Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 3 3 -5 6 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 24 0 22 0 0 0 0 0 0 42 1.07 1.11 2 D -4 -4 1 6 -7 -1 5 -3 -4 -6 -6 -2 -6 -6 -4 -2 -4 -7 -6 -6 0 0 7 54 0 2 34 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1.55 1.56 3 W -5 -3 -6 -4 -5 -5 -3 -3 -3 -4 -1 -4 -3 -2 -5 -5 -4 12 0 -2 0 1 0 1 0 0 2 2 1 1 7 1 0 0 0 0 1 77 1 4 3.04 1.70 4 E -3 0 -2 3 -6 3 5 -4 -3 -5 -5 1 -5 -6 -4 0 -1 -6 -4 -4 1 3 1 17 0 12 46 1 0 0 0 9 0 0 0 6 3 0 0 1 1.01 1.78 5 E -3 -2 1 5 -5 1 4 2 -1 -3 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -3 -6 -1 -3 1 2 6 28 0 5 27 15 1 1 2 1 0 1 1 2 1 0 2 2 0.73 1.84 6 R -1 3 2 2 -6 -2 -1 4 -2 -1 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -6 -4 -3 5 19 8 11 0 1 5 33 1 4 1 4 0 0 1 2 2 0 0 2 0.63 1.85 7 K -1 0 2 5 -4 0 0 2 1 -4 -3 2 1 -5 -2 -1 -1 -6 -4 -4 4 4 8 28 0 5 5 15 3 1 3 11 4 0 2 3 3 0 0 1 0.51 1.86 8 R 4 2 -3 -4 -1 1 0 0 1 -4 -4 3 -2 -3 -4 0 -1 2 -2 -3 30 11 0 0 1 6 5 8 4 0 1 15 1 1 0 6 3 3 1 2 0.47 1.88 9 L -4 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 6 5 -6 1 -2 -6 -6 -3 -2 -3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 43 49 0 2 1 0 0 1 0 1 2 1.44 1.89 10 V -2 2 -3 -4 -1 2 3 -4 4 -1 -4 0 -3 0 -5 0 1 -1 1 1 4 11 1 0 2 8 17 1 10 3 1 5 0 3 0 8 10 1 5 10 0.39 1.93 11 K -1 6 -3 -5 2 -1 -3 -4 -2 -5 -4 4 -3 -5 -4 -3 -1 -6 -3 -4 5 49 0 0 4 2 0 1 1 1 1 29 1 0 0 1 3 0 1 1 1.27 1.92 12 T -2 1 -2 0 -4 1 2 -4 1 -2 -3 1 -2 -4 -4 1 4 -6 -4 0 3 7 2 5 0 6 15 1 4 2 3 7 1 0 0 11 26 0 0 7 0.43 1.92 13 F -4 -3 -6 -7 -3 -6 -5 -6 -2 0 -1 -5 -3 7 -7 -5 -3 4 6 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1 4 5 0 0 46 0 0 2 6 27 6 1.55 1.92 14 A 0 3 -1 -2 -3 0 2 -3 1 -3 -2 3 -2 -4 -3 0 1 -1 -2 -1 7 17 2 2 0 4 11 2 3 1 5 21 1 1 1 5 9 1 2 5 0.38 1.94 15 F -2 -5 -6 -6 0 -5 -6 -5 -1 -1 0 -5 -2 8 -5 -4 0 -2 -1 -1 3 0 0 0 2 0 0 0 1 2 9 0 1 66 0 1 7 0 0 5 1.59 1.93 16 P 1 2 -1 1 -6 -1 0 -1 -1 -5 -5 4 -3 -5 3 0 -2 -4 -4 -4 10 10 3 7 0 2 6 6 1 1 1 30 1 0 12 7 2 0 0 1 0.54 1.92 17 N -2 -2 5 5 -3 -3 -2 0 -1 -6 -5 -2 -5 -6 -5 2 2 -6 -3 -5 2 2 24 31 0 1 2 6 1 0 1 1 0 0 0 18 11 0 1 0 0.93 1.89 18 F -3 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -5 1 -3 -3 -5 -1 8 -4 -4 -4 3 5 -3 2 1 0 0 0 1 1 0 4 0 0 0 1 63 1 1 1 4 17 1 1.79 1.93 19 R 2 1 1 0 -3 -1 0 -2 1 -1 -1 2 0 -1 0 -1 0 -3 0 0 14 7 8 4 0 3 6 3 3 3 6 13 2 3 4 5 5 0 3 7 0.11 1.90 20 E 1 1 -1 2 1 2 3 -1 0 -4 -4 2 -2 -4 -3 0 0 -6 -4 -4 11 6 2 10 3 10 22 4 2 1 1 12 1 0 1 5 6 0 0 1 0.40 1.87 21 A 5 -4 -3 -5 2 -4 -4 2 -5 -3 -4 -3 -3 -5 -3 -1 2 -6 -5 -1 52 1 1 0 4 0 0 16 0 1 1 1 1 0 1 4 13 0 0 5 0.92 1.85 22 L -1 -1 -4 -4 -2 -1 -4 -4 -3 2 2 -4 3 4 -4 -3 -2 6 -1 2 5 3 1 1 1 3 1 1 0 11 16 1 7 16 1 2 2 11 2 15 0.60 1.88 23 D 3 1 -1 1 -3 0 2 2 -1 -4 -2 -1 0 -3 -3 0 -1 -6 -3 -2 23 6 3 8 1 4 14 14 2 1 3 3 2 1 1 6 3 0 1 2 0.31 1.85 24 F -2 -4 -5 -6 -2 -3 -5 -5 -1 -2 1 -5 1 8 -6 -4 -3 2 0 -1 4 1 0 0 1 2 0 0 2 2 12 0 3 62 0 1 2 2 1 5 1.47 1.82 25 A 0 -4 -5 -5 0 -4 -4 -4 -3 2 1 -4 7 1 -5 -3 0 -5 -2 4 6 1 0 0 2 0 1 1 1 10 9 1 27 5 0 2 6 0 1 27 0.83 1.83 26 N -1 0 5 0 -2 0 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -1 -4 -3 0 3 -2 -2 -1 6 4 31 5 1 5 3 5 1 1 2 3 1 1 1 6 18 1 2 5 0.53 1.83 27 R 2 4 -2 0 -2 2 0 -2 2 -3 -2 2 1 -3 -4 -2 -1 -2 -2 -3 16 26 1 4 1 8 7 2 4 1 4 10 3 1 0 3 4 1 1 2 0.43 1.83 28 V 0 -5 -5 -6 0 -5 -5 -4 -5 4 1 -3 0 -2 -5 -3 -2 -5 -2 5 6 0 0 0 2 0 0 1 0 22 13 2 2 1 0 2 2 0 1 44 0.91 1.80 29 G 5 -3 -2 -4 -1 -2 -3 2 -2 -3 -3 -3 -1 -1 -4 1 -1 1 -1 -1 51 1 2 0 1 2 1 12 1 1 2 1 2 3 0 8 4 2 2 4 0.71 1.79 30 A 1 -2 -2 1 -2 0 2 -3 -1 0 1 0 1 0 -1 -2 -2 3 0 -1 10 2 2 9 1 4 14 2 2 6 13 6 3 4 3 2 2 5 3 4 0.14 1.79 31 L 0 -1 -4 -3 -1 1 1 -3 2 3 1 0 2 0 -2 -2 -2 0 -1 2 7 3 0 2 1 7 9 2 4 17 13 5 5 4 2 2 2 2 2 12 0.22 1.80 32 A 4 -4 -1 -4 4 0 -1 -2 -4 -1 -2 -4 0 -1 -1 1 -1 -5 -4 0 39 0 3 0 10 5 4 3 0 3 3 0 3 3 4 10 3 0 0 6 0.56 1.72 33 E -2 1 0 2 0 0 5 -2 3 -2 -5 1 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -1 -2 3 7 4 9 2 4 36 4 8 3 1 6 0 0 0 3 3 0 3 3 0.59 1.69 34 R -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 35 E 1 -2 -2 0 -1 0 3 -2 0 0 0 -1 4 -2 -4 -1 0 1 -2 -1 11 2 2 5 1 4 23 3 3 5 10 4 9 2 0 4 6 2 1 4 0.25 1.62 36 N -2 -1 3 3 -1 1 0 4 1 -3 -4 -1 -2 0 -4 0 -3 1 -2 -3 3 3 15 14 1 6 5 29 3 1 2 3 1 4 0 6 0 2 1 2 0.48 1.54 37 H -2 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -3 10 -3 -3 -1 -4 -1 -4 -3 -4 1 1 -5 2 3 2 2 2 3 0 2 67 2 2 4 0 2 0 0 0 2 4 0 1.83 1.54 38 H -3 -2 -3 -4 -1 -1 -3 -1 9 -3 -2 -2 -4 1 -2 -1 -1 -4 3 -4 2 2 0 0 2 2 0 4 56 2 4 2 0 5 2 4 4 0 8 0 1.45 1.55 39 P -1 -4 -4 -1 1 -4 -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 8 -2 -3 -5 -5 -1 4 0 0 3 3 0 4 1 0 0 3 0 0 0 71 3 0 0 0 5 1.81 1.52 40 R -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 41 L -3 -5 -5 -3 -4 -2 -2 -6 -5 5 2 -5 3 0 -5 -3 -2 7 0 1 2 0 0 2 0 2 4 0 0 30 17 0 7 4 0 2 2 16 3 8 0.88 1.83 42 T 0 -2 -2 0 1 -1 0 -3 1 0 0 -2 -1 0 -3 2 3 0 1 -1 6 2 2 6 3 2 7 2 3 5 10 3 2 5 1 14 16 1 6 4 0.16 1.84 43 V -2 -2 4 -2 -5 -2 -2 -5 -1 3 2 -4 0 0 -5 -2 1 1 -1 1 2 2 20 2 0 2 3 0 2 18 17 0 2 5 0 3 7 2 2 11 0.44 1.83 44 E -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 0 6 6 0 5 6 0.11 1.89 45 W -3 -2 -2 -2 0 -2 -2 -2 1 -2 -3 -2 -1 2 -2 -2 -2 6 8 -4 2 2 2 2 2 2 2 3 3 2 2 2 2 7 2 2 2 12 46 0 1.22 1.97 46 G -2 1 5 0 0 -1 -2 3 0 -3 -4 1 -5 -2 -2 -1 1 1 -5 -3 4 6 26 4 2 2 3 20 2 2 2 8 0 2 3 4 8 2 0 2 0.48 1.99 47 R -2 3 1 -2 0 1 0 -3 2 -3 -2 2 -1 -1 -5 0 1 1 1 -1 3 16 7 2 2 5 5 2 5 2 3 14 2 3 0 7 9 2 6 4 0.29 1.96 48 V -1 -4 -4 -1 4 -4 -1 -5 1 1 0 -4 1 0 -5 -4 0 -4 1 5 6 0 0 4 8 0 4 0 4 5 8 0 4 4 0 0 7 0 4 39 0.60 1.61 49 T -2 1 -1 -1 1 0 0 -2 1 1 -2 1 0 0 -4 -1 2 2 2 1 3 6 3 4 3 3 5 3 4 7 3 9 3 5 0 4 15 3 7 9 0.15 1.64 50 V -1 -5 -5 -5 2 -5 -5 -5 -5 4 1 -5 1 1 -5 -4 -1 2 0 4 6 0 0 0 4 0 0 0 0 24 9 0 3 6 0 0 3 3 3 36 0.78 1.45 51 E -1 2 1 0 -1 -1 2 -3 0 -2 -1 1 -1 -2 -2 0 3 0 -2 -1 4 12 5 5 1 2 12 2 2 2 5 8 2 2 2 7 19 2 2 4 0.22 1.59 52 W -3 -5 -5 -5 2 -2 -5 -5 -5 1 4 -5 2 1 -5 -3 -2 6 1 0 2 0 0 0 5 2 0 0 0 8 47 0 4 4 0 2 2 10 4 7 0.83 1.51 53 W -2 -1 0 -2 -1 -1 -4 -3 0 -2 -3 -2 -1 -1 -4 2 5 7 1 -1 2 3 4 2 1 3 0 2 2 2 1 2 2 2 0 15 34 13 5 4 0.71 1.66 54 T -2 -3 -1 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -3 -2 2 7 -5 -4 -2 2 1 2 1 0 0 1 0 0 2 1 0 0 1 2 16 67 0 0 1 1.30 1.66 55 H -3 -1 -2 -1 -5 -2 -1 -3 10 -5 -4 -2 -3 -1 -2 -3 -3 2 0 -4 2 2 1 3 0 1 3 1 71 0 1 1 1 2 2 2 1 3 2 1 1.99 1.66 56 S 1 -2 -1 5 -2 -1 1 -3 -1 -5 -5 0 -3 -3 -3 3 -2 -2 -2 -1 12 1 2 34 1 2 8 1 1 0 0 5 1 1 1 21 2 1 1 4 0.65 1.67 57 A 3 -3 -3 -2 2 -2 0 -3 -2 3 -1 -1 -1 -2 0 -1 -1 -5 -3 2 28 1 1 2 4 2 6 2 1 15 4 3 1 1 6 4 3 0 1 16 0.38 1.68 58 G -2 0 1 1 -3 -1 -1 5 0 -6 -5 2 -3 -6 -2 -2 -3 -2 -3 -6 2 5 6 7 1 3 4 51 2 0 1 11 1 0 2 2 1 1 1 0 0.89 1.75 59 G -1 -3 -1 -1 -2 -2 -2 7 -2 -6 -6 -2 -3 -6 -4 -2 -2 1 -3 -6 3 1 3 3 1 2 2 72 1 0 0 2 1 0 1 2 2 2 1 0 1.42 1.75 60 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 