Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -4 -3 -2 6 -6 1 5 -4 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 0 0 0 48 0 6 41 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.45 1.27 2 A 3 -1 -1 1 -4 -1 1 -1 -4 -4 -4 2 -4 0 0 2 1 -5 -4 -2 22 2 2 6 0 3 9 5 0 0 1 12 0 4 4 19 8 0 0 2 0.34 1.35 3 G 0 -3 -3 1 -5 -2 1 4 -4 -6 -6 -1 -5 -6 4 1 -1 -6 -5 -5 7 1 0 8 0 1 9 37 0 0 0 3 0 0 20 12 3 0 0 0 0.82 1.40 4 V -4 -5 -6 -6 -3 -6 -6 -5 -5 2 0 -6 -3 8 -5 -5 -4 -3 1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 12 5 0 0 64 0 0 0 0 4 13 1.60 1.57 5 E -3 -1 -1 0 -5 1 4 -5 0 -2 -4 1 -4 -4 -4 1 4 -3 -3 -1 1 3 2 3 0 6 31 0 2 3 1 8 0 1 0 8 26 0 1 4 0.64 1.59 6 V -2 -4 -6 -5 -4 -4 -5 -6 -6 6 -1 -4 -2 -4 -4 -4 1 -4 -2 5 2 1 0 0 0 0 0 0 0 46 3 1 0 0 1 0 7 0 1 37 1.21 1.61 7 V -3 1 -1 0 -4 -2 2 -4 1 3 -3 0 -2 -2 -5 -1 3 -5 -1 2 1 7 2 5 0 1 13 1 4 17 2 5 1 2 0 5 18 0 2 15 0.37 1.63 8 P -2 5 0 -3 -4 1 2 -4 1 -3 -4 3 -3 -6 2 -1 -1 -4 -2 -3 2 31 5 1 0 6 12 1 4 1 1 17 1 0 9 3 3 0 1 2 0.67 1.62 9 V -2 0 0 4 0 -1 3 -3 -2 -1 0 1 -1 -4 -2 -3 -2 -3 -1 0 4 4 4 23 2 2 18 2 1 4 9 10 1 0 2 1 2 0 2 8 0.35 1.61 10 A -1 -3 1 3 -6 0 4 2 -3 -3 -5 0 -4 -4 0 0 -2 -6 -2 -3 4 1 5 16 0 2 34 15 0 1 0 4 0 1 4 7 1 0 1 2 0.62 1.61 11 E -3 -2 3 6 -5 -1 4 -1 -2 -6 -5 -1 -5 -5 0 -1 -3 -6 -4 -5 2 1 12 39 0 1 23 4 0 0 1 4 0 0 6 3 1 0 0 0 0.94 1.60 12 G -1 -1 2 1 -5 -3 -1 6 2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -4 4 4 10 9 0 1 3 55 6 0 1 1 0 0 1 2 1 0 1 1 1.00 1.50 13 V 1 0 -3 -3 -2 -2 -1 -1 -2 2 -1 -2 0 -2 -4 -1 2 -4 0 4 10 5 1 2 1 2 4 5 1 10 4 2 2 2 0 3 15 0 3 27 0.31 1.55 14 Y -5 -4 -6 -7 -5 -5 -6 -6 -3 -3 -3 -6 -4 7 -7 -5 -5 8 6 -4 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 41 0 0 0 25 31 1 2.11 1.60 15 E -3 2 -3 -3 -5 -1 2 -6 1 3 -1 -1 -2 -2 -5 -3 -1 -3 0 4 1 13 1 1 0 3 13 0 3 15 4 3 1 1 0 2 3 0 4 32 0.53 1.60 16 V -3 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 4 1 -5 -1 -4 -6 -5 -3 -6 -4 6 1 0 0 0 1 0 0 0 0 18 10 0 1 0 0 0 0 0 0 70 1.47 1.60 17 R -2 1 -3 0 -4 -1 4 -3 1 -2 -3 1 -2 -3 -4 2 2 -5 0 0 2 9 1 5 0 2 24 1 4 3 3 8 1 1 0 15 12 0 3 7 0.38 1.64 18 A 0 -5 -2 -3 -2 -3 -5 7 0 -6 -6 -4 -5 -6 -5 0 -4 -6 -6 -6 7 0 1 1 1 1 0 79 2 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1.71 1.64 19 P 0 1 -2 2 -5 -1 2 0 -2 -5 -5 2 -4 -5 4 0 -1 -6 -3 -3 8 7 1 11 0 2 15 6 1 0 0 14 0 0 21 6 4 0 1 1 0.52 1.64 20 E -1 3 -2 -1 -6 0 1 0 -2 -2 -3 4 -2 0 -3 -2 -2 5 1 -4 5 15 1 3 0 4 10 7 1 3 3 24 1 4 1 2 2 8 5 1 0.45 1.64 21 V -2 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 3 -5 0 0 1 -5 -3 -5 -4 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 35 25 0 1 4 8 0 1 0 0 22 0.97 1.63 22 E -2 -1 -3 2 -6 1 6 -4 -1 -4 -3 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 -4 2 3 1 12 0 5 61 0 1 1 2 2 1 1 1 3 2 0 1 1 1.12 1.65 23 R -2 6 0 -1 -6 0 -1 -4 -2 -5 -4 4 -3 -3 -3 -2 -2 -4 0 -4 2 46 4 3 0 3 4 1 1 0 1 26 1 1 1 1 2 0 3 1 1.06 1.65 24 Y -1 -2 -4 -5 -5 -2 -5 -6 0 2 4 -2 3 1 -6 -4 -3 6 1 0 5 3 1 0 0 2 0 0 2 13 34 2 8 5 0 0 1 13 4 7 0.74 1.64 25 L 0 -5 -6 -6 -2 -4 -5 -5 -5 2 3 -5 2 3 -5 -3 -2 -4 1 4 8 0 0 0 1 0 0 1 0 11 23 0 6 14 0 2 2 0 5 27 0.70 1.63 26 A 1 2 1 0 -5 2 0 1 1 -2 -2 3 -3 -5 -4 0 -2 -5 -1 -2 14 12 7 5 0 10 5 10 3 2 4 16 0 0 0 6 1 0 2 3 0.30 1.63 27 R -3 3 -1 -3 -5 3 -3 -3 -2 -1 -2 2 7 -4 -5 0 -2 -5 2 -2 1 18 3 1 0 13 0 2 0 3 2 11 28 0 0 8 2 0 6 2 0.75 1.63 28 I -2 -5 -2 -4 -2 -4 -4 -5 -2 2 -2 -4 0 0 -5 -1 6 -5 2 2 2 0 1 0 1 0 0 0 1 9 2 0 2 4 0 3 53 0 6 14 0.97 1.65 29 K -4 -2 6 5 -6 -1 -2 -4 -2 -3 -5 0 -4 -5 1 -1 -2 -7 -2 -3 1 2 41 31 0 2 1 0 1 2 1 6 0 0 6 3 1 0 1 2 1.10 1.65 30 G -4 -3 -6 -6 -5 -5 -5 -3 -5 1 2 -4 2 6 -5 -4 -1 5 -1 0 1 2 0 0 0 0 0 2 0 8 22 1 5 39 0 0 4 8 1 5 1.02 1.65 31 D -1 -1 4 4 -6 -1 3 -2 0 -4 -5 -2 -2 -4 -5 1 0 -2 -1 -4 4 4 17 25 0 3 19 3 2 1 0 2 1 1 0 9 7 1 2 1 0.62 1.64 32 L -3 0 5 4 -5 0 -1 -3 2 -4 -3 -1 -3 -4 -5 1 1 -6 1 -4 2 4 25 22 0 4 2 2 4 1 3 3 0 0 0 12 9 0 6 1 0.62 1.65 33 M -3 -1 -1 4 -6 0 4 -5 1 -3 -3 -2 0 -1 2 -2 -2 -3 3 -3 2 3 2 24 0 3 24 0 4 2 2 2 3 2 9 2 2 0 12 2 0.61 1.63 34 E -1 -2 -2 4 -6 0 6 -2 -1 -6 -5 0 -5 -4 -3 -2 -3 -1 -3 -4 4 2 1 22 0 3 51 4 1 0 1 6 0 1 0 1 0 1 1 1 1.05 1.55 35 A 4 -4 1 -2 -4 -2 -3 2 -4 -3 -5 -3 -1 -5 -3 4 -1 -6 -5 -1 33 0 6 2 0 1 1 13 0 1 0 0 2 0 1 32 3 0 0 4 0.73 1.54 36 A -1 1 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 2 3 -4 3 2 -4 -4 -3 -5 -1 4 5 7 0 1 0 1 1 0 1 11 28 0 6 8 0 1 1 0 1 26 0.59 1.55 37 G 0 4 0 -1 -5 2 1 1 -2 -1 0 1 2 -3 -5 -2 -2 1 0 -2 7 21 4 3 0 8 8 9 1 3 9 7 6 1 0 2 2 2 4 3 0.28 1.56 38 Y -4 5 -2 -3 -6 0 -2 -6 0 -3 -3 -1 -2 3 -5 -4 -4 2 6 -3 1 39 2 1 0 5 2 0 2 1 2 3 1 10 0 0 1 2 29 1 1.11 1.56 39 L -3 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -5 0 3 -6 0 8 -6 -5 -5 -3 0 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 28 0 1 59 0 0 0 0 1 4 1.58 1.56 40 