Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 1 -3 -1 -2 -3 -3 -3 6 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 11 0 0 0 0 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.24 0.29 2 I -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 6 0 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 62 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 1.00 0.53 3 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.60 0.62 4 P -2 1 -3 -3 -4 1 -2 -4 -3 -3 1 -2 -2 -4 7 0 -2 -5 -4 -3 0 8 0 0 0 9 0 0 0 0 17 0 0 0 59 7 0 0 0 0 1.29 0.65 5 R 2 0 1 1 -3 -2 -1 2 -3 -3 -2 -2 -3 -4 -3 3 0 -5 -4 0 17 5 7 8 0 0 1 15 0 0 2 0 0 0 0 31 5 0 0 7 0.38 0.65 6 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 1 1 -5 -1 8 -5 -4 -3 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 9 0 0 80 0 0 0 0 0 5 1.44 0.65 7 A -1 -2 -3 -4 -3 0 -3 -4 3 0 4 1 0 0 0 -3 -2 -3 -2 0 4 0 0 0 0 5 0 1 8 2 54 11 0 3 4 1 0 0 0 5 0.46 0.60 8 H -2 1 2 3 -4 4 2 -1 4 -4 -4 1 -3 -3 -3 -1 -1 -3 0 -4 1 7 10 15 0 20 14 4 12 0 1 6 0 0 0 2 3 0 4 0 0.48 0.60 9 V -1 -4 -4 1 -3 -4 -3 -4 -5 4 -1 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -5 -3 5 5 0 0 11 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 59 0.82 0.65 10 I -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 3 -4 2 -2 -4 -2 -2 -4 -3 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 37 25 0 4 0 0 3 0 0 0 27 0.73 0.65 11 E -3 -1 2 -1 -5 3 4 -1 3 -5 -4 4 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 0 10 0 0 12 38 3 10 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0.78 0.65 12 N 1 0 4 -2 -3 -1 -2 -2 0 -1 0 0 -2 -2 -3 0 4 -4 -1 -2 11 5 22 0 0 2 0 1 2 4 9 5 0 1 0 3 32 0 2 0 0.39 0.65 13 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 0 5 -4 0 5 -5 -4 -3 -2 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 73 0 0 26 0 0 0 0 0 1 1.05 0.65 14 L -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -3 1 3 -5 -1 7 -5 -4 -3 -1 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 32 0 0 56 0 0 0 0 3 0 1.11 0.65 15 L -2 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 1 2 0 5 1 -4 -3 1 -4 -2 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 4 15 8 25 6 0 0 12 0 0 29 0.54 0.65 16 G -1 -4 -2 2 -4 -3 -2 6 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 0 -3 -4 -5 -5 0 0 0 11 0 0 2 80 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1.36 0.65 17 T -1 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 -1 -2 0 -4 -1 2 6 -4 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 3 0 2 12 77 0 0 0 1.00 0.65 18 P -1 -4 -4 -4 -3 -3 0 -4 -4 -1 3 -3 0 1 5 -3 -3 -4 -3 1 4 0 0 0 0 0 9 0 0 0 39 0 2 5 32 0 0 0 0 9 0.74 0.65 19 S 1 0 -1 -2 -3 0 1 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 1 5 -1 -5 -3 -3 6 5 0 0 0 4 11 0 0 0 0 0 0 0 6 67 0 0 0 0 0.79 0.65 20 S -1 -1 2 1 -3 -1 2 1 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 5 0 -5 -4 -4 0 2 9 7 0 0 16 8 0 0 0 4 0 0 0 53 2 0 0 0 0.66 0.65 21 Y -3 -3 -3 -5 -4 -3 -4 -5 3 -3 -3 -3 -3 4 -5 -3 -3 0 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 12 0 1 0 0 79 0 1.67 0.65 22 E -2 -2 -2 -1 -4 2 6 -4 -2 0 0 0 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 0 0 0 0 0 0 11 61 0 0 7 9 4 0 0 0 0 0 0 0 7 0.79 0.65 23 T 4 -3 1 -1 -3 1 1 -2 -3 -3 -3 -1 -3 -4 -3 1 1 -4 -3 0 50 0 6 3 0 5 8 0 0 0 0 2 0 0 0 9 9 0 0 8 0.50 0.65 