Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -2 -3 -4 -2 -1 -3 -4 -2 1 1 -2 8 -1 -3 -2 -1 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0.93 0.24 2 N -1 -1 6 0 -3 -1 -1 -1 -1 -4 -4 2 -3 -4 -2 3 0 -4 -3 -3 0 0 56 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 26 0 0 0 0 0.74 0.30 3 K -1 2 -1 -2 -3 -1 -1 0 -2 -4 -4 3 -3 -4 -2 5 -1 -4 -3 -3 0 10 0 0 0 0 0 5 0 0 0 18 0 0 0 66 0 0 0 0 0.76 0.56 4 M -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 3 3 -3 7 -1 -4 -3 -2 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 33 0 50 0 0 0 0 0 0 0 1.02 0.58 5 A 2 0 0 -2 -3 -1 0 -3 -3 -3 -2 4 -3 -4 -3 1 2 -5 -3 0 16 3 3 0 0 0 4 0 0 0 3 37 0 0 0 13 14 0 0 6 0.45 0.66 6 M -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 3 5 -4 3 -1 -5 -4 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 67 0 8 0 0 0 0 0 6 0 0.94 0.69 7 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 4 -4 0 0 -5 -2 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 40 0 0 3 0 3 0 0 0 8 0.89 0.69 8 D -1 -2 0 4 1 -1 5 -3 -2 -5 -5 1 -4 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 3 0 3 30 4 0 46 0 0 0 0 10 0 0 0 0 3 0 0 0 0.89 0.69 9 L -4 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -4 2 4 -5 0 6 -5 -4 -3 -2 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 52 0 0 39 0 0 0 0 0 0 1.06 0.72 10 A 5 -3 -3 -4 -2 -3 -3 1 -4 1 -3 -3 -3 -4 -3 0 1 -4 -4 -2 68 0 0 0 0 0 0 9 0 10 0 0 0 0 0 4 9 0 0 0 0.80 0.72 11 K -3 5 -2 0 -5 1 0 -4 -2 -5 -4 5 -3 -5 -3 -2 0 -5 -4 -4 0 39 0 5 0 3 2 0 0 0 0 45 0 0 0 0 6 0 0 0 1.01 0.72 12 L 0 0 1 2 -4 -2 1 -1 -3 -4 -2 1 -3 -4 -3 4 -1 -5 -4 -4 7 5 5 12 0 0 10 3 0 0 4 10 0 0 0 44 0 0 0 0 0.53 0.77 13 F -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -3 -2 2 -5 -1 7 -5 -2 -4 -1 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 63 0 4 0 0 15 0 1.32 0.77 14 L -3 -4 -5 -5 -3 -1 -4 -3 -5 4 3 -4 0 -2 -5 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 3 0 2 0 23 32 0 0 0 0 0 0 0 0 39 0.80 0.77 15 A 3 -2 4 1 -4 0 2 0 1 -4 -3 -1 -3 -4 -3 2 -2 -5 -4 -4 25 0 22 8 0 3 13 5 3 0 3 3 0 0 0 14 0 0 0 0 0.46 0.77 16 S -2 0 0 1 -4 -2 1 4 -3 -5 -3 1 -4 -5 -3 3 -2 -5 -4 -4 0 4 3 7 0 0 11 38 0 0 3 9 0 0 0 26 0 0 0 0 0.63 0.77 17 K -3 5 0 -2 -5 3 2 -4 -2 -5 -4 4 -3 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 0 33 4 0 0 12 16 0 0 0 0 30 0 0 0 6 0 0 0 0 0.85 0.77 18 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 6 3 -4 4 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 49 30 0 11 0 0 0 0 0 0 10 0.99 0.79 19 T -2 -3 2 1 0 -2 -2 -1 -3 -4 -2 0 -3 -4 -3 4 4 -5 -4 -3 0 0 8 7 2 0 