Q 2 -1 0 -1 -5 6 0 -1 1 -4 -1 -1 0 -3 -4 -1 -3 -1 1 -4 20 3 5 3 0 35 5 4 3 1 6 2 2 1 0 5 1 1 4 0 0.60 1.56 41 E -2 5 1 2 -6 1 0 -3 3 -4 -4 3 -2 -4 -5 -2 -3 -6 0 -4 2 33 7 12 0 5 6 2 6 1 1 18 1 0 0 2 1 0 3 1 0.74 1.56 42 V -2 3 -2 -5 -2 2 -1 -5 -2 3 0 2 1 1 -5 -3 -1 -5 -1 2 3 15 1 0 1 10 3 0 1 15 9 11 3 7 0 1 4 0 2 14 0.37 1.56 43 F -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 1 5 -5 5 2 -6 -5 -4 3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 66 0 13 9 0 0 0 5 0 2 1.32 1.56 44 R 0 5 0 0 -6 0 2 -4 -1 -3 -5 4 -3 -6 -5 -2 -2 -1 -3 -3 7 32 4 5 0 4 13 1 1 2 0 24 0 0 0 2 1 1 0 2 0.75 1.56 45 R 0 4 2 0 -3 -1 0 -1 1 -4 -3 4 -2 -2 -5 0 -2 -5 -1 -3 8 20 8 6 0 2 6 4 4 1 2 23 1 2 0 7 2 0 3 1 0.45 1.56 46 Q -2 0 1 -4 0 -1 -4 -3 -2 0 2 0 6 -1 -5 0 -1 2 0 -2 3 4 7 0 2 3 1 1 1 5 23 7 23 2 0 9 3 2 3 1 0.49 1.56 47 G -2 -3 0 -3 -6 -4 -2 7 -2 -7 -6 -1 -3 -4 -5 -2 -4 -6 -6 -6 1 1 4 1 0 0 2 84 1 0 0 3 1 1 0 2 0 0 0 0 1.76 1.56 48 V -2 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 5 2 -5 1 -2 -6 -5 -3 -6 -4 5 2 0 0 0 0 0 0 1 1 28 17 0 2 1 0 0 1 0 0 47 1.17 1.56 49 E -3 -3 2 4 -5 -2 4 -3 -3 1 -1 -3 0 1 -4 -1 -2 1 0 -2 1 1 8 23 0 1 25 1 0 10 6 0 3 7 0 5 2 2 3 2 0.52 1.56 50 A -1 0 0 5 -6 1 4 -4 -1 -4 -5 3 -5 -6 -3 -1 -2 -6 -5 -3 6 4 3 31 0 7 23 1 1 1 0 17 0 0 1 3 2 0 0 2 0.79 1.56 51 A 4 0 -3 -1 -5 1 3 -3 -3 -3 -1 3 2 -3 -4 -1 -2 -6 -5 -3 32 5 0 3 0 6 18 1 0 1 6 18 5 1 0 2 2 0 0 0 0.54 1.54 52 L -3 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 -1 6 -5 1 -1 -6 -5 -4 -5 -4 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 93 0 3 1 0 0 0 0 0 1 1.68 1.54 53 R -2 5 -2 -3 -4 -1 3 -4 -2 0 -2 4 -1 -2 -5 -3 -3 -3 -3 -1 3 29 1 0 0 2 17 1 1 7 4 23 1 2 0 1 1 0 1 5 0.65 1.54 54 A 0 2 1 1 -6 1 4 -3 -2 -5 -5 4 -4 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -4 10 9 6 6 0 5 26 1 1 0 0 30 0 0 0 4 0 0 0 1 0.75 1.52 55 K 4 2 -3 -4 -3 1 -2 -4 0 -3 1 2 5 -3 -5 -2 -3 -5 -2 -2 32 11 1 0 1 5 2 0 2 1 15 11 15 1 0 2 0 0 1 2 0.55 1.52 56 G -3 -4 -2 -3 -6 -3 -4 7 -2 -7 -7 -2 -6 -6 -5 -3 -4 -6 -6 -6 0 1 1 1 0 1 1 93 1 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2.07 1.52 57 V 4 -5 -5 -6 1 -5 -5 -4 -5 5 -1 -5 -1 -2 -5 -3 -3 -5 -4 2 42 0 0 0 3 0 0 0 0 32 5 0 1 2 0 0 0 0 0 15 0.97 1.50 58 R -3 2 -2 -3 -3 4 2 -3 0 -4 -4 5 -1 -5 -3 -2 -2 -6 -4 0 1 9 1 0 1 20 12 2 2 0 1 37 1 0 1 2 2 0 0 7 0.79 1.50 59 A 0 -3 1 4 -4 -1 4 -4 -1 -3 -5 -1 -5 -6 3 -1 -3 -6 -4 -3 8 1 5 25 0 1 31 1 1 2 0 3 0 0 16 3 1 0 0 2 0.81 1.46 60 G -3 -5 -1 -3 -3 -4 -3 7 -3 -7 -7 -3 -4 -6 -5 -3 -4 -6 -6 -6 0 0 2 1 1 0 1 94 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2.08 1.46 61 D -1 -4 -1 7 0 -1 0 -4 -3 -6 -6 -3 -3 -6 -4 -1 -3 -7 -6 -5 4 0 1 79 2 2 4 0 0 0 0 0 1 0 0 5 1 0 0 1 1.72 1.46 62 L -1 -1 -3 -2 -4 -1 0 -3 -4 2 -1 0 0 -2 -2 0 5 -4 -1 0 4 2 1 2 0 2 6 1 0 10 5 5 2 1 2 5 45 0 2 5 0.57 1.46 63 V -3 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 3 -1 -5 -1 -2 -5 -5 -3 -6 -4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 2 0 1 1 0 0 0 0 0 79 1.56 1.46 64 R -1 5 0 -1 -2 -1 -1 -5 0 0 -2 2 -1 -1 -5 -1 0 1 -1 0 4 32 4 3 1 2 3 0 3 6 4 12 1 3 0 4 6 2 2 8 0.42 1.46 65 I -4 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -7 -6 7 1 -5 2 -1 -6 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 70 11 0 6 2 0 0 1 0 0 8 1.44 1.46 66 G -1 -1 0 -2 0 -3 -1 5 -2 -3 -1 -2 -1 0 -5 -2 -4 -4 4 -4 6 3 5 2 2 1 3 46 1 1 7 2 1 3 0 2 0 0 13 1 0.70 1.48 67 G -1 -2 2 5 -6 -2 2 3 -1 -6 -6 -1 -5 -5 -2 -2 -2 -4 -4 -5 4 2 8 38 0 1 13 22 1 0 0 4 0 0 2 2 1 0 0 0 0.86 1.49 68 L -3 -2 -5 -5 -4 -2 -4 -4 0 1 1 -3 3 5 -5 -4 -3 1 4 2 2 2 0 0 0 2 1 1 2 7 12 1 6 22 0 0 1 2 17 17 0.66 1.51 69 E -1 -2 -3 -1 -4 0 6 -4 -3 -1 -4 -2 -2 -4 -4 0 1 -6 -4 1 4 2 0 2 0 4 54 1 0 3 1 0 1 1 0 8 7 0 0 11 0.85 1.52 70 F -5 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -4 -2 0 -6 1 9 -7 -5 -5 2 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6 0 4 85 0 0 0 2 2 0 2.18 1.50 71 E -3 -3 -2 5 -6 -1 6 -4 -3 -2 -5 -2 -4 -4 -4 -2 0 -6 -2 -2 1 0 1 29 0 1 51 0 0 2 0 1 0 1 0 1 7 0 2 3 1.14 1.49 72 Y -5 -5 -6 -7 -5 -5 -6 -6 -3 -4 -3 -6 -4 6 -6 -5 -5 9 6 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 33 0 0 0 34 32 0 2.27 1.46 73 I -3 -3 -2 1 -5 0 4 -5 1 2 -2 -3 2 2 -5 -2 -2 -2 1 3 1 1 1 6 0 4 25 0 3 14 1 0 4 8 0 2 1 0 5 22 0.51 1.45 74 P -3 -3 -1 6 -6 -3 1 -3 -4 -6 -6 -1 -5 -6 6 -3 -4 -7 -6 -5 2 1 2 42 0 0 6 1 0 0 0 3 0 0 44 0 0 0 0 0 1.58 1.34 75 E -2 -3 -1 3 -5 2 4 -4 -2 -5 -4 -2 -2 -5 -4 2 3 -5 -5 -4 1 0 2 16 0 8 34 0 0 0 1 0 1 0 0 16 20 0 0 0 0.81 1.23 76 V -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 3 -4 3 -3 -4 -3 3 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 24 0 9 0 0 0 25 0 0 29 0.75 0.95 K Lambda Standard Ungapped 0.1409 0.3196 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2063 0.3177 PSI Gapped 0.0632 0.2670