Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -3 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 5 3 -5 3 -2 -5 -4 -3 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 24 0 7 0 0 0 0 0 0 35 0.96 0.89 2 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 -1 6 -5 1 -2 -5 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 98 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1.52 1.01 3 S -1 -1 -1 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -5 -1 4 6 -5 -4 -3 1 3 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 3 36 54 0 0 0 1.07 1.01 4 Q 0 -3 0 3 -5 2 3 0 -3 -4 -5 -1 -4 -5 1 2 0 -5 -2 -4 9 0 4 16 0 10 24 6 0 1 0 3 0 0 7 14 6 0 2 1 0.48 1.06 5 R -3 7 -3 -4 -6 -1 -2 -4 0 -3 -5 4 -4 -5 -2 -2 -1 -5 -4 -5 0 66 0 0 0 1 0 0 2 2 0 24 0 0 1 1 3 0 0 0 1.41 1.06 6 Q -3 -1 -2 -3 -5 8 1 -4 0 -5 -5 -1 -3 -6 -4 -2 -3 -4 -4 -5 0 0 0 0 0 92 5 0 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.92 1.09 7 R 2 5 -3 -2 -5 3 0 -4 -3 -4 -5 4 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -4 18 30 0 2 0 15 3 0 0 1 0 28 0 0 0 2 0 0 0 0 0.86 1.13 8 D 0 -3 0 3 -5 2 5 -4 1 -3 -5 -1 -4 -5 -4 -1 0 -5 -4 -3 8 0 3 18 0 9 44 0 4 2 0 2 0 0 0 4 4 0 0 1 0.81 1.12 9 E -3 -2 -2 3 -6 1 6 -4 -3 -5 -5 -1 -4 -6 -4 -1 -3 -5 -4 -5 1 1 0 16 0 5 70 0 0 0 0 2 0 0 0 4 0 0 0 0 1.36 1.11 10 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 2 0 -5 -4 -4 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 89 1 3 3 0 1 0 0 0 0 1.39 1.14 11 N -4 -1 6 0 -6 -1 -2 -4 8 -6 -6 -1 -4 -4 -5 -3 -3 -5 1 -6 0 2 39 5 0 2 0 0 47 0 0 2 0 0 0 0 0 0 3 0 1.63 1.19 12 R -1 3 -2 -4 -5 1 -2 -2 0 -4 -1 6 -3 -2 -4 -2 -3 -5 -2 -1 4 15 1 0 0 6 0 3 2 0 6 54 0 1 0 2 0 0 1 4 0.86 1.18 13 A 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 0 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 4 -2 -5 -4 -3 63 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 31 0 0 0 0 1.17 1.22 14 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 0 -4 4 -3 -5 -5 -2 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 6 1 10 0 0 0 1 0 0 17 1.37 1.28 15 A 2 -5 -5 -6 2 -5 -5 -4 0 4 4 -5 -1 -3 -5 -3 -3 -5 -2 1 21 0 0 0 5 0 0 1 3 24 38 0 1 0 0 1 0 0 2 7 0.74 1.28 16 D 2 -1 -2 5 -5 4 3 -4 -3 -5 -3 -2 -4 -3 -4 -1 -3 -6 -5 -4 21 2 0 34 0 19 16 0 0 0 2 0 0 1 0 4 0 0 0 1 0.85 1.28 17 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 1 -4 -4 -5 -4 1 -6 -4 -4 0 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 95 0 2.55 1.28 18 