Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -2 -1 -1 3 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 20 0 6 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.98 0.30 2 P -1 -2 3 -2 -3 -1 -2 0 -2 -3 -2 -2 -3 -4 7 0 -1 -4 -4 -3 3 0 20 0 0 2 0 6 0 0 4 0 0 0 55 8 2 0 0 0 1.09 0.34 3 T 1 -2 -1 -2 1 -2 0 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -3 -2 0 6 -4 -3 0 14 0 0 0 3 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 69 0 0 7 0.64 0.35 4 E -2 1 1 0 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 6 5 0 0 3 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.36 5 F 0 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -2 1 1 -4 1 6 -4 -3 -2 -1 3 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 9 14 0 4 48 0 0 0 0 12 5 0.68 0.36 6 E -2 -1 -1 2 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 7 0 4 84 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.36 7 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 93 0 1.52 0.35 8 L -3 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 2 -4 -4 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0.88 0.35 9 R -2 6 -1 -2 -5 0 -1 -3 -1 -4 -3 4 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 68 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.35 10 K -2 0 6 0 -4 1 -1 -2 -1 -4 -4 3 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -3 -4 0 0 66 0 0 4 0 0 0 0 0 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.35 11 V -1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 4 0 -3 0 -2 -4 -3 -1 -4 -2 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 58 0.73 0.35 12 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 4 0 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 76 0 12 2 0 0 0 0 0 8 0.76 0.35 13 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -1 -2 -1 -4 -1 7 -5 -3 -3 1 6 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 66 0 0 0 0 34 0 1.26 0.35 14 E -1 2 1 0 -5 3 5 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 2 9 7 0 0 17 60 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0.80 0.35 15 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 94 0 1.52 0.35 16 M -2 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -3 0 2 -3 8 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 84 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.35 17 M -2 -2 -3 -4 -2 -1 -3 -4 -3 0 2 -2 7 -1 -3 -1 2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 15 0 61 0 0 5 14 0 0 4 0.68 0.35 18 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.54 0.35 19 R -2 5 1 -2 -4 0 -1 -3 1 -4 -4 3 -3 -4 -3 1 -1 -4 -3 -4 0 52 7 0 0 0 0 0 4 0 0 23 0 0 0 15 0 0 0 0 0.74 0.35 20 E -2 -2 1 2 -5 2 6 -1 3 -4 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -2 0 0 5 7 0 6 66 4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0.90 0.54 21 T -1 2 1 -2 1 1 -2 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -4 0 1 5 -4 -3 -2 4 14 5 0 3 6 0 2 0 0 0 0 0 0 4 9 53 0 0 0 0.60 0.54 22 K -1 0 -2 -2 -3 2 1 -3 0 -1 -1 4 3 -3 -2 -1 -2 -3 -2 1 2 3 0 0 0 12 8 0 2 2 5 38 10 0 0 4 0 0 0 10 0.37 0.43 23 T -1 -2 -1 -2 -2 1 0 -2 -2 -2 -2 -1 -2 -3 -2 2 5 -3 -3 0 1 0 0 0 0 7 4 0 0 0 1 0 0 0 0 20 56 0 0 9 0.60 0.43 24 M -2 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 0 4 -3 6 -1 4 -3 -2 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 0 28 0 19 0 0 0 0 0 0.83 0.46 25 A 4 -3 -2 -3 3 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 1 3 -4 -3 1 57 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 19 0 0 9 0.59 0.46 26 K 2 3 -2 -2 -4 0 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 19 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 63 0 0 0 0 0 0 0 0 0.82 0.46 27 V 3 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -4 1 -1 -3 -1 -3 -3 -2 -1 -4 -3 5 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0.71 0.46 28 I -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 5 2 -3 0 -1 -4 -2 2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 21 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0.69 0.43 29 T 3 -3 -2 -3 2 -2 -2 0 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 1 4 -4 -3 0 36 0 0 0 6 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 9 