 0 0 13 0 1 4 0.48 0.84 40 E -2 -3 2 7 -5 0 2 -1 -3 -5 -5 -2 -4 -1 -3 -2 -3 -5 -4 -5 2 0 11 64 0 3 12 4 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 1.18 0.82 41 D -3 -2 1 5 -5 0 1 -3 4 -5 -5 -1 -4 -5 -3 2 -1 -5 -4 -5 0 1 7 45 0 4 9 0 11 0 0 3 0 0 0 18 4 0 0 0 0.88 0.84 42 A 1 -3 -4 -3 0 -2 0 -4 -4 1 -2 -3 -3 -4 6 -1 -1 -5 -4 1 13 1 0 0 2 1 7 0 0 11 4 0 0 0 43 4 3 0 0 11 0.85 0.84 43 R -1 1 1 2 -4 0 3 -2 -1 -1 -3 1 -2 -5 -2 2 1 -5 -4 -3 5 7 6 14 0 3 21 2 1 4 2 6 1 0 1 16 9 0 0 1 0.34 0.84 44 T 0 -1 -2 0 -5 1 4 -4 -1 -2 -3 3 -3 -4 0 -1 1 -4 1 -2 7 2 0 4 0 4 36 0 1 2 2 20 0 0 4 2 8 0 5 2 0.50 0.84 45 L -1 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -5 2 5 -4 0 0 -5 -4 -3 -4 -3 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 8 79 0 0 3 0 0 0 0 0 7 1.06 0.84 46 A 6 -3 -2 -1 -3 -3 -3 1 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 0 0 -5 -4 -2 76 0 2 4 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 4 4 0 0 1 0.97 0.84 47 A 1 2 -2 -2 -5 2 3 -2 2 -4 -4 5 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -2 14 11 1 0 0 7 20 2 5 0 0 38 0 0 0 0 0 0 0 3 0.66 0.84 48 R 1 3 -3 -1 1 1 0 -1 0 -2 -3 3 -3 -4 -3 -1 0 -4 0 1 15 15 0 2 3 6 4 4 2 2 0 24 0 0 0 2 7 0 3 11 0.34 0.84 49 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 0 -5 -1 2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 1.49 0.84 50 Q -3 3 0 -2 -5 7 0 -1 3 -5 -4 1 -3 -5 -3 -2 -3 -4 -3 -4 0 14 3 0 0 65 0 4 6 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.84 51 S 0 1 1 2 -4 1 1 -1 3 -2 -2 0 -1 -2 -3 2 0 -5 -3 -2 9 9 5 11 0 6 8 5 9 2 3 4 1 1 0 19 4 0 0 3 0.24 0.84 52 I -3 -5 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 0 -4 -1 -2 -4 -2 1 -5 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 3 0 0 0 0 3 11 0 0 23 1.02 0.84 53 Y -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -1 -2 1 -4 1 6 -5 -4 -4 0 7 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 3 38 0 0 0 0 48 0 1.48 0.84 54 E -2 0 -2 2 -5 2 5 -4 0 -4 -1 -2 0 -1 -3 -2 1 -4 -3 -4 2 4 0 9 0 7 53 0 2 0 7 0 3 3 0 0 10 0 0 0 0.74 0.84 55 F 0 -3 -3 1 -4 1 0 -4 5 -2 -1 -3 1 5 -4 -2 -2 -2 3 -2 7 0 0 9 0 8 6 0 14 1 4 0 3 31 0 3 2 0 9 3 0.57 0.84 56 A 1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 6 -1 -5 -4 -3 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 1.28 0.84 57 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -2 8 -6 -3 -4 -1 3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 2 0 0 7 0 1.94 0.84 58 D -2 -3 -2 4 -5 0 6 2 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -5 2 0 0 24 0 1 55 14 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.06 0.84 59 E -1 2 -2 1 -5 4 4 -4 -2 -2 -4 2 -1 -1 -3 -1 0 -4 -3 -4 3 9 0 7 0 18 37 0 0 3 0 10 2 4 0 1 5 0 0 0 0.63 0.84 60 P -1 -3 -3 1 4 -3 -2 -4 0 0 -1 0 0 -1 0 -2 2 7 -2 1 5 0 0 8 10 0 2 0 3 7 6 7 2 2 5 1 14 20 0 9 0.53 0.84 61 I -3 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -5 