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 1 6 -5 2 2 -6 -5 -4 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 77 0 5 8 0 0 0 0 0 5 1.31 1.28 19 R -1 2 -1 -2 -5 3 1 -3 4 -3 -1 1 -2 -1 -4 2 0 -1 -1 -2 4 12 3 2 0 13 11 2 10 1 6 6 1 3 0 16 4 1 1 4 0.32 1.28 20 S 2 -2 -1 -2 -4 1 -2 -1 -4 -5 -5 1 -4 -5 3 4 0 -1 -4 -3 17 2 3 1 0 7 2 5 0 0 0 7 0 0 12 36 5 1 0 2 0.58 1.27 21 N 0 -1 5 -1 2 1 -2 -3 0 1 -2 -1 -1 -5 -4 2 -1 -6 -3 -1 7 2 35 2 4 7 1 0 2 10 4 2 1 0 0 16 2 0 1 4 0.56 1.28 22 G -1 -3 4 1 0 -2 0 5 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -5 4 1 18 6 2 1 6 52 0 0 2 1 1 0 0 4 1 0 0 0 0.94 1.25 23 Y -1 -4 -2 -1 -5 -2 0 -2 2 -3 1 -3 0 4 -1 -2 -3 -2 6 -2 7 0 2 3 0 1 7 3 5 0 16 1 2 19 3 2 1 0 26 2 0.60 1.28 24 E 0 -4 0 0 -5 1 2 -3 3 -3 -2 -1 0 -3 2 2 2 -6 -4 -2 9 0 5 4 0 7 14 1 7 1 5 2 3 1 11 13 13 0 0 3 0.33 1.46 25 E -1 0 2 3 -6 2 4 -3 1 -5 -4 1 -4 -1 -2 0 -2 -6 -4 -4 6 4 8 15 0 8 27 2 3 0 2 9 0 3 2 8 2 0 0 1 0.50 1.46 26 A 4 -1 -1 -4 -4 -1 -2 -4 1 -2 -1 -3 -4 -5 -1 3 3 -6 -4 -2 34 3 2 0 0 3 2 0 4 2 5 0 0 0 2 22 19 0 0 2 0.60 1.46 27 Y 2 -5 -2 0 -1 -1 -2 -4 -1 -1 3 -4 -1 4 -5 -1 -3 -4 2 -1 21 0 2 6 1 2 2 1 1 2 27 0 1 16 0 4 1 0 8 3 0.44 1.46 28 S 3 -1 2 2 -5 1 2 -3 0 -5 -1 -1 -1 -5 -4 1 1 -6 -5 -3 23 3 9 10 0 7 15 1 2 0 6 3 1 0 0 8 10 0 0 1 0.39 1.46 29 V 4 -2 -4 -4 -4 1 1 -2 -2 -1 0 -1 -1 0 -4 1 1 -5 -4 1 37 2 0 0 0 6 8 2 1 3 8 3 1 3 0 8 8 0 0 9 0.41 1.46 30 F -2 -4 -5 -5 -4 1 -5 -5 -4 -1 4 -5 1 6 -1 -4 -3 -3 -2 0 3 0 0 0 0 7 0 0 0 2 43 0 2 32 3 0 2 0 0 4 0.95 1.41 31 K 0 5 -2 0 -1 2 -1 -4 -1 -3 0 3 -1 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -3 7 29 1 5 2 11 3 0 1 1 11 20 2 0 0 4 2 0 0 1 0.57 1.41 32 K 1 2 -2 -1 -5 2 4 -3 -1 -4 -1 3 -4 -2 -2 0 -1 -5 -4 -2 10 10 1 2 0 10 23 1 1 0 6 19 0 2 1 6 3 0 0 3 0.44 1.49 33 E -2 -1 -2 1 -5 0 6 -4 -3 -2 -1 -1 -4 -5 -4 0 -2 -5 -4 -2 3 3 1 8 0 2 60 0 0 2 6 2 0 0 0 8 1 0 0 3 0.99 1.46 34 A 4 -2 -4 -4 0 -1 -2 -4 -4 -2 3 -4 -2 -1 -3 0 2 -5 -4 0 32 2 0 1 2 3 3 0 0 1 28 0 0 2 1 7 11 0 0 7 0.51 1.48 35 E -1 -1 3 1 -4 2 1 3 0 -4 -2 -2 -4 -5 0 1 0 -5 -4 -3 5 3 15 7 0 8 9 24 2 0 5 2 0 0 4 9 5 0 0 2 0.38 1.41 36 L -2 -4 -1 -3 -1 -2 -3 -4 -4 3 4 -4 -1 -2 0 -4 0 -4 -4 2 3 0 3 2 1 2 2 2 0 17 40 1 1 1 5 1 7 0 0 13 0.55 1.39 37 D -1 -3 1 5 -5 -1 1 2 -1 -5 -5 -2 -2 -5 2 0 -1 -5 -5 -3 5 1 6 34 0 2 7 16 1 0 1 2 1 0 10 8 4 0 0 2 0.64 1.43 38 M -1 -3 -1 -1 -4 -1 -2 -2 -2 0 0 -3 3 5 -1 0 -2 -3 3 0 4 1 3 4 0 3 2 3 1 6 8 1 7 29 4 7 2 0 8 7 0.45 1.41 39 N -1 -4 3 4 -2 0 0 -1 0 -3 -3 -1 -4 -5 2 1 1 -6 -5 -1 4 0 13 27 1 4 5 4 3 2 2 3 0 0 8 9 10 0 0 5 0.47 1.48 40 E 1 -3 0 4 -5 -1 2 0 -4 -3 -4 0 -4 -4 4 1 0 -6 -5 -3 12 1 5 20 0 2 11 7 0 1 1 5 0 1 18 8 5 0 0 2 0.48 1.48 41 E 2 -4 0 4 -4 -1 3 -3 0 -1 -5 -3 -4 -5 0 2 0 -5 -4 -3 18 0 3 23 0 2 20 1 2 5 0 0 0 0 4 13 6 0 0 1 0.54 1.35 42 L 0 -4 -1 0 0 -2 -3 -2 -4 1 -1 -2 0 -4 4 1 3 -5 -4 1 8 0 3 5 2 1 1 2 0 9 6 1 3 0 18 9 22 0 0 8 0.40 1.31 43 D 1 -1 1 4 1 -1 2 -3 -1 -3 -3 2 -1 -5 -4 -1 0 -5 -4 -2 13 2 6 24 3 2 15 1 1 1 2 15 2 0 0 3 7 0 0 2 0.47 1.34 44 K 1 0 -1 0 -4 1 0 -1 -1 -4 -4 5 -4 -5 0 1 0 -5 -4 -3 14 5 2 6 0 6 4 3 1 0 1 35 0 0 4 10 6 0 0 2 0.52 1.33 45 K -2 1 -2 -3 -5 0 -1 -4 -1 1 -3 6 0 -2 -2 0 0 -5 -4 -2 3 5 1 0 0 4 2 0 1 9 2 54 2 2 1 6 5 0 0 2 0.81 1.33 46 Y -2 -2 -1 1 -4 -1 -3 -5 1 0 -2 -1 -1 2 -3 -2 -1 1 7 0 4 2 3 7 0 3 1 0 3 5 4 4 1 7 1 3 5 2 40 6 0.73 1.34 47 A 2 -2 1 0 -3 -1 4 -1 -4 -5 -5 -1 -2 -5 2 1 1 -5 -5 -2 20 2 5 5 0 2 27 5 0 0 0 2 1 0 11 9 7 0 0 2 0.50 1.38 48 G -3 -2 3 -1 -5 -1 -2 6 -4 -5 -3 -2 -5 -5 -5 -1 0 -5 -5 -5 0 2 13 2 0 3 2 63 0 1 3 2 0 0 0 3 6 0 0 0 1.18 1.38 49 L -2 -5 -4 -6 -4 -5 -5 -6 -2 1 5 -5 0 -1 -6 -5 -2 -3 4 0 3 0 1 0 0 0 0 0 1 5 67 0 1 1 0 0 2 0 16 4 1.13 1.41 50 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -5 1 -2 -6 -5 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 95 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1.69 1.41 51 E -3 -3 -3 -1 -6 -1 7 -2 -3 -5 -4 -2 -5 -6 0 -3 -4 -6 -5 -2 1 0 0 0 0 1 87 3 0 0 2 0 0 0 4 0 0 0 0 4 1.68 1.41 52 K -4 3 -3 -4 -6 -1 -1 -5 -3 -6 -5 7 -4 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 11 0 0 0 0 2 0 0 0 0 87 0 0 0 0 0 0 0 0 1.83 1.41 53 K -3 1 -3 -3 -6 -1 -2 -4 -3 -6 -5 8 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 1.92 1.33 54 W -5 -6 -7 -7 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -4 -6 -4 -1 -7 -6 -5 13 0 -6 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 2 0 0 0 97 0 0 4.04 1.33 55 T 0 -4 2 -3 -4 -3 -4 -2 -4 0 -4 -3 -2 -5 -4 2 6 -5 -4 0 6 0 9 0 0 0 0 2 0 5 0 0 1 0 0 11 63 0 0 5 1.08 1.29 56 S 0 -4 -2 -3 -4 -3 -3 0 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 6 3 -5 -4 -4 6 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 71 16 0 0 0 1.22 1.26 57 V -2 -4 -1 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 0 -4 -1 -3 -4 -3 1 -5 -3 6 0 0 3 0 0 0 0 0 0 15 7 0 0 0 0 0 10 0 0 65 0.95 0.83 58 I 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 3 -4 -1 -2 