37 0 0 7 0.52 0.43 30 T 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -2 2 4 -4 -3 0 47 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 33 0 0 7 0.63 0.51 31 V -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 3 2 -4 2 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 17 0 5 0 0 0 0 0 0 66 0.82 0.51 32 L 2 -3 -4 -5 1 -3 -4 -4 -4 0 4 -3 3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 3 20 0 0 0 3 0 0 0 0 0 44 0 11 0 0 0 0 0 0 21 0.55 0.51 33 K -2 4 0 -2 -5 3 0 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 27 2 0 0 16 0 0 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0.95 0.51 34 F -4 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -2 -1 -5 -1 8 -5 -4 -4 0 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 7 0 1.62 0.51 35 P -1 -3 1 3 -3 -2 -1 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 5 3 2 -5 -4 -3 0 0 7 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 36 12 0 0 0 0.78 0.51 36 D 1 0 0 4 -4 2 -1 -3 1 -4 -4 0 -3 -5 5 0 -1 -5 -3 -3 15 3 2 25 0 9 1 0 5 0 0 4 0 0 28 6 2 0 0 0 0.65 0.51 37 D -2 1 1 4 -5 2 4 -3 -2 -2 -4 1 -1 -4 -3 0 -2 -5 -4 -3 0 7 4 32 0 8 31 0 0 4 0 5 3 0 0 6 0 0 0 0 0.65 0.51 38 Q -2 0 -1 -1 -5 7 3 -3 -1 -4 -4 0 -2 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 79 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.26 0.51 39 T 2 -2 -2 -3 -2 -2 0 -3 1 -2 -1 1 2 -3 -3 0 4 -4 -3 0 23 0 0 0 0 0 5 0 4 0 2 10 8 0 0 4 41 0 0 5 0.44 0.51 40 Q -1 2 1 0 -4 5 2 -3 0 -4 -4 2 -2 -5 -3 0 -1 -4 -3 -4 3 11 6 4 0 40 15 0 2 0 0 11 0 0 0 4 3 0 0 0 0.66 0.51 41 K 0 2 2 -2 -4 2 1 -3 -2 -3 -1 4 -1 -4 -3 -1 0 -4 -3 -1 7 11 12 0 0 7 10 0 0 0 7 34 2 0 0 0 4 0 0 6 0.38 0.51 42 I -1 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 5 1 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 46 6 0 0 0 0 0 0 0 0 44 0.84 0.51 43 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 5 -4 2 1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 68 0 5 4 0 2 0 0 0 10 0.77 0.51 44 E 2 0 -1 0 -3 3 4 -3 1 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 1 -4 -3 -3 24 2 2 3 0 16 32 0 4 0 0 4 0 0 0 4 9 0 0 0 0.50 0.51 45 R -2 5 -2 -2 -4 0 -1 -3 -2 -4 -4 5 -3 -3 -3 0 -2 -4 1 -4 0 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 0 0 0 7 0 0 6 0 0.88 0.49 46 E -1 0 -2 0 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -5 -3 -1 0 -4 -3 -4 2 5 0 0 0 4 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 1.09 0.49 47 D -1 -2 0 5 -4 2 4 -3 1 -4 -4 0 -3 -5 -3 -1 0 -5 -3 -4 4 0 1 35 0 10 35 0 4 0 0 5 0 0 0 0 6 0 0 0 0.76 0.49 48 A 2 -2 0 1 -1 4 2 -2 2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 2 0 -4 -3 -3 24 0 2 7 1 22 12 0 6 0 0 0 0 0 0 22 3 0 0 0 0.46 0.49 49 R -2 6 -2 -3 -5 0 -1 -3 -2 -4 -4 4 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.46 50 L -2 -2 3 -2 -3 3 -1 -2 -2 -2 0 -2 -2 -3 2 1 1 -4 -3 1 0 0 16 0 0 23 0 2 0 0 10 0 0 0 11 11 11 0 0 17 0.32 0.45 51 M 0 2 0 -3 -3 -1 -2 -2 3 -1 1 1 2 -2 -3 -1 2 -3 -2 1 8 13 4 0 0 0 0 2 8 2 14 10 8 0 0 0 19 0 0 9 0.19 0.43 52 S -1 -3 -1 -2 -3 0 -2 3 -3 -2 0 -2 -2 -3 2 3 2 -4 -3 -1 0 0 2 0 0 4 0 29 0 2 11 0 0 0 9 25 14 0 0 4 0.39 0.46 53 W -1 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -2 0 -3 -2 -4 -2 4 -5 -1 -3 11 2 -3 5 0 0 0 0 0 0 2 2 0 2 0 0 19 0 5 0 62 4 0 1.88 0.45 54 L -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -4 1 4 -4 1 3 -4 -3 -2 -3 -1 2 2 0 0 0 0 0 0 2 0 5 58 0 2 12 0 0 0 0 0 18 0.62 0.43 55 R 0 5 -1 -2 -4 3 0 -3 1 -2 -1 2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 -2 9 47 0 0 0 18 0 0 4 3 6 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0.56 0.29 56 S 0 -2 1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -3 1 4 3 -4 -2 -2 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 65 19 0 0 0 0.49 0.20 57 S 0 0 0 0 -2 2 2 -1 3 -3 -3 1 -2 -3 -1 4 0 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 10 12 0 10 0 0 10 0 0 0 58 0 0 0 0 0.38 0.09 58 S 2 -1 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -3 -1 -2 -3 -1 4 2 -3 -2 -1 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 73 13 0 0 0 0.45 0.07 K Lambda Standard Ungapped 0.1308 0.3186 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1773 0.3173 PSI Gapped 0.0543 0.2670