Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -3 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -4 2 5 -4 7 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 54 0 33 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.75 2 E -3 -4 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -5 6 0 -4 -2 -3 -4 -2 4 -5 -4 1 0 0 1 0 0 2 5 0 0 51 6 0 0 0 0 2 28 0 0 5 0.85 0.98 3 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.04 0.96 4 H -4 -4 -4 -5 4 -4 -4 -5 4 -3 0 -4 -3 2 -5 -4 -4 -1 8 -1 0 0 0 0 11 0 0 0 12 0 9 0 0 7 0 0 0 0 58 3 1.43 1.00 5 N -3 -1 6 -1 -4 -2 -2 -3 -2 -3 -4 3 -4 -5 -3 1 1 -5 -4 -3 0 2 53 1 0 0 0 0 0 1 1 18 0 0 0 10 9 0 0 1 0.98 0.95 6 Q -3 0 -2 2 -4 5 -1 -3 6 -4 -4 -1 -3 -1 -3 -1 1 -4 0 -4 0 5 0 14 0 36 0 2 22 0 0 1 0 3 0 2 8 0 3 0 0.86 0.95 7 Q -2 -2 -1 -1 -4 5 0 -4 4 -4 -1 1 1 0 1 -2 -1 0 3 -3 3 0 2 3 0 31 6 1 10 0 5 10 4 3 6 1 3 1 10 0 0.52 0.93 8 S 1 -3 -1 -3 -3 -1 -2 1 -3 -3 -1 -2 -3 -4 -1 5 3 -4 -1 -3 8 0 1 0 0 3 0 9 0 0 6 0 0 0 3 49 17 0 2 0 0.63 0.93 9 S -1 -2 0 -3 1 -3 -3 -3 -1 0 -1 -2 -3 -2 2 4 3 2 1 -2 3 2 4 1 4 0 0 0 1 5 8 2 0 2 9 33 17 3 6 2 0.39 0.98 10 Q -2 0 1 0 -4 5 -1 -2 -3 0 -1 0 -2 1 0 0 2 0 -3 -1 2 5 7 4 0 28 2 2 0 5 6 5 0 6 5 5 14 1 0 3 0.33 0.94 11 T -1 -1 -1 0 -4 -3 -3 0 -1 -5 -5 -3 -4 -1 7 0 -1 0 -4 -3 5 4 3 5 0 0 0 6 1 0 0 0 0 3 59 8 3 1 0 1 1.29 0.95 12 P -1 0 -2 -2 -5 1 3 -2 1 -1 -4 4 -3 -2 4 -1 -3 -5 -2 -2 4 4 1 1 0 6 20 2 3 3 0 25 0 2 20 3 0 0 1 4 0.56 0.95 13 T -1 -2 -1 -1 -3 -3 -1 -3 -2 0 -2 -2 -3 -4 -3 0 7 -5 -4 -2 4 2 1 2 0 0 4 1 1 4 2 2 0 0 0 2 74 0 0 0 1.04 0.93 14 T -1 -3 0 -3 -3 -3 -3 -3 -1 0 -1 -3 -3 -4 0 3 6 -5 -4 -1 2 0 3 0 0 0 0 0 1 6 4 0 0 0 4 26 51 0 0 2 0.80 0.92 15 T -3 0 -2 -2 -4 2 4 -2 -3 0 -4 3 -3 -5 -3 -2 3 -5 -4 -1 0 3 0 0 0 8 37 3 0 5 0 19 0 0 0 0 21 0 0 3 0.65 0.93 16 G -1 -2 -1 0 3 -1 -3 -3 0 2 -1 -3 -2 -3 1 0 5 -5 -4 -1 3 2 2 5 6 2 0 1 2 11 4 0 0 1 7 6 45 0 0 3 0.55 0.95 17 C -2 -5 -5 -5 11 -5 -6 -5 -5 -3 -2 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.76 0.91 18 S 1 -1 -3 -3 -4 0 1 -1 -3 -4 -4 0 -3 -4 6 1 -2 -4 -4 -2 13 3 0 0 0 4 8 3 0 0 1 4 0 0 46 14 0 0 0 2 0.97 0.86 19 G -2 -1 2 4 0 -2 1 1 1 -3 -4 -2 -3 -2 4 0 -2 -3 0 -3 3 3 8 25 2 1 7 10 3 1 1 2 0 2 18 6 2 0 4 2 0.45 0.78 20 G -1 -3 -2 -3 -3 -3 -2 6 -3 -2 -4 -3 -3 -4 -3 1 -1 -1 -4 -3 1 1 1 1 0 1 2 72 0 3 1 1 0 1 1 9 3 1 0 1 1.16 0.79 21 E -3 -2 -2 0 -5 4 5 -1 1 -2 -4 0 1 -4 -3 -2 -2 1 -3 -1 0 0 0 2 0 21 48 4 4 2 0 4 4 0 0 0 1 2 0 5 0.80 0.89 22 T -3 -2 6 2 -4 -2 0 -3 -2 -2 -4 0 -2 -3 -3 1 3 -4 2 -3 0 0 39 11 0 0 4 