24 S 5 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -1 -3 -3 3 1 -4 1 -2 54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 25 10 0 6 0 0.67 0.65 25 L -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 3 -4 2 -2 -4 -3 0 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 31 0 6 0 0 0 4 0 0 44 0.76 0.65 26 K -1 1 -2 0 -5 3 5 -3 1 -4 -3 1 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 5 5 0 3 0 13 56 1 3 0 2 9 0 0 0 3 0 0 0 0 0.82 0.65 27 E -3 -3 -4 -3 1 0 -2 -4 -3 -2 0 0 0 2 6 -3 -2 -4 -2 -1 0 0 0 0 4 5 2 0 0 0 10 6 3 12 51 0 2 0 0 5 1.01 0.65 28 F -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -2 -2 -1 -5 -2 8 -5 -4 -4 0 5 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 20 0 1.67 0.65 29 E -1 0 5 -1 -4 1 -1 -2 2 -3 -3 1 0 -4 -3 3 0 -5 -3 -1 2 2 32 0 0 8 2 0 5 0 1 10 3 0 0 28 2 0 0 5 0.54 0.65 30 P -2 -4 -3 0 -4 -3 -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 8 -1 -3 -5 -5 -4 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 85 5 0 0 0 0 2.10 0.65 31 D -1 -3 0 7 -5 -2 1 0 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 0 -6 -5 -4 4 0 2 76 0 0 5 6 0 0 0 0 0 0 0 1 5 0 0 0 1.26 0.65 32 D 2 -2 -2 -1 -4 3 3 -3 -2 -4 -2 1 -3 -2 3 1 -2 -4 -3 -3 24 0 0 2 0 15 19 0 0 0 3 7 0 2 16 12 0 0 0 0 0.50 0.65 33 T 0 -3 1 6 -4 -2 2 -3 -3 -4 -2 -2 -4 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -2 11 0 6 61 0 0 12 0 0 0 5 0 0 0 0 0 2 0 0 3 0.95 0.65 34 M -3 -3 -4 -4 -3 -2 -1 -5 -3 1 2 -3 8 -2 -4 -3 0 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 6 15 0 67 0 0 0 6 0 0 2 1.10 0.65 35 K -2 3 -2 -2 -4 2 1 -4 -2 1 -1 5 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -2 0 16 0 0 0 11 9 0 0 12 6 42 0 0 0 3 0 0 0 0 0.61 0.65 36 D 1 -2 2 5 -4 -1 4 -1 -2 -4 -4 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -2 13 0 10 38 0 0 30 3 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 3 0.76 0.65 37 A 5 -3 2 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 1 -1 1 -3 -2 75 0 11 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 10 0 2 0 0 0.88 0.65 38 G 2 -4 -2 -3 -3 -3 -3 5 -4 -3 -2 -3 2 -4 -3 0 1 -4 -4 -1 16 0 0 0 0 0 0 53 0 0 2 0 7 0 0 5 12 0 0 5 0.77 0.65 39 M 1 1 -1 -3 -3 -2 0 -3 -3 3 -2 0 2 -3 -3 0 3 -4 -3 1 12 10 3 0 0 0 6 0 0 24 0 4 6 0 0 7 20 0 0 9 0.31 0.65 40 Q -2 1 -2 -2 -5 6 1 -2 -2 -4 -1 3 -2 -4 -3 -2 -2 -4 0 -2 0 4 0 0 0 59 5 3 0 0 6 18 0 0 0 0 0 0 3 2 0.89 0.65 41 M -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 5 -4 6 -1 -4 -4 -1 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 69 0 25 0 0 0 4 0 0 0 1.02 0.65 42 K -2 2 -2 -2 -5 1 -1 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 4 0 0 0 3 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 1.35 0.65 43 K -2 1 0 -2 -4 -1 1 1 -3 1 -3 3 3 -4 -3 1 2 -4 -3 -2 0 6 4 0 0 0 8 13 0 9 0 27 11 0 0 12 13 0 0 0 0.34 0.65 44 V -3 -3 -4 -5 4 1 -4 -5 -4 0 5 -4 1 -2 -4 -1 -2 -3 -3 0 0 0 0 0 11 7 0 0 0 0 71 0 2 0 0 5 0 0 0 4 0.82 0.65 45 L -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 2 1 -4 1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 7 0 2 0 0 0 0 0 0 86 1.09 0.65 46 D -3 -3 2 7 -5 -2 1 -1 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 7 85 0 0 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.54 0.65 47 S -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 -1 1 -2 -1 -3 2 6 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 