Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 4 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 5 -1 -4 -4 -3 10 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0.89 0.63 2 L -3 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -4 2 4 -4 7 -2 -5 -4 -3 -1 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 44 0 44 0 0 0 0 1 0 0 1.22 0.88 3 K -2 1 0 0 -5 -1 -1 -4 3 -5 -4 6 -3 -3 -3 -1 1 -5 -3 -4 1 6 4 5 0 1 0 0 7 0 1 61 0 1 0 4 10 0 0 0 0.92 0.92 4 W -5 -5 -6 -7 1 -4 -5 -5 -5 -5 -4 -5 -4 -1 -6 -5 -5 12 0 -5 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 3.77 0.95 5 T -2 0 2 0 -4 -1 1 -3 -1 0 -2 -1 -3 -4 -4 1 5 -5 -4 0 2 4 11 5 0 2 8 1 1 7 4 2 0 0 0 8 41 0 0 5 0.51 0.95 6 D -4 -3 1 7 -6 -1 1 -3 0 -5 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 4 86 0 1 5 0 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1.75 0.95 7 S 0 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 3 2 -3 -1 -2 -2 -2 3 3 -4 2 2 8 0 0 0 0 0 0 0 8 12 0 3 0 1 2 22 19 0 7 19 0.45 0.95 8 R -3 2 0 0 -5 4 3 -4 -1 -2 1 -2 -1 -2 -4 -2 -3 1 2 -4 0 14 4 4 0 22 24 1 1 2 15 0 1 1 0 1 1 2 7 0 0.51 0.95 9 E -1 1 -1 6 -4 0 4 -4 -2 -5 -5 -2 -2 -5 -3 -1 -2 -6 -5 -4 5 7 0 45 0 2 34 0 0 0 1 0 1 0 0 3 1 0 0 0 1.04 0.95 10 I -3 -5 -6 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 1 -5 -1 -2 -5 -5 -3 -5 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 5 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1.57 0.95 11 G 6 -4 -4 -4 -1 -3 -3 1 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 0 -2 -5 -4 -1 84 0 0 0 1 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 0 2 1.19 0.95 12 E -2 -4 -4 -1 -2 -2 4 -5 -4 5 0 -3 3 -2 -4 -1 -3 -3 -2 0 2 0 0 3 1 1 29 0 0 41 8 0 8 1 0 4 0 0 1 2 0.66 0.95 13 A 3 -2 -1 -1 -3 2 4 -1 -3 -2 0 -1 -1 -4 -3 0 -2 -5 -4 -2 30 0 2 2 0 11 31 3 0 2 9 2 1 0 0 5 1 0 0 1 0.51 0.95 14 L -4 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -5 0 -2 -5 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.51 0.95 15 Y 2 -3 0 0 0 -1 1 -4 1 -1 -1 -3 -1 1 -4 0 -2 -2 5 -2 18 0 4 6 2 3 9 0 3 3 7 0 2 6 0 8 2 0 27 2 0.41 0.95 16 D -3 -3 -1 5 -6 0 6 -4 -2 -5 -4 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -5 0 0 1 32 0 1 58 0 0 0 1 3 0 0 0 2 1 0 0 0 1.27 0.95 17 A 3 1 1 -3 -3 1 1 -3 1 -3 -2 4 -1 -5 -3 0 0 -5 -4 -3 25 8 7 0 0 5 8 1 4 1 3 28 1 0 0 4 5 0 0 1 0.45 0.95 18 Y -4 -2 -1 -2 -5 -2 -2 -5 8 -4 -3 0 -2 4 -5 -3 -4 -2 5 -4 0 1 3 2 0 0 1 0 41 0 0 5 0 21 0 0 0 0 25 0 1.34 0.95 19 P -2 -2 -4 -2 -5 -2 -1 0 -4 -5 -5 0 -4 -6 8 -2 -2 -6 -5 -5 1 1 0 1 0 0 3 8 0 0 0 6 0 0 76 2 1 0 0 0 1.90 0.92 20 D -3 -2 1 6 -5 -1 3 0 -1 -5 -5 -1 -4 -2 -4 -1 0 -5 -4 -5 1 1 6 50 0 1 19 8 1 0 0 3 0 2 0 3 5 0 0 0 0.93 0.92 21 L -1 -3 -3 -4 -3 1 0 -5 -1 3 2 -2 0 -3 -4 -1 1 -5 -3 4 3 0 1 0 0 8 6 0 2 16 16 2 1 0 0 3 8 0 0 33 0.46 0.90 22 D -3 -3 3 7 -5 -1 0 -3 -3 -5 -6 0 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 