Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -2 -2 0 -4 -1 8 -5 -4 -4 0 5 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 77 0 0 0 0 18 0 1.50 0.59 2 T 0 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 -1 -2 -2 -4 1 0 6 -4 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 7 0 84 0 0 0 1.07 0.60 3 K -3 5 -2 -3 -5 0 -1 -3 -2 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.61 4 N -2 0 3 -2 -3 0 -2 -3 -2 -2 -3 -1 -2 -4 -3 0 6 -4 -3 -1 0 4 18 0 0 5 0 0 0 0 0 2 0 0 0 3 63 0 0 4 0.79 0.59 5 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 4 0 -4 -1 4 -4 -4 -2 -3 -1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 21 0 0 0 0 0 54 0.89 0.61 6 F 0 -4 -4 -4 8 -4 -4 -4 -3 0 0 -4 -2 3 -4 0 -2 -3 1 1 10 0 0 0 36 0 0 0 0 3 10 0 0 17 0 10 0 0 4 10 0.78 0.61 7 V -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 3 2 -4 0 2 -4 -3 -2 -3 -2 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 13 22 0 0 11 0 0 0 0 0 50 0.73 0.61 8 L -3 -3 -4 -5 -3 -3 -3 -5 1 0 4 1 0 0 -4 -3 -3 3 5 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 3 51 13 0 2 0 0 0 4 24 0 0.69 0.61 9 D -2 -3 0 6 1 -2 0 -3 -3 -4 -5 -1 -4 -5 -3 3 -1 -5 -4 -4 0 0 0 57 3 0 2 0 0 0 0 3 0 0 0 35 0 0 0 0 1.03 0.61 10 V -1 0 -2 0 -4 3 0 -2 -3 -3 -1 0 -2 -4 4 -1 3 -4 -4 -1 2 4 0 6 0 14 6 2 0 0 6 4 0 0 25 3 23 0 0 4 0.50 0.61 11 T -2 0 1 1 -4 1 0 4 -2 -4 -4 2 -3 -3 -3 1 1 -4 2 -4 0 5 6 7 0 5 4 31 0 0 0 13 0 0 0 8 13 0 8 0 0.42 0.61 12 A 0 3 1 -2 2 0 2 2 -2 -4 -4 2 -3 -5 -3 0 0 -4 -4 -4 8 15 9 0 5 3 15 18 0 0 0 17 0 0 0 7 4 0 0 0 0.40 0.61 13 K -1 0 3 2 -4 -1 1 -1 -2 -4 -4 4 -3 -5 -3 1 1 -5 -4 -4 3 4 16 14 0 0 9 3 0 0 0 30 0 0 0 13 8 0 0 0 0.51 0.61 14 T -2 -3 3 3 -3 -2 -2 -1 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 0 5 -5 -4 -2 0 0 18 19 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 59 0 0 0 0.86 0.61 15 L -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -2 3 1 -4 -1 6 -5 -2 -3 -1 5 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 9 0 0 41 0 3 0 0 23 0 0.94 0.61 16 C -1 -5 -4 -5 9 -4 -5 -4 -5 0 -2 -4 -2 -3 -4 -3 -2 -4 -3 4 4 0 0 0 55 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 1.40 0.61 17 G 2 -1 -2 -3 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 0 -3 -4 -4 -4 15 4 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1.20 0.61 18 A -1 4 -1 -3 -4 3 -1 -3 -2 -2 -1 4 2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -1 5 23 2 0 0 16 0 0 0 2 4 36 7 0 0 0 0 0 0 5 0.60 0.61 19 I -2 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -2 -4 5 1 -4 5 -2 -4 -1 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 3 0 44 4 0 19 0 0 6 0 0 0 24 0.74 0.61 20 A 4 -3 -3 -3 7 -3 -3 0 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 0 -4 -4 -1 47 0 0 0 30 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 13 4 0 0 3 0.89 0.61 21 K 1 3 0 -2 -4 2 -1 0 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 0 -2 -4 -3 -3 16 14 5 0 0 8 0 6 0 0 0 45 0 0 0 6 0 0 0 0 0.63 0.61 22 L 3 0 -3 -3 1 0 0 -3 -3 -2 1 0 2 -3 -3 0 1 -4 -3 1 28 6 0 0 4 5 7 0 0 0 16 6 7 0 0 5 9 0 0 10 0.24 0.61 23 S 0 -2 0 -3 3 2 -1 -3 -3 -1 2 -1 3 0 -3 1 0 -3 -3 0 9 0 5 0 8 12 2 0 0 0 27 2 11 3 0 10 4 0 