Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -3 -2 -1 5 -6 0 6 -4 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 33 0 1 61 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.28 0.77 2 L -2 1 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -4 0 4 -2 1 -2 -5 -4 -2 4 2 1 3 7 0 0 0 1 0 0 0 4 52 3 3 0 0 0 2 7 7 10 0.68 0.92 3 P -2 -4 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -5 -6 8 -3 -1 -6 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 4 0 0 0 2.58 0.96 4 A 4 -2 -3 1 -4 -1 1 -2 -3 -4 -3 0 -3 -5 3 1 -1 -5 -4 -3 47 1 0 7 0 1 11 1 0 0 2 7 0 0 13 8 1 0 0 0 0.65 0.99 5 P 2 -4 -4 -4 -4 -2 -2 -4 -5 1 -2 -3 -3 -4 6 -2 -3 -5 -4 4 20 0 0 0 0 1 2 0 0 6 1 0 0 0 37 1 0 0 0 31 0.99 0.99 6 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -2 -5 -5 4 3 0 1 -2 -4 -4 -3 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 3 0 0 23 35 6 2 0 0 0 0 0 0 29 0.76 0.98 7 K 0 1 0 -1 -5 5 1 -2 -3 -5 -4 4 0 -5 -3 1 -1 -5 -4 -4 6 6 3 2 0 28 6 2 0 0 0 32 3 0 0 10 2 0 0 0 0.72 1.03 8 A 4 -2 -1 -1 -4 3 -1 -1 0 -3 -1 0 -2 1 -2 0 -2 0 2 -3 35 1 2 2 0 13 4 5 2 1 6 4 1 6 1 6 2 2 7 0 0.34 1.03 9 I -3 -5 -5 -6 -3 -2 -5 -6 -5 4 5 -5 1 1 -5 -4 -3 -4 -3 1 1 0 0 0 0 2 0 0 0 21 59 0 2 6 0 0 1 0 0 9 0.96 1.00 10 E 0 -1 -3 -1 -5 1 5 -1 -3 -2 -4 -1 1 -5 -4 -2 1 -5 -4 0 9 2 0 1 0 6 53 5 0 2 0 2 5 0 0 1 10 0 0 6 0.74 1.01 11 K 1 1 -1 2 -5 4 0 -3 -3 -2 -4 4 -3 -5 -3 0 0 -5 -4 -3 12 5 3 13 0 19 5 1 0 2 0 28 0 0 0 5 5 0 0 1 0.55 1.01 12 Q -1 2 -2 -2 -5 6 2 -1 0 -5 -4 2 -2 -5 -1 -1 -3 -5 -4 -4 4 11 0 1 0 54 11 3 2 0 0 9 1 0 2 2 0 0 0 0 1.01 1.01 13 G -2 -4 -1 -1 -5 -2 -4 7 -4 -6 -6 -1 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 1 4 0 1 0 90 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.77 1.01 14 I 0 -4 -2 -5 -3 -4 -4 -1 -4 3 2 -4 -1 2 -5 -2 -3 -1 1 3 10 0 2 0 0 0 0 4 0 18 24 0 1 10 0 2 0 1 4 23 0.50 0.99 15 T -1 0 0 -1 -4 2 3 -4 -3 -4 -4 3 0 -5 -3 1 3 -5 -4 -2 3 3 3 2 0 8 24 0 0 0 0 20 2 0 0 8 23 0 0 3 0.58 1.03 16 I -3 -5 -3 -3 -4 -5 -5 -4 0 6 1 -5 0 2 -5 -4 -3 -4 -3 4 0 0 1 1 0 0 0 1 3 49 7 0 1 9 0 0 0 0 0 27 0.96 1.03 17 I -2 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -2 3 4 1 -1 1 -3 -5 -4 0 -5 -2 4 1 0 0 2 0 1 1 4 10 25 12 5 3 0 0 0 6 0 1 31 0.57 1.03 18 K -1 0 -1 0 -5 2 0 4 -3 -5 -5 4 -4 -5 -4 0 -2 -5 -1 -5 3 4 2 5 0 11 5 31 0 0 0 31 0 0 0 5 1 0 2 0 0.69 1.03 19 T -2 1 -2 -1 -5 2 4 -4 -1 -5 -3 0 -4 -5 3 2 1 -5 -4 -4 2 9 0 2 0 10 27 0 1 0 2 5 0 0 14 17 11 0 0 0 0.58 1.03 20 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -3 -4 3 1 -5 1 7 -5 -4 -4 -2 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 2 0 16 9 0 4 66 0 0 0 0 0 0 1.37 0.96 21 D -1 -3 -1 5 -5 0 3 -2 -3 -5 -5 1 -4 -5 3 -1 0 -5 -4 -4 4 0 2 33 0 2 23 3 0 0 0 8 0 0 15 3 6 0 0 0 0.75 0.96 22 A 5 -3 -2 -3 -3 -3 -3 1 -4 -1 -3 -2 -3 -4 -3 0 1 -4 -4 0 64 0 2 0 0 0 0 10 0 3 0 2 0 0 0 5 7 0 0 5 0.81 0.96 23 P -2 -4 -3 -2 -4 -3 -1 1 -4 -2 -4 0 -4 -5 7 -1 -3 -5 -5 -1 2 0 0 2 0 0 3 10 0 3 0 5 0 0 66 3 0 0 0 5 1.53 0.98 24 G 1 -3 -1 1 -4 -1 0 5 -4 -2 -5 0 -4 -5 -1 1 -1 -5 -5 -4 9 0 2 9 0 2 5 45 0 3 0 5 0 0 3 12 4 0 0 0 0.67 1.01 25 G -2 -4 0 0 -5 -1 -2 7 -4 -6 -6 -2 -5 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -3 0 0 3 5 0 3 2 81 0 0 0 1 0 0 0 3 0 0 0 2 1.49 1.01 26 M -2 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 1 1 5 -4 5 -1 -5 -3 -3 -4 0 1 3 0 0 0 0 0 0 0 4 4 56 0 20 1 0 1 0 0 3 8 0.96 1.06 27 K -2 3 0 -1 -4 2 0 -4 -3 -2 -4 3 -3 -5 -1 -1 4 -5 -4 -3 2 20 3 2 0 9 6 0 0 3 0 18 0 0 3 2 32 0 0 0 0.65 1.06 28 G 2 -4 -3 -4 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -5 16 0 0 0 0 0 0 81 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.63 1.06 29 Y -3 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -5 0 0 -1 -5 -3 4 -6 -4 -4 9 7 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 1 7 4 0 0 16 0 0 0 31 38 2 1.70 1.06 30 L 4 -4 -4 -5 -3 -4 -2 0 -5 1 2 -4 -2 -4 -4 -1 0 -5 -4 2 39 0 0 0 0 0 2 7 0 6 18 0 0 0 0 4 5 0 0 18 0.57 1.22 31 G 3 -2 -4 -4 -4 -4 -4 4 -5 1 -1 -4 1 -4 -4 -2 -1 -5 -5 1 31 3 0 0 0 0 0 36 0 7 4 0 4 0 0 2 3 0 0 9 0.71 1.22 32 K -2 0 -1 1 -5 1 1 -4 2 -1 -2 2 1 -2 -4 3 -1 -4 2 -2 2 5 1 10 0 6 9 0 6 4 4 13 4 1 0 22 4 0 8 3 0.31 1.22 33 Y 2 -1 -1 -4 -4 -3 0 -4 2 -1 -2 -1 2 2 -5 -1 -2 -3 5 1 17 3 3 0 0 0 7 0 5 3 3 4 6 8 0 5 1 0 25 10 0.49 1.22 34 Q -2 0 2 2 -5 5 1 2 0 -5 -2 1 -4 -5 -4 0 -3 -5 -4 -5 2 5 10 10 0 32 7 17 2 0 4 6 0 0 0 5 0 0 0 0 0.66 1.22 35 D -1 -2 2 2 -5 2 0 5 -3 -5 -5 -2 -2 -6 -4 0 -2 -5 -5 -4 3 2 11 11 0 10 6 45 0 0 0 2 1 0 0 7 2 0 0 1 0.80 1.22 36 M -3 3 1 -2 -5 5 1 -3 3 -5 -4 0 2 -4 -4 0 0 -4 3 -3 0 14 6 2 0 32 7 2 6 0 0 3 6 0 0 8 4 0 9 1 0.65 1.22 37 G -1 -2 -3 -1 -5 -1 0 3 -1 -5 -4 -1 -4 -6 6 -1 0 -6 -5 -2 4 2 0 3 0 3 7 20 2 0 1 3 0 0 42 3 5 0 0 3 0.93 1.22 38 V 0 -1 -1 -2 -3 0 -3 -3 -1 2 2 -3 4 -3 -4 -1 -1 -4 -3 3 7 3 4 2 0 5 0 1 1 11 17 0 15 0 0 3 2 0 0 29 0.42 0.81 39 T 4 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -4 0 -2 -3 -2 -4 0 0 4 -4 -1 0 37 0 0 0 0 0 1 0 0 5 3 0 0 0 5 4 39 0 2 4 0.65 0.81 40 I 0 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 3 -4 1 2 -4 -4 -2 -4 -2 4 10 0 0 0 0 0 0 0 0 28 24 0 2 9 0 0 0 0 0 28 0.70 0.81 41 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 4 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 82 0 1.95 0.81 42 L -1 -2 -4 -5 -3 -4 -3 -5 -5 3 3 -3 