0 5 3 -2 1 2 3 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 40 26 3 3 7 15 0 0 0 0 4 0.74 0.84 62 P -1 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 8 1 -1 -6 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79 14 2 0 0 0 2.03 0.84 63 F -3 -2 -4 -4 -4 -3 1 -2 -1 4 3 -4 2 2 -5 -2 -2 -3 1 -1 0 2 0 0 0 0 10 3 2 24 36 0 5 9 0 3 2 0 5 0 0.50 0.84 64 P -1 -1 0 2 -5 0 6 0 -1 -1 -4 -1 -4 -5 0 1 -2 -5 -4 -4 3 2 3 8 0 1 57 6 1 5 0 1 0 0 4 8 1 0 0 0 0.79 0.84 65 H -2 -1 1 3 -5 2 4 -3 1 -4 -4 2 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -2 2 2 6 14 0 9 36 1 3 0 1 13 0 0 0 6 3 0 0 4 0.61 0.84 66 C -2 -5 -4 -5 10 -5 -5 -5 -5 1 -3 -5 -3 -4 -1 -3 0 -4 -4 -2 0 0 0 0 82 0 0 0 0 9 0 0 0 0 3 0 6 0 0 0 2.23 0.84 67 L -3 2 -3 -3 -4 3 1 -5 -1 1 1 1 3 -1 -4 -3 -1 -4 -3 2 0 12 0 0 0 16 10 0 1 8 17 8 9 2 0 0 3 0 0 14 0.37 0.85 68 K 1 -1 -1 1 -4 3 3 -3 0 -4 -4 3 -3 -5 0 -1 -3 2 -3 0 14 2 1 6 0 12 20 1 2 0 0 22 0 0 5 4 0 3 0 7 0.44 0.85 69 L -1 -4 -5 -5 -3 -1 -4 -5 -4 5 1 0 5 -2 -4 -4 -3 -4 -3 3 3 0 0 0 0 2 0 0 0 43 12 7 16 0 0 0 0 0 0 16 0.78 0.85 70 A 6 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 2 -2 -5 -4 -1 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 4 1.10 0.84 71 R -1 1 1 0 -5 2 3 0 1 -1 -4 1 -3 -3 -4 -1 -1 -3 4 -3 4 7 8 3 0 8 24 6 2 4 0 9 0 0 0 3 2 0 17 1 0.40 0.83 72 R -1 3 -2 -2 -5 3 3 -4 0 -5 -4 4 -3 -5 -3 -1 0 -5 -4 -4 4 16 0 0 0 15 20 0 3 0 0 36 0 0 0 1 5 0 0 0 0.78 0.83 73 L 1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 5 -4 1 -2 -4 -3 -3 -4 -3 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 9 75 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0.96 0.81 74 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 3 5 -4 2 2 -5 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 60 0 5 9 0 0 2 0 0 5 0.91 0.81 75 E 3 -3 1 -3 -3 -2 1 -1 -3 0 1 -3 1 0 -3 1 -1 -4 0 1 33 0 7 0 0 0 10 3 0 4 13 0 4 4 0 8 1 0 3 10 0.29 0.80 76 L -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 3 -4 2 -1 -4 0 -2 -4 -3 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 40 30 0 5 1 0 10 0 0 0 13 0.73 0.79 77 K -2 1 -2 -2 -5 1 1 -3 -3 0 -4 6 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 0 3 0 0 0 3 5 0 0 6 0 75 0 0 0 7 0 0 0 0 1.07 0.76 78 Q -3 -1 3 2 -5 1 3 0 2 -4 -4 -2 -3 2 -4 -1 -1 -3 2 -4 0 3 19 11 0 7 22 6 5 0 0 0 0 12 0 3 3 0 9 0 0.49 0.76 79 A -1 -2 3 0 -4 1 4 0 -2 -4 -4 -2 -3 -5 -3 3 2 -5 -4 -4 3 0 15 4 0 4 28 8 0 0 0 0 0 0 0 28 11 0 0 0 0.58 0.73 80 A 3 -3 -3 -2 6 -3 -1 1 -3 0 -3 -3 -3 -4 -3 3 -2 -4 -4 -2 32 0 0 1 20 0 3 10 0 6 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0 0.69 0.72 81 S 0 -1 -1 -2 -3 -1 -1 -2 -2 -4 -4 4 -3 -4 -2 5 1 -4 -3 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 62 7 0 0 0 0.83 0.62 K Lambda Standard Ungapped 0.1372 0.3218 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1836 0.3171 PSI Gapped 0.0562 0.2670