0 0 2 1 6 1 0 0 8 17 0 8 1 0.69 0.88 23 N -2 -4 0 -2 -3 -2 -3 -4 -4 2 2 -2 -2 3 -4 2 2 -4 -1 1 2 0 5 2 0 2 0 0 0 13 21 2 0 13 0 16 14 0 1 8 0.34 0.91 24 C -1 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 2 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.90 0.93 25 Y -4 -4 -4 -5 -5 -2 -4 -5 -1 -3 -3 -4 -3 4 -5 -4 -4 0 9 -2 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 79 1 1.96 0.93 26 K -2 0 1 -3 -4 -1 0 -4 -3 -4 -2 5 -1 -5 -3 -1 3 -5 -4 -2 2 3 5 0 0 0 6 0 0 0 3 50 2 0 0 2 24 0 0 2 0.77 0.91 27 K -3 2 0 -3 -5 -1 1 -4 -3 -3 -3 6 2 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 0 8 4 0 0 1 10 0 0 2 2 60 7 0 0 6 1 0 0 0 0.92 0.93 28 R -1 0 -1 -2 -3 0 -2 -4 -3 0 -3 -2 -1 2 -4 3 4 3 -1 -2 2 5 2 1 0 4 1 0 0 6 0 1 2 9 0 25 32 5 1 1 0.48 0.93 29 W -4 -1 -5 -6 -4 -4 -5 -2 -1 -2 0 -4 -3 1 -5 -4 -2 11 1 -2 0 3 0 0 0 0 0 3 1 2 8 0 0 5 0 0 2 70 1 3 2.42 0.92 30 R 0 3 -1 -3 7 -3 -3 -4 0 2 -3 0 0 -4 -2 0 2 -5 -4 -2 6 18 3 1 27 0 0 0 2 14 0 4 3 0 2 6 12 0 0 0 0.64 0.90 31 D -2 -3 0 5 -4 -2 2 0 0 -4 -3 0 -4 -2 -3 0 0 -4 1 -1 2 0 2 43 0 0 12 6 2 0 2 6 0 2 0 5 7 0 7 4 0.62 0.87 32 H 2 0 -1 -1 -4 0 -2 1 5 -1 -1 -2 -3 0 2 1 -2 -4 -2 -2 20 6 2 3 0 3 1 11 15 3 5 0 0 4 10 11 2 0 1 2 0.30 0.89 33 R -3 6 -1 -3 -5 -2 -2 0 2 -4 -3 0 -3 1 2 -2 -3 -4 -3 -4 0 58 2 0 0 0 0 8 4 0 2 4 0 8 12 1 0 0 0 0 0.97 0.88 34 G -1 -1 -3 0 -4 -3 -1 6 -4 -3 -3 -1 0 -4 -2 -2 -3 -4 -4 1 2 4 0 4 0 0 5 59 0 0 2 3 2 0 2 0 0 0 0 11 0.81 0.89 35 Y -3 0 0 -3 -4 -2 -1 -3 -3 2 -3 3 0 -3 -1 -1 2 5 2 -1 0 4 4 0 0 1 4 1 0 13 1 24 3 0 2 5 15 7 8 3 0.33 0.91 36 R -3 5 -3 -1 -4 -1 -3 -5 -3 3 -1 1 -1 -4 0 -3 -3 -5 -4 2 1 43 0 4 0 2 0 0 0 20 4 6 1 0 4 0 0 0 0 13 0.70 0.91 37 T -2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -1 5 1 -4 1 0 0 0 0 -4 -3 3 2 0 0 0 0 0 0 0 2 47 8 0 2 3 4 8 6 0 0 17 0.68 0.89 38 E -2 1 -1 3 -5 0 5 -1 -2 -4 -3 0 -3 -2 -3 -2 -1 -4 -4 -2 1 7 2 13 0 2 51 5 0 0 3 5 0 2 0 2 3 0 0 2 0.73 0.87 39 R -3 7 -3 -4 -5 -2 -3 -3 -3 -3 2 0 3 0 -5 -3 -3 -4 -3 -3 0 63 0 0 0 0 0 2 0 0 22 2 8 4 0 0 0 0 0 0 1.09 0.91 40 G 0 -4 -3 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -1 -5 -5 -5 5 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 1.74 0.91 41 C -1 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 4 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.83 0.91 42 G 4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 5 -4 -4 -2 -3 -3 -5 -4 -1 2 -5 -4 -3 39 0 0 0 0 0 0 44 0 0 5 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0.93 0.91 43 