Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -2 -3 2 1 -4 -3 -2 -3 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 7 -1 -6 -4 -4 0 0 8 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 84 0 0 0 0 1.42 1.21 2 F -3 5 -2 -4 -1 1 -2 -3 3 -4 -3 4 -3 -1 -4 -2 -1 -2 1 -3 1 37 1 0 1 4 0 2 7 1 2 28 0 2 0 2 3 1 6 2 0.84 1.29 3 Y -1 -3 -2 -1 -5 -1 5 -4 -2 1 0 -2 1 -1 -4 0 1 -3 -1 1 4 0 1 2 0 1 43 0 1 7 8 0 3 2 0 6 9 0 2 9 0.55 1.27 4 G 1 -3 -1 -3 -5 -4 -4 6 -1 -3 -4 -4 -4 -4 -5 1 -2 0 -4 -4 11 1 2 1 0 0 0 67 1 2 1 0 0 0 0 10 1 1 0 0 1.24 1.26 5 E -3 -3 -1 3 3 -1 6 -2 -3 -4 -5 -2 -4 -6 -4 1 -2 -6 -4 -4 1 0 2 18 6 0 54 3 0 1 1 1 0 0 0 10 1 0 0 0 1.05 1.27 6 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 4 -5 1 -2 -3 -4 -2 -5 -4 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 37 40 0 2 1 1 1 1 0 0 16 1.05 1.26 7 V -2 -5 -6 -6 -2 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 0 0 -5 -5 -3 -4 -3 3 2 0 0 0 1 0 0 0 0 32 42 0 1 3 0 0 1 0 0 17 0.99 1.25 8 D -3 -4 0 7 -6 -1 2 -3 -2 -4 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -4 1 0 4 70 0 2 14 1 1 1 0 1 0 0 0 1 3 0 0 1 1.50 1.25 9 L -1 -4 -3 -5 0 -3 -4 -5 -3 2 5 -4 4 -1 -5 -3 -1 -2 -2 1 4 0 1 0 2 1 1 0 1 10 52 1 12 2 0 1 3 1 1 6 0.77 1.25 10 G 4 -4 -3 -4 -1 -4 -4 5 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -4 0 -3 1 -5 -4 44 0 0 0 1 0 0 46 0 0 1 0 0 0 0 4 0 2 0 0 1.17 1.23 11 V 0 -5 -4 -4 4 -3 0 -4 -3 1 0 -4 0 -3 -5 -1 0 -5 -4 5 6 0 0 1 9 0 6 0 0 7 8 0 2 1 0 5 5 0 0 47 0.68 1.25 12 K -1 -1 0 2 -5 2 4 -3 -2 -4 -3 4 -2 -4 -4 -1 -2 -6 -3 -4 5 2 4 12 0 7 31 1 1 1 2 25 1 1 0 4 2 0 0 1 0.66 1.26 13 E 0 -2 0 -3 1 -1 -1 -4 6 -1 1 0 2 0 -5 -2 0 -2 2 -2 9 1 4 1 3 3 4 1 23 4 16 5 6 3 0 1 5 0 8 3 0.44 1.22 14 K -2 -2 2 3 -5 -1 1 4 -2 -6 -5 3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 1 1 9 15 0 2 10 38 1 0 1 19 0 0 0 2 1 0 0 0 0.79 1.15 15 L -3 -5 -4 -6 -4 -4 -5 -6 -3 5 2 -4 0 3 -5 -4 -2 -4 -2 3 1 0 1 0 0 1 0 0 1 40 17 1 2 11 0 1 2 0 1 23 0.87 1.15 16 I -2 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -6 6 1 -5 1 -1 -5 -4 -3 -5 -4 4 2 0 0 0 2 0 0 0 0 51 8 0 3 2 0 0 0 0 0 33 1.15 1.12 17 E -2 0 0 1 -5 2 2 -3 -1 -2 -3 3 -2 -5 -4 0 2 -5 -3 0 1 3 3 7 0 11 16 2 1 2 1 20 1 0 0 7 15 0 1 8 0.39 1.12 18 K -3 3 -3 -3 -6 1 -2 -4 -3 -5 -5 7 -4 -6 -4 -3 -1 -5 -4 -5 0 13 0 0 0 6 0 0 0 0 0 77 0 0 0 0 4 0 0 0 1.46 1.11 19 A 2 1 0 -3 -4 -1 1 -2 -3 -3 -3 1 1 -5 -4 4 0 -5 -2 -3 15 8 4 0 0 1 8 2 0 1 2 9 4 0 0 39 5 0 1 1 0.50 1.11 20 G -1 -5 -1 -2 -5 -4 -4 7 -4 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -2 -4 1 -5 -2 3 0 3 2 