Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -2 -1 6 1 -3 0 -1 -1 3 -4 -4 -1 -3 -3 -2 0 0 -4 -2 -3 0 0 89 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.81 0.09 2 K -1 1 0 -1 -3 5 1 -2 0 -3 -3 3 -1 -4 -2 0 -1 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 66 0 0 0 0 0 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0.64 0.09 3 A 2 0 -1 -1 -3 5 3 -2 -1 -3 -3 0 -2 -4 -2 0 -1 -3 -2 -2 25 0 0 0 0 52 18 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0.58 0.22 4 S -1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 6 1 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 7 0 0 0 1.28 0.78 5 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 1 -4 1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 8 0 3 0 0 0 0 0 0 62 1.07 0.80 6 V -1 -5 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 0 -4 -1 -3 -4 -4 -2 -5 -3 6 3 0 0 0 0 0 0 0 0 10 3 0 0 0 0 0 0 0 0 84 1.21 0.80 7 A 6 -3 -3 -4 1 -3 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -3 -4 -3 0 0 -5 -4 -2 88 0 0 0 3 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 3 4 0 0 0 1.13 0.80 8 N 2 1 3 -2 -4 -1 -2 -3 -3 -4 -4 4 -3 -5 -3 1 3 -5 -4 -2 21 5 15 0 0 1 0 0 0 0 0 29 0 0 0 9 18 0 0 1 0.56 0.80 9 Q -2 3 -3 -3 -1 5 -2 -4 -3 -2 -2 2 0 -4 -4 -2 1 -4 -3 3 0 14 0 0 2 31 0 0 0 0 1 14 2 0 0 0 8 0 0 29 0.63 0.80 10 L 1 0 1 4 -4 -2 -1 -3 1 -3 1 2 -2 -4 -1 -2 0 -5 -2 -2 11 3 6 26 0 0 2 0 3 0 19 15 0 0 3 1 7 0 1 2 0.34 0.80 11 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 3 -5 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 70 27 0 0 0 0 0 0 0 0 3 1.20 0.80 12 P -2 -1 -1 -2 -1 -1 0 -4 -1 -5 -5 1 -4 -5 7 -1 -3 -5 -4 -4 2 2 2 1 1 1 5 0 2 0 0 9 0 0 69 5 0 0 0 0 1.63 0.80 13 I 2 -1 -3 -3 -4 0 2 -3 -3 3 -2 4 1 -4 -3 -2 -2 -5 -4 0 20 0 0 0 0 3 12 0 0 18 0 35 5 0 0 0 1 0 0 5 0.51 0.80 14 N -2 -2 3 -2 -5 -3 -2 6 -3 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 1 2 19 1 0 0 2 75 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.40 0.80 15 T 0 -3 -2 0 -3 0 -1 -3 2 -3 -2 -2 -3 -4 -3 -1 6 -4 -1 -1 6 0 0 5 0 3 3 0 6 0 2 2 0 0 0 1 67 0 2 4 0.86 0.80 16 A 3 -2 -4 -4 -3 0 0 -4 -4 2 -2 0 0 -3 -2 -2 0 -5 -3 4 25 2 0 0 0 4 6 0 0 10 1 5 2 0 1 1 4 0 0 39 0.48 0.83 17 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 3 6 -5 1 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 80 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1.19 0.83 18 T -1 -1 -2 -1 1 1 -2 -3 -3 -3 -2 0 -1 -4 -3 0 6 -4 -4 -2 3 3 0 2 4 8 0 1 0 0 2 4 1 0 0 5 67 0 0 0 0.90 0.83 19 L 0 -2 -4 -3 -4 0 1 -4 0 -1 3 0 2 -3 3 -2 -3 1 -3 -1 6 2 0 0 0 3 12 0 2 1 39 6 4 0 14 3 0 2 0 4 0.42 0.83 20 I 1 -3 0 5 -4 -2 3 -2 -1 0 -4 -2 -3 -5 -3 0 -1 -5 -4 0 12 0 3 41 0 0 20 2 1 7 0 0 0 0 0 5 3 0 0 7 0.66 0.83 21 M -3 -3 0 1 -4 -2 -3 -4 0 -1 0 -3 9 -2 -4 -3 -3 -4 -3 -2 0 0 5 10 0 0 0 0 3 1 2 0 80 0 0 0 0 0 0 0 1.47 0.83 22 M -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 5 -4 6 1 -5 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 60 0 22 4 0 0 1 0 0 8 1.00 0.83 23 K 1 0 -2 1 -1 -2 0 -2 -3 -3 -4 2 0 -4 -3 0 5 -5 -4 -3 13 4 0 10 1 0 6 2 0 0 0 15 3 0 0 3 42 0 0 0 0.56 0.83 24 A 1 -4 -4 -4 1 -4 -3 1 -4 2 -1 -4 1 2 -4 -3 -1 1 0 4 14 0 0 0 2 0 2 13 0 10 2 0 3 8 0 0 4 2 3 38 0.46 0.82 25 E -3 2 -2 -2 -5 0 1 -4 -3 -4 -4 7 0 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -3 0 5 0 0 0 2 8 0 0 0 0 81 3 0 0 0 0 0 0 1 1.25 0.82 26 V -1 1 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -3 0 -1 -2 -1 -2 -3 -2 -2 -3 -2 6 5 8 1 4 0 1 3 1 0 1 4 1 0 1 1 1 1 0 1 67 0.70 0.68 27 V 3 -1 -2 -3 -2 -2 -2 2 -3 0 -2 -2 -2 -3 1 0 0 -3 -3 2 29 4 1 1 0 1 1 17 0 5 2 1 0 1 8 7 4 0 1 18 0.34 0.68 28 T -2 2 2 -1 -5 0 5 -4 -2 -4 -4 -1 -4 -4 -3 1 0 -5 -1 -2 2 14 9 1 0 2 49 0 0 0 0 2 0 0 0 10 6 0 3 2 0.73 0.82 29 P -3 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -1 -4 -6 8 -3 -3 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 96 0 0 0 0 0 2.60 0.82 30 M -1 0 0 -1 -4 0 -2 0 -1 -2 -2 4 4 -1 -3 1 2 -4 -3 -2 4 2 4 3 0 4 0 6 2 1 2 31 12 4 0 11 13 0 0 2 0.35 0.79 31 G -2 -4 -2 -1 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 0 3 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.87 0.82 32 I -3 -5 -5 -5 1 -5 -5 -6 -4 6 1 -5 -1 1 -5 -4 -3 2 2 2 0 0 0 0 4 0 0 0 0 65 7 0 0 5 0 0 0 3 8 8 1.02 0.82 33 P 1 -2 -3 -1 -4 -3 -2 -4 -2 -2 -2 0 -4 -5 7 1 -1 -5 -4 -3 10 1 0 3 0 0 2 0 1 3 3 5 0 0 61 9 2 0 0 1 1.35 0.82 34 A 3 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -4 -3 -3 -3 2 7 -1 -3 -4 -3 -3 32 0 0 0 0 0 0 2 0 0 2 0 0 10 51 3 0 0 0 0 1.28 0.82 35 E 1 -1 1 0 -5 0 6 -2 0 -4 -4 0 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -2 13 2 5 2 0 2 60 2 2 0 0 6 0 0 0 2 3 0 0 3 0.83 0.82 36 E -2 -1 0 5 -5 0 4 -3 1 -4 -3 0 1 -2 -4 -2 -1 -4 2 -4 3 2 4 32 0 2 26 1 3 0 3 6 4 2 0 0 4 0 8 0 0.60 0.82 37 I -1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 6 2 -1 4 0 -5 -4 -3 -4 1 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 55 16 4 11 3 0 0 0 0 5 2 0.86 0.82 38 P -1 -3 0 1 -1 0 -1 -4 2 -3 -2 -1 -3 5 3 1 -3 -3 2 -4 3 0 6 7 2 4 4 0 5 0 2 4 0 30 13 12 0 0 8 0 0.50 0.82 39 K -3 3 2 3 -1 3 2 -4 -2 -4 -3 1 -3 0 -4 -1 0 -5 -3 -4 1 19 10 17 1 15 12 0 0 0 2 9 0 5 0 4 6 0 0 0 0.50 0.82 40 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 4 5 -5 1 0 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 58 0 3 3 0 0 0 0 0 12 0.95 0.82 41 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -3 -5 -5 4 1 -4 -1 -1 -5 -4 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 2 0 0 22 10 0 0 2 0 0 0 0 0 64 1.03 0.82 42 G -2 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 1 -3 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.73 0.82 43 M -3 3 -1 -3 -5 2 -1 -4 -3 -4 -1 6 4 -4 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 19 1 0 0 7 0 0 0 0 5 56 12 0 0 0 0 0 0 0 0.96 0.82 44 Q -2 0 -2 -3 -4 4 0 -4 0 -3 -3 4 1 -5 -3 -1 2 -5 -3 -1 0 3 0 0 0 26 5 0 2 1 0 35 4 0 0 2 17 0 0 5 0.68 0.82 45 V 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 1 -4 1 -3 -4 -2 1 -5 -3 5 8 0 0 0 0 0 0 0 0 11 13 0 3 0 0 2 8 0 0 53 0.74 0.82 46 N 0 1 4 -2 -4 -2 -2 -3 -2 -2 -1 4 2 -4 -3 0 1 -5 -4 -3 10 6 28 0 0 0 0 0 0 2 8 27 5 0 0 4 11 0 0 0 0.52 0.81 47 R -2 4 -3 0 -4 3 1 -2 -3 -1 -3 2 -3 -4 -4 -2 0 -5 -4 2 2 26 0 5 0 13 6 3 0 3 0 16 0 0 0 1 6 0 0 19 0.47 0.83 48 A 2 -3 2 4 -4 -2 -1 -2 -1 -1 -4 -2 1 -5 2 -1 2 -5 -4 -2 18 0 13 29 0 1 2 2 2 3 0 1 4 0 8 3 12 0 0 2 0.49 0.83 49 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 1 -2 1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 11 2 3 0 0 0 0 0 0 46 0.99 0.83 50 P 1 -2 0 1 -5 0 4 0 -3 -4 -4 2 -4 -4 3 -1 -3 -5 0 -2 14 0 4 9 0 2 32 5 0 0 1 11 0 0 15 1 0 0 3 2 0.52 0.82 51 L -1 -2 -2 -2 1 1 5 -2 -3 -2 -1 2 3 -1 -4 -2 -3 -4 0 -1 4 0 1 0 3 5 44 3 0 1 7 11 10 2 0 1 0 0 4 5 0.52 0.82 52 G -3 -4 1 7 -5 -2 0 2 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 4 75 0 0 2 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.48 0.82 53 T -1 -2 -2 3 -5 2 5 -4 -2 -4 -4 -2 -4 -5 -3 0 2 -5 -4 -2 3 0 0 18 0 8 47 0 0 0 0 0 0 0 0 5 17 0 0 2 0.85 0.82 54 T 0 -3 -2 -3 -3 0 -3 -3 -4 1 -1 -3 0 -4 1 3 5 -5 -4 -1 6 0 0 0 0 4 0 0 0 10 4 0 3 0 7 23 42 0 0 2 0.61 0.82 55 L -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 5 4 -5 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 48 40 0 0 0 0 0 0 0 0 12 1.04 0.82 56 M 0 -3 -1 -4 -3 0 -3 -4 -4 -1 2 -3 6 -1 -4 -1 4 -4 -3 -1 7 0 2 0 0 4 0 0 0 2 21 0 30 1 0 4 28 0 0 2 0.66 0.81 57 P -1 -1 -1 -1 -5 0 4 -1 -3 -5 -3 0 -4 -2 5 -1 -3 4 -3 -4 5 2 2 2 0 2 33 5 0 0 3 5 0 2 30 3 0 7 0 0 0.79 0.81 58 D -2 -3 3 6 -5 0 4 -2 -2 -3 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -3 -6 -4 -4 2 0 16 46 0 2 28 2 0 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.03 0.81 59 M 1 -3 0 2 1 -2 -2 -4 -3 -1 0 -3 8 -3 -4 0 -2 -4 -3 1 12 0 5 12 3 0 1 0 0 0 3 0 48 0 0 8 0 0 0 8 0.77 0.80 60 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 2 -4 -1 1 -5 -4 -2 -4 -3 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 26 16 0 0 5 0 0 0 0 0 52 0.91 0.78 61 K -1 1 -2 2 -5 0 5 -3 -2 -5 -4 5 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 3 3 0 11 0 2 40 0 0 0 0 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.67 62 N -1 -2 5 -1 0 -2 -2 3 -2 -4 -4 -2 -3 -1 -3 1 2 -4 -3 -3 2 0 40 0 2 0 0 24 0 0 0 0 0 3 0 9 19 0 0 0 0.68 0.52 63 Y -3 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 6 -3 -3 -3 -2 1 -4 -3 -3 3 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 28 0 0 0 0 0 0 0 0 3 69 0 1.40 0.43 64 E 0 1 0 0 -3 3 3 -2 -1 -3 -3 0 -2 -4 -2 3 0 -3 -2 -3 0 9 0 0 0 23 22 0 0 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 0.49 0.20 K Lambda Standard Ungapped 0.1316 0.3164 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1897 0.3165 PSI Gapped 0.0581 0.2670