0 3 0 0 4 4 0 0 0 43 28 0 0 0 0.66 0.79 20 A 6 -3 -3 -4 -3 -3 -3 0 -4 -3 -3 -3 -3 -4 1 0 -1 -5 -4 -1 77 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 7 4 3 0 0 3 0.97 0.79 21 I -3 -2 1 4 -5 2 3 -4 1 -1 -1 0 -1 -4 1 0 0 -5 -4 -2 0 0 6 23 0 8 21 0 3 4 5 6 2 0 7 7 6 0 0 2 0.42 0.79 22 E -2 -3 -1 3 1 0 3 -2 -3 0 -3 -2 -3 -4 -4 0 1 -4 0 2 2 0 3 17 3 5 25 2 0 5 0 0 0 0 0 5 10 0 4 21 0.39 0.79 23 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -2 9 -6 -4 -4 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 2.06 0.79 24 S 2 -3 -2 -2 -3 -2 3 -3 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 4 1 -5 -4 1 18 0 0 0 0 0 23 0 0 0 0 0 0 0 0 42 6 0 0 10 0.64 0.79 25 E -3 0 1 4 -5 -1 5 -4 -2 -2 -5 1 -4 -5 -3 1 0 -5 -4 -4 0 5 6 23 0 0 42 0 0 3 0 7 0 0 0 10 4 0 0 0 0.76 0.79 26 R 4 1 1 -1 -3 3 0 -3 0 -4 -4 1 -3 -5 0 1 0 -5 -4 -3 37 6 6 2 0 17 3 0 2 0 0 10 0 0 4 10 4 0 0 0 0.48 0.79 27 I -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -1 3 -2 -4 -2 4 -5 -4 -3 0 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 17 0 0 0 0 61 0 1.44 0.79 28 C -3 -5 -5 -5 4 -4 -5 -5 -4 4 0 -5 4 4 -5 -4 -3 6 -1 1 0 0 0 0 11 0 0 0 0 34 5 0 12 17 0 0 0 12 0 8 0.91 0.79 29 V -3 -2 0 1 -4 0 4 -4 -3 1 -2 3 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -4 1 0 0 4 7 0 2 38 0 0 12 3 20 0 0 0 3 0 0 0 11 0.56 0.79 30 E 0 -3 -4 -3 -4 -2 4 -2 -3 -2 3 -3 4 1 -4 -3 -1 -4 -3 -2 7 0 0 0 0 0 30 4 0 0 37 0 14 6 0 0 3 0 0 0 0.55 0.79 31 R -4 4 -4 -4 -5 -2 1 -4 -3 -5 -4 -2 -3 1 -5 -4 -4 11 1 -5 0 25 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 54 3 0 1.93 0.79 32 R -3 7 -2 0 -5 -1 -2 0 -2 -5 -4 3 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -5 0 69 0 6 0 0 0 6 0 0 0 17 0 0 0 3 0 0 0 0 1.22 0.79 33 R -3 0 3 1 -4 -2 2 -4 -3 3 -3 3 0 -4 -4 1 -2 -5 -4 -2 0 4 15 6 0 0 14 0 0 26 0 20 3 0 0 12 0 0 0 0 0.44 0.79 34 L -1 -3 0 1 -4 0 5 -2 -2 -3 1 -2 -2 -3 -3 1 -2 -4 0 -3 4 0 4 5 0 3 46 3 0 0 19 0 0 0 0 12 0 0 4 0 0.58 0.79 35 Y -3 5 0 -1 -5 -2 -3 2 -2 -4 -2 -1 -3 -2 -4 0 -1 -3 4 -4 0 42 4 3 0 0 0 19 0 0 3 0 0 0 0 7 3 0 19 0 0.74 0.79 36 G -3 -3 0 6 -5 2 -1 3 -3 -3 1 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 3 46 0 9 0 22 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.82 0.79 37 V -1 -2 1 -3 -3 1 -3 -4 -3 1 3 -3 -1 2 -4 2 -2 -3 0 1 3 2 8 0 0 6 0 0 0 6 35 0 0 8 0 17 0 0 3 9 0.33 0.75 38 K 0 0 3 1 -4 -1 1 3 -3 -4 -2 4 -3 -5 -3 -1 0 -5 -4 -4 9 3 14 6 0 2 8 20 0 0 5 27 0 0 0 3 4 0 0 0 0.43 0.79 39 D -3 -1 1 3 -5 -1 1 0 -3 -1 1 3 -3 1 -4 -1 -3 -5 -4 0 0 2 7 20 0 2 10 7 0 2 16 17 0 6 0 3 0 0 0 6 0.31 0.99 40 L 1 -4 -3 4 -4 1 -1 0 -4 2 2 -3 -2 -4 1 -3 -3 -5 -4 -1 10 0 0 25 0 6 3 7 0 14 23 0 0 0 8 0 0 0 0 2 0.43 0.99 41 S -1 -3 4 4 -4 1 1 -3 -3 -2 -3 0 -4 -5 -4 3 -2 -6 -4 -4 4 0 19 26 0 5 9 0 0 3 2 7 0 0 0 26 0 0 0 0 0.66 0.99 42 P -1 1 -3 1 -5 3 1 0 -3 0 -2 3 -3 -4 1 -2 -3 -4 0 -1 4 7 0 8 0 17 8 6 0 6 3 24 0 0 7 0 0 0 4 5 0.37 0.95 43 N -1 -1 3 6 -5 1 1 -3 -3 -5 -3 1 -4 -5 -3 1 -3 -5 -4 -5 4 3 12 46 0 6 7 0 0 0 2 10 0 0 0 9 0 0 0 0 0.85 0.96 44 I -1 0 -4 -1 -3 -4 -4 -5 -5 2 4 -4 -1 -3 -5 -4 0 -5 -4 3 6 7 0 4 0 0 0 0 0 12 40 0 0 0 0 0 7 0 0 24 0.61 0.99 45 L 0 -3 1 1 -4 1 -2 1 -3 -4 -1 -3 1 1 -4 4 -2 -4 -3 -4 7 0 6 10 0 7 0 13 0 0 6 0 3 8 0 41 0 0 0 0 0.51 0.99 46 N -2 0 2 3 -5 0 5 -4 1 -5 -3 2 -4 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -5 2 4 9 13 0 2 47 0 3 0 3 13 0 0 0 0 3 0 0 0 0.82 0.99 47 C -2 -2 -4 -5 9 -4 -4 -4 -4 0 -2 -1 -3 -1 1 -3 -2 -3 1 -1 2 2 0 0 62 0 0 0 0 6 3 4 0 3 6 0 2 0 7 3 1.39 0.70 48 G 2 -4 -1 -4 1 -3 -4 1 -3 -1 4 -4 -1 -2 -4 -1 -3 -3 1 -2 18 0 3 0 4 0 0 12 0 0 53 0 0 0 0 4 0 0 6 0 0.51 0.70 49 E -1 0 -1 0 -3 -2 1 1 2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 5 -1 -4 0 -3 2 5 0 4 0 0 10 12 6 0 0 0 0 0 0 55 0 0 3 2 0.62 0.70 50 E -1 -2 -2 -2 -3 1 3 -3 -3 -3 0 -2 -3 -4 -3 4 1 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 6 26 0 0 0 9 0 0 0 0 47 9 0 0 3 0.61 0.70 51 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 6 3 -4 3 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 35 0 9 0 0 0 0 0 0 3 0.98 0.70 52 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -2 8 -6 -4 -4 -1 3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 6 0 1.86 0.70 53 M -2 -5 -4 -2 8 -4 -5 0 -4 3 -1 -4 3 -3 -4 -3 -3 -4 -1 1 0 0 0 3 43 0 0 9 0 24 3 0 8 0 0 0 0 0 3 6 1.02 0.70 54 A 3 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -4 3 4 -4 3 -2 -4 -3 -2 -4 -3 1 28 0 0 0 0 0 0 0 0 19 39 0 8 0 0 0 0 0 0 6 0.62 0.70 55 A 6 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 2 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 1.03 0.70 56 E -3 -3 0 7 -5 -1 3 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 84 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.62 0.70 57 R 1 2 -4 -4 6 0 -3 -4 -3 -2 2 -2 5 -3 -4 -1 -2 -4 -3 -1 11 15 0 0 22 4 0 0 0 0 19 0 23 0 0 5 0 0 0 3 0.65 0.70 58 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 0 -3 -2 -4 -2 5 -5 -4 -4 0 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 0 0 0 0 73 0 1.76 0.70 59 E -3 -3 6 0 6 -2 1 -3 -2 -4 -4 -2 -3 -5 -4 -1 3 -5 -4 -3 0 0 42 3 21 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0.95 0.70 60 P -1 -3 -2 0 -4 -2 1 