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 4 1.64 1.11 21 A 4 -4 1 -4 -4 -1 -2 -1 0 -4 -3 -3 -1 -5 0 4 -1 -5 0 -1 35 0 6 0 0 2 2 5 2 0 2 0 2 0 4 31 3 0 3 4 0.60 1.33 22 W -2 -5 -2 -5 -5 -4 -5 -1 2 -4 -4 -5 0 2 -5 0 -2 11 1 -2 4 0 2 0 0 0 0 6 4 0 0 0 3 8 0 9 3 54 3 2 1.91 1.30 23 Y -5 -5 -5 -2 -5 -4 -5 -6 2 0 -1 -5 1 5 -6 -5 -4 -1 8 -1 0 0 0 3 0 0 0 0 4 4 6 0 3 19 0 0 0 0 58 3 1.57 1.33 24 S 0 -2 0 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1 0 -3 1 -4 4 0 3 2 -3 6 2 3 1 1 2 2 4 2 1 7 5 0 5 0 39 6 5 7 2 0.44 1.31 25 Y -3 -2 -1 -3 -1 -4 -5 -6 0 2 0 -3 0 4 -6 -2 -3 2 7 -2 1 2 4 1 2 0 0 0 2 11 7 1 2 15 0 4 1 2 44 1 1.04 1.40 26 K -3 -2 4 2 -5 0 2 3 -1 -2 -4 1 0 0 -3 -1 -3 -1 -4 -4 1 2 21 9 0 3 14 21 1 2 1 8 3 4 1 4 1 1 0 1 0.47 1.49 27 G -2 -2 3 3 -6 -2 2 5 -1 -6 -6 -2 -5 -6 -3 -1 -2 -6 -5 -4 1 2 12 17 0 1 13 43 1 0 0 1 0 0 1 4 2 0 0 1 0.89 1.47 28 E -2 -1 0 3 -5 2 5 -3 -1 -1 -3 0 -2 -5 -4 -2 0 -5 -2 -1 2 2 4 15 0 10 38 2 1 4 2 5 1 0 0 2 6 0 1 4 0.65 1.50 29 K -3 5 0 -4 -6 2 -2 -5 1 -5 -3 5 1 -1 -3 -2 -1 -5 -2 -1 2 27 4 0 0 10 1 0 3 0 2 32 3 3 1 2 4 0 1 4 0.78 1.53 30 I -3 -3 -1 -5 -4 -2 -5 -5 -5 5 4 -3 1 0 -5 -2 -2 -4 -2 0 2 1 3 0 0 2 0 0 0 33 39 2 2 4 0 4 2 0 1 4 0.79 1.46 31 G 0 -4 -3 -1 -2 -2 -4 6 -4 -5 -5 -2 -4 4 -5 -2 -3 1 -3 -5 6 0 0 3 1 2 0 64 0 0 0 2 0 16 0 1 1 2 0 0 1.25 1.42 32 Q -3 1 0 -2 -6 7 -1 -5 4 -4 -5 -1 -2 -5 -1 -3 -3 -5 -2 -3 1 6 4 2 0 65 1 0 9 1 0 2 1 0 3 0 1 0 1 2 1.39 1.47 33 G -3 -3 -2 -4 -5 -4 -2 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -4 1 -5 -6 0 1 2 0 0 0 2 90 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 0 1.92 1.40 34 K -3 6 -3 -3 -6 -1 -2 -4 -2 -2 -4 5 -3 -4 -5 -3 -3 -3 -3 -3 1 45 0 1 0 1 0 0 1 2 1 43 1 0 0 1 0 0 0 2 1.33 1.47 35 A -1 -2 0 5 -6 -1 6 -4 -3 -4 -5 -1 -3 -2 -3 -2 -3 -6 -4 -2 5 1 3 27 0 1 50 0 0 1 1 2 0 2 1 2 1 0 0 3 1.07 1.49 36 N 3 -2 6 -3 -5 -2 -1 -2 -2 -4 -4 2 -4 -4 -4 0 -1 -6 -5 -3 24 2 40 0 0 1 4 2 1 1 2 14 0 1 0 6 3 0 0 1 0.83 1.46 37 A 5 -5 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -5 -2 1 -4 -1 -1 -4 0 0 -5 -4 3 48 0 0 0 1 0 0 1 0 1 15 0 1 3 0 7 5 0 0 18 0.74 1.46 38 T -2 3 -3 -3 -1 -1 1 -4 -4 0 -3 6 -1 -4 -4 -2 -3 -6 -4 -1 3 18 0 0 1 1 9 1 0 7 2 48 1 1 0 2 1 0 0 4 0.87 1.50 39 A 0 1 1 0 -2 4 2 -3 -1 -2 -3 2 0 -4 -4 0 0 -6 -3 -2 9 6 6 5 1 20 13 1 2 2 3 14 2 1 0 7 5 0 1 2 0.38 1.50 40 W -2 -4 -4 -6 -3 -4 -3 -6 0 -2 -1 -3 -1 6 -6 -4 -3 4 7 -2 3 1 0 0 0 0 2 0 2 1 6 1 1 35 0 0 1 5 38 2 1.38 1.52 41 L -4 -4 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -5 1 0 -6 -5 -3 -5 -4 -1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 