0 5 0.27 0.59 24 S 0 1 3 -1 0 -2 -1 4 3 -5 -5 1 -4 -4 -3 1 -2 -4 -3 -4 8 6 15 3 2 0 2 31 8 0 0 12 0 0 0 12 0 0 0 0 0.50 0.61 25 Q 0 1 1 -1 5 1 -1 0 -3 -3 0 3 1 -4 -3 -2 0 -4 -3 -3 6 7 7 2 17 6 3 7 0 0 11 23 4 0 0 0 7 0 0 0 0.35 0.61 26 P -2 -3 1 -2 -4 2 2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 7 0 -1 -5 -4 -1 0 0 7 0 0 10 15 0 0 0 0 0 0 0 53 6 2 0 0 6 1.17 0.61 27 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -3 -3 -3 2 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.99 0.61 28 C -1 -4 -4 -5 8 -4 -4 -4 -3 -1 3 -4 -1 1 -4 -3 -1 -3 3 1 4 0 0 0 34 0 0 0 0 0 33 0 0 7 0 0 2 0 11 9 0.85 0.61 29 Q 2 -2 -1 -3 -3 4 -2 -3 -3 2 1 0 -1 -3 -3 -2 0 -4 -3 2 17 0 2 0 0 25 0 0 0 16 11 4 0 0 0 0 5 0 0 20 0.38 0.61 30 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 1 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 9 0 0 0 0 0 0 0 0 51 0.95 0.61 31 K -2 4 -2 -2 -5 0 0 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -3 -4 0 21 0 0 0 2 4 0 0 0 0 72 0 0 0 2 0 0 0 0 1.10 0.61 32 I -1 -3 -3 -4 -3 0 -3 -4 4 5 0 -3 0 -2 -4 -1 2 -4 -2 2 4 0 0 0 0 4 0 0 15 40 5 0 2 0 0 4 15 0 0 10 0.52 0.61 33 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.79 0.61 34 R -1 6 -3 -4 -4 0 -2 -4 -2 -1 0 0 3 -3 -4 -2 -1 -4 -3 0 4 59 0 0 0 3 0 0 0 4 10 0 11 0 0 0 3 0 0 6 0.79 0.61 35 V -2 -3 2 -3 -3 -3 -3 2 -3 0 -2 -3 -2 -4 -3 1 4 -4 -3 2 0 0 13 0 0 0 0 19 0 6 0 0 0 0 0 8 32 0 0 22 0.49 0.61 36 V -2 -3 -3 -4 0 -3 -3 -4 -3 1 -1 -3 2 3 -4 0 4 -3 -1 3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 7 2 0 8 16 0 4 35 0 1 23 0.53 0.59 37 A 2 -2 -2 -2 1 4 -1 -1 6 -3 -4 -1 -2 -4 -3 2 -2 -4 -2 -1 20 0 0 0 3 30 0 5 23 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 5 0.62 0.59 38 F -3 -4 -4 -5 3 -1 -4 -5 -4 3 2 -4 2 4 -4 -3 0 -3 -1 3 0 0 0 0 7 4 0 0 0 18 17 0 7 21 0 0 5 0 0 21 0.53 0.59 39 K 1 0 -2 -2 3 1 2 1 -3 -3 -3 3 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 0 14 4 0 0 7 5 18 11 0 0 0 19 0 0 0 7 5 0 0 9 0.31 0.59 40 P 3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 3 -4 -2 -2 -3 1 0 0 -1 0 -4 -3 2 33 3 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 4 4 5 2 5 0 0 20 0.43 0.59 41 V 2 -3 -3 -3 3 -3 -3 -3 -4 0 -2 -3 1 -3 -3 2 2 -4 -3 4 15 0 0 0 6 0 0 0 0 3 0 0 4 0 0 21 13 0 0 37 0.48 0.59 42 K 1 -1 4 4 -4 -2 -1 -2 -2 -4 -4 1 -4 -5 2 0 -1 -5 -4 -4 15 2 25 32 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 11 5 3 0 0 0 0.66 0.59 43 N -1 -3 2 1 -3 1 -2 -2 -2 -1 -3 -2 -2 1 -3 1 4 -3 1 0 3 0 9 9 0 9 0 2 0 4 0 0 0 8 0 11 37 0 4 5 0.39 0.59 44 P -2 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 8 -2 -3 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 4 2.45 0.59 45 E 0 0 -1 -2 -3 -1 2 -3 -3 1 -3 -2 -2 -4 4 0 1 -5 -3 2 7 5 3 0 0 2 17 0 0 8 0 0 0 0 24 6 11 0 0 19 0.45 0.59 46 P -2 -3 -3 0 -4 -2 -2 -4 4 -4 -4 -2 -4 -5 8 -1 -1 -5 -3 -4 0 0 0 6 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 73 4 4 0 0 0 1.77 0.59 47 K -2 5 -2 -3 -5 0 -1 2 -2 -5 -4 5 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -4 -4 0 35 0 0 0 3 0 17 0 0 0 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.59 48 G 2 -3 -2 -3 6 -3 -3 4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 