6 10 0 3 0 16 60 0 0 4 0.73 0.65 48 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 6 -4 0 0 -2 -4 -3 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 92 0 0 3 2 0 0 0 0 0 1.12 0.65 49 P -2 -2 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 7 2 1 -5 -4 -4 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 66 21 11 0 0 0 1.59 0.65 50 Q -1 -1 0 -2 -4 5 2 -3 0 -4 -4 2 -3 -5 4 0 -2 -4 -3 -3 3 0 4 0 0 39 12 0 2 0 0 11 0 0 22 5 0 0 0 1 0.80 0.65 51 T -1 -1 3 0 -4 2 3 -1 -2 -4 -4 3 -1 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 4 0 19 2 0 10 25 3 0 0 0 27 2 0 0 6 2 0 0 0 0.58 0.65 52 T 3 -3 1 2 -3 -1 -2 -3 2 -1 -3 -1 -3 -4 -2 0 4 -4 -3 -1 26 0 6 12 0 2 0 0 5 3 0 3 0 0 1 2 38 0 0 2 0.49 0.65 53 R -2 5 -2 -3 -5 1 -1 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 -2 1 -5 -3 -4 0 32 0 0 0 5 0 0 0 0 0 54 0 0 0 0 8 0 0 0 1.01 0.65 54 E -1 -1 0 5 -4 1 4 -3 -2 -2 -3 1 2 -4 -3 -2 -2 -5 -4 -1 5 2 2 33 0 7 26 0 0 3 0 9 7 0 0 0 1 0 0 4 0.61 0.65 55 N 0 -2 5 0 -3 -2 -1 0 2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 4 1 -5 -3 -4 6 0 31 4 0 0 2 4 6 0 0 2 0 0 0 40 5 0 0 0 0.69 0.65 56 I 1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -5 5 1 -4 2 -2 -4 -2 -2 -4 -3 3 11 0 0 0 0 0 0 0 0 49 8 0 7 0 0 2 0 0 0 24 0.75 0.65 57 M -1 1 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 1 4 -2 5 0 -4 -3 0 -3 -3 0 6 8 0 0 0 3 0 0 0 4 45 1 23 2 0 0 5 0 0 3 0.60 0.65 58 K 0 4 0 -2 -5 2 0 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 6 22 5 0 0 7 2 0 0 0 0 59 0 0 0 0 0 0 0 0 0.94 0.65 59 L 1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -4 0 5 -4 0 4 -4 -3 -3 -3 -1 -1 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0.86 0.65 60 T -2 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -3 -3 1 1 -3 7 -2 -3 1 3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 6 7 0 42 0 0 14 27 0 0 0 0.74 0.63 61 E -1 -1 -1 4 -5 -1 5 1 1 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -4 3 3 0 26 0 0 47 12 4 0 2 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0.78 0.63 62 K -2 2 0 -2 -4 0 1 -3 -2 -1 -3 6 -3 -4 0 -2 -2 -4 -3 -2 2 7 3 0 0 0 6 0 0 6 0 69 0 0 3 0 0 0 0 3 0.85 0.63 63 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 7 1 -4 2 -2 -4 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79 5 0 4 0 0 0 0 0 0 10 1.09 0.62 64 V 0 -4 -4 -2 -3 -3 -1 -4 -4 3 2 -3 -1 -2 -4 -2 -2 -3 1 3 10 0 0 2 0 0 6 0 0 21 25 0 0 0 0 2 0 0 6 29 0.47 0.64 65 K -2 0 0 -2 -4 3 -1 -3 -2 -3 -3 4 0 -1 0 0 4 -4 -3 -3 0 4 3 0 0 14 2 0 0 0 0 30 2 3 3 6 33 0 0 0 0.55 0.63 66 S -1 0 -1 0 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -3 0 -3 -4 -3 5 2 -4 -3 -3 0 3 0 6 0 0 0 0 0 0 2 4 0 0 0 71 13 0 0 0 0.82 0.63 67 P -2 -3 -1 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -3 -1 -4 -5 8 1 -1 -5 -4 -4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 2 4 0 0 76 13 3 0 0 0 1.79 0.60 68 L -1 0 -3 -3 -3 3 1 -4 0 -1 4 -2 0 -2 -2 -3 -2 -4 -3 0 6 6 0 0 0 16 12 0 2 0 48 0 0 0 2 0 0 0 0 8 0.43 0.58 69 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.51 0.57 70 M -2 -2 -3 -4 -2 -1 -3 -4 -2 1 3 -2 6 0 -3 -2 -1 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 0 63 0 0 0 0 0 0 0 0.52 0.11 K Lambda Standard Ungapped 0.1325 0.3162 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1849 0.3177 PSI Gapped 0.0566 0.2670