4 87 0 2 3 0 0 1 0 0 1 1.52 1.48 42 K 1 3 -2 -1 -4 0 2 -4 -3 -1 -1 4 2 -4 -4 -1 -1 -6 -5 -1 10 14 1 4 0 4 13 1 0 3 6 27 5 0 0 4 4 0 0 3 0.43 1.50 43 D -1 -2 0 3 -6 1 6 -2 -2 -5 -5 0 -4 -6 -4 -1 -1 -6 -4 -4 5 1 5 18 0 5 48 3 1 0 1 4 0 0 0 4 3 0 0 1 0.93 1.50 44 N -4 -2 8 0 -3 -2 -2 -4 5 -6 -6 0 -2 -6 -5 -2 -3 -6 -3 -6 0 2 68 4 1 1 1 0 15 0 0 4 1 0 0 1 1 0 0 0 1.64 1.50 45 P -2 -2 -2 0 -6 0 1 -3 -2 -3 -3 1 -3 -5 7 -2 -1 -6 -3 -3 2 2 2 5 0 4 9 2 1 1 2 8 0 0 54 2 3 0 1 2 1.22 1.52 46 E 1 -3 -1 4 -6 0 5 -1 -2 -4 -5 1 -5 -5 -3 0 -1 -6 -4 -3 10 0 3 19 0 3 37 5 1 1 1 8 0 0 1 7 3 0 0 1 0.71 1.53 47 T -1 -4 -6 -4 -3 -4 -3 -5 -4 4 3 -4 2 1 -5 -4 -2 -3 -3 3 6 1 0 1 0 0 1 1 0 20 33 1 5 6 0 1 2 0 0 22 0.71 1.55 48 A 4 1 -4 -4 2 -1 -3 -3 -1 -3 1 -1 3 1 -4 -1 -1 -5 0 -2 35 9 0 0 4 2 1 1 2 1 12 4 9 7 1 3 4 0 4 2 0.45 1.56 49 K 1 -1 2 3 -6 2 4 -3 -1 -4 -3 2 -3 -5 -4 -1 -2 -4 -3 -3 13 2 9 18 0 8 25 2 2 1 3 11 1 0 0 3 2 0 1 1 0.54 1.58 50 E -1 -1 -2 1 -6 1 6 -3 -2 -4 -5 1 -3 -5 -4 -2 -1 -6 -4 -4 5 3 1 7 0 6 61 1 0 1 1 9 1 0 0 1 3 0 0 1 1.11 1.59 51 I -4 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 7 3 -6 0 -1 -6 -5 -3 -5 -4 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 60 29 0 2 1 0 0 1 0 0 6 1.43 1.56 52 E -2 0 -3 1 -1 0 6 -4 -1 -2 -3 0 0 -3 -4 -2 -1 -4 -2 -1 2 4 1 5 2 2 57 1 1 3 2 4 3 1 0 2 4 0 1 6 0.90 1.57 53 K 1 0 1 0 -4 2 1 -1 0 -3 -3 3 2 -4 -4 0 1 -6 -3 -3 13 4 8 4 0 10 8 4 2 1 2 22 6 0 0 5 8 0 1 1 0.36 1.58 54 K 0 1 -3 -2 -6 3 1 -3 -3 -1 -1 6 -1 -5 -4 -3 -1 -6 -5 -3 6 6 1 2 0 11 9 2 0 4 8 45 1 0 0 1 3 0 0 1 0.74 1.59 55 V -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 6 3 -6 0 -3 -6 -5 -1 -5 -3 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 41 24 0 2 0 0 0 3 0 0 30 1.19 1.56 56 R -3 7 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -3 -2 -2 3 0 -3 -5 -4 -3 -2 -2 -3 1 66 0 0 0 1 1 0 0 2 5 15 3 1 0 0 1 1 1 1 1.39 1.54 57 E 1 -1 0 2 -6 2 5 -3 -3 -5 -5 0 -4 -6 -4 -1 0 -6 -5 -4 12 3 3 10 0 7 47 1 0 0 0 6 0 0 0 4 5 0 0 1 0.84 1.52 58 L 2 -1 -2 -4 -4 2 -1 -4 -1 -1 -1 5 1 -3 -4 -1 -2 -4 -3 -2 16 2 2 0 0 9 3 0 2 4 7 43 3 1 0 3 2 0 0 3 0.65 1.52 59 L -4 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 3 5 -3 4 -2 -6 -5 -3 -5 -1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 16 62 1 10 1 0 0 0 0 2 7 1.16 1.46 60 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 2 4 -5 4 5 -6 -5 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 50 0 9 29 0 0 0 0 0 4 1.14 1.21 K Lambda Standard Ungapped 0.1327 0.3098 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2069 0.3188 PSI Gapped 0.0633 0.2670