3 -1 -4 -4 -3 19 0 0 0 18 0 0 31 0 0 0 0 0 0 0 32 0 0 0 0 0.79 0.59 49 Y -1 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -1 -2 -1 -3 4 1 -4 -1 2 0 7 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 14 3 0 4 15 0 55 0 0.95 0.59 50 V -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 3 2 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 22 0 0 0 0 0 0 0 0 61 0.88 0.59 51 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 3 5 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 69 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0.91 0.59 52 N -2 0 0 1 -4 1 5 -4 -2 -3 0 -1 -2 -4 -3 0 1 -4 -3 0 0 4 3 7 0 6 46 0 0 0 10 0 0 0 0 5 12 0 0 7 0.53 0.59 53 V -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 0 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 72 2 0 0 0 0 0 0 0 0 26 1.09 0.59 54 P -1 1 -1 -2 1 0 2 0 -3 -3 -1 0 -3 -4 4 1 1 -4 -4 -2 2 8 2 0 3 3 14 8 0 0 7 4 0 0 25 12 8 0 0 3 0.40 0.59 55 G -2 1 1 3 -4 1 1 4 0 -5 -5 2 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 0 7 6 17 0 6 6 32 2 0 0 17 0 0 0 7 0 0 0 0 0.55 0.59 56 P 1 -3 -3 0 4 0 2 -3 -3 -2 -3 0 -3 -4 5 -2 -2 -5 -4 1 12 0 0 4 10 4 15 0 0 0 0 6 0 0 33 0 0 0 0 16 0.68 0.59 57 G -1 -4 -2 -3 6 -4 -4 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -4 0 0 0 0 22 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.51 0.59 58 A 5 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 4 -1 -4 -3 -2 57 2 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 39 0 0 0 0 0.82 0.59 59 Y -3 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 -1 1 -2 -4 -2 5 -5 -3 -3 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 24 0 0 0 0 62 7 1.32 0.59 60 R -1 7 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -5 -4 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 5 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 1.39 0.59 61 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 3 -4 1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 22 0 2 0 0 0 0 0 0 15 0.93 0.59 62 Q -2 -2 -3 -3 -3 6 -1 -4 -2 3 1 -2 3 -3 -4 -3 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 47 0 0 0 22 14 0 8 0 0 0 0 0 0 9 0.68 0.59 63 D -3 -3 0 8 -5 -2 0 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.79 0.59 64 G -2 5 -2 -3 -5 -2 -3 5 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -4 -5 0 40 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.19 0.59 65 Q -3 -2 2 5 -4 5 1 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 0 0 -5 -4 -4 0 0 11 34 0 38 7 0 0 0 0 0 0 0 0 4 7 0 0 0 0.86 0.59 66 D -3 -2 -1 6 -5 4 1 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 -2 0 -5 -4 -2 0 0 0 60 0 23 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 3 1.04 0.59 67 I 0 -3 0 -3 -3 1 -2 -3 -3 1 -2 -2 1 -3 -3 3 3 -4 -3 2 4 0 3 0 0 8 0 0 0 9 0 0 4 0 0 30 25 0 0 18 0.43 0.59 68 I -2 -4 -3 -4 3 -4 -4 -4 -4 5 1 -4 -1 -2 -4 -2 3 -4 -3 1 0 0 0 0 7 0 0 0 0 47 12 0 0 0 0 0 29 0 0 5 0.71 0.59 69 S -1 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 2 -3 -3 -2 -2 5 -3 5 -1 -2 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 28 0 58 0 0 8 0 0.79 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