4 5 -4 0 -2 -6 -5 -3 -5 -4 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 21 54 1 1 1 0 0 1 0 0 18 1.15 1.67 61 T -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 3 -4 -4 -3 -2 -4 -4 3 6 -6 -4 -3 1 1 1 1 1 2 1 2 7 0 1 1 1 1 0 22 57 0 0 1 1.17 1.67 62 E 0 0 -1 2 -2 3 4 -2 -2 -1 -2 1 1 -4 -2 -1 -2 -3 -4 -2 7 5 2 11 1 13 29 3 1 3 3 8 4 1 2 4 2 0 0 2 0.45 1.73 63 K 0 3 4 -2 -3 -1 -3 -4 -1 -2 1 3 -2 -3 -3 -1 -2 -6 -3 -2 7 18 22 1 0 2 1 1 1 3 13 21 1 1 1 3 2 0 1 2 0.54 1.74 64 D -5 -5 -2 8 -2 -1 0 -4 -1 -6 -7 -4 -6 -7 -5 -2 -4 -7 -6 -6 0 0 0 90 1 3 2 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.20 1.67 65 R -3 1 -5 -5 -3 -3 -4 -6 -1 3 1 -3 -1 6 -5 -4 -2 0 0 3 2 7 0 0 0 1 1 0 2 14 10 1 1 33 0 0 3 1 2 20 0.81 1.69 66 E 1 1 -1 2 -3 0 2 -3 0 3 -2 1 -2 -4 -5 -2 0 -6 -4 -1 14 9 2 11 0 3 14 1 2 19 3 10 0 1 0 2 5 0 0 4 0.33 1.70 67 M -3 -5 -6 -6 3 -3 -3 -4 -5 -1 5 -5 5 2 -6 -4 -4 -2 -2 -1 2 0 0 0 7 1 1 1 0 1 57 0 14 9 0 1 0 0 1 2 1.08 1.69 68 A 7 -5 -5 -5 -2 -4 -4 -2 -5 -3 -4 -4 -3 -5 -4 -2 -3 -6 -5 -2 94 0 0 0 1 0 0 1 0 1 1 0 1 0 0 1 1 0 0 1 1.75 1.67 69 R 3 3 -1 -3 -4 2 1 -2 1 -3 -3 2 -2 -5 -2 0 -1 -3 -2 -3 27 18 2 1 0 8 9 3 3 1 2 12 1 0 2 5 3 0 2 1 0.46 1.69 70 L 1 4 -3 -2 -4 2 1 -4 0 -3 -2 4 -2 2 -5 -2 -1 -3 -1 -3 10 19 1 2 0 8 10 1 2 1 3 25 1 9 0 2 3 0 2 1 0.52 1.70 71 T -2 -6 -6 -6 3 -5 -6 -6 -6 6 0 -5 4 0 -6 -3 0 -5 0 2 3 0 0 0 6 0 0 0 0 49 6 0 10 4 0 1 7 0 3 11 1.07 1.67 72 D -3 -3 3 6 -6 -1 3 -4 -3 -5 -6 -3 -6 -6 -5 0 -2 -7 -6 -6 2 1 13 55 0 1 18 1 0 0 0 0 0 0 0 6 2 0 0 0 1.35 1.64 73 A 2 2 -1 0 -4 2 4 -1 -2 -3 -4 1 -3 -5 -4 0 -1 -6 -4 -4 19 9 3 6 0 8 24 5 1 1 1 10 0 0 0 7 4 0 0 1 0.44 1.65 74 L 0 -5 -5 -6 -2 -4 -4 -5 -3 4 4 -5 0 -1 -6 -4 -3 -3 -2 2 7 0 0 0 1 0 1 1 1 25 44 0 1 2 0 0 1 0 1 15 0.88 1.65 75 L 4 -5 -5 -6 -2 -3 -5 -5 -1 1 2 -5 -2 3 -4 -3 -3 -4 4 1 34 0 0 0 1 1 0 0 1 6 17 0 1 12 0 1 1 0 15 10 0.70 1.58 76 Q 1 2 1 2 -5 3 4 -2 1 -6 -5 2 -4 -5 -3 1 -2 -6 -5 -5 10 10 6 10 0 12 23 3 3 0 0 11 0 0 1 10 1 0 0 0 0.54 1.49 77 R -4 5 3 -3 -6 5 -2 -4 -3 -6 -5 4 -4 -6 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 29 15 0 0 30 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 1.30 K Lambda Standard Ungapped 0.1329 0.3212 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1754 0.3164 PSI Gapped 0.0537 0.2670