0 -2 -4 -2 0 -4 -3 4 4 2 0 0 0 0 1 0 0 16 33 1 2 0 0 1 5 0 0 34 0.64 0.81 43 T 0 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -1 -2 1 -4 -1 2 6 -4 -3 -2 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 3 0 2 16 64 0 0 0 0.89 0.78 44 P 1 0 2 -1 -4 0 0 -3 -3 -4 -4 0 -4 -5 6 0 -2 -5 -4 -4 12 4 11 2 0 3 6 0 0 0 0 6 0 0 48 7 0 0 0 0 1.03 0.80 45 D -3 -3 1 7 -5 -2 0 -1 -3 -5 -6 -3 -5 -5 -3 0 -3 -6 -5 -5 0 0 4 89 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.70 0.81 46 G -1 -3 -1 -1 -4 1 -1 6 -3 -5 -5 0 -4 -5 -2 0 -3 -5 -5 -5 2 0 2 2 0 8 2 71 0 0 0 6 0 0 2 5 0 0 0 0 1.18 0.81 47 K -2 1 1 1 -4 2 2 -2 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 -1 -1 -4 -3 -4 0 5 5 8 0 11 14 2 0 0 0 49 0 0 0 3 3 0 0 0 0.75 0.77 48 H -1 -2 1 -2 -4 0 -2 -3 8 -4 -3 -2 -3 0 -3 -1 0 2 5 -3 4 0 5 2 0 4 0 1 46 0 1 0 0 2 0 3 5 3 22 0 1.09 0.75 49 A 4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -3 1 1 -3 2 -2 -4 -2 -2 3 3 3 38 0 0 0 0 0 0 0 0 5 12 0 5 0 0 0 0 4 11 26 0.55 0.71 50 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 2 -4 1 2 -5 -4 -2 -4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 17 0 3 9 0 0 0 0 0 21 0.90 0.71 51 S 1 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 3 1 -2 1 -1 -4 1 0 -4 -3 4 15 0 0 0 0 0 0 0 0 16 9 3 3 2 0 12 5 0 0 35 0.45 0.71 52 G -1 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.88 0.71 53 Y -1 -2 2 1 -3 -2 -1 -3 -1 -1 -2 -1 -1 -3 0 1 4 -3 3 0 4 2 9 9 0 0 4 0 1 2 3 2 2 0 4 9 33 0 11 5 0.37 0.75 54 M -3 2 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 4 -3 5 -1 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 4 55 0 23 2 0 0 0 0 0 5 0.86 0.75 55 Y -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 1 3 2 -4 1 4 -5 -2 -2 -2 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 19 23 0 2 22 0 2 1 0 16 11 0.68 0.75 56 N -3 -2 3 7 -5 -2 -1 0 -3 -5 -5 -1 -5 -5 -3 -1 -2 -6 -5 -5 0 2 13 74 0 0 0 5 0 0 0 2 0 0 0 3 1 0 0 0 1.36 0.75 57 E 4 0 -2 0 -3 0 2 -1 -3 -4 -3 0 -3 -4 0 1 0 -5 -4 -3 49 5 1 3 0 2 15 2 0 0 1 4 0 0 4 9 4 0 0 0 0.56 0.79 58 K -1 -1 2 2 -5 4 2 -1 -1 -5 -5 3 -3 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 3 1 10 12 0 24 12 5 1 0 0 23 0 0 0 6 3 0 0 0 0.59 0.79 59 G -1 -4 -1 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 2 0 2 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.81 0.77 60 E -3 2 4 1 -5 2 3 -3 2 -5 -5 3 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 9 28 6 0 10 19 0 4 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0.74 0.72 K Lambda Standard Ungapped 0.1394 0.3142 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1954 0.3185 PSI Gapped 0.0598 0.2670