0 0 -2 -5 -3 4 8 0 0 0 0 0 0 0 0 22 27 0 0 0 5 7 0 0 0 31 0.62 0.83 59 R -1 7 -2 -4 -5 -1 -2 -4 -2 -4 -4 0 2 -5 -4 -3 -1 -5 -4 -4 4 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 3 0 0 0 1.54 0.83 60 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -4 3 -1 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 90 0 6 0 0 0 0 0 0 0 1.28 0.83 61 Q -3 -1 -2 -2 -5 8 2 -4 1 -5 -4 1 0 -5 -3 -2 -3 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 83 7 0 3 0 0 4 3 0 0 0 0 0 0 0 1.51 0.83 62 K 1 4 -2 -3 -4 1 -1 -3 0 -4 -4 6 -3 -5 -3 0 -1 -4 -3 -4 10 20 0 0 0 5 0 0 2 0 0 52 0 0 0 7 2 0 0 0 0.84 0.80 63 K -3 5 -2 -3 -5 -1 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0 0 0 4 0 0 0 0 1.21 0.80 64 V -3 -4 0 -4 -3 -2 -4 -5 -5 6 0 -4 -1 -2 -5 -4 -1 -5 -3 4 0 0 7 0 0 2 0 0 0 54 5 0 0 0 0 0 2 0 0 31 0.94 0.81 65 M 0 -2 -1 -4 -3 -2 -2 -4 -3 3 3 -3 5 0 -4 -3 -3 -3 1 -1 10 2 4 0 0 2 3 0 0 19 31 0 21 3 0 0 0 0 5 0 0.54 0.78 66 E 1 0 -1 6 -5 -1 4 -3 0 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -6 -4 -4 12 5 0 54 0 0 27 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.10 0.79 67 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 2 -1 -5 -2 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 5 0 0 3 0 0 0 0 1.18 0.75 68 E -3 -2 -2 0 -5 4 6 -4 -2 -5 -5 -1 -3 -5 -3 -2 0 -5 -4 -4 0 0 0 2 0 19 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 1.29 0.77 69 S 0 1 4 0 -4 -2 -2 -1 1 -4 -4 1 -3 -5 -3 4 1 -5 -4 -4 6 9 23 3 0 0 0 3 3 0 0 9 0 0 0 34 8 0 0 0 0.57 0.73 70 K -3 4 -2 1 -5 4 4 -4 1 -5 -4 2 -3 -5 -3 -2 -1 -5 -3 -4 0 21 0 5 0 19 33 0 4 0 0 14 0 0 0 0 4 0 0 0 0.79 0.73 71 L -1 -4 2 -4 -3 -3 -4 -4 -4 2 3 -2 -1 -2 -4 -2 0 -4 0 3 3 0 12 0 0 0 0 0 0 14 28 2 0 0 0 2 6 0 3 30 0.46 0.68 72 N 3 -3 2 1 -3 -2 -1 -1 -3 -3 -4 0 -3 -4 -3 3 2 -5 -4 -1 25 0 9 9 0 0 3 3 0 0 0 4 0 0 0 27 16 0 0 5 0.44 0.67 73 E 2 1 5 -1 -4 2 1 0 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 -1 1 -5 -4 -3 25 7 40 0 0 9 8 5 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0.63 0.66 74 A 2 -3 -4 -4 -3 1 -3 -4 -3 -1 4 -3 1 -1 -4 -2 -2 -3 2 0 25 0 0 0 0 7 0 0 0 0 53 0 4 0 0 0 0 0 8 3 0.58 0.65 75 K -2 4 -2 -2 -4 5 0 -3 -2 -4 -2 4 -2 -4 -3 -2 -1 -4 -3 -3 0 28 0 0 0 36 0 0 0 0 5 28 0 0 0 0 4 0 0 0 0.83 0.56 76 E -2 -1 -1 1 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.10 0.24 K Lambda Standard Ungapped 0.1265 0.3085 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1939 0.3170 PSI Gapped 0.0594 0.2670