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.98 0.91 44 P -3 -4 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 0 8 -3 -3 -5 -1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 88 0 0 0 2 0 2.32 0.91 45 S -3 0 -1 0 -4 -1 0 -4 0 1 -3 4 -3 -5 1 0 4 -5 -4 -3 0 3 3 5 0 2 4 0 2 9 2 30 0 0 6 7 26 0 0 1 0.52 1.02 46 V 1 -1 -3 -4 -4 -2 0 -2 -4 0 -2 0 1 -4 2 -1 0 -5 -4 4 15 4 1 0 0 1 6 2 0 2 2 6 3 0 10 5 5 0 0 39 0.43 1.02 47 K -2 2 0 -2 -5 0 2 -3 -3 -3 -3 6 0 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -1 1 11 4 1 0 1 13 1 0 1 2 52 3 0 0 2 4 0 0 4 0.80 1.02 48 N -2 0 0 -2 -5 -2 -3 -1 0 -5 -4 0 -2 -3 7 0 -1 2 0 -4 2 5 6 2 0 0 0 6 3 0 1 5 1 1 53 6 3 3 4 0 1.12 1.02 49 G -3 0 0 0 -5 -3 -2 5 1 -5 -2 -1 -4 -1 -1 -2 -4 -4 2 -5 0 5 4 5 0 0 1 53 4 0 5 4 0 2 4 2 0 0 10 0 0.79 1.01 50 I -3 -3 -2 0 -4 -2 1 -5 -4 3 0 1 2 0 -4 -3 -2 -4 -1 4 0 0 1 5 0 1 12 0 0 21 8 9 5 4 0 0 2 0 3 31 0.47 1.01 51 E -2 1 1 3 -5 3 1 -1 0 -2 -3 2 -4 -4 -4 -1 -1 -1 2 -2 2 9 5 20 0 12 10 4 2 2 1 12 0 0 0 4 3 1 9 3 0.39 1.00 52 I -3 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 2 -4 2 0 0 -4 -1 -4 -3 4 0 1 0 0 0 0 0 0 0 36 18 0 5 3 4 0 3 0 0 28 0.80 1.00 53 N -2 0 2 0 -4 -1 1 -4 2 -1 -2 3 2 -2 -4 -1 3 -4 2 -2 1 5 10 4 0 1 8 0 6 4 2 21 7 1 0 3 18 0 8 2 0.36 1.02 54 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -1 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 2.98 1.02 55 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.10 1.02 56 T 0 1 -2 -2 -4 1 0 -2 -1 -4 -4 3 0 -5 -3 4 3 -5 -4 -4 6 6 0 1 0 5 5 2 1 0 0 22 2 0 0 31 18 0 0 0 0.58 1.02 57 T -1 2 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -4 -3 -4 1 -3 -5 -3 2 6 -5 -4 -3 2 11 1 0 1 0 1 3 0 1 0 8 0 0 0 15 57 0 0 0 0.90 1.02 58 D -4 -4 1 8 -6 -2 1 -3 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -7 -5 -5 0 0 6 91 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.89 0.93 59 R -3 2 4 1 -5 -1 1 -3 -2 -4 -5 5 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -3 -4 0 11 24 6 0 1 9 0 0 1 0 45 0 0 0 1 1 0 1 1 0.89 0.93 60 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.00 0.93 61 N -4 -3 8 0 -5 -2 -2 -1 -1 -6 -6 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 97 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.96 0.93 62 N -3 -1 6 1 -5 1 1 -3 -1 -5 -5 3 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 59 6 0 7 8 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.66 K Lambda Standard Ungapped 0.1326 0.3172 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1778 0.3178 PSI Gapped 0.0544 0.2670