Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -3 3 -2 -2 -5 6 4 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -4 0 19 0 0 0 50 28 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.89 2 P 0 -3 3 -2 -4 -1 -1 -2 -3 -5 -5 -3 -4 -5 5 5 -2 -6 -4 -4 6 0 14 1 0 2 2 1 0 0 0 0 0 0 27 45 0 0 0 0 1.00 1.07 3 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 2 -1 -2 -5 -3 -4 -3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 14 73 0 3 1 2 0 0 0 0 7 1.15 1.11 4 N 0 0 3 -2 -4 2 0 -3 -3 -2 1 -3 1 -3 0 2 2 -5 -4 -2 6 5 16 2 0 10 5 1 0 1 15 0 4 1 5 17 12 0 0 2 0.31 1.12 5 Q 2 0 -1 -1 -4 5 0 2 -3 -3 -4 -2 -3 -5 -3 1 1 -5 -4 -3 17 4 2 2 0 31 6 14 0 1 1 1 0 0 1 8 10 0 0 1 0.56 1.11 6 V 1 2 -5 -5 -4 -3 -4 -5 -1 3 3 -3 0 -2 -5 -2 -1 -5 -4 3 13 11 0 0 0 0 1 0 1 15 26 0 1 1 0 3 3 0 0 25 0.52 1.11 7 I 0 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -4 -5 4 1 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -4 5 7 0 0 0 0 0 0 1 0 27 11 0 0 1 0 0 0 0 0 53 1.05 1.11 8 T -1 0 4 3 -4 -2 -1 -1 -1 -5 -5 -3 0 -5 -1 3 3 -6 -4 -4 3 5 23 14 0 1 3 3 1 0 0 0 2 0 3 20 21 0 0 0 0.61 1.13 9 N 1 3 0 -1 -4 4 0 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -3 -4 3 1 -5 -4 -2 10 18 4 3 0 22 5 2 1 1 1 1 0 1 0 21 7 0 0 2 0.50 1.12 10 S 0 -2 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -4 -3 -3 -2 -5 -3 5 4 -5 -4 -2 6 1 0 0 0 2 2 1 1 0 1 0 1 0 0 56 27 0 0 1 0.95 1.12 11 T 5 -1 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -2 -1 -3 -2 -4 -3 1 1 -5 -4 -1 65 4 0 0 0 0 0 1 0 1 5 0 0 0 0 11 8 0 0 4 0.89 1.12 12 R 1 4 0 -3 -4 2 -1 1 -1 -4 -2 2 -3 -2 -4 0 1 -5 -4 -3 15 23 4 0 0 11 3 10 1 0 4 11 0 2 0 7 8 0 0 1 0.42 1.12 13 Q 2 4 1 -2 -5 3 2 -2 -1 -5 -5 1 -4 -5 -3 1 1 -5 -4 -3 15 24 6 1 0 13 12 2 1 0 0 7 0 0 1 9 8 0 0 1 0.52 1.12 14 F 1 -2 2 -4 -4 2 -3 -3 5 -3 0 -3 0 4 -5 0 -3 -3 5 -3 13 1 9 0 0 9 1 1 14 0 8 0 2 16 0 6 1 0 18 1 0.57 1.12 15 N -2 0 3 0 -5 2 -2 5 -3 -6 -5 2 -4 -5 -3 0 -2 -5 -2 -5 2 4 14 5 0 10 1 43 0 0 0 13 0 0 1 5 1 0 1 0 0.77 1.09 16 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 4 -3 1 -1 -5 -5 -3 -5 -3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 46 40 1 2 1 0 0 0 0 0 8 1.09 1.08 17 E 1 0 0 -1 -4 1 2 -3 -1 -1 -3 0 -3 -5 1 1 3 -5 -4 -1 14 5 5 3 0 7 13 1 1 3 1 4 0 0 7 10 21 0 0 5 0.33 1.11 18 L -2 -3 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 2 1 -2 -4 -3 -4 -3 3 2 2 0 0 0 0 0 0 0 34 32 0 4 5 3 0 1 0 0 18 0.82 1.09 19 I 1 1 -2 -2 -4 2 0 -3 -3 1 -3 1 -3 -4 -2 2 2 -5 -2 0 12 6 1 1 0 10 6 1 0 8 2 9 0 0 2 19 15 0 1 6 0.30 1.10 20 R -2 7 -2 -2 -6 0 -2 -2 -1 -5 -4 1 -2 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -3 3 79 1 1 0 2 1 3 1 0 0 5 1 0 0 1 0 0 0 1 1.50 1.08 21 V -2 -5 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -4 3 3 -5 6 3 -5 -4 -2 2 0 2 2 0 0 0 0 1 0 0 0 15 25 0 25 11 0 0 1 3 3 14 0.83 1.08 22 Q -1 0 -1 1 -5 7 2 -4 -2 -3 -3 -1 -1 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -2 4 5 1 8 0 56 13 0 0 1 3 1 1 0 0 1 3 0 0 4 1.00 1.08 23 P -1 -4 0 -2 -5 -2 0 -4 -4 -5 -4 -3 -3 -3 8 -1 -2 -6 -5 -5 4 0 4 1 0 1 6 1 0 0 1 0 1 1 76 3 2 0 0 0 1.91 1.08 24 R -2 3 0 2 -5 5 2 -1 -3 -5 -4 0 -4 -4 -4 2 -2 -5 -4 -3 1 15 3 12 0 30 11 4 0 0 1 4 0 1 0 15 1 0 0 2 0.64 1.06 25 G -1 -2 2 2 -5 -1 1 6 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -4 0 -2 -5 -5 -5 3 2 10 12 0 2 8 56 0 0 0 1 0 0 0 5 1 0 0 0 1.01 1.06 26 E -2 -1 2 5 -5 1 3 1 -3 -5 -5 0 -4 -6 -4 0 -1 -6 -5 -5 2 2 10 32 0 7 23 11 0 0 0 4 0 0 0 6 4 0 0 0 0.74 1.06 27 M 0 1 0 0 -5 3 2 2 -3 -5 -3 1 1 -5 -4 2 0 -5 -4 -4 7 9 5 4 0 13 14 16 0 0 1 8 4 0 0 14 5 0 0 1 0.38 1.06 28 M 0 -5 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -5 3 4 -5 2 -1 -5 -4 -2 -4 -2 3 7 0 0 0 0 0 0 0 0 14 43 0 6 2 0 0 1 0 1 25 0.81 1.06 29 Q -1 4 0 -1 -5 5 0 -3 -1 -3 -2 -1 -2 -5 -4 0 1 -5 -4 -3 3 25 3 3 0 33 5 1 1 1 4 1 1 0 0 7 9 0 0 1 0.67 1.06 30 V -1 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 3 2 -5 1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 3 0 0 0 0 0 0 0 0 14 20 0 2 0 0 0 0 0 0 62 1.09 1.06 31 W -2 1 -1 -3 -4 0 -1 -3 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -5 0 3 10 -1 -2 1 7 4 1 0 5 4 1 1 1 0 0 1 0 0 9 19 43 1 3 1.38 1.06 32 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 4 -5 3 2 -5 -5 -2 -4 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 24 42 0 8 8 0 0 1 0 1 16 0.89 1.06 33 Q 0 -3 0 5 -5 2 4 -3 -3 -5 -5 0 -4 -6 -1 -1 -1 -6 -5 -3 9 0 4 32 0 9 33 1 0 0 0 4 0 0 2 3 2 0 0 1 0.84 1.06 34 P -2 0 2 3 -5 2 2 -1 -2 -5 -4 0 -4 -5 4 1 -1 -6 -5 -5 2 5 8 19 0 8 12 5 1 0 1 4 0 0 21 12 4 0 0 0 0.57 1.06 35 L 3 -4 -4 -5 1 -2 -3 -3 -5 1 0 -4 1 -3 -4 -1 1 -5 -4 4 25 0 0 0 3 2 1 1 0 7 5 0 4 0 0 4 7 0 0 40 0.60 1.01 36 P 0 0 -1 2 -5 -1 2 -2 -4 -3 -3 -3 -4 -5 6 1 -2 -6 -5 -1 9 4 3 13 0 2 12 2 0 2 2 0 0 0 35 10 1 0 0 5 0.72 1.01 37 F -2 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -3 -3 -1 -5 -2 8 -1 -3 -2 -1 3 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 79 4 2 2 0 9 0 1.69 1.01 38 S 1 -3 5 4 -5 2 0 -2 0 -5 -5 -1 -4 -5 -2 0 -1 -6 -4 -4 14 0 30 25 0 9 6 2 2 0 0 1 0 0 2 7 3 0 0 0 0.73 1.01 39 Q 2 0 1 2 -4 4 0 -1 -1 -4 -3 0 -3 -3 -1 1 0 -5 -4 -3 18 6 7 13 0 20 4 4 1 0 2 6 0 1 2 10 5 0 0 1 0.38 1.01 40 L -2 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 5 -5 2 2 -5 -4 -2 -4 -3 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 7 61 0 5 9 0 0 2 0 0 14 0.93 1.01 41 V -1 -4 -5 -5 -3 -2 -5 -5 -4 3 3 -4 5 -2 -5 -4 -1 -4 0 2 6 0 0 0 0 2 0 0 0 18 35 0 20 0 0 0 3 0 3 13 0.76 1.01 42 S 1 3 1 0 -4 2 -1 -1 0 -2 0 -1 -2 -2 0 1 0 -5 -2 -3 13 17 6 6 0 8 4 5 2 2 10 2 1 2 4 12 5 0 1 1 0.19 1.01 43 W -3 -5 -6 -6 -5 -4 -5 -3 -4 -5 -3 -5 -4 0 -6 -5 -5 12 1 -5 2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 2 0 0 2 0 0 0 88 3 0 3.37 1.01 44 I -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 2 6 -5 2 0 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 79 0 3 3 0 0 0 0 0 4 1.22 1.01 45 A 2 -2 1 3 -4 0 1 0 3 -3 -3 -2 -2 -2 -4 0 1 -5 0 -1 19 2 7 15 0 5 11 7 7 1 1 2 1 1 0 6 8 0 3 4 0.30 1.17 46 Y 1 1 -2 1 -5 2 3 -1 0 -3 -2 -1 -1 0 -4 0 1 -4 1 -2 14 6 0 9 0 8 20 5 2 1 3 3 2 5 0 5 8 0 6 3 0.26 1.16 47 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 2 -2 -2 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 87 0 5 0 2 0 0 0 0 4 1.39 1.17 48 Q 0 0 0 0 -4 3 4 -2 0 -3 -3 0 -3 -4 -3 0 -1 -4 -3 0 7 5 5 5 0 15 33 2 2 1 2 5 0 0 0 5 4 0 1 7 0.48 1.09 49 E -2 2 1 0 -5 4 3 -2 -3 -3 -4 0 0 -3 -4 0 1 -5 0 -1 3 9 5 4 0 23 20 2 0 2 1 5 2 1 0 7 8 0 3 5 0.43 1.17 50 R -1 3 2 1 -5 4 2 -1 -3 -5 -5 2 -4 -5 -4 -1 0 -1 -4 -2 4 15 9 7 0 24 11 4 0 0 0 12 0 0 0 4 6 1 0 2 0.56 1.16 51 Q -1 0 1 -1 -4 3 0 -3 6 -4 -2 0 1 0 -4 -1 -3 -3 4 -4 4 5 6 2 0 15 5 1 24 0 3 5 3 2 0 3 1 0 18 0 0.68 1.10 52 G -1 1 -2 -3 -5 -2 -3 7 -4 -6 -6 -3 -5 -2 -4 -1 -3 -5 -5 -5 3 8 1 1 0 1 1 79 0 0 0 0 0 2 0 3 1 0 0 0 1.51 1.16 53 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 2 -5 1 -3 -5 -4 -2 -5 -4 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 33 21 0 2 0 0 0 1 0 0 42 1.09 1.17 54 S -1 3 0 -1 -4 3 0 -2 -1 -1 -2 0 -3 -5 -2 1 1 -5 -4 1 4 19 4 2 0 12 6 3 1 3 4 6 0 0 1 13 8 0 0 13 0.30 1.16 55 V 1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -2 4 1 -5 -2 -3 -2 -4 0 -5 -4 5 12 0 0 0 0 0 0 0 1 24 9 0 0 0 2 0 6 0 0 46 0.86 1.17 56 D -1 -1 -2 2 -4 2 3 -3 -2 1 -1 1 0 -4 -4 0 0 -5 -4 2 4 3 1 10 0 10 18 1 1 8 7 7 2 0 0 6 7 0 0 15 0.29 1.20 57 A 1 -1 2 2 -5 4 1 -2 -2 -3 -4 -2 -3 2 -4 2 0 -5 -2 -1 12 3 11 9 0 18 9 2 1 1 0 1 0 8 0 14 5 0 1 4 0.36 1.20 58 I 1 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -5 4 3 -5 2 0 -5 -2 -2 -5 -3 2 13 0 0 0 0 0 0 0 0 24 34 0 5 4 0 3 2 0 0 14 0.71 1.20 59 D 0 -1 1 5 -5 -2 2 -1 -3 -3 -4 -3 -4 -5 -4 3 0 -6 -5 -3 8 3 5 41 0 1 10 3 0 1 1 0 0 0 0 20 5 0 0 2 0.78 1.20 60 I -2 -5 -6 -6 -4 -2 -5 -6 -5 5 3 -5 3 -2 -5 -4 -2 -5 -4 4 2 0 0 0 0 2 0 0 0 32 28 0 7 1 0 0 1 0 0 29 0.96 1.18 61 D 2 -3 1 4 -4 0 2 -1 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -4 2 1 -6 -5 -3 22 1 5 29 0 4 12 3 1 0 0 1 0 0 0 13 10 0 0 1 0.63 1.18 62 R 1 5 -3 -3 -5 2 2 -3 -3 -5 -5 3 -4 -6 3 -2 -2 -5 -4 -4 14 32 0 0 0 7 13 1 0 0 0 15 0 0 15 2 2 0 0 0 0.78 1.17 63 G -1 -5 -1 -2 -5 -3 -3 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -2 -4 -5 -5 -5 3 0 2 1 0 1 1 91 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.86 1.13 64 V -2 1 -3 -4 -4 1 -1 -5 -2 1 1 -1 5 1 -3 -2 -1 5 2 1 3 8 1 0 0 6 3 0 1 6 11 3 19 4 1 2 3 7 8 12 0.42 1.16 65 V -2 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -6 -6 2 -2 -5 -2 -3 -5 -4 -2 -5 -4 7 2 0 0 2 0 0 1 0 0 10 0 0 0 0 0 0 1 0 0 84 1.40 1.14 66 E -2 3 3 0 -5 0 2 -3 -1 -5 -4 2 -2 -5 -4 2 2 -5 -2 -4 2 14 13 5 0 4 16 1 1 0 1 14 1 0 0 15 13 0 1 1 0.49 1.13 67 V 1 -2 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 2 -1 -4 -1 -3 -2 -3 -2 -5 -4 6 12 2 0 0 0 0 0 1 0 10 2 0 1 0 2 1 1 0 0 69 1.07 1.14 68 K -2 5 4 -2 -4 1 -1 -2 -2 -4 -3 1 -3 -4 -3 2 0 -4 -3 -2 2 32 21 2 0 5 2 3 0 1 2 7 0 1 1 14 5 0 0 3 0.60 0.98 69 R -2 7 -2 -4 -5 0 -2 -3 0 -4 -3 1 -3 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -4 3 74 1 0 0 4 0 1 3 0 3 4 0 0 0 1 4 0 0 1 1.35 1.07 70 L -1 -5 -2 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 1 -1 -5 -4 -3 -4 -3 0 5 0 3 0 0 0 0 0 0 7 78 0 2 1 0 0 0 0 0 3 1.15 1.12 71 Q -2 0 -3 -3 -4 5 0 -4 -1 -2 -1 -1 0 -4 -4 1 3 -5 -4 2 1 5 0 0 0 30 5 0 1 1 7 3 2 0 0 9 18 0 0 19 0.55 1.09 72 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 0 2 -5 -5 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 80 0 1 10 0 0 0 0 0 6 1.25 1.06 73 K -1 -2 -3 -1 -5 0 4 2 -3 0 -4 0 -2 -5 -4 2 1 -5 -4 -1 2 1 0 1 0 3 33 20 0 7 0 6 1 0 0 14 8 0 0 4 0.51 1.05 74 R -3 7 -1 -2 -5 2 -1 -4 -2 -5 -4 3 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -2 0 62 2 2 0 8 1 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 4 1.27 0.99 75 G 4 -4 -3 -3 -3 -3 -1 5 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -2 38 0 0 0 0 0 5 54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1.05 0.78 76 G -1 -3 0 -2 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 2 -2 -4 -4 -4 0 0 4 0 0 0 0 73 0 0 0 0 0 0 0 23 0 0 0 0 1.22 0.57 K Lambda Standard Ungapped 0.1382 0.3223 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1929 0.3173 PSI Gapped 0.0591 0.2670