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 7 3 -2 -5 -4 -4 2 0 0 5 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 59 24 0 0 0 0 1.44 0.70 61 D -2 -3 0 6 -5 0 3 1 -3 -4 -2 -1 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -4 2 0 2 56 0 2 18 9 0 0 6 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0.94 0.70 62 A -1 -3 1 0 -4 -1 2 -3 -3 -4 -3 0 -3 -5 5 3 0 -5 -4 -1 3 0 7 5 0 1 13 0 0 0 2 5 0 0 32 25 3 0 0 5 0.67 0.70 63 D -3 -2 0 5 -5 -1 3 -3 -3 -4 -4 1 -4 1 -3 1 -2 -5 -3 -2 0 0 2 44 0 0 23 0 0 0 0 9 0 8 0 9 0 0 0 4 0.78 0.70 64 R -3 7 -2 0 -5 -1 0 -4 -2 -5 -4 2 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -4 -4 0 82 0 5 0 0 6 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 1.40 0.69 65 A 0 2 -2 4 -5 0 4 -3 1 -5 -3 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 10 15 0 22 0 3 39 0 4 0 2 3 0 0 0 4 0 0 0 0 0.70 0.69 66 N -1 -2 1 4 -5 -1 5 -2 -2 -4 -5 0 -4 -5 1 0 -2 -5 -4 -2 4 0 5 27 0 0 43 3 0 0 0 4 0 0 6 7 0 0 0 3 0.77 0.69 67 Y -3 -3 0 -4 -4 -3 -3 1 -1 1 -3 -3 -3 1 -4 1 -3 0 8 -2 0 0 5 0 0 0 0 10 0 9 0 0 0 0 0 11 0 0 64 0 1.09 0.65 68 E -3 -2 -2 2 -5 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 10 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.43 0.65 69 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 3 4 -4 0 5 -5 -4 -3 -2 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 52 0 0 31 0 0 0 0 0 0 0.94 0.65 70 D -3 -3 4 7 -5 -2 0 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 0 -6 -4 -5 0 0 21 71 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 6 0 0 0 1.34 0.65 71 D 1 -2 -1 5 -5 -1 5 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 11 0 0 33 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0.99 0.65 72 N 0 -2 0 3 -4 -1 3 0 2 1 -3 1 -3 -4 -3 0 1 -4 -1 -1 8 0 5 16 0 0 23 6 5 10 0 8 0 0 0 5 9 0 2 4 0.29 0.65 73 G -2 -1 -2 0 -5 4 4 3 -2 -5 -4 0 0 -5 -3 -1 -1 -4 -4 -4 0 2 0 3 0 26 30 27 0 0 0 3 3 0 0 2 4 0 0 0 0.69 0.65 74 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.26 0.65 75 K -3 5 -2 -3 -5 -1 -2 -4 1 -2 -1 5 -3 -1 -4 -2 -3 2 2 -3 0 37 0 0 0 0 0 0 4 2 5 38 0 3 0 0 0 3 9 0 0.79 0.65 76 V 2 -1 0 0 -4 2 0 -3 -3 1 -1 3 -2 1 -3 -1 -2 -4 0 -1 18 0 5 5 0 10 7 0 0 11 3 25 0 7 0 3 0 0 2 5 0.26 0.65 77 E 2 0 0 -1 -4 2 6 -3 -2 -4 -4 1 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 17 4 3 0 0 9 60 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.65 78 V -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 0 -4 -1 -2 -4 -3 0 -4 -3 6 4 0 0 0 0 0 0 0 0 13 6 0 0 0 0 0 6 0 0 72 0.91 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