1 0 15 74 0 1 2 0 0 0 0 6 0 0 0 1 0 0 0 0 1.49 0.90 23 P -3 -4 -1 -4 -5 -4 -3 -4 -4 2 -2 -3 -3 -5 8 -3 -3 -6 -5 -2 0 0 3 0 0 0 0 0 0 13 2 0 0 0 80 0 0 0 0 2 2.05 0.90 24 K -1 2 -3 -4 -2 1 -1 -4 -2 0 2 2 -1 0 -4 -2 0 -3 3 -1 4 10 1 0 1 8 3 0 1 6 26 14 1 4 0 1 6 0 12 3 0.31 0.90 25 T -1 2 1 -3 -4 1 -1 -2 1 -3 -3 0 -3 -2 -4 2 4 2 3 -3 4 10 8 0 0 6 2 2 3 1 1 5 0 1 0 14 30 3 10 0 0.44 0.90 26 V -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 3 -4 -1 -2 -5 -4 -1 -5 -3 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 27 23 0 0 0 0 0 2 0 0 46 0.96 0.90 27 R -3 7 4 -3 -5 -1 -2 -2 1 -5 -4 0 -4 -5 -2 0 -3 -5 -4 -5 0 63 21 0 0 0 0 3 3 0 1 2 0 0 1 6 0 0 0 0 1.19 0.90 28 F -4 -5 -2 -3 -5 -5 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -1 8 -6 -4 -4 -1 2 -3 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 92 0 0 0 0 3 0 1.93 0.90 29 T -1 -2 -3 -3 -3 -3 0 -4 -1 -2 -2 -3 -1 -4 1 -1 6 -5 -4 3 2 1 0 0 0 0 6 0 2 0 1 0 1 0 6 0 61 0 0 21 0.89 0.90 30 D -3 -1 0 7 -5 1 3 -4 -2 -5 -5 0 -5 -6 -3 -2 -2 -6 -5 -5 1 3 3 65 0 6 15 0 1 0 0 4 0 0 0 1 1 0 0 0 1.27 0.90 31 M -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 4 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 10 0 0 0 0 0 0 0 1.35 0.88 32 H -3 3 -2 -3 -2 2 0 -4 8 -3 -1 0 2 -3 -4 -2 -3 -4 0 -3 1 17 0 0 1 8 5 0 47 1 5 5 7 0 0 1 0 0 2 1 1.05 0.88 33 Q -2 3 2 1 -5 3 3 -2 1 -5 -4 2 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -3 3 14 12 7 0 17 25 2 2 0 1 12 0 0 0 2 1 0 0 1 0.60 0.88 34 W -4 -3 -2 -5 -4 -3 -4 -5 -1 -3 -1 -1 6 -1 -5 -4 -4 11 1 -3 0 1 2 0 0 0 0 0 1 0 4 4 24 1 0 0 0 59 3 0 2.14 0.88 35 I -1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 -1 -4 -1 -3 -5 -4 -1 -5 -3 6 3 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0 0 0 0 0 0 2 0 0 60 1.15 0.88 36 C -1 -3 -4 -4 5 -2 -1 -5 -4 1 3 0 4 -3 -4 -3 1 -4 -3 1 3 1 0 0 15 1 5 0 0 8 28 5 15 0 0 0 8 0 0 11 0.55 0.88 37 D 2 -3 0 3 -4 0 5 -1 -3 -4 -4 -1 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -2 21 0 3 17 0 3 38 4 0 0 0 2 0 0 0 7 2 0 0 3 0.65 0.88 38 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 1 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 87 0 2 0 0 0 0 0 0 7 1.26 0.88 39 E 0 -3 1 3 -4 -2 3 -3 0 -5 -5 -2 -4 -5 6 1 -3 -5 -4 -4 6 0 5 14 0 0 20 1 3 0 0 0 0 0 40 9 0 0 0 0 0.99 0.86 40 D -2 -2 1 4 -2 -2 2 4 1 -5 -5 -1 -4 -4 -4 0 -2 -4 1 -4 2 1 6 23 1 1 15 31 4 0 0 2 0 0 0 6 1 0 7 0 0.63 0.86 41 F -1 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -3 -2 -1 -4 -2 8 -4 -3 -3 -1 1 -2 5 0 0 0 0 0 1 1 0 0 3 1 0 85 0 1 1 0 0 1 1.64 0.80 42 D 0 -3 0 6 1 -2 1 -2 -3 -1 -2 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -4 0 9 0 2 48 3 1 7 2 0 3 4 2 0 0 0 8 2 0 0 7 0.68 0.84 43 D -2 -3 0 7 -5 -2 0 2 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -2 -1 -3 -5 -5 -5 1 0 2 68 0 0 4 15 0 0 0 2 0 0 2 3 0 0 0 0 1.25 0.84 44 D -2 -1 0 6 -4 -1 2 -3 -1 -1 -2 -1 -3 -4 -3 -1 1 -5 -4 -2 3 2 2 51 0 1 12 0 1 5 3 3 0 0 0 4 10 0 0 2 0.80 0.90 45 P -1 1 -2 -2 -4 -2 -1 -4 -1 -4 -4 -1 -4 -5 7 1 -2 -5 -4 -3 3 7 1 2 0 1 2 0 2 1 1 3 0 0 64 11 1 0 0 1 1.47 0.90 46 Q 0 -1 3 1 -4 1 3 2 -1 -4 -4 1 -2 -5 -3 0 -1 -5 -4 -2 8 2 14 7 0 7 24 14 1 0 0 10 1 0 0 5 3 0 0 3 0.42 0.90 47 A 0 5 -2 -2 -5 0 1 -1 5 -5 -5 3 -4 -5 -1 -2 -3 -5 -2 -4 9 30 1 1 0 2 11 5 16 0 0 21 0 0 3 1 0 0 1 0 0.72 0.94 48 S -1 -4 -3 -4 8 -3 -4 0 -4 -3 -2 -3 -3 -4 -1 4 -2 -5 -4 -1 2 0 0 0 39 0 0 7 0 0 2 0 0 0 3 42 0 0 0 5 1.18 0.94 49 N -2 -3 6 -1 -4 -3 -3 4 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 2 1 -5 -4 -5 0 0 41 2 0 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 17 8 0 0 0 1.02 0.94 50 E -3 -2 -2 0 -6 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -1 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 2 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 1.69 0.94 51 K -2 2 -2 -3 -5 -1 -1 3 0 -5 -5 6 -4 -5 -2 -2 -3 -5 -3 -5 2 12 0 0 0 1 1 23 2 0 0 55 0 0 1 2 0 0 1 0 0.97 0.94 52 I 0 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -4 2 5 0 -1 -1 -2 -4 -3 -2 -5 -3 3 8 1 1 3 0 1 0 1 7 47 3 5 0 0 0 0 0 0 0 24 0.70 0.85 53 L -3 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -5 0 -1 -5 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.43 0.85 54 E -3 -2 -2 0 -6 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.76 0.85 55 A 6 -1 0 -3 -3 1 -2 -1 -3 -3 -4 -1 -1 -4 -3 0 -2 -5 -4 -2 77 3 4 0 0 7 0 1 0 0 0 2 1 0 0 3 0 0 0 1 0.95 0.85 56 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 0 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 1 0 0 0 0 0 0 0 0 15 1.41 0.85 57 L -3 0 -2 -3 -5 7 0 -4 -2 -1 1 -1 -1 -3 -4 -2 -3 -4 -3 -3 0 3 0 0 0 78 0 0 0 4 13 0 1 1 0 0 0 0 0 1 1.30 0.85 58 L 1 -3 -3 -4 -3 2 -1 -3 -3 -2 2 -1 7 -3 -4 0 1 -4 -3 -2 15 0 0 0 0 9 2 1 0 0 19 3 36 0 0 6 8 0 0 1 0.64 0.85 59 V 5 -2 0 -3 4 -2 -3 -2 -2 -1 -1 0 -2 -4 -3 0 -1 -5 -3 0 52 1 5 1 11 0 0 1 1 3 7 5 1 0 0 3 2 0 0 6 0.57 0.85 60 W -5 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -5 -4 -5 -4 -5 -3 -1 -6 -5 -5 12 0 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.80 0.85 61 L -1 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -5 0 5 3 -4 3 -2 -5 -3 -1 -4 1 1 4 0 1 0 0 0 1 0 3 41 25 0 7 0 0 1 3 0 6 8 0.69 0.86 62 D -1 -2 -1 5 -5 -1 5 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -2 -3 -4 2 -4 5 0 1 39 0 0 44 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 8 0 1.08 0.86 63 E -3 -2 -2 1 -6 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 2 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.66 0.78 64 A 5 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -2 2 -1 -4 -3 2 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 18 0.71 0.49 K Lambda Standard Ungapped 0.1386 0.3180 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1961 0.3171 PSI Gapped 0.0600 0.2670